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ANÁLISIS DE ESTs DE YUCA (Manihot esculenta): UNA HERRAMIENTA PARA EL DESCUBRIMIENTO DE GENES Acta biol.Colomb.
ZAPATA,ANDRES; NEME,RAFIK; SANABRIA,CAROLINA; CAMILO,LÓPEZ.
La yuca (Manihot esculenta) constituye la base de la alimentación para más de 1.000 millones de personas en el mundo, consolidándose como el cuarto cultivo más importante en el mundo después del arroz, el maíz y el trigo. La yuca es considerada como un cultivo relativamente tolerante a condiciones de estrés abiótico y biótico; sin embargo estas características se encuentran principalmente en variedades no comerciales. Las estrategias de mejoramiento genético convencional o mediadas por transformación genética representan una alternativa para introducir las características deseadas dentro de las variedades comerciales. Un paso fundamental con miras a acelerar los procesos de mejoramiento genético en yuca requiere el descubrimiento de los respectivos genes...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Yuca; ESTs; Genómica funcional; Anotación; Mejoramiento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2011000100007
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Busca por sequências gênicas expressas relacionadas a características de interesse agronômico em arroz. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; SANTOS, T. C. dos; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, C..
Este trabalho teve como objetivos: 1) Fazer uma busca por ESTs com funções relacionadas à produção e qualidade de grãos nos diversos bancos de dados de sequências genômicas expressas que contenham informações sobre gramíneas e outras espécies vegetais; 2) Desenhar pares de primers para a amplificação de regiões correspondentes aos genes de interesse identificados nos bancos de dados para posterior construção de um mapa genético transcricional para o arroz.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência gênica; ESTs; Qualidade de grãos; Arroz; Oryza sativa.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935993
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Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; In silico; Mineração de dados; ESTs; Classificação funcional; Doença de planta..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903148
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Contribution of Genome Analysis to Understanding of the Biology of, and Diseases Caused by, African Trypanosomes OAK
Majiwa, P. A. O.; Djikeng, A.; Donelson, J. E.; Agufa, C..
Palavras-chave: ESTs; Comparative genomics; Trypanosoma.
Ano: 1998 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/301
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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Endosperm-preferred expression of maize genes as revealed by transcriptome-wide analysis of expressed sequence tags. Repositório Alice
VERZA, N. C.; SILVA, T. R. e; CORD NETO, G.; NOGUEIRA, F. T. S.; FISCH, P. H.; ROSA JÚNIOR, V. E. de; REBELLO, M. M.; VETTORE, A. L.; SILVA, F. R. da; ARRUDA, P..
bitstream/item/178492/1/ID-25784.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genes específicos; ESTs; Maize transcriptome; Endosperma; Milho.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186275
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ESTs from a wild Arachis species for gene discovery and marker development. Repositório Alice
PROITE, K.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. C.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; GUIMARÃES, P. M..
Background Due to its origin, peanut has a very narrow genetic background. Wild relatives can be a source of genetic variability for cultivated peanut. In this study, the transcriptome of the wild species Arachis stenosperma accession V10309 was analyzed. Results ESTs were produced from four cDNA libraries of RNAs extracted from leaves and roots of A. stenosperma. Randomly selected cDNA clones were sequenced to generate 8,785 ESTs, of which 6,264 (71.3%) had high quality, with 3,500 clusters: 963 contigs and 2537 singlets. Only 55.9% matched homologous sequences of known genes. ESTs were classified into 23 different categories according to putative protein functions. Numerous sequences related to disease resistance, drought tolerance and human health were...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Arachis stenosperma; Amendoim silvestre; ESTs.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187868
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Global analysis of gene function in mammals: Integration of physical, mutational and expression strategies Electron. J. Biotechnol.
Schimenti,John.
The field of Genetics is undergoing tumultuous change after nearly a century of standard approaches to genetic analysis. The Human Genome Project is providing tools and technologies that are changing the ways that we pursue an understanding of gene function, which is the underlying goal in modern and traditional genetics. In this paper, I overview the directions of the genome project as they relate to gene function analysis in mice and humans, and how various modern technologies are coalescing to address this in a powerful way.
Tipo: Journal article Palavras-chave: Gene expression; ESTs; Mutagenesis; Genome; Functional genomics.
Ano: 1998 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34581998000100005
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Identificação de ESTs tecido-específicas no Banco de Dados do Genoma funcional de Coffea spp. Repositório Alice
SANTOS, D. B. M.; BARROS, L. M. G.; ALMEIDA, J. D. de; ANDRADE, A. C.; CARNEIRO, M.; DA SILVA, F. R..
2008
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp; Café; Genoma; ESTs.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/191187
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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880494
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Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RFLP de genes de genoma café brasileiro. Repositório Alice
COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp; Qualidade de bebida; Seleção assistida; Enzimas de restrição; ESTs; Gene candidato.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903748
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Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem. Repositório Alice
MACIEL, B. H.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Coffea; ESTs; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906359
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Obtenção de marcadores moleculares por meio de PCR-RFLP de genes relacionados com qualidade em café. Repositório Alice
VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E..
A qualidade de bebida do café é fator fundamental para sua comercialização, pois agrega valor ao produto, garantindo maior competitividade e melhores preços no mercado. A composição química do café é um dos fatores que determinam a qualidade da bebida. Seu sabor e seu aroma são resultantes da presença combinada de vários constituintes, dentre os quais os ácidos clorogênicos, os diterpenos e os açúcares. O objetivo deste trabalho foi buscar polimorfismos a partir de PCR-RFLP utilizando primers baseados em sequências ESTs de genes relacionados com a qualidade de bebida. Para isso foi utilizado o DNA de uma população F2 formada a partir da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora. Os resultados revelaram um total de doze...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp; Composto químico; Enzima de restrição; ESTs; Gene candidato; Qualidade de bebida.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903598
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Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST. Repositório Alice
GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C..
Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Programação Script; Genoma café; ESTs.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904264
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