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A large-scale analysis of resistance gene analogs (RGAs) encoding NBS domains in the genus Elaeis. Repositório Alice
SANTOS, M. de L.; ALVES, G. S. C.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..
bitstream/item/171242/1/Resumo50CBFito-0637.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: E guineensis; E oleifera; NBS-LRRs; Biotic stress.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085646
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A large-scale analysis of resistance gene analogs (RGAs) encoding NBS domains in the genus Elaeis. Repositório Alice
SANTOS, M. de L.; SANTOS, M. de L.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..
bitstream/item/173848/1/CBFITO-ePoster637.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: NBS-LRR; Elaeis guineenses; Elaeis oleífera; Biotic stress.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088997
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Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita. Repositório Alice
BARBOSA, A. E.A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N., CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F..
2007
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Praga de planta; Variedade resistente.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/189517
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Análise e caracterização do gene de osmotina em cupuaçuzeiro. Repositório Alice
FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; SANTANA, R. J.; ALVES, R. M.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M.; MARCELLINO, L. H..
O cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., pertence à família Malvaceae e é nativo da região Amazônica. A cultura do cupuaçuzeiro é afetada pela doença vassoura-de-bruxa, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, provocando uma grande redução na produção de frutos. O conhecimento molecular da interação planta-patógeno é essencial para o desenvolvimento de ferramentas para o controle da doença, como por exemplo, a identificação de genótipos resistentes. Genes expressos em resposta ao ataque de patógenos são alvos de estudos desta interação. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar um deles, o gene de osmotina, em cupuaçuzeiro. Sequências anotadas do transcriptoma de frutos de cupuaçuzeiro foram avaliadas quanto à presença...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cupuaçu; Osmotina; Proteínas PR; Theobroma grandiflorum; Vassoura-de-bruxa.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/950306
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Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859
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Analysis of non-TIR NBS-LRR resistance gene analogs in Musa acuminata Colla: isolation, RFLP marker development, and physical mapping. Repositório Alice
MILLER, R. N. G.; BERTIOLI, D. J.; BAURENS, F. C.; SANTOS, C. M. R.; ALVES, P. C.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J..
bitstream/item/177893/1/SP-19674-ID-30995.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Musa acuminata Colla; Banana; Doença; Praga; Resistência.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190719
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Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G..
Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola; Transcriptome; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964212
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Analysis of the transcriptome in Aspergillus tamarii during enzymatic degradation of sugarcane bagasse. Repositório Alice
MIDORIKAWA, G. E. O.; CORREA, C. L.; NORONHA, E. F.; FERREIRA FILHO, E. X.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G..
bitstream/item/183671/1/Midorikawa-et-al-2018-Frontiers-in-Bioengineering-and-Biotechnology.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Carbohydrate-active enzymes; XlnR; Sugar transporters; ClrA; Aspergillus tamarii; Transcriptome; Lignocellulose; Bioethanol.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096563
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Caracterização e otimização de Primers SSR para B.brizantha, B.humidicola e B.decumbens. Repositório Alice
CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C.; BUSO, G. S. C..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microssatélite; Brachiaria; Polimorfismo.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067941
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Comparative root transcriptome of wild Arachis reveals NBS-LRR genes related to nematode resistance. Repositório Alice
MOTA, A. P. Z.; VIDIGAL, B.; DANCHIN, E. G. J.; TOGAWA, R. C.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; ARAUJO, A. C. G. de; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..
bitstream/item/181585/1/s12870-018-1373-7.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: X.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094204
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Complete genome sequences of six Chrysodeixis includens Nucleopolyhedrovirus isolates from Brazil and Guatemala. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; INGLIS, P. W.; GRYNBERG, P.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..
bitstream/item/180896/1/e01192-16.pdf
Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE) Palavras-chave: ChinNPV; Alphabaculovirus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060366
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Comprehensive profiling and characterization of Arachis stenosperma (peanut) and Meloidogyne arenaria (plantroot nematode) smallRNAs identified during the course of the infection. Repositório Alice
GRYNBERG, P.; GUIMARÃES, L. A.; COSTA, M. M. C.; TOGAWA, R. C.; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Meloidogyne.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1062094
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Construção de bibliotecas de ests de raízes de algodão (Gossypium hirsutum) infectadas com o nematóide de galha de raiz (Meloidogyne incognita). Repositório Alice
PAES, N. S.; VIANA, A. A. B.; LIMA, L. M.; BATISTA, J. A. N.; GUIMARÃES, L. M.; BARBOSA, A. E. A. D.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; CARNEIRO, R. M. D.G.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI-de-SÁ, M. F..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187067
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DATAMusa - a database for ortholog genes from Musa. Repositório Alice
TOGAWA, R. C.; SANTOS, C. M. R.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MARTINS, N. F..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Armazenamento de dados; Anotação de genes; Resposta ao stress; Musa acuminata; EST; Montagem; Genes transcritos.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/884025
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DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banana; DataMusa; Transcriptoma; Musa acuminata.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/175827
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Development of a suite of bioinformatics tools for the analysis and prection of membrane protein structure. Repositório Alice
TOGAWA, R. C..
