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Aceitabilidade de diferentes cultivares de milho de pipoca. Repositório Alice
CERESINO, E. B.; MINIM, V. P. R.; QUEIROZ, V. A. V.; PACHECO, C. A. P.; VIANA, J. M. S..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho de pipoca.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/491667
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Adaptabilidade e estabilidade de populações de milho-pipoca relacionadas por ciclos de seleção. Repositório Alice
FARIA, V. R.; VIANA, J. M. S.; MUNDIM, G. B.; SILVA, A. da C. e; CÂMARA, T. M. M..
Resumo ? Os objetivos deste trabalho foram estimar os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade em populações de milho-pipoca relacionadas por ciclos de seleção, inferir sobre a eficiência dos métodos de seleção pelos quais as populações foram obtidas e avaliar os efeitos da seleção sobre os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade. Vinte e cinco populações e três testemunhas comerciais foram avaliadas em 14 ensaios realizados nos anos agrícolas de 2003/2004, 2004/2005, 2006/2007, 2008/2009 e 2009/2010, em sete locais. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos completos ao acaso, com quatro repetições. Foram analisadas a capacidade de expansão, avaliada em forno de microondas e na pipocadora Metric Weight Volume Tester (MWVT), além da...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente; Ganhos genéticos; Zea mays.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883743
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Bayesian random regression threshold models for genetic evaluation of pregnancy probability in Red Sindhi heifers. Repositório Alice
OLIVEIRA, L. T. de; BONAFÉ, C. M.; SIVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; OLIVEIRA, H. R. de; MENEZES, G. R. de O.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S..
We proposed a Bayesian random regression threshold model for genetic evaluation of pregnancy probability (PP) in Red Sindhi heifers over different months. Since this breed was recently introduced in Brazil, the age of 14 months usually preconized for Nellore cattle may not reflect the reality of the fertility indicator. In this context, the pregnancy success was evaluated at other ages aiming to understand its genetic variability pattern over time. A total of 4828 phenotyped heifers belong to 657 contemporary groups were used for the analysis. The estimated connectedness was equal to 99.75% considering 6189 individuals in the final pedigree. The random regression threshold models were implemented by combining second, third and fourth order Legendre...
Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE) Palavras-chave: Heifer pregnancy; Legendre polynomials; Prenhez; Novilho; Bos indicus; Gado nelore; Zebu; Pedigree; Genetic heterogeneity.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077375
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Best linear unbiased prediction for genetic evaluation in reciprocal recurrent selection with popcorn populations. Repositório Alice
VIANA, J. M. S.; MUNDIM, G. B.; DELIMA, R. O; SILVA, F. F. E.; RESENDE, M. D. V. de.
The objective of the present study was to present the theory and application of best linear unbiased prediction (BLUP) in reciprocal recurrent selection (RRS). Seven progeny tests from two RRS programmes with popcorn (Zea mays L. ssp. mays [syn. Zea mays L. ssp. everta (Sturtev.) Zhuk.]) populations were conducted and analysed for expansion volume and grain yield. The interpopulation half- and full-sib family models were fitted using ASReml software. Half-sib selection is equivalent to selection for the general combining ability (GCA) of the common parents. With inbred full-sib progeny and BLUP analysis, it is possible to predict the general and specific combining ability effects. The standard error of prediction of the progeny effect was lower than the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pipoca; Milho; Zea maya; Espécie agrícola; Seleção recorrente; Melhoramento genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1011131
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BLUP multicaracterística na seleção entre famílias de meios-irmãos em culturas anuais. Repositório Alice
SOBREIRA, F. M.; VIANA, J. M. S.; RESENDE, M. D. V. de; FARIA, V. R..
2009
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento de plantas.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662217
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Capacidade produtiva de híbridos de famílias endogâmicas de milho (Zea mays L.), obtidos pelo método dos híbridos crípticos. Repositório Alice
LOPES, M. T. G.; VIANA, J. M. S.; LOPES, R..
Este trabalho foi idealizado com o objetivo de avaliar o potencial do método dos híbridos crípticos, a partir da análise da capacidade produtiva de híbridos de famílias endogâmicas de milho derivadas de diferentes programas de seleção recorrente recíproca de irmãos completos.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento; Milho; Zea Mays.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/678984
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Combining ability for common bacterial blight resistance in snap and dry bean (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
TRINDADE, R. dos S.; RODRIGUES, R.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; GONÇALVES, L. S. A.; VIANA, J. M. S.; SUDRÉ, C. P..
