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A cDNA sequence coding for a glutamic acid-rich protein is differentially expressed in cassava storage roots. Repositório Alice
SOUZA, C. R. B. de; CARVALHO, L. J. C. B.; ALMEIDA, E. R. P. de; GANDER, E. S..
bitstream/item/177963/1/ID-27327-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Proteína Pt2L4; Crescimento secundário; Storage root formation; Mandioca; Cassava.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/185991
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A tecnologia de microarranjos na identificação de genes de interesse na bovinocultura. Infoteca-e
GIACHETTO, P. F..
Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Tecnologia de microarranjos de DNA; Expressão gênica; Bovinocultura; Microarray technology; Gene expression; Cattle.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885253
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Adição de paraoxonase-1 durante a maturação oocitária e seu efeito sobre a produção in vitro de embriões bovinos. Repositório Alice
RINCÓN, J. A. A..
2015
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Antioxidante; Bovino; Expressão gênica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042476
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035029
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Analise da expressão do gene manose 6 fosfato redutase em cafeeiros submetidos ao déficit hídrico. Repositório Alice
FREIRE, L. P.; MARRACCINI, P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C..
RESUMO: Os efeitos do déficit hídrico sobre a expressão do gene CaM6PR, codificando a manose-6-fosfato redutase, foram avaliados em cafeeiros em fase de formação das cultivares IAPAR59 (Villa Sarchi x hibrido de Timor HT832/2) e RUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí) de Coffea arabica, consideradas respectivamente como tolerante e sensível ao estresse hídrico. As cultivares foram plantadas em dezembro de 2007 no campo experimental da Embrapa Cerrados ? DF (CPAC) e cultivadas durante dois anos (2008 e 2009) com (I) e sem (NI) irrigação. Para cada ano, foram realizadas duas avaliações (P1, não estressado, durante a estação chuvosa e P2, estação seca). Para as duas cultivares, a expressão do gene CaM6PR foi medido em folhas por meio da técnica de PCR...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão de genes; Expressão gênica; Estresse abiótico; Genes candidatos; PCR quantitativo; Coffea arabica; Abiotic stress; Gene expression.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970675
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623
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Análise de biclustering de dados de microarranjos. Repositório Alice
SANTOS, I. L. N. dos; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é desenvolver scripts de análise de biclustering para análise de dados de expressão gênica baseados na tecnologia de microarranjos, utilizando a ferramenta estatística R1.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Dados de microarranjos; Biclustering; Expressão gênica; Microarray technology; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868744
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920185
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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Análise do acúmulo de transcritos de ?-3-dessaturases em genótipos de soja contrastantes para o teor de ácido linolênico. Repositório Alice
PINTO, M. O.; GOOD-GOD, P. I. V.; MARCELINO, F. C.; SILVA, D. F.; PIOVESAN, N. D.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G..
Os ácidos graxos poliinsaturados, como linoléico e linolênico, são os principais responsáveis pela alta instabilidade oxidativa a altas temperaturas do óleo destinado a frituras e à fabricação de biodiesel. A biossíntese de ácidos graxos poliinsaturados é catalisada pelas dessaturases. A -6-dessaturase converte ácido oléico (18:19) a linoléico (18:29,12) e a -3-dessaturase produz ácido linolênico (18:39,12,15) a partir de 18:29,12. Três genes principais (GmFAD3A, GmFAD3B e GmFAD3C) foram caracterizados como responsáveis pela produção de -3-dessaturase em soja. Os mecanismos precisos de regulação da produção de ácido linolênico ainda não são muito claros, o que dificulta o processo de obtenção de genótipos com baixo conteúdo desse ácido graxo. A análise...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/874066
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Análise do perfil transcriptômico e proteômico de raízes de diferentes clones de Coffea canephora em condições de déficit hídrico. Repositório Alice
COSTA, T. S..
O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo, sendo o Brasil o maior produtor. A seca é um problema frequente no país, uma vez que é considerado um fator limitante que possibilita oscilações na produtividade do cafeeiro. Em resposta ao déficit hídrico as plantas ativam mecanismos que a auxiliam suportar períodos de seca, promovendo alterações na fotossíntese, respiração, translocação, absorção de íons, o metabolismo de nutrientes e hormônios. O presente trabalho tem por objetivo avaliar a expressão diferencial de genes e proteínas em raízes de clones de C. canephora var. Conilon, sendo o clone 22 (sensível à seca) e os clones 14, 73 e 120 (tolerantes à seca), cultivados em condições controladas em condições irrigada e sob estresse hídrico....
