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Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Repositório Alice
NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nellore cattle; Genomic selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/987574
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Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Repositório Alice
O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J..
Signatures of selection are regions in the genome that have been preferentially increased in frequency and fixed in a population because of their functional importance in specific processes. These regions can be detected because of their lower genetic variability and specific regional linkage disequilibrium (LD) patterns. By comparing the differences in regional LD variation between dairy and beef cattle types, and between indicine and taurine subspecies, we aim at finding signatures of selection for production and adaptation in cattle breeds. The VarLD method was applied to compare the LD variation in the autosomal genome between breeds, including Angus and Brown Swiss, representing taurine breeds, and Nelore and Gir, representing indicine breeds. The...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cattle - genetic improvement; Indicine; Linkage disequilibrium; Minor allele frequency; Taurine.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006605
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Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Repositório Alice
ZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Cattle; Disease resistance; Fertility; Runs of homozygosity; Selection.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036982
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Caracterização genética de uma população experimental F2 usando marcadores moleculares no cromossomo 14 ( BTA 14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ. M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho foi usada uma população experimental resultante do cruzamento de 28 fêmeas da raça Gir com quatro touros da ral¥a Holandesa, resultando ern 150 anirnais Fl , que posterior mente foram acasalados entre si, totalizando 382 animais F2. As arnostras de DNA dos anirnais foram extrafdas a partir do sangue e do semen, e os dados genotfpicos foram obtidos at raves do seqlienciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosysterns). As analises das freqüências alélicas dos marcadores moleculares (CSSM066, ILSTS011, BMC1207, BMS2055, BL1036, BMS740 e BMS1899) foram realizadas através do software Cervus v.2.0 (Marshall et at. , 1998), onde foi calculado o número de alemos dos marcadores, com um total de 46 alelos nos sete loci estudados, com média de...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização genética; Cromossomo 14; Bovinos.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47407
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Effects of quantitative trait loci on iron content of bovine longissimus dorsi muscle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; REECY, J. M.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Fe; GWAS.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/997999
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Genetic variability of a Bos taurus x Bos indicus cross population and validation of genomic regions influencing nematode resistance. Repositório Alice
BENAVIDES, M. V.; ECHEVARRIA, F. A. M.; SONSTEGARD, T. S.; VAN TESSEL, C. P.; GASBARRE, L. C..
bitstream/item/181510/1/Benavides-et-al-2005.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Nematóide; Resistência Genética.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094168
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Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. N.; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJÓ, G. L. D.; SILVA, L. O. C.; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A..
A genome wide-association study (GWAS) for Warner-Bratzler shear force (WBSF) measured at different times of meat aging was conducted using genotype data from the Illumina BovineHD BeadChip to identify QTLs in Nelore cattle (n=442).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Gado de corte; Genome; Beef cattle; Nellore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969364
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Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle Repositório Alice
UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Race Nellore; Nellore cattle - reproductive performance; Gado de corte; Raça Canchim.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986515
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Genome-wide scan of gastrointestinal nematode resistance in closed Angus population selected for minimized influence of MHC. Repositório Alice
KIM, E. S.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GASBARRE, L. C.; TASSEL, C. P. V..
Genetic markers associated with parasite indicator traits are ideal targets for study of marker assisted selection aimed at controlling infections that reduce herd use of anthelminthics. For this study, we collected gastrointestinal (GI) nematode fecal egg count (FEC) data from post-weaning animals of an Angus resource population challenged to a 26 week natural exposure on pasture. In all, data from 487 animals was collected over a 16 year period between 1992 and 2007, most of which were selected for a specific DRB1 allele to reduce the influence of potential allelic variant effects of the MHC locus. A genome-wide association study (GWAS) based on BovineSNP50 genotypes revealed six genomic regions located on bovine Chromosomes 3, 5, 8, 15 and 27; which...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Heritability; Cattle; Genetic markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037193
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Identification and characterization of microRNAs expressed in chicken skeletal muscle. Repositório Alice
ANDREOTE, A. P. D.; ROSÁRIO, M. F. do; LEDUR, M. C.; JORGE, E. C.; SONSTEGARD, T. S.; MATUKUMALLI, L.; COUTINHO, L. L..
MicroRNAs (miRNAs, miRs) encompass a class of small non-coding RNAs that often negatively regulate gene expression. miRNAs play an essential role in skeletal muscle, determining the proper development and maintenance of this tissue. In comparison to other organs and tissues, the full set of muscle miRNAs and its expression patterns are still poorly understood. In this report, a chicken skeletal muscle miRNA library was constructed, and the expression of selected miRNAs was further characterized during muscle development in chicken lines with distinct muscling phenotypes. Clone library sequence analysis revealed 40 small RNAs with similarities to previously described chicken miRNAs, seven miRNAs that were never identified before in chicken, and some...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetica animal; Galinha; Chickens; Molecular genetics; Cell proliferation.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1012924
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Identification of genomic regions associated with backfat thickness in synthetic cattle. Repositório Alice
VERONESI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIAGO, A. C.; GROSSI, D. A.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. de A..
