SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..

This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).

A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness.

Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969359

SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..

Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs.

Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988596

PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..

O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.

Atividade proteolítica dos produtos de excreção/secreção de larvas de Cochliomyia homonivorax.

Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975703

OLIVEIRA, M. C. de S.; OLIVEIRA-SIQUEIRA, T. C. G.; NEO, T. A.; BRITO, L. G.; DAVID, E. B.; REGITANO, L. C. A..

2006

Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle.

Palavras-chave: Cochliomyia homonivorax.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868245

MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..

The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.

Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle.

Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946423

MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..

The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.

Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus.

Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/967077

IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M.; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. A..

Os bovinos apresentam vários mecanismos de proteção ao carrapato, que ocorrem durante por todo o estágio parasitário de aproximadamente 3 semanas. No entanto, tem sido verificado que animais resistentes geralmente apresentam a maior rejeição às larvas, em quantidade absoluta, nas primeiras 24 horas após a infestação. Isso ocorre provavelmente devido ao impedimento de fixação das larvas pelas reações iniciadas no hospedeiro. Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi verificar a expressão gênica diferencial em bovinos após 24 horas da infestação artificial com carrapato R. microplus. Foram utilizadas 7 fêmeas de cada grupo genético: cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore, e Nelore, nascidas, na Embrapa Pecuária Sudeste. Os animais livres de carrapatos...

Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus.

Palavras-chave: Carrapato; Microarranjos; Expressão gênica diferencia; Bovinos..

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885898

IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..

Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo pelo carrapato bovino, Rhipicephalus microplus, acarretando prejuízos de mais de dois bilhões de dólares por ano. A compreensão dos mecanismos envolvidos na resistência genética aos carrapatos é importante porque pode auxiliar a identificação de genes ou marcadores para essa característica. O objetivo deste trabalho foi identificar genes e vias regulatórias envolvidos na discriminação de grupos de bovinos resistentes e sensíveis submetidos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus.

Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus.

Palavras-chave: Infestação artificial de carrapato; Bovinos infestados com carrapatos; Mecanismos de resistência a carrapatos; Vias regulatórias; Expressão gênica..

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885900

IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..

Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view.

Palavras-chave: Infestação artificial de carrapato; Bovinos infestados com carrapatos; Mecanismos de resistência a carrapatos; Vias regulatórias; Expressão gênica; Rhipicephalus microplus; Genes.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875224

MORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A..

The present study aims to analyze the bovine skin transcriptome before and after tick infestation between resistant and susceptible cattle, to identify genes differentially expressed (DE), SNPs in transcribed (QTLs) and regulatory (eQTLs) regions, alternative transcription sites and imprinted genes to draw a map of the skin transcriptome in response to tick infestation.

Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view.

Palavras-chave: Gado; Genética; Infestação de carrapatos; Cattle; Genetics; Tick infestations.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980594

MORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A..

Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle.

Palavras-chave: Gado; Genética; Infestação de carrapatos; Cattle; Genetics; Tick infestations.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969398

Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes.

BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P..

Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic...

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Genome-wide association study; Gado de corte; Beef cattle.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003481

Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim.

TIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, C. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. A..

Background: Efficiency of feed utilization is important for animal production because it can reduce greenhouse gas emissions and improve industry profitability. However, the genetic basis of feed utilization in livestock remains poorly understood. Recent developments in molecular genetics, such as platforms for genome-wide genotyping and sequencing, provide an opportunity to identify genes and pathways that influence production traits. It is known that transcriptional networks influence feed efficiency-related traits such as growth and energy balance. This study sought to identify differentially expressed genes in animals genetically divergent for Residual Feed Intake (RFI), using RNA sequencing methodology (RNA-seq) to obtain information from genome-wide...

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Transcriptoma; Sequenciamento genético; Bioinformática; Bos indicus; RFI; Feed efficiency; Zebu; Feed conversion; Transcriptomics; Bioinformatics.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034697

PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..

A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a...

Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area.

Palavras-chave: Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Bioinformatics; Software.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/933185

GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A..

Genomic structural variation, in the form of large-scale insertions and deletions, as well as inversions and translocations, are referred to as copy number variations (CNVs). Compared to single nucleotide polymorphisms (SNPs), CNVs have potentially greater effects on gene structure, dosage and regulation, being an important source of phenotypic variation. In humans, CNVs are widespread in the genome and have been shown to be associated with complex traits. In livestock species, the characterization of this genetic variation is an important step toward linking genes or genomic regions with phenotypic traits of economic importance. Studies in cattle have revealed some CNVs associated with differences in host parasite resistance and breed-specific differences...

Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area.

Palavras-chave: Variação genética; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bioinformática; Copy number variations; Genetic variation; Single nucleotide polymorphisms; Bioinformatics.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974748

GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A..

Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle.

Palavras-chave: Variação genética; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bioinformática; Copy number variations; Genetic variation; Single nucleotide polymorphisms; Bioinformatics.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980708

SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A..

ABSTRACT: The NNAT gene plays a role on adipogenesis, brain development and insulin secretion. NNAT is described as paternal imprinted in bovine fetal tissue, but it is still underexplored in adult tissues. In order to improve the understanding of NNAT expression, muscle from Nellore was used to assess its allelic expression. Genomic DNA from 38 steers was genotyped for identification of heterozygous individuals with known allele origin. Total mRNA from muscle was extracted and sequenced by HiScanSQ, and afterwards the reads of each allele were counted for each animal. A total of 8 reciprocal heterozygous had more than 10 reads for the chosen SNP. All animals showed monoallelic expression, being 5 with paternal allele expressed, while 7 had the G allele...

Polimorfismo do gene KAPPA-caseína e microssatélite IGF-I na raça Nelore.

Palavras-chave: Neuronatin; Zebu; Genomic imprinting.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006155

ROSA, A. J. M.; REGITANO, L. C. A.; PACKER, I. U.; RAZOOK, A. G.; FIGUEIREDO, L. A.; COUTINHO, L. L..

1996

Selection signatures in Canchim beef cattle.

Palavras-chave: Polimorfismo.

Ano: 1996

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47018

URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; REGITANO, L. C. A.; HIGA, R. H.; MUNARI, D. P..

Selection signature (SS) was assessed in this study by means of the integrated haplotype score (iHS) method, which determines the decay of homozygosity in the surroundings of a core single nucleotide polymorphism (SNP) marker. Canchim breed animals were genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip; which has almost 800 thousand SNP markers. Genotype quality control (QC) was applied to exclude SNP with genotype calling score lower than 0.20; SNP with minor allele frequency lower than 0.01; and call rate for SNP and samples which were lower than 0.95 and 0.90, respectively. Only autosomal SNPs with known genome position were used. After the QC, 687,655 SNPs and 396 samples remained for SS analysis. Signals of SS were detected on chromosomes 5, 6, 8, and...