SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

COLLEVATTI, R. G.; NOVAES, E.; SILVA JUNIOR, O. B. da; VIEIRA, L. D.; LIMA-RIBEIRO, M. S.; GRATTAPAGLIA, D..

bitstream/item/199571/1/s41437-019-0188-0.pdf

A host specialized form of Ceratocystis fimbriata causes seed and seedling blight on native Carapa guianensis (andiroba) in Amazonian rainforests.

Palavras-chave: Conservation genomics; Genetic variation.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110632

VALDETARO, D. C. O. F.; HARRINGTON, T. C.; OLIVEIRA, L. S. S.; GUIMARÃES, L. M. S.; MCNEW, D. L.; PIMENTA, L. V. A.; GONCALVES, R. C.; SCHURT, D. A.; ALFENAS, A. C..

Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted recently was recorded causing seed and seedling blight on Carapa guianensis Aubl. (andiroba), a tree species native to the Amazon Rainforest and prized for its valuable timber and medicinal seed oil. C. fimbriata more commonly causes wilt type diseases in woody hosts, especially on non-native host trees. However, on andiroba the disease occurs on seedlings and seeds, affecting the species regeneration. We studied 73 isolates of C. fimbriata on andiroba from three regions of the Amazon Basin to see if they represented natural or introduced populations. Analysis of ITS rDNA sequences and phylogenetic analysis of mating type genes revealed new haplotypes of C. fimbriata from the Latin American Clade that were closely...

A novel statistical method for assessing SSR variation in autotetraploid alfalfa (Medicago sativa L.)

Palavras-chave: Produto florestal não madeireiro (PFNM); Enfermedades fungales de las plantas; Plantas de semilleros; Semillas; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Marcador microssatélite; Stem blight; Tizón del tallo; Andiroba; Carapa Guianensis; Doença Fúngica; Fungo; Ceratocystis Fimbriata; Plântula; Semente; Variação Genética; Marcador Genético; Nontimber forest products; Fungal diseases of plants; Seedlings; Seeds; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107239

Genet. Mol. Biol.

Liu,Zhi-Peng; Liu,Gong-She; Yang,Qing-Chuan.

The level of variation of simple sequence repeat (SSR) markers in cultivated alfalfa from American, Australian and Chinese sources was evaluated using a novel autotetraploid statistical method to calculate the effective number of alleles, the allele frequencies and heterozygosity. We used 19 SSR primers to screen seven polymorphic SSR loci in 320 plants from eight populations. The genetic distance and phylogenetic analysis (DISPAN) program was used to calculate the inter- and intra-population genetic relationships using the conventional binary absence/presence (0/1) method and our novel autotetraploid method. The autotetraploid method resulted in significantly higher heterozygosity (p < 0.01), average effective number (p < 0.01) and lower standard...

A RAPD-PCR-based genetic diversity analysis of Helicoverpa armigera and H. zea populations in Brazil.

Palavras-chave: Autotetraploid; Genetic variation; Medicago sativa L.; SSR; Statistical genetics.

Ano: 2007

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000300015

LOPES, H. M.; BASTOS, C. S.; BOITEUX, L. S.; FORESTI, J.; SUINAGA, F. A..

Therefore, the aim of this study was to determine the genetic diversity of H. armigera and H. zea populations by RAPD-PCR analysis. The most important result was the clustering of one H. armigera population in a group predominantly formed by H. zea. It could indicate a possible occurrence of an interspecific cross between these species. This is a concern to Brazilian agriculture due to the possibility of selection of hybrids well adapted to the American environment, which would be inherited from H. zea.

Advances in common bean genome-wide analysis and impacts for the breeding programs.

Palavras-chave: Praga de planta; Helicoverpa Zea; Lagarta; Variação genética; Marcador genético; Helicoverpa armigera; Random amplified polymorphic DNA technique; Genetic variation; Genetic markers.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086397

Agronomic performance and genetic variability of Panicum maximum accessions in the cerrado of Federal District, Brazil.

VIANELLO, R. P..

