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A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze. Repositório Alice
SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B.; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A.; AGUIAR, A. V.; GRATTAPAGLIA, D..
High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation, SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of the species. RNA-seq was a far superior source...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Araucária Angustifólia.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124676
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A novel genome-wide microsatellite resource for species of Eucalyptus with linkage-to-physical correspondence on the reference genome sequence. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; MAMANI, E. M. C.; SILVA JUNIOR, O. B.; FARIA, D. A..
bitstream/item/137574/1/Grattapaglia-et-al-2015-Molecular-Ecology-Resources.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Ancestry informative markers; Microsatellites; Simple sequence repeats; Eucalyptus Grandis; Eucalyptus globulus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034895
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Descoberta e genotipagem de SNPs em cajueiro via sequencimento de representações genômicas reduzidas. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B.; LIRA, M.; BUSO, G. S. C.; AMARAL, Z. P. S.; GRATTAPAGLIA, D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise molecular; SNPs; SSR.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002751
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Quantitative genetic parameters for growth and wood properties in Eucalyptus 'urograndis' hybrid using near-infrared phenotyping and genome-wide SNP-based relationships. Repositório Alice
LIMA, B. M. de; CAPPA, E. P.; SILVA JUNIOR, O. B.; GARCIA, C.; MANSFIELD, S. D.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/item/201801/1/journal.pone.0218747.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic Research; Genomics; Cellulose.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112117
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Reference grade genome sequence assembly for a Brazilian soybean germplasm. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B.; SÁ, M. E. L.; PESSOA-FILHO, M.; MELO, C. L. P. de; ARIAS, C. A. A.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH, E. L..
bitstream/item/206066/1/Resumos-10-CBMP4.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: DNA sequencing; Genomics; Soybeans.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115810
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Root transcriptome analysis of wild peanut reveals candidate genes for nematode resistance. Repositório Alice
GUIMARAES, P. M.; GUIMARAES, L. A.; MORGANTE, C. V.; SILVA JUNIOR, O. B.; ARAUJO, A. C. G.; MARTINS, A. C. Q.; SARAIVA, M. A. P.; OLIVEIRA, T. N.; TOGAWA, R. C.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; BRASILEIRO, A. C. M..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Arachis hypogaea; Peanut.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030792
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Root transcriptome analysis of wild peanut reveals candidate genes for nematode resistance. Repositório Alice
GUIMARAES, P. M.; GUIMARAES, L. A.; MORGANTE, C. V.; SILVA JUNIOR, O. B.; ARAUJO, A. C. G.; MARTINS, A. C. Q.; SARAIVA, M. A. P.; OLIVEIRA, T. N.; TOGAWA, R. C.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; BRASILEIRO, A. C. M..
Wild peanut relatives (Arachis spp.) are genetically diverse and were adapted to a range of environments during the evolution course, constituting an important source of allele diver-sity for resistance to biotic and abiotic stresses. The wild diploid A.stenosperma harbors high levels of resistance to a variety of pathogens, including the root-knot nematode (RKN)Meloidogyne arenaria through the onset of the Hypersensitive Response (HR). In order to identify genes and regulators triggering this defense response, a comprehensive root tran-scriptome analysis during the first stages of this incompatible interaction was conducted using Illumina Hi-Seq. Overall, eight cDNA libraries were produced generating 28.2 GB, which were de novo assembled into 44,132...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Arachis hypogaea; Diplóide selvagem; Nematóide das galhas; Gene regulador; Planta resistente; Peanut; Melhoramento de planta; Peanut relatives; Arachis spp.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035460
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Sugarcane giant borer transcriptome analysis and identification of genes related to digestion. Repositório Alice
FONSECA, F. C. de A.; FIRMINO, A. A. P.; MACEDO. L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUSA JÚNIOR, J. D. A. de; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GÓIS, L. A. B. de; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de.
Sugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Broca gigante; Praga; Controle biológico.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1023363
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The genome of Eucalyptus grandis. Repositório Alice
MYBURG, A. A.; GRATTAPAGLIA, D.; TUSKAN, G. A.; HELLSTEN, U.; HAYES, R. D.; GRIMWOOD, J.; JENKINS, J.; LINDQUIST, E.; BAUER, D.; BAUER, D.; GOODSTEIN, D. M.; DUBCHAK, I.; POLIAKOV, A.; MIZRACHI, E.; KULLAN, A. R. K.; HUSSEY, S. G.; PINARD, D.; MERWE, K. van der; SINGH, P.; JAARSVELD, I. van; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS, M. R.; FARIA, D. A.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; YANG, X.; RANJAN, P.; TSCHAPLINSKI, T. J.; YE, C.-Y.; LI, T.; STERCK, L.; VANNESTE, K.; MURAT, F.; SOLER, M.; SAN CLEMENTE, H.; SAIDI, N.; CASSAN-WANG, H.; DUNAND, C.; HEFER, C. A.; BORNBERG-BAUER, E.; KERSTING, A. R.; VINING, K.; AMARASINGHE, V.; RANIK, M.; NAITHANI, S.; ELSER, J.; BOYD, A. E.; LISTON, A.; SPATAFORA, J. W.; DHARMWARDHANA, P.; RAJA, R.; SULLIVAN, C.; ROMANEL, E.; ALVES-FERREIRA, M.; KULHEIM, C.; FOLEY, W.; CAROCHA, V.; PAIVA, J.; KUDRNA, D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PASQUALI, G.; BYRNE, M.; RIGAULT, P.; SPOKEVICIUS, A.; JONES, R. C.; STEANE, D. A.; VAILLANCOURT, R. E.; POTTS, B. M.; JOUBERT, F.; BARRY, K.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; STRAUSS, S. H.; JAISWAL, P.; GRIMA-PETTENATI, J.; SALSE, J.; PEER, Y. van de; ROKHSAR, D. S.; SCHMUTZ, J..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus grandis; Secondary metabolism; Genome evolution; Phylogenomics; Biofuels.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006198
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