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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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Escaneamento genômico para tolerância à seca em sorgo. Infoteca-e
MAGALHAES, J. V. de; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MENEZES, C. B. de; ROSA, J. R. B. F.; GUIMARAES, C. T.; TARDIN, F. D.; SCHAFFERT, R. E.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. de L. T. de; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J..
O sorgo é adaptado a ambientes extremos onde estresses abióticos como a seca limitam a produção de grãos e de biomassa, como nas vastas regiões do Cerrado brasileiro. Por ser usado como alimento básico em regiões do mundo onde a produção de alimentos é ainda um desafio, o aumento da tolerância à seca em sorgo é importante para a segurança alimentar global, particularmente em um cenário de mudanças climáticas. Além disso, como o genoma do sorgo é menor e menos duplicado, em comparação com gramíneas como o milho e a cana-de-açúcar, o sorgo pode ser utilizado para elucidar os determinantes genéticos da tolerância à seca em outras espécies. Neste trabalho, o mapeamento associativo em escala genômica foi utilizado para a identificação de regiões genômicas...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética; Sorghum bicolor; Resistência a seca; Genoma; Mapeamento.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1063609
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Estimation of linkage disequilibrium on a Brazilian collection of sugarcane (Saccharum spp.) genotypes from AFLP, SSR and EST-SSR data. Repositório Alice
ROSA, J. R. B. F.; SILVA, R. R.; PASTINA, M. M.; BARRETO, F. Z.; BALSALOBRE, T. W. A.; SOUZA, A. P.; CARNEIRO, M. S.; GARCIA, A. A. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cana de açúcar; Genética; Poliploidia; Saccharum; Polyploids.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974190
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Genome-wide association studies of anthracnose and angular leaf spot resistance in common bean (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
PERSEGUINI, J. M. K. C.; OBLESSUC, P. R.; ROSA, J. R. B. F.; GOMES, K. A.; CHIORATO, A. F.; CARBONELL, S. A. M.; GARCIA, A. A. F.; VIANELLO, R. P.; BENCHIMOL-REIS, L. L..
The common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the world?s most important legume for human consumption. Anthracnose (ANT; Colletotrichum lindemuthianum) and angular leaf spot (ALS; Pseudocercospora griseola) are complex diseases that cause major yield losses in common bean. Depending on the cultivar and environmental conditions, anthracnose and angular leaf spot infections can reduce crop yield drastically. This study aimed to estimate linkage disequilibrium levels and identify quantitative resistance loci (QRL) controlling resistance to both ANT and ALS diseases of 180 accessions of common bean using genomewide association analysis. A randomized complete block design with four replicates was performed for the ANT and ALS experiments, with four plants per...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Mancha foliar; Antracnose; Colletotrichum lindemuthianum; Genoma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076304
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Linkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis). Repositório Alice
SOUZA, L. M. de; SANTOS, L. H. B. dos; ROSA, J. R. B. F.; SILVA, C. C. da; MANTELLO, C. C.; CONSON, A. R. O.; SCALOPPI JUNIOR, E. J.; FIALHO, J. de F.; MORAES, M. L. T. de; GONÇALVES, P. de S.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; LE GUEN, V.; SOUZA, A. P. de.
Abstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seringueira; Hevea Brasiliensis; Comportamento de Variedade; População de Planta; Variação Genética.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094508
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