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Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotype imputation; Canchim; FImpute; Beagle software.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988841
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Amostragem de indivíduos representativos em uma população de animais da raça Canchim aparentados e genotipados. Repositório Alice
URBINATI, I.; HIGA, R. H.; MOKRY, F. B..
O objetivo neste estudo foi avaliar diferentes métodos para selecionar uma amostra de uma população contendo animais aparentados, representando estratos de famílias, de forma que os animais selecionados representem toda a população. Utilizaram-se duas fontes de informação para o estudo. A primeira foi o arquivo de pedigree (animal, pai e mãe) constituído de 6.801 animais da raça Canchim, sendo 400 animais genotipados . A segunda foi a matriz de parentesco constituída pelos coeficientes de parentesco dos 400 animais genotipados, organizados na forma de matriz, com os animais nas linhas e colunas e os correspondentes coeficientes de parentesco dentro da matriz (BOURDON, 2000).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Amostragem de indivíduos; Animais da raça Canchim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921061
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Área de olho de lombo; Bovino de corte; Espessura de gordura subcutânea; Random forest; Ribeye area; Backfat; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946729
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados para...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Carne; Gado de corte; Espessura de gordura; Subcutânea; Randomforest.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943064
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Background: Meat quality involves many traits, such as marbling, tenderness, juiciness, and backfat thickness, all of which require attention from livestock producers. Backfat thickness improvement by means of traditional selection techniques in Canchim beef cattle has been challenging due to its low heritability, and it is measured late in an animal?s life. Therefore, the implementation of new methodologies for identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to backfat thickness are an important strategy for genetic improvement of carcass and meat quality. Results: The set of SNPs identified by the random forest approach explained as much as 50% of the deregressed estimated breeding value (dEBV) variance associated with backfat thickness,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Metabolismo lipídico; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Machine learning; Tecido adiposo subcutâneo; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Lipid metabolism; Artificial intelligence; Subcutaneous fat.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977539
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de O.; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Article 47.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/959917
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Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Genome-wide association studies provide valuable information for understanding the genetic control of complex traits in livestock. The goal of this study was to investigate the association of the BovineHD BeadChip SNP genotypes with estimated breeding values for long-yearling scrotal circumference adjusted to 420 days (SC420) in Canchim beef cattle. A total 435 SNPs were significantly associated with SC420 (10% chromosome-wise FDR), of which 30 were located in genes on chromosomes 5, 13, and 14, including HEY1, PLCG1, PAG1, ZFHX4, PEX2, FABP5, FABP12, MED30, and TRHR genes. These genes play a role in biological processes related to reproduction, fat deposition, and hormonal systems development. Future studies targeting these regions and genes could provide...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Animal breeding; Candidate gene; Canchim breed.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/993744
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Selection signatures in Canchim beef cattle Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
Background: Recent technological advances in genomics have allowed the genotyping of cattle through single nucleotide polymorphism (SNP) panels. High-density SNP panels possess greater genome coverage and are useful for the identification of conserved regions of the genome due to selection, known as selection signatures (SS). The SS are detectable by different methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the EHH. The aim of this study was to identify SS regions in Canchim cattle (composite breed), genotyped with high-density SNP panel. Results: A total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis after the genotype quality control. The iHS statistic for each...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Extended haplotype homozygosity; Gado de corte; Composite breeds; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Quantitative trait loci.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1061492
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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
bitstream/item/144539/1/Urbinati-JASB-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP; Cruzamento; Cruzamento Animal; Genótipo; Genomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047351
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The use of artificial neural networks to explore the relationship between breeding values of egg production with other phenotypic measurements in hens of a white leghorn population. Repositório Alice
NASCIMENTO, G. B.; SAVEGNAGO, R. P.; URBINATI, I.; BERNARDES, P. A.; FERRAUDO, A. S.; SCHMIDT, G. S.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Produção de ovos; Galinha para postura; Produção animal; Linhagem; Animal breeding; Reproductive traits; Egg production; Chicken eggs; White Leghorn.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970522
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