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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712
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A host specialized form of Ceratocystis fimbriata causes seed and seedling blight on native Carapa guianensis (andiroba) in Amazonian rainforests. Repositório Alice
VALDETARO, D. C. O. F.; HARRINGTON, T. C.; OLIVEIRA, L. S. S.; GUIMARÃES, L. M. S.; MCNEW, D. L.; PIMENTA, L. V. A.; GONCALVES, R. C.; SCHURT, D. A.; ALFENAS, A. C..
Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted recently was recorded causing seed and seedling blight on Carapa guianensis Aubl. (andiroba), a tree species native to the Amazon Rainforest and prized for its valuable timber and medicinal seed oil. C. fimbriata more commonly causes wilt type diseases in woody hosts, especially on non-native host trees. However, on andiroba the disease occurs on seedlings and seeds, affecting the species regeneration. We studied 73 isolates of C. fimbriata on andiroba from three regions of the Amazon Basin to see if they represented natural or introduced populations. Analysis of ITS rDNA sequences and phylogenetic analysis of mating type genes revealed new haplotypes of C. fimbriata from the Latin American Clade that were closely...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Produto florestal não madeireiro (PFNM); Enfermedades fungales de las plantas; Plantas de semilleros; Semillas; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Marcador microssatélite; Stem blight; Tizón del tallo; Andiroba; Carapa Guianensis; Doença Fúngica; Fungo; Ceratocystis Fimbriata; Plântula; Semente; Variação Genética; Marcador Genético; Nontimber forest products; Fungal diseases of plants; Seedlings; Seeds; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107239
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A proteômica na seleção de reprodutores ovinos (Ovis aries) da raça Morada Nova. Repositório Alice
VASCONCELOS, F. C..
Resumo: Estudos realizados atualmente buscam identificar nos animais domésticos marcadores moleculares proteicos de fertilidade, de modo a contribuir para os programas de melhoramento genético, embora poucos ainda sejam realizados em ovinos deslanados, como os da raça Morada Nova. Portanto, este trabalho teve como objetivo identificar possíveis proteínas seminais relacionadas à fertilidade de ovinos da raça Morada Nova, utilizando-se a técnica de Eletroforese Bidimensional (2DE). Seis reprodutores da raça Morada Nova, na faixa etária de quatro a seis anos e peso médio de 42 kg foram submetidos à coleta de sêmen, antes da estação de monta, para obtenção do plasma seminal e, posterior, análise eletroforética. As estações de monta tiveram duração de 45 dias e...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Raça Morada Nova; Eletroforese bidimensional; 2DE electrophoresis; Ovino; Melhoramento genético animal; Fertilidade animal; Sêmen; Sheep; Electrophoresis; Genetic markers; Reproductive performance; Proteomics; Animal fertility; Seminal plasma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076082
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A RAPD-PCR-based genetic diversity analysis of Helicoverpa armigera and H. zea populations in Brazil. Repositório Alice
LOPES, H. M.; BASTOS, C. S.; BOITEUX, L. S.; FORESTI, J.; SUINAGA, F. A..
Therefore, the aim of this study was to determine the genetic diversity of H. armigera and H. zea populations by RAPD-PCR analysis. The most important result was the clustering of one H. armigera population in a group predominantly formed by H. zea. It could indicate a possible occurrence of an interspecific cross between these species. This is a concern to Brazilian agriculture due to the possibility of selection of hybrids well adapted to the American environment, which would be inherited from H. zea.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Praga de planta; Helicoverpa Zea; Lagarta; Variação genética; Marcador genético; Helicoverpa armigera; Random amplified polymorphic DNA technique; Genetic variation; Genetic markers.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086397
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Análise bibliométrica da aplicação dos marcadores SNP para os estudos da conservação dos recursos genéticos: Capra hircus. Repositório Alice
DINIZ SOBRINHO, F. de A.; MOURA, J. de O.; SILVA, G. R. da; DINIZ, F. M.; ARAUJO, A. M. de..
Esse estudo teve como objetivo analisar a produção científica mundial acerca do uso de marcadores SNPs em Capra hircus (caprinos) a fim de verificar o estado da arte sob aspecto da genética evolutiva e da conservação de diversidade da espécie. Conclui-se que as pesquisas com caprinos usando os marcadores SNPs tendem a concentrar-se na Ásia e estarem voltados a temas referentes aos aspectos produtivos (com destaque para leite) e reprodutivos, provavelmente pela grande importância da espécie no mercado mundial.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica evolutiva; Caprino; Base de Dados; Marcador Genético; Genética Animal; Recurso Genético; Goats; Genetic markers; Animal genetic resources.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102285
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Análise da variabilidade genética molecular de uma coleção de trabalho de guandu (Cajanus cajan) como apoio na seleção de acessos para testes agronômicos em sistemas de integração lavoura-pecuária e recuperação de pastagens degradadas. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; FERNANDES, F. D.; BARCELLOS, A. O.; ANDRADE, R. P.; BELLON, G.; JUNQUEIRA, K. P.; AMABILE, R. F.; MARTHA JÚNIOR, G. B.; VILELA, L.; RAMOS, A. K. B.; KARIA, C. T.; GODOY, R..
