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Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix. Repositório Alice
SANTANA, M. F.; ZAMBOLIM, E. M.; OLIVEIRA, L. O. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Haplótipos; ITS (Internal transcribed spacer); RDNA; Diversidade genética.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906053
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Avaliação da resistência de cultivares de café à raça II de Hemileia vastatrix Berk. et Br. Repositório Alice
CAPUCHO, A. S.; ZAMBOLIM, L.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; FRANCHINI, E. de A.; PEREIRA, A. A..
A ferrugem do cafeeiro, causada por Hemileia vastatrix, pode ser controlada eficientemente pela utilização de cultivares resistentes. A resistência vertical (qualitativa) é oligogênica, e é governada por poucos genes podendo segregar para suscetibilidade a raça II se controlada por poucos genes e, por isso, com resistência não durável anulada pelo surgimento de novas raças. Assim, o conhecimento da segregação para suscetibilidade à raça II torna-se importante em patossistemas em que o patógeno apresenta alta variabilidade como H. vastatrix. Como algumas variedades lançadas como resistentes já estão sendo atacadas pela ferrugem, este trabalho objetivou avaliar 25 cultivares de café lançados como resistentes quanto à segregação para a sucetibilidade à raça...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cultivar resistente; Resistência vertical; Resistência durável; Teste de resistência.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906080
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Breeding potential and genetic diversity of "híbrido do timor" coffee evaluated by molecular markers. Repositório Alice
SETOTAW, T. A.; CAIXETA, E. T.; PENA, G F.; ZAMBOLIM, E. M.; PEREIRA, A. A..
AFLP, RAPD and SSR molecular markers were used to study the genetic diversity and genetic structure of the Híbrido de Timor germplasm. The principal coordinate analysis, UPGMA cluster analysis based on genetic dissimilarity of Jaccard, Bayesian model-based cluster analysis, percentage of polymorphic loci, Shannon?s information index and Nei gene diversity were employed to assess the genetic diversity. The analyses demonstrated a high genetic diversity among Híbrido de Timor accessions. UPGMA and Bayesian cluster analyses grouped the accessions into three clusters. The genetic structure of Híbrido de Timor is reported. The management of Híbrido de Timor germplasm variability and its potential use in breedin programs are discussed.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffee breeding; DNA markers; Rust resistance; Bayesian analysis; Principal coordinate analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880496
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Caracterização da resistência genética do híbrido de Timor UFV 427-15 à ferrugem do cafeeiro. Repositório Alice
CAIXETA, E. T.; RUFINO, R. J. N.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L..
2003
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Herança da resistência; Resistência a ferrugem do cafeeiro; Hemileia vastatrix.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908995
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Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de híbrido de Timor. Repositório Alice
BARBOSA, J. C.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; CAPUCHO, A. S.; RUFINO, R. N.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Herança da resistência; Resistência vertical e horizontal; Melhoramento do cafeeiro.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909268
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Caracterização de raças fisiológicas de Hemileia vastatrix. Repositório Alice
LELIS, T. de P.; ZAMBOLIM, E. M.; PAIXÃO, G. P. da; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Até o ano de 1983, eram conhecidas no Brasil as raças I, II, III, X, XV, XVII e XXIV de Hemileia vastatrix. Desde então, e apesar da suplantação da resistência de variedades de cafeeiros por novas raças do patógeno, nenhum outro estudo de caracterização foi realizado. Para conhecer as raças de H. vastatrix que ocorrem nas lavouras comerciais e experimentais de cafeeiros foram coletadas 150 amostras de ferrugem em genótipos susceptíveis e resistentes nos estados de Minas Gerais, Espírito Santo São Paulo e Paraná. Em nove, das 150 amostras que estão sendo caracterizadas, foram identificadas, neste trabalho, as raças I (v2,5) em amostra proveniente do Híbrido de Timor, e a II (v5) e III (v1,5) em derivados de C. arábica. A raça II prevaleceu sobre a I e III,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: H. vastatrix; Coffea spp.; Raça fisiológica.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903689
