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Aceitabilidade de diferentes cultivares de milho de pipoca. Repositório Alice
CERESINO, E. B.; MINIM, V. P. R.; QUEIROZ, V. A. V.; PACHECO, C. A. P.; VIANA, J. M. S..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho de pipoca.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/491667
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Adaptabilidade e estabilidade de populações de milho-pipoca relacionadas por ciclos de seleção. Repositório Alice
FARIA, V. R.; VIANA, J. M. S.; MUNDIM, G. B.; SILVA, A. da C. e; CÂMARA, T. M. M..
Resumo ? Os objetivos deste trabalho foram estimar os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade em populações de milho-pipoca relacionadas por ciclos de seleção, inferir sobre a eficiência dos métodos de seleção pelos quais as populações foram obtidas e avaliar os efeitos da seleção sobre os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade. Vinte e cinco populações e três testemunhas comerciais foram avaliadas em 14 ensaios realizados nos anos agrícolas de 2003/2004, 2004/2005, 2006/2007, 2008/2009 e 2009/2010, em sete locais. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos completos ao acaso, com quatro repetições. Foram analisadas a capacidade de expansão, avaliada em forno de microondas e na pipocadora Metric Weight Volume Tester (MWVT), além da...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente; Ganhos genéticos; Zea mays.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883743
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Avaliação de progênies obtidas de cruzamentos de descendentes do híbrido de timor com as Cultivares Catuaí Vermelho e Catuaí Amarelo. Repositório Alice
BONOMO, P.; CRUZ, C. D.; VIANA, J. M. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, V. R.; CARNEIRO, P. C. S..
bitstream/item/208508/1/21370.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Híbrido de Timor; Cultivar Catuaí Vermelho; Cultivar Catuaí Amarelo; Coffea Arábica; Café; Melhoramento; Progênie.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/779062
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Bayesian model combining linkage and linkage disequilibrium analysis for low density-based genomic selection in animal breeding. Repositório Alice
SILVA, F. F.; JEREZ, E. A. Z.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; NASCIMENTO, M.; LIMA, R. O. de; GUIMARÃES, S. E. F..
We combined linkage (LA) and linkage disequilibrium (LDA) analyses (emerging the term ?LALDA?) for genomic selection (GS) purposes. The models were fitted to a simulated dataset and to a real data of feed conversion ratio in pigs. Firstly, the significant QTLs (quantitative trait locus) were identified through LA-based mixed models considering the QTL-genotypes as random effects by means of genotypic identity by descent matrix. This matrix was calculated at the positions of significant QTLs (based on LA) allowing to include the QTL-genotype effects additionally to SNP (single nucleotide polymorphism) markers (based on LDA) and additive polygenic effects in several GS models (Bayesian Ridge Regression ? BRR; Bayes A ? BA; Bayes B ? BB; Bayes C ? BC and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: X.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093541
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Bayesian random regression threshold models for genetic evaluation of pregnancy probability in Red Sindhi heifers. Repositório Alice
OLIVEIRA, L. T. de; BONAFÉ, C. M.; SIVA, F. F. e; VENTURA, H. T.; OLIVEIRA, H. R. de; MENEZES, G. R. de O.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S..
We proposed a Bayesian random regression threshold model for genetic evaluation of pregnancy probability (PP) in Red Sindhi heifers over different months. Since this breed was recently introduced in Brazil, the age of 14 months usually preconized for Nellore cattle may not reflect the reality of the fertility indicator. In this context, the pregnancy success was evaluated at other ages aiming to understand its genetic variability pattern over time. A total of 4828 phenotyped heifers belong to 657 contemporary groups were used for the analysis. The estimated connectedness was equal to 99.75% considering 6189 individuals in the final pedigree. The random regression threshold models were implemented by combining second, third and fourth order Legendre...
Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE) Palavras-chave: Heifer pregnancy; Legendre polynomials; Prenhez; Novilho; Bos indicus; Gado nelore; Zebu; Pedigree; Genetic heterogeneity.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077375
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Best linear unbiased prediction for genetic evaluation in reciprocal recurrent selection with popcorn populations. Repositório Alice
VIANA, J. M. S.; MUNDIM, G. B.; DELIMA, R. O; SILVA, F. F. E.; RESENDE, M. D. V. de.