This thesis describes the development of a novel approach for prediction of the three-dimensional structure of transmembrane regions of membrane proteins directly from amino acid sequence and basic transmembrane region topology.The development rationale employed involved a knowledge-based approach. Based on determined membrane protein structures, 20x20 association matrices were generated to summarise the distance associations between amino acid side chains on different alpha helical transmembrane regions of membrane proteins. Using these association matrices, combined with a knowledge-based scale for propensity for residue orientation in transmembrane segments (kPROT) (Pilpel et al., 1999), the software predicts the optimal orientations and associations of...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Bioinformatics; Proteína.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188764
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Exploring NGS, HIGS and si-RNA technologies for the control of Fusarium ear blight in wheat. Repositório Alice
MACHADO, A. K.; KING, R.; LEE , W. S.; SPARKS, C.; BROWN, N.; KANYUKA, K.; URBAN, M.; WEST, J.; YAMAZAKI-LAU, E.; TIBOLA, C. S.; LIMA, M. I. P. M.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N.; ARAGÃO, F.; NICOLLI, C. P.; DEL PONTE, E. M.; TESSMANN, D. J.; FERNANDES, J. M. C.; HAMMOND-KOSACK, K. E..
bitstream/item/174034/1/ID43314-2017p67BMS-BSPP.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Trigo; Doença de planta; Wheat; Plant diseases and disorders.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1089273
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Expressão diferencial em genótipos contrastantes de Oryza sativa para a tolerância a seca. Repositório Alice
RABELLO, A. R.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, C. M.; SALES, R. M. O. B.; SILVA, F. R.; COSTA, M. M. C.; TOGAWA, R. C.; FERREIRA, M. E.; MEHTA, A..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biologia molecular; Oryza sativa; Tolerância a seca.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188539
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First microsatellite markers developed from cupuassu ESTs: application in diversity analysis and cross-species transferability to cacao. Repositório Alice
SANTOS, L. F. dos; FREGAPANI, R. M.; FALCAO, L. L.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; LOPES, U. V.; GRAMACHO, K. P.; ALVES, R. M.; MICHELI, F.; MARCELLINO, L. H..
The cupuassu tree (Theobroma grandiflorum) (Willd. ex Spreng.) Schum. is a fruitful species from the Amazon with great economical potential, due to the multiple uses of its fruit´s pulp and seeds in the food and cosmetic industries, including the production of cupulate, an alternative to chocolate. In order to support the cupuassu breeding program and to select plants presenting both pulp/seed quality and fungal disease resistance, SSRs from Next Generation Sequencing ESTs were obtained and used in diversity analysis. From 8,330 ESTs, 1,517 contained one or more SSRs (1,899 SSRs identified). The most abundant motifs identified in the EST-SSRs were hepta- and trinucleotides, and they were found with a minimum and maximum of 2 and 19 repeats, respectively....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cupuaçu; Fruta tropical; Melhoramento genético; Cacau.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042190
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Gene expression analysis in Musa acuminata during compatible interactions with Meloidogyne incognita. Repositório Alice
CASTAÑEDA, N. E. N.; ALVES, G. S. C.; ALMEIDA, R. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SANTOS, J. R. P.; CARES, J. E.; MILLER, R. N. G..
Background and Aims: Endoparasitic root-knot nematodes (RKNs) ( Meloidogyne spp.) cause considerable losses in banana ( Musa spp.), with Meloidogyne incognita a predominant species in Cavendish sub-group bananas. This study investigates the root transcriptome in Musa acuminata genotypes 4297-06 (AA) and Cavendish Grande Naine (CAV; AAA) during early compatible interactions with M. incognita . Methods: Roots were analysed by brightfield light microscopy over a 35 d period to examine nematode penetration and morphological cell transformation. RNA samples were extracted 3, 7 and 10 days after inoculation (DAI) with nematode J2 juveniles, and cDNA libraries were sequenced using lllumina HiSeq technology. Sequences were mapped to the M. acuminata ssp....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Musa acuminata; Meloidogyne incognita; Root-knot nematode; Biotic stress; Transcriptome; Monocotyledons.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076414
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