SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

A transcriptional approach for identifying genes related to drought stress.

GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; PROITE, K.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, S. C. de M. L.; PIC TAYLOR, A.; SILVA, F. R. da; MORGANTE, C. V.; RIBEIRO, S. da G.; BERTIOLI, D. J..

bitstream/item/183184/1/Guimaraes2010-Article-AStudyOfGeneExpressionInTheNem.pdf

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Root-knot; Resistance genes; Nematode; Peanut; Meloidogyne Arenaria.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880983

MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; ARAÚJO, A. C. G.; BERTIOLI, D. J.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M..

2011

Análise da expressão gênica da parte aérea de cafeeiro em condições de déficit hídrico.

Palavras-chave: Estresse hídrico; Diversidade genética; Marcador molecular; Planta; Amendoim.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903303

VINECKY, F.; RODRIGUES, G. C.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C..

2003

Analysis of expressed sequence tags from Musa acuminata ssp. burmannicoides, var. Calcutta 4 (AA) leaves submitted to temperature stresses.

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188056

Analysis of resistance gene analogs in Musa acuminata VAR. Calcutta 4, An.

SANTOS, C. M.; MARTINS, N. F.; HORBERG, H. M.; ALMEIDA, E. R. de; COELHO, M. C.; ROGAWA, R. C.; SILVA, F. R. da; MILLER, R. N.; SOUZA JUNIOR, M. T..

In order to discover genes expressed in leaves of Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4 (AA), from plants submitted to temperature stress, we produced and characterized two full-length enriched cDNA libraries. Total RNA from plants subjected to temperatures ranging from 5°C to 25°C and from 25°C to 45°C was used to produce a COLD and a HOT cDNA library, respectively. We sequenced 1,440 clones from each library. Following quality analysis and vector trimming, we assembled 2,286 sequences from both libraries into 1,019 putative transcripts, consisting of 217 clusters and 802 singletons, which we denoted Musa acuminata assembled expressed sequence tagged (EST) sequences (MaAES). Of these MaAES, 22.87% showed no matches with existing sequences in...

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: ANALYSIS.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186092

MILLER, R. N. G; ALVES, P. C. S.; SANTOS, C. M. R.; COELHO, M. C. F.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; BERTIOLI, D. J..

2005

Atributos físcos como indicadores de saúde do solo em bananais com fusariose.

Palavras-chave: Melhoramento vegetal.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/186589

TEIXEIRA, L. A. J.; SILVA, F. R. da; MARQUES, E.; VIEIRA, H. B.; MORAES, W.; RODRIGUEZ, M. A. D..

A Fusariose da bananeira (FB) ou mal-do-Panamá, causada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é considerada a doença mais destrutiva da cultura. No Brasil, a doença causa grande impacto seja reduzindo a produtividade e a longevidade dos bananais ou inviabilizando terras para o plantio. Condições edáficas podem influenciar o nível de intensidade da FB, resultando em diferentes graus de supressividade da doença. Todavia, informações básicas que possam orientar estratégias de manejo da saúde do solo para reduzir o impacto da FB são escassas. Este trabalho faz parte de um conjunto de ações de pesquisa que buscam identificar indicadores relacionados com a intensidade da FB em São Paulo. Foi realizado um levantamento em três regiões representativas dos...

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource.

Palavras-chave: Mal-do-Panamá; Saúde do solo; Resistência à penetração; Fusariose; Musa.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1071461

Caracterização da família gênica das metalotioneínas em milho.

VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..

bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149

COELHO, G. C. P.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARAES, C. T.; PAIVA, L. V.; BRANDAO, R. L.; PETRILLI, C. P.; PURCINO, A. A. C.; PAIVA, E.; SILVA, F. R. da; CONSOLO, F.; CARNEIRO, N. P..

2006

Caracterização do gene ácido cafeico-O-Methyl Transferase de Passiflora tenuifila.

Palavras-chave: Milho; Metalotioneinas; Famílias gênicas.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490084

CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F. R. da; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M..

bitstream/item/168538/1/caracterizacao-do-gene-acido-cafeico-proceedings.galoa.com.br-slaca-slaca-trabalhos3-caracter.pdf

Caracterização genética de caprinos Marota no Estado do Piauí por meio de microssatélites de DNA.