2006
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Variação genética; Marcador molecular; Marcador genético; Biotecnologia; Leguminosa forrageira; Genetic variation; Genetic markers; Biotechnology; Feed legumes.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/570173
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Análise de mistura genética em campos de multiplicação de sementes de soja com base em marcadores moleculares. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; SOUZA, P. I. M.; ANDRADE, S. R. M.; BELLON, G.; ABUD, S.; MOREIRA, C. T.; BARBOSA, F.; SANTOS, J. B..
0
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcador molecular; Melhoramento genético vegetal; Soja; Glycine max; Genetic markers; Plant breeding; Soybeans.
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/566836
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Análise in silico para identificação de minissatélites para a cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz). Repositório Alice
CARMO, C. D. do; OLIVEIRA, E. J. de.
O melhoramento genético pode ser auxiliado por ferramentas moleculares tornando-o mais preciso, rápido e contornando problemas inerentes à seleção fenotípica. O uso de marcadores moleculares permite, entre outros, eliminar genótipos redundantes e quando associados a uma característica, selecionar genótipos que a expressam. Com o sequenciamento da mandioca (Manihot esculenta Crantz) (PROCHNIK et al., 2012) aliado ao uso de ferramentas da bioinformática é possível o desenvolvimento de novas ferramentas moleculares ainda limitadas para essa cultura. Sequências repetitivas de DNA são abundantes no genoma dos eucariotos presentes em regiões de heterocromatina com raros exemplos em regiões gênicas ou de regulação. Os minissatélites são sequências de 6 a 100...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mandioca; Marcador genético; Genoma; Polimorfismo genético; Cassava; Genetic markers; Genetic polymorphism; Chromosome mapping.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976804
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Análise proteômica do sêmen de reprodutores caprinos soropositivos para a artrite encefalite caprina Repositório Alice
BEZERRA JÚNIOR, R. Q..
Resumo: A maioria das pesquisas para diagnóstico e avaliação da lentiviroses se baseia na identificação, direta ou indireta, da proteína viral no sangue, leite, sêmen, saliva ou tecidos. Trabalhos com proteômica avaliando as lentiviroses são escassos. A princípio, a análise, detecção e/ou avaliação do vírus são realizadas a partir, principalmente, de amostras de sangue, sendo a maioria dos estudos realizados relacionada ao HIV. O perfil proteico do plasma seminal de pequenos ruminantes associado com índices reprodutivos já foi determinado, mas trabalhos correlacionando a presença dessas proteínas no sêmen à Artrite Encefalite Caprina (CAE) são escassos. Na primeira fase desse trabalho foi avaliada a atividade das metaloproteinases (MMPs) no sangue por meio...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: CAEV; Zimografia; Eletroforese Bidimensional; Zymography; Two-dimensional electrophoresi; Biomarcadores; Análise proteômica; Proteomics; Artrite encefalite caprina; Vírus da artrite encefalite caprina; CAE; CAEV; Caprino; Sangue; Sêmen; Doença animal; Marcador molecular; Goats; Blood; Semen; Animal diseases; Caprine arthritis encephalit virus; Genetic markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041024
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Applications of genomics to rice breeding International Rice Research Institute
Mackill, D. J..
p.9-15
Palavras-chave: Breeding; Genome analysis; Gene mapping; DNA sequencing; Genetic markers; Genetic markers; Genetic transformation; Gene expression.
Ano: 2003 URL: http://hdl.handle.net/123456789/1307
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Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee. Repositório Alice
SILVA, G. N.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; CRUZ, C. D.; CAIXETA, E. T.; CARNEIRO, P. C. S.; ROSADO, R. D. S.; PESTANA, K. N.; ALMEIDA, D. P. de; OLIVEIRA, M. da S..
The objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F2 population derived from the self-fertilization of the F1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Inteligência artificial; Predição; Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Marcador molecular; Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Artificial intelligence; Genetic markers; Prediction.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069618
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Assessment of opportunities to map pearl millet tolerance to salinity during germination and early seedling growth Open Agri
Mukhopadhyay, R..
Palavras-chave: Millets; Tolerance; Genotypes; Phenotypes; Genetic markers; Genomes; Heritability; Soil salinization; Feed crops; Humus.
Ano: 2005 URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/3215
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Associação entre padrões isoenzimáticos de clones de seringueira (Hevea spp) e resistência ao Microcyclus ulei (P. Henn) v. Arx. Repositório Alice
KALIL FILHO, A. N..
