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A study of gene expression in the nematode resistant wild peanut relative, Arachis stenosperma, in response to challenge with Meloidogyne arenaria. Repositório Alice
GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; PROITE, K.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, S. C. de M. L.; PIC TAYLOR, A.; SILVA, F. R. da; MORGANTE, C. V.; RIBEIRO, S. da G.; BERTIOLI, D. J..
bitstream/item/183184/1/Guimaraes2010-Article-AStudyOfGeneExpressionInTheNem.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Root-knot; Resistance genes; Nematode; Peanut; Meloidogyne Arenaria.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880983
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A transcriptional approach for identifying genes related to drought stress. Repositório Alice
MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; ARAÚJO, A. C. G.; BERTIOLI, D. J.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estresse hídrico; Diversidade genética; Marcador molecular; Planta; Amendoim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903303
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Análise da expressão gênica da parte aérea de cafeeiro em condições de déficit hídrico. Repositório Alice
VINECKY, F.; RODRIGUES, G. C.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C..
2003
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188056
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Analysis of expressed sequence tags from Musa acuminata ssp. burmannicoides, var. Calcutta 4 (AA) leaves submitted to temperature stresses. Repositório Alice
SANTOS, C. M.; MARTINS, N. F.; HORBERG, H. M.; ALMEIDA, E. R. de; COELHO, M. C.; ROGAWA, R. C.; SILVA, F. R. da; MILLER, R. N.; SOUZA JUNIOR, M. T..
In order to discover genes expressed in leaves of Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4 (AA), from plants submitted to temperature stress, we produced and characterized two full-length enriched cDNA libraries. Total RNA from plants subjected to temperatures ranging from 5°C to 25°C and from 25°C to 45°C was used to produce a COLD and a HOT cDNA library, respectively. We sequenced 1,440 clones from each library. Following quality analysis and vector trimming, we assembled 2,286 sequences from both libraries into 1,019 putative transcripts, consisting of 217 clusters and 802 singletons, which we denoted Musa acuminata assembled expressed sequence tagged (EST) sequences (MaAES). Of these MaAES, 22.87% showed no matches with existing sequences in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: ANALYSIS.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186092
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Analysis of resistance gene analogs in Musa acuminata VAR. Calcutta 4, An. Repositório Alice
MILLER, R. N. G; ALVES, P. C. S.; SANTOS, C. M. R.; COELHO, M. C. F.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; BERTIOLI, D. J..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento vegetal.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/186589
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Atributos físcos como indicadores de saúde do solo em bananais com fusariose. Repositório Alice
TEIXEIRA, L. A. J.; SILVA, F. R. da; MARQUES, E.; VIEIRA, H. B.; MORAES, W.; RODRIGUEZ, M. A. D..
A Fusariose da bananeira (FB) ou mal-do-Panamá, causada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é considerada a doença mais destrutiva da cultura. No Brasil, a doença causa grande impacto seja reduzindo a produtividade e a longevidade dos bananais ou inviabilizando terras para o plantio. Condições edáficas podem influenciar o nível de intensidade da FB, resultando em diferentes graus de supressividade da doença. Todavia, informações básicas que possam orientar estratégias de manejo da saúde do solo para reduzir o impacto da FB são escassas. Este trabalho faz parte de um conjunto de ações de pesquisa que buscam identificar indicadores relacionados com a intensidade da FB em São Paulo. Foi realizado um levantamento em três regiões representativas dos...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mal-do-Panamá; Saúde do solo; Resistência à penetração; Fusariose; Musa.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1071461
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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Caracterização da família gênica das metalotioneínas em milho. Repositório Alice
COELHO, G. C. P.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARAES, C. T.; PAIVA, L. V.; BRANDAO, R. L.; PETRILLI, C. P.; PURCINO, A. A. C.; PAIVA, E.; SILVA, F. R. da; CONSOLO, F.; CARNEIRO, N. P..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Metalotioneinas; Famílias gênicas.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490084
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Caracterização do gene ácido cafeico-O-Methyl Transferase de Passiflora tenuifila. Repositório Alice
CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F. R. da; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M..
bitstream/item/168538/1/caracterizacao-do-gene-acido-cafeico-proceedings.galoa.com.br-slaca-slaca-trabalhos3-caracter.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Passiflora tenuifila; Biotecnologia de alimentos; Ácido cafeico-o-metil transferase; Maracujá; Biotecnologia.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081995
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Caracterização genética de caprinos Marota no Estado do Piauí por meio de microssatélites de DNA. Repositório Alice
COSTA, M. da S.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. de B.; CUNHA, R. M. S. da; CAMPELO, J. E. G.; LIMA, S. E. F.; OLIVEIRA, J. A. de; ALMEIDA, G. M. de; SILVA, F. R. da; ALMEIDA, M. J. de O..