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Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genoma; Bioinformática.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903963
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Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem. Repositório Alice
SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Os ganhos alcançados com o melhoramento genético do cafeeiro no Brasil resultaram na obtenção de cultivares com potencial produtivo muito superior ao das cultivares tradicionais. Atualmente, 123 cultivares de C. arabica estão registradas, destas oito são protegidas. Para que uma cultivar possa ser registrada e ou protegida é obrigatório que ela seja distinta, homogênea e estável (DHE). Na comprovação de DHE de uma cultivar são usados descritores mínimos, sendo que os marcadores morfológicos tem sido os mais utilizados. No entanto, as cultivares comerciais são cada vez mais próximas fenotipicamente, o que dificulta a discriminação precisa desses materiais por meio desses descritores. Assim sendo, uma alternativa que venha auxiliar nos testes de DHE é de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento do cafeeiro; Marcador SSR; Fingerprinting de cultivares.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975905
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Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; In silico; Mineração de dados; ESTs; Classificação funcional; Doença de planta..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903148
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Coeficiente de parentesco entre cultivares de café arábica. Repositório Alice
SETOTAW, T. A.; PEREIRA, A. A.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SAKIYAMA, N. S..
A diversidade genética em 44 cultivares de café arábica foi analisada com base no coeficiente de parentesco. O valor médio do coeficiente de parentesco foi alto, indicando a baixa diversidade genética das cultivares brasileiras de café. Por outro lado, a análise do coeficiente de parentesco ao longo de vários períodos indicou que, como resultado do trabalho dos programas de melhoramento, a diversidade genética das cultivares disponíveis aos produtores aumentou nas últimas duas décadas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coeficiente de parentesco; Diversidade genética.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903688
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Colletotrichum gloeosporioides E C. boninense associados à antracnose do café no Brasil. Repositório Alice
FREITAS, R. L.; ZAMBOLIM, E. M.; LELIS, D. T.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Colletotrichum gloeosporioides sempre esteve associado ao sintoma de antracnose do cafeeiro, embora não tenha sido possível provar a sua patogenicidade à planta. Em 2010, de amostras de Coffea spp. do Espírito Santo e Bahia, foi isolado, além de C. gloeosporioides, um Colletotrichum com características morfológicas diferentes (colônia branca a róseo-alaranjada, com halos concêntricos escuros). A identificação da espécie foi feita pela amplificação da região ITS (internal transcribed spacer) do rDNA com o primer universal ITS4 em combinação com os primers CaInt2, CgInt e Col1, específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e C. boninense, respectivamente. Os primers ITS4 e Col1 amplificaram um produto único de aproximadamente 500pb, esperado para C....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Patogenicidade; Antracnose; Coffea arabica; Colletotrichum gloeosporioides; C. boninense.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903981
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Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SOUZA, F. de F.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZABOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
The genetic variability characterization of the accessions of the germplasm collection, using molecular markers, is being applied as a complementary strategy to the traditional approaches to redefine the plant genetic resources. In this study, we compared the informativeness and efficiency of the molecular markers RAPD, AFLP and SSR in the analysis of 94 accessions of Coffea canephora germplasm held by the breeding program of the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Rondonia State, Brazil. For this, we considered the marker?s discriminatory power and level of polymorphism detected and also the genetic relationships and clustering (dendrogram) analysis. The RAPD marker yielded low-quality data and problems in the discrimination of some...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AFLP; SSR; RAPD; Genetic relationships; Robusta coffee; Café; Melhoramento genético; Coffee.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088232