The objective of the present study was to present the theory and application of best linear unbiased prediction (BLUP) in reciprocal recurrent selection (RRS). Seven progeny tests from two RRS programmes with popcorn (Zea mays L. ssp. mays [syn. Zea mays L. ssp. everta (Sturtev.) Zhuk.]) populations were conducted and analysed for expansion volume and grain yield. The interpopulation half- and full-sib family models were fitted using ASReml software. Half-sib selection is equivalent to selection for the general combining ability (GCA) of the common parents. With inbred full-sib progeny and BLUP analysis, it is possible to predict the general and specific combining ability effects. The standard error of prediction of the progeny effect was lower than the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pipoca; Milho; Zea maya; Espécie agrícola; Seleção recorrente; Melhoramento genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1011131
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BLUP multicaracterística na seleção entre famílias de meios-irmãos em culturas anuais. Repositório Alice
SOBREIRA, F. M.; VIANA, J. M. S.; RESENDE, M. D. V. de; FARIA, V. R..
2009
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento de plantas.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662217
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Capacidade produtiva de híbridos de famílias endogâmicas de milho (Zea mays L.), obtidos pelo método dos híbridos crípticos. Repositório Alice
LOPES, M. T. G.; VIANA, J. M. S.; LOPES, R..
Este trabalho foi idealizado com o objetivo de avaliar o potencial do método dos híbridos crípticos, a partir da análise da capacidade produtiva de híbridos de famílias endogâmicas de milho derivadas de diferentes programas de seleção recorrente recíproca de irmãos completos.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento; Milho; Zea Mays.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/678984
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Combining ability for common bacterial blight resistance in snap and dry bean (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
TRINDADE, R. dos S.; RODRIGUES, R.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; GONÇALVES, L. S. A.; VIANA, J. M. S.; SUDRÉ, C. P..
O Crestamento Bacteriano Comum (CBC), causado por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Xap) é a principal doença bacteriana na cultura do feijão-de-vagem e o controle a essa doença usando cultivares resistentes é ainda um desafio. Esse trabalho tem como objetivo estudar a capacidade a capacidade combinatória para a resistência ao CBC em genótipos de Phaseolus vulgaris. Seis genitores (dois genótipos resistentes de feijão comum ao CBC e quatro acessos suscetíveis de feijão-de-vagem) foram cruzados em um esquema de dialelo completo sem recíprocos para estimar a capacidade geral e específica de combinação para a resistência a Xap. A resistência ao CBC foi avaliada por meio da inoculação com dois isolados de Xap e a severidade avaliada a partir de quatro...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Xanthomonas axonopodis; Resistência a doença; Feijão; Doença de planta; Bactéria.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029028
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Comportamento de genótipos de milho pipoca na região Centro-Sul do Estado de São Paulo. Repositório Alice
SAWAZAKI, E.; GALLO, P. B.; CASTRO, J. L.; SAWAZAKI, H. E.; DUARTE, A.; VIANA, J. M. S.; MIRANDA, G. V.; PACHECO, C. A. P..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho pipoca; Variedade; Híbrido; Caracteres agronômicos.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/475864
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Comportamento de genótipos de milho pipoca na região Centro-Sul do Estado de São Paulo. Repositório Alice
SAWAZAKI, E.; GALLO, P. B.; CASTRO, J. L.; SAWAZAKI, H. E.; DUARTE, A.; VIANA, J. M. S.; MIRANDA, G. V.; PACHECO, C. A. P..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho pipoca; Variedade; Híbrido; Caracteres agronômicos.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/489960
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Genetic evaluation of tropical popcorn inbred lines using BLUP. Repositório Alice
VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; SCAPIM, C. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.
The objectives were to identify superior inbred lines and single-crosses, predict untested hybrids and analyze the importance of pedigree information and the prediction efficiency. We analyzed 24 experiments in the incomplete block design, including 20 tests of hybrids and 4 tests of inbred lines. The expansion volume (EV) and grain yield were measured in each plot. The analyses were made using ASReml software. Analyses of the general combining ability (GCA) effects and the additive genetic values of the inbred lines, and the genotypic values of the hybrids in relation to EV showed that no inbred line selection strategy resulted in a set of clearly superior or inferior inbred lines and hybrids. Including pedigree information resulted in an increase in the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Milho; Melhoramento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/914433
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Genomic evaluation for novel stayability traits in Nellore cattle. Repositório Alice
RAMOS, P. V. B.; SILVA, F. F. e; SILVA, L. O. C. da; SANTIAGO, G. G.; MENEZES, G. R. de O.; VIANA, J. M. S.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; GONDO, A.; LUIZ F. BRITO.
