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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program. Repositório Alice
ARBEX, W. A.; CARVALHO, C. dos S. B. de; SANTOS, K. C. L. dos; BRUM, V. C; SILVA, M. V. G. B..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Scientific computing environment; Storage system; Utility computing; Phenotype data; Genetic improvement.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014636
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Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Repositório Alice
NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nellore cattle; Genomic selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/987574
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Acurácia em diferentes modelos para predição de valores genéticos em bovinos da raça Senepol. Repositório Alice
SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; MENEZES, G. R. de O.; MILANESI, M.; GONDO, A.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SILVA, L. O. C. da; NOBRE, P. R. C.; SIQUEIRA, F.; EGITO, A. A. do.
A predição de valores genéticos é uma ferramenta fundamental para classificar animais candidatos à seleção. O desenvolvimento de tecnologias moleculares e computacionais viabiliza a utilização de informações genômicas nas predições, proporcionando incremento na acurácia. Neste contexto, objetivou-se averiguar o impacto na acurácia ao empregar dados genômicos em avaliações genéticas para características de crescimento e carcaça em bovinos da raça Senepol.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Predição de valor genético; Área de olho de lombo; Espessura de gordura subcutânea; Peso ao sobreano; Bovino.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099590
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Ajuste da curva de lactação de três grupos genéticos de Girolando. Repositório Alice
MACHADO, J. D.; DALTRO, D. dos S.; PADILHA, A. H.; BRACCINI NETO, J.; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Curva de lactação; Modelos matemáticos; Produção de leite; Projeção de lactação.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072289
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Análise de genes diferencialmente expressos em resposta à infecção por Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
CARVALHO, B. de O.; PEREIRA, H. P.; SEIBERLICK, O. S. G.; REIS, D. R. de L.; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F..
Resumo: As doenças infectocontagiosas estão entre os problemas que mais acarretam prejuízos econômicos na pecuária brasileira e mundial, sendo a mastite a principal enfermidade acometida aos bovinos. A mastite pode ser definida como uma inflamação da glândula mamária que é causada, mais frequentemente, por micro-organismos patogênicos ambientais ou contagiosos. Podendo culminar na redução da quantidade e no comprometimento da qualidade do leite, podendo levar até a perda total da potencialidade secretora da glândula mamaria do animal infectado ou mesmo a sua morte. Estudos relacionados aos mecanismos de resposta e resistência de animais à mastite foram realizados a fim de contribuir para a compreensão dos mecanismos genéticos de resistência e resposta a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: CD 14; NFKBIA; PCR em tempo real; Resposta inflamatória; STAT3.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111976
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Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Repositório Alice
O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J..
Signatures of selection are regions in the genome that have been preferentially increased in frequency and fixed in a population because of their functional importance in specific processes. These regions can be detected because of their lower genetic variability and specific regional linkage disequilibrium (LD) patterns. By comparing the differences in regional LD variation between dairy and beef cattle types, and between indicine and taurine subspecies, we aim at finding signatures of selection for production and adaptation in cattle breeds. The VarLD method was applied to compare the LD variation in the autosomal genome between breeds, including Angus and Brown Swiss, representing taurine breeds, and Nelore and Gir, representing indicine breeds. The...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cattle - genetic improvement; Indicine; Linkage disequilibrium; Minor allele frequency; Taurine.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006605
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Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Repositório Alice
ZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Cattle; Disease resistance; Fertility; Runs of homozygosity; Selection.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036982
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Avaliação de abordagens estatísticas para análise da expressão gênica diferencial em dados reais de RNA-seq Repositório Alice
SBARDELLA, A. P; FONSECA, I.; WELLER, M. A. DEL C. A.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, J. R,; WATANABE, R. N.; COSTA, R, M. da; CARVAJAL, A. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão diferencial; Bovinos de leite; Sequenciamento.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072447
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Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose; Pedigree.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072487
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Avaliação genética multirracial via regressão aleatória com polinômios lineares do tipo spline. Repositório Alice
RIBEIRO, V. M. P.; RAIDAN, F. S. S.; BARBOSA, A. R.; WINKELSTROTER, L. K.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gir; Girolando; Holandês; Multirracial.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041039
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Banco de DNA de Bovinos: avaliação de metodologias alternativas para extração de DNA. Repositório Alice
BRION, C. T.; SANTOS, L. B.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética molecular bovinos; DNA; Métodos de extração.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034534
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
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Caracterização genética de uma população experimental F2 usando marcadores moleculares no cromossomo 14 ( BTA 14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ. M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho foi usada uma população experimental resultante do cruzamento de 28 fêmeas da raça Gir com quatro touros da ral¥a Holandesa, resultando ern 150 anirnais Fl , que posterior mente foram acasalados entre si, totalizando 382 animais F2. As arnostras de DNA dos anirnais foram extrafdas a partir do sangue e do semen, e os dados genotfpicos foram obtidos at raves do seqlienciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosysterns). As analises das freqüências alélicas dos marcadores moleculares (CSSM066, ILSTS011, BMC1207, BMS2055, BL1036, BMS740 e BMS1899) foram realizadas através do software Cervus v.2.0 (Marshall et at. , 1998), onde foi calculado o número de alemos dos marcadores, com um total de 46 alelos nos sete loci estudados, com média de...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização genética; Cromossomo 14; Bovinos.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47407
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Comparação dos métodos manual e automatizado de extração de DNA no Laboratório de Genética Molecular. Repositório Alice
MARTINS, S. A. V.; FONSECA, I.; VIEIRA, F. de O.; MENDONÇA, J. F. M. de; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Material genético; Qualidade; Método automatizado.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042766
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Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P..
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Copy number variants; Gado; Cattle; Composite breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086860
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bos indicus; Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte; Gado Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009575
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplotypes; Beef cattle; Race Canchim.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946401
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Desempenho do girolando nos rebanhos do nordeste do Brasil. Infoteca-e
FREITAS, A. F. DE; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; SILVA, M. V. G. B..
2014
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Cruzamento; Rusticidade; Precocidade; Produção de leite.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/991836
Registros recuperados: 139
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