Estudo sobre a existencia de associacao entre a resistencia e fenotipos enzimaticos por meio de eletroforese em gel de amido em extratos de foliolos, para determinacao dos fenotipos de 107 clones para seis sistemas enzimaticos. As associacoes entre classes de fenotipos enzimaticos com resistencia ao M. ulei foram estabelecidas atraves do teste x², e as associacoes entre fenotipos enzimaticos com resistencia ao mal das folhas pelo teste x² de Woolf. Foram verificadas, tambem, a) a existencia de associacao entre heterozigosidade media e resistencia a doenca, e b) algumas associacoes entre fenotipos enzimaticos de locos diferentes. Padroes eletroforeticos evidenciaram a origem alotetraploide (anfidiploide) proposta para o genero Hevea. Algumas discrepancias...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genetico; Brasil; Sao Paulo; Species; Rubber tree; Fungal diseases; Resistance; Isoenzymes; Doença; Espécie; Folha; Hevea; Isoenzima; Mal das Folhas; Marcador Genético; Microcyclus Ulei; Resistência; Seringueira; Breeding; Genetic markers; Leaves.
Ano: 1994 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/667109
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Association of bGH and Pit-1 gene variants with milk production traits in dairy Gyr bulls. Repositório Alice
MATTOS, K.K.; LAMA, S.N. del; MARTINEZ, M.L.; FREITAS, A.F..
The objective of this study was to obtain genetic marker information in the Gyr breed by analyzing bGH and Pit-1 gene polymorphisms and to verify their association with milk production traits. One sample including 40 Gyr bulls were genotyped at two bGH gene restriction sites (bGH- AluI and bGH-MspI) and at one restriction site in the Pit-1 gene (Pit-1 HinfI). The bGH-MspI(-) allele was favorable for fat milk percentage. The heterozigous Pit-1 HinfI (+/-) bulls were superior for fat milk production, in relation to homozigous Pit-1 HinfI (+/+). The Pit-1 and bGH genes are strong candidates in the dairy cattle QTL search, and zebuine populations are promising samples for this purpose.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Dairy cattle; Genetic markers; Polymorphism; Zebu; Gado leiteiro; Marcador genético; Polimorfismo.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/110076
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Avaliação da origem de variações fenotípicas da manga 'Keitt' cultivada em São Paulo com base em marcadores RAPD. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; PINTO, A. C. de Q.; ROSSETTO, C. J.; FRAGA, L. M. S.; ANDRADE, S. R. M. de; BELLON, G..
0
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcador molecular; RAPD; Melhoramento genético vegetal; Manga; Mangifera indica; Características agronômicas; Genetic markers; Plant breeding; Mangoes; Agronomic characters.
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/569471
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Avaliação da transferibilidade para Euterpe precatoria de marcadores microssatélites desenvolvidos para Euterpe edulis. Repositório Alice
AZEVEDO, H. S. F. da S.; RUFINO, P. B.; CAVALCANTE, L. do N.; AZEVEDO, J. M. A. de; WADT, L. H. de O.; CAMPOS, T. de.
Euterpe precatoria, conhecido popularmente como açaí-solteiro apresenta potencial agronômico, tecnológico e econômico e vem ganhando destaque pela comercialização de seus frutos. A produção desse açaizeiro está baseada no extrativismo e por isso práticas de manejo têm sido recomendadas para uma coleta sustentável. Para se recomendar taxas sustentáveis de coleta dos frutos, é fundamental se ter informações sobre a variabilidade genética das populações naturais O açaizeiro apresenta grande importância, devido à crescente demanda por seus frutos nos mercados consumidores: local, regional e nacional. Esta crescente procura, faz com que seja incentivado estudos de diversidade e estrutura genética de populações de açaizeiros nativos, visando a conservação, uma...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Manejo sustentável; Agricultura sustentable; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Novo Segredo; Formoso; Terra Indígena Kaxinawá de Nova Olinda (TIKNO); Feijó (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental; Melhoramento Genético Vegetal; Açaí; Euterpe Edulis; Variação Genética; Fruto; Marcador Genético; Sustainable agriculture; Plant breeding; Euterpe precatoria; Arecaceae; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107227
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Avaliação de polimorfismo em germoplasma de Tucumã (Astrocaryum vulgare Mart.) por marcadores RAPD. Repositório Alice
OLIVEIRA, E. M. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RAPD; Tucumã; Astrocarium vulgare; Polimorfismo genético; Variação genética; Marcador molecular; Astrocaryum vulgare; Genetic polymorphism; Genetic variation; Random amplified polymorphic DNA technique; Genetic markers.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036923
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Beating blast International Rice Research Institute
Jena, K.K..
p.36-37
Palavras-chave: Genes; Disease resistance; Genetic markers; Selection; Blast; Fungal diseases.
Ano: 2006 URL: http://hdl.handle.net/10269/42
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Biodiversity measures in agriculture using DNA. Repositório Alice
HOFFMANN, L. V.; BORBA, T. C. de O.; ALLEM, L. N.; BARROSO, P. A. V.; MELLO, R. N. de..
Introduction; From nature to agriculture: why we need diversity?; Microrganisms and pests associated to plants; Genetic markers and molecular markers; How measures are taken: a brief review on the simplest and most popular tools; Random amplified DNA reveals polymorphism; Repetitive sequences can be especially polymorphic; Sequencing and single nucleotide polymorphism; Markers may help to understand evolution; The gains in plant breeding depends of variance; Conclusion.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Biodiversidade; DNA; Marcador molecular; Biodiversity; DNA; Genetic markers.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909247
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