Palavras-chave: Passiflora tenuifila; Biotecnologia de alimentos; Ácido cafeico-o-metil transferase; Maracujá; Biotecnologia.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081995

COSTA, M. da S.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. de B.; CUNHA, R. M. S. da; CAMPELO, J. E. G.; LIMA, S. E. F.; OLIVEIRA, J. A. de; ALMEIDA, G. M. de; SILVA, F. R. da; ALMEIDA, M. J. de O..

Os caprinos possuem um importante papel para a agricultura do Nordeste, concentrando-se nesta região o maior plantel da espécie no Brasil. O Estado do Piauí possui rebanhos de alguns grupos genéticos adaptados ao semi-árido e que se encontram em risco de desaparecimento. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar a raça caprina naturalizada Marota por meio de marcadores de microssatélite, dando suporte a futuras pesquisas de melhoramento ou conservação de recursos genéticos. Os animais avaliados pertencem ao Núcleo de Conservação da Embrapa Meio-Norte e estão em risco de desaparecimento. O DNA extraído foi amplificado mediante a reação em cadeia polimerase (PCR), em multiplex e genotipados através do programa Fragment Profile (Amershan Biosystem). A...

Characterization of Fusarium wilt of banana in São Paulo, Brazil.

Palavras-chave: Heterozigosidade; Polimorfismo; Recurso genético.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/53148

RODRIGUEZ, M. A. D.; VIEIRA, H. B.; SILVA, F. R. da; ROSSI, C.; HECK, D. W.; SANTOS, A. dos; MORAES, W.; TEIXEIRA, L. A. J..

Fusarium wilt (FW) is a major constraint for banana production in São Paulo, the biggest banana producer in Brazil. Farmers cultivating ?Maçã? (AAB) and ?Prata? (AAB) (AAB) are usually forced to abandon areas or switch to less profitable varieties. Despite it impact, there is lack of detailed knowledge of FW incidence, distribution and factors associated to epidemics. In this work we characterized 20 farms from four regions representative of different production systems. Incidence of FW was evaluated in all the farms and diseased plants were geo-referenced. In each farm areas with high (FOC +) and low (FOC-) incidence of FW were selected. Comparative analyses of weevils and nematode populations, as well as, soil nutrients were performed. Values of FW...

Counting RNAseq reads: which way is better?

Palavras-chave: Epidemiology; Panama disease; Fusarium oxysporum f sp cubense; Epidemiology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078062

SILVA, F. R. da; NODA, R. W.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CARNEIRO, N. P..

In this work we show the variation of results we?ve found while working with ~1 billion Illumina reads from drought tolerant Sorghum bicolor genotype in the presence and absence of the stress and compared results found for key genes already characterized.

Crescimento de plantas de feijão de corda submetidas à irrigação cíclica com água ou solução salina.

Palavras-chave: Bioinformática; Sequência de RNA; Sorgo; Bioinformatics; Sorghum.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981626

CALVET, A. S. F.; SOUSA, A. B. O. de; SILVA, F. R. da; BEZERRA, M. A..

2009

Crescimento de plântulas de cajueiro anão precoce submetidas à deficiência de nutrientes.

Palavras-chave: Desenvolvimento; Estresse salino; Vigna unguiculata L.

Ano: 2009

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580825

PINHEIRO, E. A. R.; SILVA, F. R. da; DUARTE, J. M. de L.; BEZERRA, M. A..

2009

DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp.

Palavras-chave: Desenvolvimento; Anacardium occidentale; Supressão nutricional; Sintomas visuais.

Ano: 2009

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580805

Infoteca-e

SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..

A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Banana; DataMusa; Transcriptoma; Musa acuminata.

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/175827

De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences.

CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..

Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.

Determinação de caracteres qualitativos associados ao fruto em população de abóbora (Cucurbita moschata Duch.).

Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006398

SILVA, F. R. da; LIMA, M. A. C. de; BORGES, R. M. E..

Este trabalho teve como objetivo defi nir as características predominantes e a variabilidade em frutos de uma população S3 de linhagens de abóbora selecionadas na Embrapa Semiárido

Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory.

Palavras-chave: Descritores qualitativos; Atributos de qualidade; Linhagens elite; Abóbora; Cucurbitaceae.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1098632

CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..

Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of...