Canchim is a synthetic beef cattle developed in Brazil which have good growth potential and tropical adaptation but suboptimal fat deposition. There are genomic regions associated with fat deposition already described, among them the centromeric region of BTA14. The scope of this work was to identify genomic regions associated with backfat thickness in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and 1/2 Canchim + 1/2 Zebu cows) populations and to validate the association of haplotypes of the BTA14 with backfat thickness in this population. Thirty animals with extreme phenotypes were genotyped with the 54 K SNP chip, revealing 100 signifi cant SNPs contained in chromosomes 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 17, 18,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Canchim; Genômica; Beef cattle; Genomics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876696
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Identification of genomic regions associated with backfat thickness in synthetic cattle. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; OLIVEIRA, H. N.; YAMAGISHI, M. E. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
O valor comercial da carcaça bovina é determinado por alguns fatores, dentre eles destaca-se a quantidade de gordura de cobertura. Um dos objetivos do melhoramento na raça Canchim é melhorar tal característica na raça, pois esta não possui espessura de gordura desejável pelo mercado. No genoma existem muitas regiões relacionadas à deposição de gordura e, por esse motivo, estudos em larga escala, como os que utilizam chips de milhares de SNPs vêm sendo cada vez mais realizados. O objetivo desse trabalho foi verificar a existência de SNPs em animais Canchim, associados à espessura de gordura subcutânea, utilizando um chip de alta densidade de SNPs, utilizando a estratégia de amostragem dos extremos para a característica. Um mil, cento e setenta e um animais...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento animal; Região genômica; SNPS.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/660912
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Identification of genomic regions associated with backfat thickness in synthetic cattle. Repositório Alice
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIAGO, A. G.; GROSSI, D. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Canchim is a synthetic beef cattle developed in Brazil which have good growth potential and tropical adaptation but suboptimal fat deposition. There are genomic regions associated with fat deposition already described, among them the centromeric region of BTA14. The scope of this work was to identify genomic regions associated with backfat thickness in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and 1/2 Canchim + 1/2 Zebu cows) populations and to validate the association of haplotypes of the BTA14 with backfat thickness in this population. Thirty animals with extreme phenotypes were genotyped with the 54 K SNP chip, revealing 100 signifi cant SNPs contained in chromosomes 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 17, 18,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Identification of genomic; Beef cattle.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/862995
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Identification of novel loci associated with gastrointestinal parasite resistance in a Red Maasai x Dorper backcross population. Repositório Alice
BENAVIDES, M. V.; SONSTEGARD, T. S.; KEMP, S.; MUGAMBI, J. M.; GIBSON, J. P.; BAKER, R. L.; HANOTTE, O.; MARSHALL, K.; VAN TASSELL, C..
Gastrointestinal (GI) parasitic infection is the main health constraint for small ruminant production, causing loss of weight and/or death. Red Maasai sheep have adapted to a tropical environment where extreme parasite exposure is a constant, especially with highly pathogenic Haemonchus contortus. This breed has been reported to be resistant to gastrointestinal parasite infection, hence it is considered an invaluable resource to study associations between host genetics and resistance. The aim of this study was to identify polymorphisms strongly associated with host resistance in a double backcross population derived from Red Maasai and Dorper sheep using a SNP-based GWAS analysis. The animals that were genotyped represented the most resistant and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Ovelha; Nematoide; Doença animal; Sheep; Digestive system diseases; Haemonchus contortus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037157
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Mapeamento de QTLS para peso ao nascimento no cromossomo 14 de bovinos Repositório Alice
MYTATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B. da; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Produção de leite; Raças Holandesas; Marcador molécula.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47156
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Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with hith-throughput phylogenomics. Repositório Alice
DECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; CHEN, K.; COOPER, A.; VIKKI, J.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. D.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. V.; NEIBERGS, H. L.; MCEWAN, J. C.; BRAUNING, R.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; WILSON, G. A.; MCCLURE, M. C.; ROLF, M. M.; KIM, J. W.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F..
bitstream/item/178476/1/SP-19768-ID-31945.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pecoran; Ancient DNA; Ruminant; Ruminante; Domestication.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/577801
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Validation of genomic regions influencing nematode resistance in a Bos taurus x Bos indicus cross population. Repositório Alice
BENAVIDES, M. V.; ECHEVARRIA, F. A. M.; SONSTEGARD, T. S.; TASSEL, C. P. V.; GASBARRE, L. C..
bitstream/item/180982/1/digitalizar0067.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Nematóide.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093939
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