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AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de..
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009333
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Bioinformática aplicada à agricultura. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H..
Este capítulo tem por objetivo colocar o leitor a par do estado da arte das principais aplicações da bioinformática na agricultura, particularmente àquelas relacionadas ao melhoramento genético animal e vegetal, executadas no âmbito da Embrapa.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Melhoramento genético; Estudos de associação genômica ampla; Genome-Wide Association Studies; Polimorfismos de base única; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010705
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How efficiently Genome-Wide Association Studies (GWAS) identify prolificity-determining genes in sheep. Repositório Alice
BENAVIDES, M. V.; SOUZA, C. J. H. de; MORAES, J. C. F..
Genome wide association studies are performed to narrow down or, better still, pinpoint the region or genes involved in the regulation of a known phenotype.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Ovino; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1092002
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Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes. Repositório Alice
GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H..
No contexto de estudos de associação genômica ampla (GWAS), métodos para a análise de enriquecimento de um conjunto de genes (GSEA) analisam conjuntos de SNPs associados a genes que compartilham mesma função biológica, localização cromossômica ou via regulatória e buscam identificar SNPs que estão relacionados com variações no fenótipo em estudo. Neste trabalho foram implementados quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura (fenótipos quantitativos)
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Polimorfismo de nucleotídeo único; Modelos lineares mistos; Random forests; Mixed models; Single nucleotide polymorphism; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031168
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