Sabiia Seb
PortuguêsEspañolEnglish
Embrapa
        Busca avançada

Botão Atualizar


Botão Atualizar

Ordenar por: RelevânciaAutorTítuloAnoImprime registros no formato resumido
Registros recuperados: 37
Primeira ... 12 ... Última
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Montagem de sequência de DNA; Bioinformática; De novo Assembly; Brachiaria Ruziziensis; Pastagem; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099953
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
A flexible multi-species genome-wide 60K SNP chip developed from pooled resequencing of 240 Eucalyptus tree genomes across 12 species. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; FARIA, D. A.; GRATTAPAGLIA, D..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Myrtaceae; Pooled resequencing; Population structure; Single-nucleotide polymorphism (SNP) ascertainment bias; Trans-spe.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031208
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
A genome-wide scan shows evidence for local adaptation in a widespread keystone Neotropical forest tree. Repositório Alice
COLLEVATTI, R. G.; NOVAES, E.; SILVA JUNIOR, O. B. da; VIEIRA, L. D.; LIMA-RIBEIRO, M. S.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/item/199571/1/s41437-019-0188-0.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Conservation genomics; Genetic variation.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110632
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Genoma; Capim Urochloa.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107378
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
A survey of differentially expressed genes in resistant wild arachis during nematode infection. Repositório Alice
ARAÚJO, A. C. G.; GUIMARAES, P. M.; MORGANTE, C. V.; GUIMARÃES, L. A.; SILVA JUNIOR, O. B. da; ROBERTS, P. A.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D.; BRASILEIRO, A. C. M..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Root-knot nematode; Meloidogyne; Nematóide de galha; Amemdoim; Doença; Arachis; Disease.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/960580
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G..
Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola; Transcriptome; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964212
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Analysis of the transcriptome in Aspergillus tamarii during enzymatic degradation of sugarcane bagasse. Repositório Alice
MIDORIKAWA, G. E. O.; CORREA, C. L.; NORONHA, E. F.; FERREIRA FILHO, E. X.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G..
bitstream/item/183671/1/Midorikawa-et-al-2018-Frontiers-in-Bioengineering-and-Biotechnology.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Carbohydrate-active enzymes; XlnR; Sugar transporters; ClrA; Aspergillus tamarii; Transcriptome; Lignocellulose; Bioethanol.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096563
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.
bitstream/item/171614/1/apagar1.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphism; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L..
ABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Seqüenciamento de longa duração; Soja; Genoma; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100401
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Desenvolvimento de novos microssatélites em Araucaria angustifolia via redução de complexidade genômica e sequenciamento. Repositório Alice
RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Araucaria angustifolia; Espécie nativa; Teste de procedências e progênies; Locos SSR; RAD sequencing.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002110
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Desenvolvimento de novos microssatélites em Araucaria angustifolia via redução de complexidade genômica e sequenciamento. Repositório Alice
RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Araucaria angustifolia; Espécie nativa; Teste de procedências e progênies; Locos SSR; RAD sequencing.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001258
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Desenvolvimento e validação do chip de genotipagem 26K Axiom® SNP array em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Coffea canephora; DNA; Gene; Melhoramento genético; Genoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Design and evaluation of a sequence capture systemfor genome-wide SNP genotyping in highly heterozygous plant genomes: a case studywith a keystone Neotropical hardwood tree genome. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
bitstream/item/185941/1/dsy023.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Target enrichment; Sequence capture; SNPs; Handroanthus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099287
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Development and validation of a 26K Axiom® SNP array for Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
World coffee production is higly affected by climate changes due to the occurrence of severe droughts and high temperatures resulting in low flow er viability, fruit development and yield. Faster breeding methods are required to obtain adapted coffee plants to a changed climate cenario, as conventional breeding in perennial crops such as coffee, requires a long time. With the recent advances in coffee genomics, such as the availability of a C. canephora reference genome , the objective of this work was to develop and validate a 26K Axiom SNP array for C. canephora aiming at a reliable high throughput genotyping platform to be used in the breeding programmes of the species. The chip design was based on a whole - genome resequencing panel comprised by DNA...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffe canephora Conilon; Coffee genomics; Climate change; Genomic selection; Genetic diversity; Coffea canephora; Coffee plant.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084572