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Development and validation of SSR markers for Coffea arabica L. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
With the objective of developing new SSR markers for Coffea arabica, two enriched genomic libraries with probes (GT)15 and (AGG)10 were constructed. A total of 835 clones were sequenced and 756 presented good quality sequences. Redundant sequences were observed for 113 clones (14.94%). SSRs were found in 287 clones (38%). An estimated size of 417.5Kb of the C. arabica genome was sampled, with an average of one SSR per 1.46Kb. Dinucleotide repeats were more frequent than trinucleotides. Four repeat sequences, (AG/CT)n, (AC/GT)n, (AAG/CTT)n, and (AGG/CCT)n represented 61.1% of the total observed. A total of 96 SSR primers were designed and tested by PCR for two C. arabica genotypes. Ninety new SSR markers were validated for further genetic studies of C....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SSR marker; Enriched genomic library; Coffee; Molecular marker.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880403
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Diversidade genética de cafeeiro por meio de marcadores EST-SSR. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; RIBEIRO, A. P.; MOURA, E. F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética entre diferentes genótipos de cafeeiro do programa de melhoramento genético da UFV/EPAMIG, por meio de marcadores EST-SSR. Foram avaliados 17 pares de primers SSR desenhados a partir das seqüências EST (Expressed Sequence Tags) do Projeto Brasileiro do Genoma Café. A diversidade genética foi avaliada por meio da análise de agrupamento UPGMA, gerado pela matriz de distância e similaridade genética de Jaccard. Os genótipos também foram agrupados, para avaliar a distância e diversidade entre e dentro das populações. Os 17 pares de primers EST-SSR apresentaram 100% de polimorfismo entre todos os genótipos avaliados, com um número médio de alelos por loco de 5,1. Embora grande parte das variedades...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores de DNA; Coffea; Agrupamento UPGMA; Amova.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906290
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Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O germoplasma de café canéfora (Coffea canephora), cultivado comercialmente ou conservado nas instituições brasileiras de pesquisa agropecuária, apresenta ampla variabilidade fenotípica, todavia são escassos os estudos que comparam acessos de diferentes coleções. Assim, esse trabalho objetivou avaliar a diversidade genética do germoplasma de C. canephora oriundo de distintas instituições de pesquisa, usando marcadores microssatélites. Foram avaliados 128 acessos de C. canephora, conservados na Estação Experimental da Embrapa Rondônia, em Ouro Preto do Oeste-RO, provenientes dos Bancos de Germoplasma (BAGs) do lAC (43 acessos), EPAMIG/UFV (11 acessos), INCAPER (39 acessos) e de coletas em áreas de cultivo no próprio Estado (35 acessos). Acessos de C....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Melhoramento genético; Recursos genéticos; Germoplasma; Diversidade genética; Café canéfora; Marcadores microssatélites..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903149
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Diversidade genética de Hemileia vastatrix utilizando marcador molecular AFLP. Repositório Alice
MAIA, T. A.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; MISSIO, R. F.; ZAMBOLIM, L..
Esse estudo teve como objetivo analisar a diversidade genética de 14 isolados de Hemileia vastatrix utilizando o marcador AFLP. Dentre eles, dois isolados do CIFC, Oeiras, Portugal biologicamente caracterizados como raça II, três do Brasil, caracterizados em 1986, como raça I, II e III, e nove provenientes de lavouras cafeeiras de Minas Gerais e Espírito Santo coletadas em 2006. As amplificações seletivas dos DNAs foram feitas utilizando quatro combinações de oligonucleotídeos iniciadores contendo três bases adicionais na extremidade 3?. As 93 bandas polimórficas analisadas geraram um dendrograma que dividiu os isolados em seis grupos. No grupo I foram agrupados os isolados de Portugal, Brasil (caracterizados como raças em 1986) e um isolado do Triângulo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Diversidade genética; AFLP.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905677
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Diversidade genética por AFLP de Colletotrichum gloeosporioides E C. kahawae isolados de cafeeiros. Repositório Alice
FERREIRA, A. B.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; FRANCHINI, E. de A.; COSTA, H.; ZAMBOLIM, L..
A diversidade genética entre 33 isolados de Colletotrichum. gloeosporioides oriundos de diferentes lavouras cafeeiras e um isolado (DNA) de C. kahawae, cedido pelo CIFC, Portugal, foi estudada utilizando o marcador AFLP. As três combinações de pares de oligonucleotídeos AFLP geraram 187 bandas polimórficas que foram utilizadas no agrupamento UPGMA. De acordo com o dendrograma, ao nível de 90% de distância genética foram definidos quatro grupos: 1) formado de 15 isolados de Minas Gerais, 2 de São Paulo e 1 do Paraná; 2) um isolado de MG; 3) 10 de MG, 3 do Espírito Santo e um de SP; 4) composto apenas por C. kahawae. Alguns dos isolados de C. gloeosporioides compartilharam alta similaridade entre eles, e outros, apresentaram grande distância genética. Não...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Colletotrichum gloeosporioides; Marcador molecular; Coffea arabica.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905500
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Estrutura genética da população de Hemileia vastatrix com base no marcador AFLP. Repositório Alice
MAIA, T. A.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; MIZUBUTI, E. S. G.; SANTANA, M. F.; ZAMBOLIM, L..
A estrutura genética populacional de Hemileia vastatrix foi determinada usando o marcador AFLP em 91 isolados coletados em lavouras cafeeiras de Minas Gerais, Espírito Santo e São Paulo. Após ampliA estrutura genética populacional de Hemileia vastatrix foi determinada usando o marcador AFLP em 91 isolados coletados em lavouras cafeeiras de Minas Gerais, Espírito Santo e São Paulo. Após amplificações seletivas, usando quatro combinações de primers (EcoRI/MseI), foram analisados 100 fragmentos polimórficos. Cada isolado apresentou um padrão único de alelos AFLP, constatando-se alta diversidade genotíA estrutura genética populacional de Hemileia vastatrix foi determinada usando o marcador AFLP em 91 isolados coletados em lavouras cafeeiras de Minas Gerais,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Genética de população; AFLP.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903147
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Estudo comparativo do nível de polimorfismo e informatividade acessado pelos marcadores RAPD, AFLP e SSR, no estabelecimento de relações genéticas em Coffea canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Em um programa de melhoramento, o estudo da diversidade genética em bancos de germoplasma (BAGs) é de primordial importância, principalmente no início, na definição de estratégias de ações. Com o advento dos marcadores baseados em DNA e da percepção das suas vantagens, tornou-se crucial o uso dessa técnica na complementação do acesso a diversidade genética, de forma a suplementar e refinar as classificações com base em marcadores morfológicos. Dessa forma, esse trabalho objetivou comparar o poder discriminatório e a eficiência dos marcadores moleculares RAPD, AFLP e SSR na estimativa das similaridades genéticas de 94 subamostras de Coffea canephora, mantidas no programa de melhoramento genético da Embrapa Rondônia. Para isso, os parâmetros níveis de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadores moleculares; DNA; Melhoramento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903998
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Genetic characterization of an elite coffee germplasm assessed by gSSR and EST-SSR markers. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; DIAS, L. A. S.; SAKIYAMA, N. S..
Coffee is one of the main agrifood commodities traded worldwide. In 2009, coffee accounted for 6.1% of the value of Brazilian agricultural production, generating a revenue of US$6 billion. Despite the importance of coffee production in Brazil, it is supported by a narrow genetic base, with few accessions. Molecular differentiation and diversity of a coffee breeding program were assessed with gSSR and EST-SSR markers. The study comprised 24 coffee accessions according to their genetic origin: arabica accessions (six traditional genotypes of C. arabica), resistant arabica (six leaf rust-resistant C. arabica genotypes with introgression of Híbrido de Timor), robusta (five C. canephora genotypes), Híbrido de Timor (three C. arabica x C. canephora), triploids...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microsatellite marker; Coffea; Discriminant analysis; Genetic diversity.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903366
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