O Crestamento Bacteriano Comum (CBC), causado por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Xap) é a principal doença bacteriana na cultura do feijão-de-vagem e o controle a essa doença usando cultivares resistentes é ainda um desafio. Esse trabalho tem como objetivo estudar a capacidade a capacidade combinatória para a resistência ao CBC em genótipos de Phaseolus vulgaris. Seis genitores (dois genótipos resistentes de feijão comum ao CBC e quatro acessos suscetíveis de feijão-de-vagem) foram cruzados em um esquema de dialelo completo sem recíprocos para estimar a capacidade geral e específica de combinação para a resistência a Xap. A resistência ao CBC foi avaliada por meio da inoculação com dois isolados de Xap e a severidade avaliada a partir de quatro...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Xanthomonas axonopodis; Resistência a doença; Feijão; Doença de planta; Bactéria.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029028
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Comportamento de genótipos de milho pipoca na região Centro-Sul do Estado de São Paulo. Repositório Alice
SAWAZAKI, E.; GALLO, P. B.; CASTRO, J. L.; SAWAZAKI, H. E.; DUARTE, A.; VIANA, J. M. S.; MIRANDA, G. V.; PACHECO, C. A. P..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho pipoca; Variedade; Híbrido; Caracteres agronômicos.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/475864
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Comportamento de genótipos de milho pipoca na região Centro-Sul do Estado de São Paulo. Repositório Alice
SAWAZAKI, E.; GALLO, P. B.; CASTRO, J. L.; SAWAZAKI, H. E.; DUARTE, A.; VIANA, J. M. S.; MIRANDA, G. V.; PACHECO, C. A. P..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho pipoca; Variedade; Híbrido; Caracteres agronômicos.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/489960
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Genetic evaluation of tropical popcorn inbred lines using BLUP. Repositório Alice
VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; SCAPIM, C. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.
The objectives were to identify superior inbred lines and single-crosses, predict untested hybrids and analyze the importance of pedigree information and the prediction efficiency. We analyzed 24 experiments in the incomplete block design, including 20 tests of hybrids and 4 tests of inbred lines. The expansion volume (EV) and grain yield were measured in each plot. The analyses were made using ASReml software. Analyses of the general combining ability (GCA) effects and the additive genetic values of the inbred lines, and the genotypic values of the hybrids in relation to EV showed that no inbred line selection strategy resulted in a set of clearly superior or inferior inbred lines and hybrids. Including pedigree information resulted in an increase in the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Milho; Melhoramento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/914433
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Genomic growth curves of an outbred pig population. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; ROCHA, G. S.; DUARTE, D. A. S.; LOPES, P. S.; BRUSTOLIN, O. J. B.; THUS, S.; VIANA, J. M. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
In the current post-genomic era, the genetic basis of pig growth can be understood by assessing SNP marker effects and genomic breeding values (GEBV) based on estimates of these growth curve parameters as phenotypes. Although various statistical methods, such as random regression (RR-BLUP) and Bayesian LASSO (BL), have been applied to genomic selection (GS), none of these has yet been used in a growth curve approach. In this work, we compared the accuracies of RR-BLUP and BL using empirical weight-age data from an outbred F2 (Brazilian Piau X commercial) population. The phenotypes were determined by parameter estimates using a nonlinear logistic regression model and the halothane gene was considered as a marker for evaluating the assumptions of the GS...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; Curva de crescimento; Porco.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/983083
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Métodos de análise de dados longitudinais para o melhoramento genético da pinha. Repositório Alice
MARIGUELE, K. H.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; SILVA, F. F. e; SILVA, P. S. L. de; KNOP, F. de C..
O objetivo deste trabalho foi comparar formas de análise de medidas repetidas para o melhoramento da produção de frutos de pinha (Annona squamosa). Vinte progênies de meias?irmãs foram avaliadas por três anos (2003, 2004 e 2005) em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições, com cada parcela constituída de quatro plantas. A característica avaliada foi o número de frutos por indivíduo. Os modelos de simetria composta, de simetria composta com variâncias heterogêneas, autorregressivo com variâncias heterogêneas, e antedependência estruturada, foram analisados com o programa ASReml. A estimação dos componentes de variância e a predição dos valores genéticos foram feitas com o procedimento REML/BLUP. A comparação dos modelos foi realizada pelo teste...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Annona squamosa; Matriz de variância e covariância; REML/BLUP; Valor genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/914439
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Métodos de análise de dados longitudinais para o melhoramento genético da pinha. Repositório Alice
MARIGUELE, K. H.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; SILVA, F. F. e; SILVA, P. S. L. de; KNOP, F. de C..