Conservation and knowledge of common bean genetic resources for sustainable management and proper utilization are of great importance to increase genetic gain in breeding programs. The Brazilian common bean core collection (CONFE) represents the genetic diversity of a large collection and presents a great potential to be widely explored to improve utilization of germplams for association analysis of agronomic traits and genome selection. In the last years, SNP markers have been increasingly developed based on the analysis of the accessions from CONFE, and applied for genetic analysis, investigation of the genetic structure along the domestication sites and breeding programs, as well as the identification of genomic regions related to traits of agronomic...

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Association panel; Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético; Beans; Molecular breeding; Genetic variation.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078882

Infoteca-e

FERNANDES, F. D.; MARTHA JÚNIOR, G. B.; FALEIRO, F. G.; RAMOS, A. K. B..

Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gramínea forrageira; Capim Colonião; Variação genética; Avaliação; Características agronômicas; Cerrado; Feed grasses; Genetic variation; Evaluation; Agronomic characters.

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/569428

Łeghágots'enetę (learning together): the importance of indigenous perspectives in the identification of biological variation

Ecology and Society

Polfus, Jean L.; Natural Resources Institute, University of Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada; jeanpolfus@gmail.com; Manseau, Micheline; Office of the Chief Ecosystem Scientist, Parks Canada, Gatineau, Québec, Canada; Natural Resources Institute, University of Manitoba, Winnipeg, Manitoba, Canada; Micheline.Manseau@pc.gc.ca; Bayha, Walter; Délı̨nę Land Corporation, Délı̨nę, Northwest Territories, Canada; nihtla321@gmail.com; Rice, Keren; Department of Linguistics, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada; rice@chass.utoronto.ca; Wilson, Paul; Biology Department, Trent University, Peterborough, Ontario, Canada; pawilson@trentu.ca.

Tipo: Peer-Reviewed Reports

Palavras-chave: Aboriginal; Biocultural diversity; Biodiversity; Caribou; Collaborative research; Ecology; First Nation; Genetic variation; Indigenous communities; Population genetics; Population structure; Rangifer tarandus; Resource management; Social-ecological systems; Traditional knowledge.

Ano: 2016

Análise da diversidade genética entre acessos de banco ativo de germoplasma de algodão.

CARVALHO, L.P. de; LANZA, M.A.; FALLIERI, J.; SANTOS, J.W. dos.

O conhecimento da diversidade genética entre um grupo de genitores é importante no melhoramento, sobretudo na identificação de combinações híbridas de maior heterozigose e maior efeito heterótico e, portanto, na recuperação de genótipos superiores nas gerações segregantes. Os métodos preditivos de diversidade têm sido muito utilizados porque dispensam a obtenção de combinações híbridas entre os genitores e normalmente usam uma medida de similaridade para avaliar a diversidade entre eles. Foram avaliados 221 acessos do banco ativo de germoplasma de algodão da Epamig, por meio da distância euclidiana média e posterior agrupamento dos indivíduos, de modo a permitir escolhas mais apropriadas de genitores para cruzamentos. Para isso foram consideradas 11...

Analise da variabilidade de isoenzimas em acessos e cultivares de girassol.

Palavras-chave: Gossypium; Variação genética; Genitores; Hibridação; Método de melhoramento; Genetic variation; Parents; Hybridization; Breeding methods.

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/109646

SOUZA, R.F. de; CONTEL, E.P.B..

O número de genótipos de girassol (Helianthus annuus L.) disponíveis aos agricultores é pequeno e pouco se conhece sobre os genótipos provenientes de outros países que possam ser utilizados no melhoramento genético desta cultura. O objetivo deste trabalho foi analisar a variabilidade genética de 31 acessos e de cinco cultivares nos sistemas isoenzimáticos fosfoglicomutase (PGM), 6-fosfogliconato desidrogenase (PGD), fosfoglicoisomerase (PGI) e esterase (EST). Utilizou-se a técnica de eletroforese em gel de amido/penetrose para o fracionamento das isoenzimas da PGM, PGI e PGD e focalização isoelétrica para EST. Foram detectados um total de seis locos e 14 alelos para estes quatro sistemas. Observou-se variantes alélicas para os locos Pgi2, Pgm1, Pgd2, cada...

Análise de cruzamentos dialélicos entre variedades de milho-doce-Su.

Palavras-chave: Helianthus annuus; Proteinas; Polimorfismo enzimatico; