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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A..
Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tecnologias Java EE; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; PostgreSQL; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Databases; Single nucleotide polymorphism; Genotype; Phenotype.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083373
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Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P..
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Copy number variants; Gado; Cattle; Composite breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086860
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Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. Repositório Alice
HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P..
A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Bioinformatics; Software; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/933206
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Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B..
Guzerat is a dual-purpose breed recognized for important traits to its adaptation to adverse tropical environments such as resistance to parasites, heat tolerance and ability to intake forage with low nutritional value. Once genetic variation responsible for this traits has so far not been well characterized, the aim of this study was to identity single nucleotide variants (SNVs) and insertion/deletions (Indels) in Guzerat cattle breed from whole genome re-sequencing in order to characterize loss-of-function variants which could be associated with complex traits in this cattle breed.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Single nucleotide variants; Bioinformatics; Cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067540
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Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; MOURAO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/153206/1/artigo5-Cesar-BMCGenomics-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos Indicus; Human health; Lipids.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060542
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Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Repositório Alice
TIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A..
Residual feed intake (RFI), a measure of feed efficiency (FE), is defined as the difference between the observed and the predictable feed intake considering size and growth of the animal. It is extremely important to beef production systems due to its impact on the allocation of land areas to alternative agricultural production, animal methane emissions, food demand and cost of production. Global differential gene expression analysis between high and low RFI groups (HRFI and LRFI: less and more efficient, respectively) revealed 73 differentially expressed (DE) annotated genes in Longissimus thoracis (LT) muscle of Nelore steers. These genes are involved in the overrepresented pathways Metabolism of Xenobiotics by Cytochrome P450 and Butanoate and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide association studies; Quantitative trait locus; Gado de corte; Gene expression; Feed conversion; Beef cattle; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1073482
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Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view. Repositório Alice
MORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A..
The present study aims to analyze the bovine skin transcriptome before and after tick infestation between resistant and susceptible cattle, to identify genes differentially expressed (DE), SNPs in transcribed (QTLs) and regulatory (eQTLs) regions, alternative transcription sites and imprinted genes to draw a map of the skin transcriptome in response to tick infestation.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado; Genética; Infestação de carrapatos; Cattle; Genetics; Tick infestations.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980594
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Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view. Repositório Alice
MORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. A..
The present study aims to analyze the bovine skin transcriptome before and after tick infestation between resistant and susceptible cattle, to identify genes differentially expressed (DE), SNPs in transcribed (QTLs) and regulatory (eQTLs) regions, alternative transcription sites and imprinted genes to draw a map of the skin transcriptome in response to tick infestation.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado; Genética; Infestação de carrapatos; Cattle; Genetics; Tick infestations.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969398
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Genetics mechanisms of resistance and response to tick infestation in Hereford cattle: a global view. Repositório Alice
MORÉ, D. D.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; ZERLOTINI NETO, A.; GULIAS-GOMES, C. C.; IBELLI, A. M. G.; CATOIA, V.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genetics mechanisms; Tick infestation; Hereford cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988787
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Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ASE; Allele-specific expression; Polimorfismo Genético; Melhoramento Genético Animal; Gene expression.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100405
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Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, C. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. A..
Background: Efficiency of feed utilization is important for animal production because it can reduce greenhouse gas emissions and improve industry profitability. However, the genetic basis of feed utilization in livestock remains poorly understood. Recent developments in molecular genetics, such as platforms for genome-wide genotyping and sequencing, provide an opportunity to identify genes and pathways that influence production traits. It is known that transcriptional networks influence feed efficiency-related traits such as growth and energy balance. This study sought to identify differentially expressed genes in animals genetically divergent for Residual Feed Intake (RFI), using RNA sequencing methodology (RNA-seq) to obtain information from genome-wide...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Sequenciamento genético; Bioinformática; Bos indicus; RFI; Feed efficiency; Zebu; Feed conversion; Transcriptomics; Bioinformatics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034697
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Identificação de variação no número de cópias em bovinos leiteiros usando dados de NGS. Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; ZERLOTINI NETO, A.; CARMO, A. S. do; MUNARI, D. P.; SILVA, M. V. G. B..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos primigenius indicus; Raça composta; Sequenciamento.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072284
Registros recuperados: 31
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