O objetivo deste trabalho foi comparar formas de análise de medidas repetidas para o melhoramento da produção de frutos de pinha (Annona squamosa). Vinte progênies de meias-irmãs foram avaliadas por três anos (2003, 2004 e 2005) em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições, com cada parcela constituída de quatro plantas. A característica avaliada foi o número de frutos por indivíduo. Os modelos de simetria composta, de simetria composta com variâncias heterogêneas, autorregressivo com variâncias heterogêneas, e antedependência estruturada, foram analisados com o programa ASReml. A estimação dos componentes de variância e a predição dos valores genéticos foram feitas com o procedimento REML/BLUP. A comparação dos modelos foi realizada pelo teste...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Annona squamosa; Akaike; Matriz de variância e covariância; Medidas repetidas; REML/BLUP; Valores genéticos.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/916486
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Métodos estatísticos na seleção genômica ampla. Infoteca-e
RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; PETERNELLI, L. A.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; DEL VALLE, P. M..
2011
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento vegetal; Melhoramento animal; Marcador genético; Medição; Método estatístico; Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921002
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New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de.
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic prediction; Accuracy estimator; Cross-validation; Manihot esculenta; Mandioca; Melhoramento vegetal; Cassava; Plant breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072711
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Population structure correction for genomic selection through eigenvector covariates. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F..
We proposed a population structure correction for genome-wide selection based on covariance analysis via eigenvector (EVG) decomposition. The agreement between the predicted and true breeding values was evaluated by independent cross-validation data sets. Other correction methods such as correction via principal components, best linear unbiased prediction, and deregressed phenotype were also evaluated. Based on different simulation scenarios, the proposed EVG out performed the other methods in the prediction of accuracy.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mendelian segregation; Deregressed phenotype; Short-term genomic prediction; Principal component.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084041
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Regularized quantile regression applied to genome-enabled prediction of quantitative traits. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D.; NASCIMENTO, A. C. C.; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; BARROSO, L. M. A..
Genomic selection (GS) is a variant of marker-assisted selection, in which genetic markers covering the whole genome predict individual genetic merits for breeding. GS increases the accuracy of breeding values (BV) prediction. Although a variety of statistical models have been proposed to estimate BV in GS, few methodologies have examined statistical challenges based on non-normal phenotypic distributions, e.g., skewed distributions. Traditional GS models estimate changes in the phenotype distribution mean, i.e., the function is defined for the expected value of trait-conditional on markers, E(Y|X). We proposed an approach based on regularized quantile regression (RQR) for GS to improve the estimation of marker effects and the consequent genomic estimated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic selection; Regularized regression; SNP effects; Estatística; Marker-assisted selection; Simulation models; Statistics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084109
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Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P..
Background: A complete approach for genome-wide selection (GWS) involves reliable statistical genetics models and methods. Reports on this topic are common for additive genetic models but not for additive-dominance models. The objective of this paper was (i) to compare the performance of 10 additive-dominance predictive models (including current models and proposed modifications), fitted using Bayesian, Lasso and Ridge regression approaches; and (ii) to decompose genomic heritability and accuracy in terms of three quantitative genetic information sources, namely, linkage disequilibrium (LD), co-segregation (CS) and pedigree relationships or family structure (PR). The simulation study considered two broad sense heritability levels (0.30 and 0.50, associated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Modelo Bayesiano; Genética quantitativa; Melhoramento genético; Parâmetro genético; Dominance genomic models; Bayesian methods; Lasso methods; Selection accuracy.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022575
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Seleção recorrente recíproca na obtenção de híbridos interpopulacionais de milho-pipoca. Repositório Alice
FARIA, V. R.; VIANA, J. M. S.; SOBREIRA, F. M.; SILVA, A. C. e..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência da seleção recorrente recíproca em produzir híbridos de milho-pipoca (Zea mays) de progênies endógamas superiores, com famílias de irmãos-completos. O programa de seleção recorrente recíproca envolveu as populações de milho-pipoca 'Viçosa' e 'Beija-Flor'. Os testes dos híbridos S0xS0 e S1xS1 foram conduzidos em delineamento látice, nos anos agrícolas de 2002/2003 e 2004/2005. Os dois ensaios incluíram testemunhas comerciais comuns, que permitiram a comparação do desempenho dos híbridos. Analisaram-se a produtividade e a capacidade de expansão. Foram preditos ganhos direto e indireto com a seleção em capacidade de expansão, avaliada em pipoqueira de ar quente e na pipocadora "Metric Weight Volume Tester"....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Zea mays; Famílias de irmãos-completos interpopulacionais; Ganho genético; Método dos híbridos crípticos.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/125711
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Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding. Repositório Alice
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; OLIVEIRA, E. J. de.
Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: G-BLUP; BLASSO; Genomic prediction; Genomic heritability; Quantitative genetics theory; Molecular markers; Herdabilidade genômica; Predição genômica; Genética quantitativa; Ridge; Marcador Molecular; Prediction.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110879
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