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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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A espessura de gordura subcutânea independe do genótipo de leptina em bovinos da raça Canchim criados a pasto. Repositório Alice
SANTIAGO, A. C.; VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A criação de bovinos da raça Canchim para a produção de carne tem crescido no Brasil, porém, a carcaça de animais desta raça não apresenta boa cobertura de gordura, fator importante para a palatabilidade e para a conservação da carne após o abate. Por esse motivo, pesquisas que visam ao melhoramento dessa característica têm sido conduzidas. Uma abordagem muito utilizada para encontrar marcadores para uma característica desejada é a busca por associação com polimorfismos em genes candidatos. Entre os genes candidatos relacionados à deposição de gordura, o gene da leptina tem se destacado. Nos bovinos, o gene da leptina foi mapeado no cromossomo 4. Um polimorfismo existente no íntron 2 desse gene foi associado à deposição de gordura. O presente trabalho...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Leptina; Espessura de gordura; Canchim; Polimorfismo.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46207
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A Genome-Wide Association Study of Meat Tenderness in Nelore Beef Cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; DECKER, J.; TAYLOR, J.; SCHNABEL, R.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; SONSTEGARD, T.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome map; Tagging; Characterization; Cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/989023
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A genômica na bovinocultura de corte. Repositório Alice
COUTINHO, L. L.; JORGE, E. C.; ROSÁRIO, M. F. do; REGITANO, L. C. de A..
Genômica: definição e conceito; Aplicações da genômica; Perspectivas das aplicações da genômica.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Melhoramento genético; DNA.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/862890
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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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A SNP in NEUROD1 is associated with production traits in Nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Candidate gene; Feed consuption.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992509
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Accuracy of genotype imputation in a Nellore Cattle population in Brazil. Repositório Alice
SILVA, F. de L.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; ROSA, G. J. M..
Genome wide-association studies (GWAS) generally require large numbers of individuals that are both phenotyped and desenly genotyped for markers across the genome.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Gado Nelore; Gado de corte; Cattle; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1028849
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Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotype imputation; Canchim; FImpute; Beagle software.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988841
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Ações de gestão ambiental: o caso da Embrapa Pecuária Sudeste. Repositório Alice
PRIMAVESI, O.; VINHOLIS, M. de M. B.; NICODEMO, M. L. F.; CORDEIRO, C. A.; ESCRIVANI, L. P.; ANTONIO, F. de J. A.; SOUZA, G. B. de; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A.; BERNARDI, A. C. de C..
Fatores de degradação ambiental como desmatamentos, queimadas, eliminação de áreas verdes permanentes que atuam como umidificadores do ar e estabilizadores térmicos, práticas agrícolas não conservacionistas com perda da capacidade produtiva dos solos e impedimento na recarga adequada de lençóis freáticos, aumento da produção de dejetos e rejeitos, consumismo e ruptura no conhecimento da sociedade urbana sobre sua dependência do meio natural resultam na redução da biodiversidade, no aumento de pragas e patógenos e nas mudanças climáticas regionais e global. Várias são as ações de gestão ambiental que podem minimizar estes efeitos. O presente trabalho tem por objetivo relatar e descrever as experiências relacionadas à gestão ambiental realizadas pela Embrapa...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Meio ambiente; Conservação; Educação ambiental; Sistema de produção integrado.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/40204
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Acurácia de imputação de genótipos para estudos de associação genômica em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; BOISON, S. A.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.; TORRES JUNIOR, R. A. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores; Single Nucleotide Polimorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1016060
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Ajuste de modelos não lineares no estudo de associação entre polimorfismos genéticos e o crescimento em bovinos de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R.; PACKER, I. U.; TAMBASCO TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.
Foram utilizados dados de peso ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade de 11 classes de genótipos formadas pela concatenação dos polimorfismos genéticos da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da b-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB. As informações foram obtidas de animais de três grupos genéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), nascidos em 1998 e 1999 e pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. Dos cinco modelos estudados: Brody, Von Bertalanffy, Richards, Gompertz e Logístico, o último apresentou melhor qualidade do ajuste. As estimativas dos parâmetros A (valor assintótico), k (taxa de maturação) e m (ponto de inflexão) obtidas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curva de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Modelo logístico; Marcadores genéticos.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46471
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Ajuste de modelos não lineares para dados de associação de genes candidatos com peso corporal de bovinos de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R. de; PACKER, I. U.; TAMBASCO, D. D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genes; Peso corporal.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46108
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Ajuste de modelos não-lineares em estudos de associação entre polimorfismos genéticos e crescimento em bovino de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; PACKER, I. U; FREITAS, A. R. de; TAMBASCO-TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; CRUZ, G. M. da..
2004
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curvas de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Marcadores genéticos; Modelo logistico.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46994
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946432
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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Análise da infecção por Babesia bigemina em fêmeas bovinas de diferentes grupos genéticos e em teleóginas de Boophilus microplus colhidas desses animais. Repositório Alice
NÉO, T. A.; SILVA, A. M.; OLIVEIRA, M. C. de S.; OLIVEIRA, H. N. O.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Infecção; Babesia bigemina; Fêmeas bovinas.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47736
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