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An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
Coffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nitrogen transport; Differential gene expression; RNA-seq; MicroRNA.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108713
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Análise in silico de genes envolvidos no transporte de nitrato, amônio e uréia em cafeeiro. Repositório Alice
MEDA, A. R.; PEREIRA, L. F. P.; SANTOS, T. B. dos.
O nitrogênio (N) é o nutriente mais requerido pelo cafeeiro, sendo adquirido principalmente pelas raízes. As formas de N mais abundantes em solos agrícolas são nitrato (NO3-) e amônio (NH4+), enquanto que a uréia [CO(NH)2 O nitrato (NO] é a principal forma de N utilizada na adubação do cafeeiro. Devido a participação significativa da adubação nitrogenada nos custos de produção do café, é de interesse a identificação de genes envolvidos na absorção radicular e translocação de nitrogênio no cafeeiro, visando uma otimização da eficiência do uso do nitrogênio pela cultura. Neste trabalho foram encontradas etiquetas de sequências expressas (ESTs) no banco de dados do Projeto Genoma Café relacionadas ao transporte das formas mais relevantes na aquisição do N. O...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Nutrição mineral do cafeeiro; Proteína transportadora.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903260
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Babesia bovis: imunidade colostral, primoinfecção e resposta imune em bovinos naturalmente infectados, no Rio Grande do Sul. Repositório Alice
KROLOW, R. P.; BRITTO, C. F. de; RUAS, J. L.; SANTOS, T. B. dos; BERNE, M. E. A.; SACCO, A. M. S.; FARIAS, N. A..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a imunidade passiva anti-B. bovis, recebida via colostro, a primoinfecção pelo hematozoário e a respectiva resposta imune de terneiros nascidos na primavera no sul do RS.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Carrapato; Babesia Bovis; Protozoário; Colostro.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093860
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Caracterização Físico-Química e Morfológica de Amidos do Tipo Ceroso de Genótipos Selecionados de Mandioca (Manihot esculenta Crantz). Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos.
bitstream/item/179566/1/Dissertacao-Caracterizacao-Fisico-Quimica-e-Morfologica-de-Amidos-do-Tipo-Ceroso-de-Genotipos-Selecionados-de-Mandioca-Manihot-esculenta-Crantz-Thais-Barbosa-dos-Santos.pdf
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Amido ceroso; Viscosidade de pasta; Difração de raio-x; Waxy starch; Tecnologia de Alimento; Amido; Mandioca; Amilopectina; Cassava starch; Amylopectin; X-ray diffraction; Viscosity; Pastes; Starch; Food technology.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093160
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Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
Devido à necessidade cada vez maior de cultivares que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características relacionadas ao uso eficiente de nutrientes minerais é uma estratégia relevante para o melhoramento genético do café. Nesse sentido, a caracterização de acessos provenientes do centro de origem da espécie é um importante subsídio para os programas de melhoramento visando à seleção de materiais de interesse para produção de novas cultivares. Objetivou-se,no presente trabalho, caracterizar a concentração de nove nutrientes minerais em 12 acessos de Coffea arabica L., provenientes da Etiópia, em casa de vegetação, visando identificar genótipos com acumulação diferencial de nutrientes minerais em folhas,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phosphorous; Café; Germoplasma; Nitrogênio; Fósforo; Germplasm.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039997
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Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
O sucesso do manejo nutricional em plantas depende de diversos fatores, como características químicas, biológicas e físicas do solo, além da influência do genótipo. Apesar do manejo agronômico visando à adequação do solo para a cultura do cafeeiro estar bem estabelecido, pouco se sabe sobre o efeito do genótipo na absorção e acúmulo de nutrientes minerais. Tradicionalmente, o melhoramento genético do cafeeiro foca-se em características morfológicas, resistência a doenças e na produtividade; dessa forma, a exigência nutricional foi deixada em plano secundário ao longo deste processo. Com a necessidade cada vez maior de variedades que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características de genótipos silvestres...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Nutrição mineral; Concentração de nutrientes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903994
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Efeito da ferrugem e da supressão de nitrogênio no nível transcricional do gene nitrato redutase (CaNR) em Coffea arabica L. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; BABA, V. Y.; SOARES, J. D. M.; CARVALHO, K. de; BRAGHINI, M. T.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
O objetivo do trabalho é avaliar se a ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix) pode modular a resposta transcricional de um gene-chave na assimilação de nitrogênio (N), a nitrato redutase, em função da restrição do nutriente e da resposta do cultivar ao patógeno. Sabe-se que o estado nutricional da planta pode influenciar a severidade do ataque por patógenos. A ferrugem no cafeeiro é um problema recorrente em todas as regiões de cultivo, afetando desde a produtividade até a qualidade final da bebida. A despeito da importância da nutrição mineral para a produtividade e seu impacto na resposta à ferrugem, existem poucos estudos relacionados ao estabelecimento da relação molecular entre o estado nutricional do cafeeiro e resposta de defesa a patógenos. Duas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ferrugem do cafeeiro; Assimilição de nitrogênio; Padrão nutricional; Resposta genotípica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975229
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Expressão gênica em larga escala de raizes de Coffea arabica L. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SILVA, J. C.; SOARES, J. D. M.; BABA, V. Y.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
A utilização de novas tecnologias de sequenciamento em larga escala (454-mRNAseq) é uma frente inovadora de estudos para a biotecnologia do cafeeiro, promovendo a identificação e caracterização de novos componentes genômicos de interesse . Mudas de cafeeiro foram mantidas sob supressão de fontes nitrogenadas e suas raízes foram utilizadas para construção de bibliotecas de cDNA, que foram sequenciados utilizando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Foram gerados um total 809.517 reads, os quais geraram 34.654 contigs. Por meio dos transcritos gerados pelo mRNAseq de raiz espera-se identificar e caracterizar molecularmente os genes envolvidos no transporte e metabolismo de nitrogênio no cafeeiro
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nutrição mineral; Sequenciamento de nova geração; Café.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040102
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Galactinol synthase transcriptional profile in two genotypes of Coffea canephora with contrasting tolerance to drought. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; LIMA, R. B. de; NAGASHIMA, G. T.; PETKOWICZ, C. L. de O.; CARPENTIERI-PÍPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E..