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Cafe; Raiz; Espectrometria; Tolerância a seca; Drought tolerance; Gene expression; Spectroscopy.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067203
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Análise funcional do gene órfão CcUNK8 de Coffea canephora via transformação genética de Setaria viridis. Repositório Alice
DUARTE, K. E..
O cafeeiro é um dos mais valiosos produtos primários no comércio mundial. Em razão dessa importância econômica, o cafeeiro vem sendo alvo de programas de melhoramento genético visando à introdução de novos caracteres para obtenção de plantas com características agronômicas superiores, por exemplo, com uma maior tolerância à seca. Porém, como melhoramento convencional do cafeeiro é demorado, o uso das últimas técnicas de genômica está sendo desenvolvido para acelerar a criação de novas plantas. Assim, o sequenciamento do genoma e, também, o sequenciamento em larga escala de genes expressos (RNAseq) torna-se algo necessário para analisar o determinismo genético da tolerância à seca e identificar genes candidatos (GCs) atuantes neste determinismo. No...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Gene órfão; Transformação genética; Resistência a seca; Seca; Coffea; Setaria viridis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067194
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Análises da expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real (QPCR) de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro. Repositório Alice
VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
A seca é uma das principais limitações climáticas à produção do cafeeiro. A importância dessa limitação deve aumentar, em função das mudanças reconhecidas no clima global e, também, porque a cafeicultura vem sendo expandida para regiões marginais onde a baixa pluviosidade e temperaturas desfavoráveis se constituem grandes limitações à produção do café. A seca induz diversas respostas fisiológicas e moleculares nas plantas, incluindo alterações da expressão gênica, visando atingir ajuste osmótico, a indução de reparadores de sistemas moleculares e a expressão de diversas proteínas protetoras. Existem diversas formas de se avaliar a expressão gênica em plantas submetidas ao estresse hídrico. Uma técnica amplamente utilizada nos últimos anos, para a análise...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Expressão gênica; Gene candidato; Seca; Coffea canephora; Candidate genes; Drought; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903864
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Analyses of root traits and their role in phosphorus acquisition efficiency in maize. Repositório Alice
SOUSA, S. M. de; MENDES, F. F.; NEGRI, B. F.; SANTOS, L. B.; MAGALHAES, J. V.; GUIMARAES, C. T.; OLIVEIRA, A. C.; PARENTONI, S. N..
bitstream/item/34949/1/Analyses-root.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estresse abiótico; Expressão gênica; Raiz; Híbrido.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/888973
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Aplicação Java Web para armazenamento de dados experimentais no projeto Rede Genômica Animal. Repositório Alice
ANA, L. B. A. de; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é desenvolver uma aplicação web para banco de dados genômicos, a partir do módulo Mage do GMOD para armazenagem dos dados experimentais brutos produzidos no âmbito do projeto ?Rede Genômica Animal? e as suas respectivas análises.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Aplicação web; Banco de dados genômicos; Expressão gênica; Genômica animal; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868748
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Avaliação da expressão de genes regulados durante o desenvolvimento do fruto entre cultivares de uva de ciclo longo (Isabel e Cabernet Sauvignon) e ciclo curto (Isabel Precoce e Chardonnay). Repositório Alice
PASSAIA, G.; REVERS, L. F.; SBEGHEN, F.; MARGIS-PINHEIRO, M..
2008
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Viticultura; Uva; Biotecnologia; Expressão gênica; QRT-PCR; Genômica fincional.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/543183
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Avaliação da interação da cultivar PF990283 de trigo com a estirpe Sp 245 de Azospirillum brasilense. Repositório Alice
NETA, L. C. P.; ALVES, C. A.; MOREIRA, L. L. Q.; GIORI, F. G.; ARAUJO, J. L. S. de; REIS, V. M..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Microarranjos; Inoculação; Expressão gênica; Fixação biológica de nitrogênio.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875258
Registros recuperados: 98
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