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An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H..
In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1519
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005
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BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A..
Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tecnologias Java EE; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; PostgreSQL; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Databases; Single nucleotide polymorphism; Genotype; Phenotype.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083373
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1327
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Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. Repositório Alice
HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R..
Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Erros de montagem em genomas; Bioinformática; Genome; Bioinformatics; Bos taurus.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876201
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GMP- RAM V1.1: Uma proposta de software como sistema de suporte à decisão para avaliação de risco de plantas geneticamente modificadas. Repositório Alice
JESUS, K. R. E. de; VIEIRA, F. D.; LIMA, D. U. de.
Um passo essencial no desenvolvimento de produtos baseados em plantas geneticamente modificadas (PGM) é a avaliação da sua segurança, incluindo a avaliação do seu impacto potencial, e das práticas relacionadas ao seu cultivo, no meio ambiente, na saúde humana e animal, de modo comparativo com variedades convencionais, sem a modificação genética. Apesar da importância da avaliação de risco, o GMP-RAM é a primeira ferramenta eletrônica de suporte à decisão para a avaliação do risco relacionado ao uso dos transgênicos. Comparado com a siatuação atual de análise dos transgênicos, o uso deste software pode resultar num processo menos subjetivo e mais transparente para a avaliação de risco como apoio a tomada de decisão.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biossegurança; Planta transgênica.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/15681
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GMP- RAM V1.1: Uma proposta de software como sistema de suporte à decisão para avaliação de risco de plantas geneticamente modificadas. Repositório Alice
JESUS, K. R. E. de; VIEIRA, F. D.; LIMA, D. U. de.
2007
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biossegurança; Planta transgênica.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/15758
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GMP-RAM v1.1: a proposed software tool to support the method for risk assessment of genetically modified plants. Repositório Alice
JESUS, K. R. E. de; VIEIRA, F. D.; LIMA, D. U. de.
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: OGM; Software.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027290
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Guia de instalação do Ganglia. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Ganglia Monitoring Daemon (gmond). Ganglia Meta Daemon (gmetad). Ganglia PHP Web Front-end. Instalação. Regras de Firewall. Configuração de um cluster. Multicast. Unicast. Configuração de múltiplos clusters.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Computação em nuvem; Cluster; Sistemas distribuídos.
Ano: 2012 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/952842
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Laboratório avançado multiusuário de bioinformática da Embrapa. Repositório Alice
KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P.; SILVA, F. R. da; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos..
Apresentamos aqui a proposta de implementação de um Laboratório Multiusuário de Bioinformática, reunindo diversas unidades e competências da Embrapa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Laboratório multiusuário; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876188
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Manual do Sistema Bife de Qualidade: verão 1.0. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
O presente trabalho foi elaborado a fim de que os usuários que utilizam o Sistema Bife de Qualidade pudessem consultar um manual de uso das ferramentas do sistema sempre que tivessem dúvidas em relação ao uso do mesmo. A vantagem de um manual de uso é que se consegue explicitar as principais funcionalidades do sistema sem exibir, no entanto, um texto abrangente e cansativo de ser lido. As diversas informações obtidas durante o desenvolvimento do sistema, tais como as coletadas em entrevistas com os principais usuários do sistema, foram consideradas na elaboração deste trabalho. Sendo assim, o objetivo do manual é reunir, de forma clara e objetiva, todas as funcionalidades fornecidas pelo Sistema Bife de Qualidade, de tal modo que os usuários possam...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sistema Bife de Qaulidade; Manual de uso; Linguagem JAVA; Bioinformática; Tecnologia da informação.
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31861
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Metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para suporte à certificação de raças de ovinos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; PAIVA, S. R..
O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia baseada em técnicas de mineração de dados para selecionar os principais marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) para as raças de ovinos: Crioula, Morada Nova e Santa Inês. Os dados utilizados foram obtidos do Consórcio Internacional de Ovinos e são compostos por 72 animais das raças citadas, e cada animal possui 49.034 marcadores SNP. Considerando que o número de atributos (marcadores) é muito maior que o de observações (animais), foram aplicadas as técnicas de predição LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator), Random Forest e Boosting para a geração de modelos preditivos que incorporam métodos de seleção de atributos. Os resultados revelaram que os modelos preditivos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Seleção de atributos; Modelos preditivos; Regressão penalizada; Feature selection; Predictive modeling; Penalized regression; Single nucleotide polymorphism; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036157
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Mineração de dados: conceitos e um estudo de caso sobre certificação racial de ovinos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M..
Descoberta de conhecimento em banco de dados. Tarefas e técnicas de mineração de dados. Modelo do processo de descoberta de conhecimento em bases de dados. Estudo de caso. Modelagem para certificação racial de ovinos.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Mineração de dados; Ovinos; Certificação; Data mining; Databases; Sheep.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010764
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PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Repositório Alice
FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G..
Abstract. PDB-Metrics (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/pdb_metrics/index.html) is a component of the Diamond STING suite of programs for the analysis of protein sequence, structure and function. It summarizes the characteristics of the collection of protein structure descriptions deposited in the Protein Data Bank (PDB) and provides a Web interface to search and browse the PDB, using a variety of alternative criteria. PDB-Metrics is a powerful tool for bioinformaticians to examine the data span in the PDB from several perspectives. Although other Web sites offer some similar resources to explore the PDB contents, PDB-Metrics is among those with the most complete set of such facilities, integrated into a single Web site. This program has been developed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados de proteína; PDB data distribution statistics; Protein Data Bank; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8264
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Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Infoteca-e
GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3012
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3002
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Shells do Unix: tutorial. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
2009
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Unix; Sistema operacional; Programação.
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662765
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Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Repositório Alice
OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Abstract. An effective strategy for managing protein databases is to provide mechanisms to transform raw data into consistent, accurate and reliable information. Such mechanisms will greatly reduce operational inefficiencies and improve one's ability to better handle scientific objectives and interpret the research results. To achieve this challenging goal for the STING project, we introduce Sting_RDB, a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. In this article, we highlight the main features of Sting_RDB and show how a user can explore it for efficient and biologically relevant queries. Considering its importance for molecular biologists, effort has been made to advance Sting_RDB...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Análise de estrutura de proteínas; Mineração de dados; Base de dados Sting; Data mining; Data warehousing; Proteína; Bioinformatics; Proteins; Databases.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/814
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Testes automatizados no sistema BDGF com Arquillian e Junit. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Durante o desenvolvimento do sistema Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF), que é um sistema desenvolvido com recursos do Java EE, optou-se por utilizar o Arquillian em conjunto com o JUnit para criação do ambiente de testes automatizados. Neste documento, será mostrado como configurar os arquivos necessários para execução desses frameworks e também como criar um arquivo de testes numa classe de negócio nesse ambiente
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java EE; Teste de interface; Servidor de aplicação; Selenium; Java Server Faces.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1082036
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The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Repositório Alice
NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M..
ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, designed to add key advantages to the whole suite: 1) availability for most popular platforms and browsers, 2) introduction of the STING_DB quality assessment, 3) improvement in algorithms for calculation of three STING parameters, 4) introduction of five new STING modules, and 5) expansion of the existing modules. Star STING is freely accessible at: http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/, http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS, http://www.es.embnet.org/SMS/, http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/SMS/ and http://www.ar.embnet.org/SMS.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteina; Protein structure analysis; Sting; Per-residue structure descriptors; Topology similarity; Structure summaries; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9170
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