ncreased synthesis of galactinol and raffinose family oligosaccharides (RFOs) has been reported in vegetative tissues in response to a range of abiotic stresses. In this work, we evaluated the transcriptional profile of a Coffea canephora galactinol synthase gene (CcGolS1) in two clones that differed in tolerance to water deficit in order to assess the contribution of this gene to drought tolerance. The expression of CcGolS1 in leaves was differentially regulated by water deficit, depending on the intensity of stress and the genotype. In clone 109A (drought-susceptible), the abundance of CcGolS1 transcripts decreased upon exposure to drought, reaching minimum values during recovery from severe water deficit and stress. In contrast, CcGolS1 gene expression...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Raffinose family oligosaccharides (RFOs); Coffee; Café; Water stress.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039986
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Identificação e caracterização de genes relacionados à biossíntese de ácidos clorogênicos em Coffea arabica L. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; SANTOS, T. B. dos; PEREIRA, L. F. P..
O Brasil é o maior produtor e exportador de café no cenário mundial , a lém de ser o segundo maior mercado consumidor da bebida, atrás apenas dos Estados Unidos. Pesquisas estão em desenvolvimento para aumentar o conhecimento genético de cafeeiros relacionada com a qualidade do produto. A qualidade da bebida é diretamente influenciada pelos compostos químicos presentes no grão de café, como por exemplo, ácidos clorogênicos (CGAs) que são relacionados à adstringência da bebida. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos associados a produção dos CGAs, os objetivos deste trabalho são: i) identifica rdosgenes da viade biossíntese dos CGAs; ii) caracterizar o perfil transcricional in silico para alguns genes candidatos. Neste estudo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; Atividade transcricional; Ácido clrogênico; Qualidade da bebida; Coffee; Transcriptional activity; Chlorogenic acids and beverage quality.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040019
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Incidência de queimadura solar em diferentes genótipos de maçãs produzidas em duas safras no Vale do São Francisco. Repositório Alice
MOURA, N. R.; SANTOS, T. B. dos; FERREIRA, M. A. R.; PASSOS, T. O.; LOPES, P. R. C.; FREITAS, S. T. de.
Este trabalho teve como objetivo avaliar e comparar a incidência de queimadura de sol em diferentes genótipos de maçã produzidos no Semiárido brasileiro em dois anos de produção, 2016 e 2017.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Queimadura de sol; Vale do São Francisco; Semiárido; Maçã; Fruticultura; Fruta de Clima Temperado; Malus Domestica; Genótipo; Apples.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1098463
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Nitrogen-starvation responsive microRNAs in Coffea arabica roots: its this a 3-player game? Repositório Alice
DOMINGUES, D. S.; REIS JUNIOR, O.; SANTOS, T. B. dos; SILVA, J. C.; LORENZETTI, A. P.; SOARES, J. D. M.; PEREIRA, L. F. P..
Nitrogen (N) is an essential macronutrient for plant growth and development. In the case of C. arabica, fertilization practices are the second major cost in coffee production. MicroRNAs (miRNAs) play key roles in regulating nitrogen metabolism in plants, but the crosstalk between N and miRNAs was mostly studied in plant models and/or herbaceous species from temperate climates.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nitrogen; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040104
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Transcriptional patterns of Coffea arabica L. nitrate reductase, glutamine and asparagine synthetase genes are modulated under nitrogen suppression and coffee leaf rust. Repositório Alice
BABA, V. Y.; BRAGHINI, M. T.; SANTOS, T. B. dos; CARVALHO, K. de; SOARES, J. D. M.; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; MALUF, M. P.; PADILHA, L.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
This study evaluated the transcriptional profile of genes related to nitrogen (N) assimilation in coffee plants susceptible and resistant to rust fungi under N sufficiency and N suppression. For this purpose, we inoculated young coffee leaves with Hemileia vastatrix uredospores and collected them at 0, 12, 24 and 48 hours post-inoculation (HPI) to evaluate the relative expressions of genes encoding cytosolic glutamine synthetase (CaGS1 ), plastid glutamine synthetase (CaGS2 ), nitrate reductase (CaNR), and asparagine synthetase (CaAS). The genes exhibited distinct patterns of transcriptional modulation for the different genotypes and N nutritional regimes. The resistant genotype (I59) presented high levels of transcription in response to pathogen...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Nutriente Mineral; Coffea Arábica; Nitrogênio; Gene expression; Hemileia; Plant nutrition; Nitrogen fixation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1123827
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Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P..
Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coffea arabica; Knowledge; Biosynthesis; Raffinose.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083340
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