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A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526
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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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Associação genômica ampla para resistência a bacteriose em germoplasma de pessegueiro com base em SNPs. Repositório Alice
THUROW, L. B..
bitstream/item/175983/1/Caroline-Marques-Castro-Tese-Liane-Thurow.pdf
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem por sequenciamento; Fenotipagem; REML/BLUP; GWAS; Prunus Persica.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1090863
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Avaliação de ferramentas para detecção de interações epistáticas para fenótipos quantitativos em estudos de associação genômica ampla. Repositório Alice
SOARES, A. R.; HIGA, R. H..
Variações genéticas presentes em uma população podem estar associadas a muitas características como susceptibilidade a doenças em humanos (ex: diabetes, câncer, e doenças psiquiátricas). Atualmente, tecnologias de genotipagem de baixo custo, baseadas em marcadores moleculares do tipo polimorfismo de base única Single Nucleotide Polymorphism (SNP) são utilizados para identificar variações desse tipo associadas com doenças. Tais estudos, são denominados, estudos de associação genômica ampla, Genome Wide Association Studies (GWAS). No caso de espécies de interesse agropecuário, essas variações genéticas estão relacionadas a características que podem impactar ganhos de qualidade e produção. Portanto, é de extrema importância a utilização de novos métodos...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Epistasia; GWAS; Fenótipos quantitativos; Paralelismo.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009768
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Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. Repositório Alice
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S..
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066092
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Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês) Repositório Alice
O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072303
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Effects of quantitative trait loci on iron content of bovine longissimus dorsi muscle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; REECY, J. M.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Fe; GWAS.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/997999
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Estudo de associação ampla do genoma (GWAS) para prolificidade em caprinos. Repositório Alice
MONTEIRO, N. V.; NASCIMENTO, M. C. de O.; FACO, O.; SILVA, K. de M..
Atualmente, os marcadores resultantes do polimorfismo de um único nucleotídeo (Single Nucleotide Polymophisms - SNPs) são os mais utilizados nos estudos de associação devido a sua ampla distribuição pelo genoma e a possibilidade de estarem em desiquilíbrio de ligação com a região onde podem existir um ou mais genes (Quantitative Trait Loci - QTL) responsáveis pela expressão da característica em estudo. Os Estudos de Associação Ampla do Genoma (GWAS) oferecem a possibilidade de identificação de regiões associadas com características de interesse econômico a partir de análises combinando informações genotípicas e fenotípicas. O objetivo deste trabalho foi identificar regiões do genoma que possam estar influenciando a prolificidade em caprinos. Foram...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Prolificidade; Prolificacy; Caprino; Marcador Genético; Melhoramento Genético Animal; Goats; Animal breeding; Genetic markers.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102220
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Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos. Repositório Alice
ROMERO, A. R. da S..
A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica....
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Imputação; GWAS; Imputation; Polymorphisms; Polimorfismo; Bovino; Cattle; Genomics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082424
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Genetic Associations of Farrowing Length in Two Maternal Lines of Pigs. Repositório Alice
ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. O.; CANTÃO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Farrowing length; Swine; SNP additive and dominance effects.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010042
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Genetic associations of farrowing length in two maternal lines of pigs. Repositório Alice
ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Farrowing l ength; Swine; SNP additive and dominance effects.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032985
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Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle Genet. Mol. Biol.
Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor.
Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453
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Genome-wide association study of periweaning failure-to-thrive syndrome (PFTS) in swine suggests genes involved with depression. Repositório Alice
ZANELLA, R.; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; PEIXOTO, J. de O.; ZANELLA, E. L.; ZANELLA, J. R. C.; IBELLI, A. M. G.; GAVA, D.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Depression; GWAS; PFTS.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1053463
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Genome-wide association study using the Bayes C method for important traits in dairy yield in Colombian Holstein Cattle Animal Sciences
Rincón Flórez, Juan Carlos; López Herrera, Albeiro; Echeverri Zuluaga, Jose Julián.