Cow stayability plays a major role on the overall profitability of the beef cattle industry, as it is directly related to reproductive efficiency and cow's longevity. Stayability (STAY63) is usually defined as the ability of the cow to calve at least three times until 76 months of age. This is a late-measured and lowly heritable trait, which consequently constrains genetic progress per time unit. Thus, the use of genomic information associated with novel stayability traits measured earlier in life will likely result in higher prediction accuracy and faster genetic progress for cow longevity. In this study, we aimed to compare pedigree-based and single-step GBLUP (ssGBLUP) methods as well as to estimate genetic correlations between the proposed stayability...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cow fertility; Genomic selection; Threshold model; Longevity; Reproductive traits.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1120235
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Genomic growth curves of an outbred pig population. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; ROCHA, G. S.; DUARTE, D. A. S.; LOPES, P. S.; BRUSTOLIN, O. J. B.; THUS, S.; VIANA, J. M. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
In the current post-genomic era, the genetic basis of pig growth can be understood by assessing SNP marker effects and genomic breeding values (GEBV) based on estimates of these growth curve parameters as phenotypes. Although various statistical methods, such as random regression (RR-BLUP) and Bayesian LASSO (BL), have been applied to genomic selection (GS), none of these has yet been used in a growth curve approach. In this work, we compared the accuracies of RR-BLUP and BL using empirical weight-age data from an outbred F2 (Brazilian Piau X commercial) population. The phenotypes were determined by parameter estimates using a nonlinear logistic regression model and the halothane gene was considered as a marker for evaluating the assumptions of the GS...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; Curva de crescimento; Porco.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/983083
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Métodos de análise de dados longitudinais para o melhoramento genético da pinha. Repositório Alice
MARIGUELE, K. H.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; SILVA, F. F. e; SILVA, P. S. L. de; KNOP, F. de C..
O objetivo deste trabalho foi comparar formas de análise de medidas repetidas para o melhoramento da produção de frutos de pinha (Annona squamosa). Vinte progênies de meias?irmãs foram avaliadas por três anos (2003, 2004 e 2005) em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições, com cada parcela constituída de quatro plantas. A característica avaliada foi o número de frutos por indivíduo. Os modelos de simetria composta, de simetria composta com variâncias heterogêneas, autorregressivo com variâncias heterogêneas, e antedependência estruturada, foram analisados com o programa ASReml. A estimação dos componentes de variância e a predição dos valores genéticos foram feitas com o procedimento REML/BLUP. A comparação dos modelos foi realizada pelo teste...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Annona squamosa; Matriz de variância e covariância; REML/BLUP; Valor genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/914439
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Métodos de análise de dados longitudinais para o melhoramento genético da pinha. Repositório Alice
MARIGUELE, K. H.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; SILVA, F. F. e; SILVA, P. S. L. de; KNOP, F. de C..
O objetivo deste trabalho foi comparar formas de análise de medidas repetidas para o melhoramento da produção de frutos de pinha (Annona squamosa). Vinte progênies de meias-irmãs foram avaliadas por três anos (2003, 2004 e 2005) em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições, com cada parcela constituída de quatro plantas. A característica avaliada foi o número de frutos por indivíduo. Os modelos de simetria composta, de simetria composta com variâncias heterogêneas, autorregressivo com variâncias heterogêneas, e antedependência estruturada, foram analisados com o programa ASReml. A estimação dos componentes de variância e a predição dos valores genéticos foram feitas com o procedimento REML/BLUP. A comparação dos modelos foi realizada pelo teste...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Annona squamosa; Akaike; Matriz de variância e covariância; Medidas repetidas; REML/BLUP; Valores genéticos.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/916486
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Métodos estatísticos na seleção genômica ampla. Infoteca-e
RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; PETERNELLI, L. A.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; DEL VALLE, P. M..
2011
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento vegetal; Melhoramento animal; Marcador genético; Medição; Método estatístico; Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921002
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New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de.
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic prediction; Accuracy estimator; Cross-validation; Manihot esculenta; Mandioca; Melhoramento vegetal; Cassava; Plant breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072711
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New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods. Repositório Alice
LIMA L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; SUELA, M. M.; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S..
Genome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction methods. In this study a new non-parametric method, called Delta-p was proposed, which was then compared to the Genomic Best Linear Unbiased Predictor (G-BLUP) method. Furthermore, a new selection index combining the genetic values obtained by the G-BLUP and Delta-p, named Delta-p/G-BLUP methods, was proposed. The efficiency of the proposed methods was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic prediction; Genetic gain; Asian rice; Oryza Sativa; Arroz; Selection index.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110406
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Population structure correction for genomic selection through eigenvector covariates. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F..
We proposed a population structure correction for genome-wide selection based on covariance analysis via eigenvector (EVG) decomposition. The agreement between the predicted and true breeding values was evaluated by independent cross-validation data sets. Other correction methods such as correction via principal components, best linear unbiased prediction, and deregressed phenotype were also evaluated. Based on different simulation scenarios, the proposed EVG out performed the other methods in the prediction of accuracy.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mendelian segregation; Deregressed phenotype; Short-term genomic prediction; Principal component.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084041
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