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Development of expressed sequence tag and expressed sequence tag-simple sequence repeat marker resources for Musa acuminata. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. de O.; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. de C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MATSUMOTO, T.; AZEVEDO, V. C. R.; FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; CAVALCANTE, M. de J. B.; BAURENS, F. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PIGNOLET, L.; ABADIE, C.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
Banana (Musa acuminata) is a crop contributing to global food security. Many varieties lack resistance to biotic stresses, due to sterility and narrow genetic background. The objective of this study was to develop an expressed sequence tag (EST) database of transcripts expressed during compatible and incompatible banana-Mycosphaerella fijiensis (Mf) interactions. Black leaf streak disease (BLSD), caused by Mf, is a destructive disease of banana. Microsatellite markers were developed as a resource for crop improvement.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Plátano; Marcador microssatélite; Melhoramento genético vegetal; Banana; Musa acuminata; Marcador genético; Variedade resistente; Doença de planta; Melhoramento vegetal; Fungo; Sigatoka negra; Mycosphaerella fijiensis; Plant breedind; Bananas; Genetic markers; Microsatellite repeats; Plant diseases and disorders; Firomejoramiento; Fungi; Black sigatoka; Bananos; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Enfermedades y desórdenes de las plantas.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/953929
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Estrutura e diversidade genética de uma população de Coffea canephora conilon utilizando marcadores SNPs identificados por nextRAD. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, É. C. S.; AQUINO, S. O. de; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da técnica de genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a estrutura genética de indivíduos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma população localizada em campo experimental da Embrapa Cerrados.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Genotipagem nextRAD; Genetic diversity; Coffea canephora; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Genetic variation.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029881
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Gene expression revealed during the interaction of resistant Arachis stenosperma and Meloidogyne arenaria. Repositório Alice
GUIMARAES, P. M.; MORGANTE, C. V.; ROBERTS, P. A.; SILVA JUNIOR, O. B. da; ARRAIS, L; BERTIOLI, S. C. de M. L.; ARAUJO, A. C. G. de; MORETZSOHN, M. de C.; BERTIOLI, D.; BRASILEIRO, A. C. M..
The plant-parasitic root-knot nematodes have evolved sophisticated strategies for exploiting plants with high impacts in agriculture worldwide. The wild species Arachis stenosperma shows high levels of resistance to M. arenaria and other parasites. A genome-wide overview of differential gene expression during this plant?nematode interaction at different time points (3, 6 and 9 DAI)and healthy roots was conducted using Illumina Hi-Seq 2000. Eight cDNA libraries produced a total of 38´241´633 reads with an average sequence size of 200 bp and were assembled into 44,133 contigs. These unique sequences were grouped into eight clusters corresponding to their expression profile estimated by RPKM values. We found that a comparable number of genes were up- and...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nematoide; Melhoramento genético vegetal; Arachis stenosperma; Meloidogyne arenaria.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/952169
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Genome wide association study for drough toerance and other agronomic trais of a Coffea canephora opulation. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; AQUINO, S. O.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; VEIGA, A. D.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Café; Coffea canephora; Drought tolerance.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041193
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Genome-wide patterns of recombination, linkage disequilibrium and nucleotide diversity from pooled resequencing and single nucleotide polymorphism genotyping unlock the evolutionary history of Eucalyptus grandis. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Ancestral recombination graphs; Effective population size; Linkage disequilibrium (LD); Mutation rate; Nucleotide diversity; Population recombination rate; Whole-genome pooled resequencing; Eucalyptus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031226
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Genomic prediction of growth traits in Pinus taeda using genome-wide sequence-based DArT-seq markers. Repositório Alice
AGUIAR, A. V. de; TEIXEIRA-FREITAS, D. M. A.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOUSA, V. A. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pinus taeda; Espécie exótica; Marcador molecular; Predição genômica; Melhoramento genético.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1021996
Registros recuperados: 37
Primeira ... 12 ... Última
 

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa
Todos os direitos reservados, conforme Lei n° 9.610
Política de Privacidade
Área restrita

Embrapa
Parque Estação Biológica - PqEB s/n°
Brasília, DF - Brasil - CEP 70770-901
Fone: (61) 3448-4433 - Fax: (61) 3448-4890 / 3448-4891 SAC: https://www.embrapa.br/fale-conosco

Valid HTML 4.01 Transitional