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| Registros recuperados: 128 | |
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| SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174 |
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| Furlan,Luiz Roberto; Ferraz,André Luiz Julien; Bortolossi,Julio César. |
| Os últimos vinte anos caracterizaram-se pela proliferação de tecnologias que tornaram possível decifrar o genoma das espécies, localizar e identificar particularidades na sua seqüência, elucidar as suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os estímulos ambientais, que são responsáveis pela diversidade fenotípica. Estes estudos sobre as bases moleculares da variabilidade fenotípica abriram uma nova abordagem científica, caracterizada pela multiplicidade das questões envolvidas, que resultou no surgimento de novas áreas de pesquisa, cujos conhecimentos estão sendo aplicados em diversos campos da biologia, inclusive na zootecnia. Tendo em vista o grande impacto... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bovinos; Expressão gênica; Genômica funcional; Microarrays; Nutrição; Polimorfismo. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982007001000030 |
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| TORALLES, I. G.. |
| Com o uso de tecnologias de refrigeração, atmosfera controlada (AC) euso do 1-metilciclopropeno (1-MCP), estendeu-seo período de conservação de maçãs, por cerca de12 meses. Mesmo assim, ainda são limitantes, a ocorrência de distúrbios patogênicosna pós-colheita. Nesse caso, tem sido cada vez mais frequente a incidência da podridão ?olho-de-boi?(Neofabraea ssp.). Dados gerados pela cadeia produtiva da maçã apontam paraperdas de 6 a 8% dos frutos durante a pós-colheita,devido a essa doença. Afora isso, há a percepção empírica de que a incidência de podridões seja maior em frutos tratados com 1-MCP.Buscando compreender se o 1-MCP é um fator facilitador deocorrência dapodridão ?olho-de-boi?, estudaram-se maçãs ?MaxiGala?, com e sem 1-MCP, durante duas safras... |
| Tipo: Tese/dissertação (ALICE) |
Palavras-chave: Maçãs 'MaxiGala'; 1-MCP; Podridão 'olho-de-boi'; Atmosfera controlada; Expressão gênica; Maçã; Podridão. |
| Ano: 2019 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112913 |
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| GIACHETTO, P. F.. |
| Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os... |
| Tipo: Documentos (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Tecnologia de microarranjos de DNA; Expressão gênica; Bovinocultura; Microarray technology; Gene expression; Cattle. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885253 |
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| SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C.. |
| Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin. |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220 |
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| SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C.. |
| Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin. |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035029 |
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| SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp).... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation. |
| Ano: 2020 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395 |
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| FREIRE, L. P.; MARRACCINI, P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.. |
| RESUMO: Os efeitos do déficit hídrico sobre a expressão do gene CaM6PR, codificando a manose-6-fosfato redutase, foram avaliados em cafeeiros em fase de formação das cultivares IAPAR59 (Villa Sarchi x hibrido de Timor HT832/2) e RUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí) de Coffea arabica, consideradas respectivamente como tolerante e sensível ao estresse hídrico. As cultivares foram plantadas em dezembro de 2007 no campo experimental da Embrapa Cerrados ? DF (CPAC) e cultivadas durante dois anos (2008 e 2009) com (I) e sem (NI) irrigação. Para cada ano, foram realizadas duas avaliações (P1, não estressado, durante a estação chuvosa e P2, estação seca). Para as duas cultivares, a expressão do gene CaM6PR foi medido em folhas por meio da técnica de PCR... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Expressão de genes; Expressão gênica; Estresse abiótico; Genes candidatos; PCR quantitativo; Coffea arabica; Abiotic stress; Gene expression. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970675 |
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| HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. |
| O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. |
| Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA.. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885652 |
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| HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. |
| O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. |
| Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623 |
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| PINTO, M. O.; GOOD-GOD, P. I. V.; MARCELINO, F. C.; SILVA, D. F.; PIOVESAN, N. D.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G.. |
| Os ácidos graxos poliinsaturados, como linoléico e linolênico, são os principais responsáveis pela alta instabilidade oxidativa a altas temperaturas do óleo destinado a frituras e à fabricação de biodiesel. A biossíntese de ácidos graxos poliinsaturados é catalisada pelas dessaturases. A -6-dessaturase converte ácido oléico (18:19) a linoléico (18:29,12) e a -3-dessaturase produz ácido linolênico (18:39,12,15) a partir de 18:29,12. Três genes principais (GmFAD3A, GmFAD3B e GmFAD3C) foram caracterizados como responsáveis pela produção de -3-dessaturase em soja. Os mecanismos precisos de regulação da produção de ácido linolênico ainda não são muito claros, o que dificulta o processo de obtenção de genótipos com baixo conteúdo desse ácido graxo. A análise... |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Expressão gênica. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/874066 |
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| COSTA, T. S.. |
| O café é uma das principais commodities agrícolas do mundo, sendo o Brasil o maior produtor. A seca é um problema frequente no país, uma vez que é considerado um fator limitante que possibilita oscilações na produtividade do cafeeiro. Em resposta ao déficit hídrico as plantas ativam mecanismos que a auxiliam suportar períodos de seca, promovendo alterações na fotossíntese, respiração, translocação, absorção de íons, o metabolismo de nutrientes e hormônios. O presente trabalho tem por objetivo avaliar a expressão diferencial de genes e proteínas em raízes de clones de C. canephora var. Conilon, sendo o clone 22 (sensível à seca) e os clones 14, 73 e 120 (tolerantes à seca), cultivados em condições controladas em condições irrigada e sob estresse hídrico.... |
| Tipo: Tese/dissertação (ALICE) |
Palavras-chave: Expressão gênica; Cafe; Raiz; Espectrometria; Tolerância a seca; Drought tolerance; Gene expression; Spectroscopy. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067203 |
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| DUARTE, K. E.. |
| O cafeeiro é um dos mais valiosos produtos primários no comércio mundial. Em razão dessa importância econômica, o cafeeiro vem sendo alvo de programas de melhoramento genético visando à introdução de novos caracteres para obtenção de plantas com características agronômicas superiores, por exemplo, com uma maior tolerância à seca. Porém, como melhoramento convencional do cafeeiro é demorado, o uso das últimas técnicas de genômica está sendo desenvolvido para acelerar a criação de novas plantas. Assim, o sequenciamento do genoma e, também, o sequenciamento em larga escala de genes expressos (RNAseq) torna-se algo necessário para analisar o determinismo genético da tolerância à seca e identificar genes candidatos (GCs) atuantes neste determinismo. No... |
| Tipo: Tese/dissertação (ALICE) |
Palavras-chave: Expressão gênica; Gene órfão; Transformação genética; Resistência a seca; Seca; Coffea; Setaria viridis. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067194 |
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| VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.. |
| A seca é uma das principais limitações climáticas à produção do cafeeiro. A importância dessa limitação deve aumentar, em função das mudanças reconhecidas no clima global e, também, porque a cafeicultura vem sendo expandida para regiões marginais onde a baixa pluviosidade e temperaturas desfavoráveis se constituem grandes limitações à produção do café. A seca induz diversas respostas fisiológicas e moleculares nas plantas, incluindo alterações da expressão gênica, visando atingir ajuste osmótico, a indução de reparadores de sistemas moleculares e a expressão de diversas proteínas protetoras. Existem diversas formas de se avaliar a expressão gênica em plantas submetidas ao estresse hídrico. Uma técnica amplamente utilizada nos últimos anos, para a análise... |
| Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Coffea canephora; Expressão gênica; Gene candidato; Seca; Coffea canephora; Candidate genes; Drought; Gene expression. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903864 |
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