Os caprinos possuem um importante papel para a agricultura do Nordeste, concentrando-se nesta região o maior plantel da espécie no Brasil. O Estado do Piauí possui rebanhos de alguns grupos genéticos adaptados ao semi-árido e que se encontram em risco de desaparecimento. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar a raça caprina naturalizada Marota por meio de marcadores de microssatélite, dando suporte a futuras pesquisas de melhoramento ou conservação de recursos genéticos. Os animais avaliados pertencem ao Núcleo de Conservação da Embrapa Meio-Norte e estão em risco de desaparecimento. O DNA extraído foi amplificado mediante a reação em cadeia polimerase (PCR), em multiplex e genotipados através do programa Fragment Profile (Amershan Biosystem). A...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Heterozigosidade; Polimorfismo; Recurso genético.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/53148
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Characterization of Fusarium wilt of banana in São Paulo, Brazil. Repositório Alice
RODRIGUEZ, M. A. D.; VIEIRA, H. B.; SILVA, F. R. da; ROSSI, C.; HECK, D. W.; SANTOS, A. dos; MORAES, W.; TEIXEIRA, L. A. J..
Fusarium wilt (FW) is a major constraint for banana production in São Paulo, the biggest banana producer in Brazil. Farmers cultivating ?Maçã? (AAB) and ?Prata? (AAB) (AAB) are usually forced to abandon areas or switch to less profitable varieties. Despite it impact, there is lack of detailed knowledge of FW incidence, distribution and factors associated to epidemics. In this work we characterized 20 farms from four regions representative of different production systems. Incidence of FW was evaluated in all the farms and diseased plants were geo-referenced. In each farm areas with high (FOC +) and low (FOC-) incidence of FW were selected. Comparative analyses of weevils and nematode populations, as well as, soil nutrients were performed. Values of FW...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Epidemiology; Panama disease; Fusarium oxysporum f sp cubense; Epidemiology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078062
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Construção e validação de membranas de macroarranjo de DNA para o estudo da interação planta-nematóide. Infoteca-e
ANDRADE, R. V. de; MEHTA, A.; GUIMARÃES, P. M.; SILVA, F. R. da; GROSSI DE SÁ, M. F.; SARAIVA, M. A. de P.; FRAGOSO, R.; BRASILEIRO, A. C. M..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algodão; Gossypium hirsutum; Amendoim silvestre; Arachis stenosperma; Feijão-caupi; Vigna unguiculata; DNA; Membranas de macroarranjo; Nematóide; Meloidogyne incognita; Biotecnologia.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/571792
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Construção e validação de membranas de macroarranjo de DNA para o estudo da interação planta-nematóide. Infoteca-e
ANDRADE, R. V. de; MEHTA, A.; GUIMARÃES, P. M.; SILVA, F. R. da; GROSSI DE SÁ, M. F.; SARAIVA, M. A. de P.; FRAGOSO, R.; BRASILEIRO, A. C. M..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algodão; Gossypium hirsutum; Amendoim silvestre; Arachis stenosperma; Feijão-caupi; Vigna unguiculata; DNA; Membranas de macroarranjo; Nematóide; Meloidogyne incognita; Biotecnologia.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/189412
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Counting RNAseq reads: which way is better? Repositório Alice
SILVA, F. R. da; NODA, R. W.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CARNEIRO, N. P..
In this work we show the variation of results we?ve found while working with ~1 billion Illumina reads from drought tolerant Sorghum bicolor genotype in the presence and absence of the stress and compared results found for key genes already characterized.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequência de RNA; Sorgo; Bioinformatics; Sorghum.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981626
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Crescimento de plantas de feijão de corda submetidas à irrigação cíclica com água ou solução salina. Repositório Alice
CALVET, A. S. F.; SOUSA, A. B. O. de; SILVA, F. R. da; BEZERRA, M. A..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desenvolvimento; Estresse salino; Vigna unguiculata L.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580825
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Crescimento de plântulas de cajueiro anão precoce submetidas à deficiência de nutrientes. Repositório Alice
PINHEIRO, E. A. R.; SILVA, F. R. da; DUARTE, J. M. de L.; BEZERRA, M. A..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desenvolvimento; Anacardium occidentale; Supressão nutricional; Sintomas visuais.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580805
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DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banana; DataMusa; Transcriptoma; Musa acuminata.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/175827
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De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006398
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Determinação de caracteres qualitativos associados ao fruto em população de abóbora (Cucurbita moschata Duch.). Repositório Alice
SILVA, F. R. da; LIMA, M. A. C. de; BORGES, R. M. E..
Este trabalho teve como objetivo defi nir as características predominantes e a variabilidade em frutos de uma população S3 de linhagens de abóbora selecionadas na Embrapa Semiárido
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Descritores qualitativos; Atributos de qualidade; Linhagens elite; Abóbora; Cucurbitaceae.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1098632
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Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..
Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974773
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