The objective of this study was to determine the genome association between markers of bovine LD BeadChip with dairy important traits. Information of breeding program of the Universidad Nacional de Colombia was used. BLUP-EBVs were used for dairy yield (DY), fat percentage (FP), protein percentage (PP) and somatic cell score (SCS). 150 animals were selected for blood or semen DNA extraction and genotyping with BovineLD BeadChip (Illumina). Autosomal information was retained and the editing information was performed using Plink v1.07 software. The effects of SNPs were determined by Bayes C with GS3 software. The minor allele frequency for most of the markers on the bead chip was high, which increases the probability of finding important loci segregating in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Animal breeding genomic selection dairy cattle; GWAS; QTLs single nucleotide polymorphism..
Ano: 2018 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/39015
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping; Espécie exótica; Eucalipto; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Genetic relationships; Marker-assisted selection; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080149
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; SNP genotyping; Genetic relationships; Seleção genômica; Eucalipto; Espécie exótica; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Marker-assisted selection; Genetic relationships; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080081
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Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
Nelore is the major beef cattle breed in Brazil with more than 130 million heads. Genome-wide association studies (GWAS) are often used to associate markers and genomic regions to growth and meat quality traits that can be used to assist selection programs. An alternative methodology to traditional GWAS that involves the construction of gene network interactions, derived from results of several GWAS is the AWM (Association Weight Matrices)/PCIT (Partial Correlation and Information Theory). With the aim of evaluating the genetic architecture of Brazilian Nelore cattle, we used high-density SNP genotyping data (~770,000 SNP) from 780 Nelore animals comprising 34 half-sibling families derived from highly disseminated and unrelated sires from across Brazil....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AWM; PCIT; GWAS; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053714
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Genômica aplicada ao melhoramento de gado de corte. Repositório Alice
MENEZES, G. R. de O.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; SILVA, L. O. C. da; SIQUEIRA, F.; EGITO, A. A. do.
2013
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Genômica; Marcadores moleculares; GWAS.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980608
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Genômica para prospecção de genes associados com característica de umbigo em bovinos Canchim. Repositório Alice
ROMERO, A. R. da S.; NASCIMENTO, A. V.; SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A.; GRISOLIA, A. B..
Umbigos proeminentes para bovinos criados a pasto podem acarretar em patologias, cujo tratamento é dispendioso ao produtor. Sendo assim, técnicas de melhoramento são aplicadas visando perpetuar fenótipos de relevância, favorecendo inclusive o manejo sanitário dos animais. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi realizar o estudo de associação genômica ampla (GWAS) entre marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) com fenótipo de umbigo em bovino de corte da raça Canchim. O grupo amostral foi constituído por 1120 touros Canchim, dentre estes, 444 animais genotipados em painel BovineHD BeadChip (HD, >777.000 marcadores), 500 em painel BeadChip BovineSNP50 (50k, >50.000 marcadores), e 176 animais em High Density GeneSeek Genomic...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; SNP; Gado de corte.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067227
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Host/nonhost status and genetics of resistance in barley against three pathotypes of Magnaporthe blast fungi. Repositório Alice
AGHNOUM, R; BVINDI, C.; MENET, G.; D?HOOP, B.; MACIEL, J. L. N.; NIKS, R. E..
Blast disease, caused by the Magnapor the oryzae/griseaspecies complex, occurs in a wide rangeof wild and cultivated gramineous plant species including rice, wheat and barley. We inoculated a collection of cultivated (Hordeum vulgaressp.vul-gareL.) and wild (ssp.spontaneum) barley accessions with M. oryzae Oryzapathotype (MoO),Triticumpathotype (MoT) and Pennisetumpathotype (MsP) to quantify the host status of barley, and to identify sources of blast resistance. Unlike wheat, the barleygene pool is rich with sources of complete and partialresistance againstMagnaporthe. Cultivated barleyappeared a nonhost to MsP, whereas wild barleyshowed some degree of susceptibility. All 153 testedrice accessions were resistant to the MoT isolate,suggesting that rice is...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Association mapping; QTL mapping; Mlo; GWAS; Blast fungi; Magnaporthe blast fungi; Magnaporthe oryzae/grisea; Barley; Blast disease; Magnaporthe oryzae; Triticum.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1121056
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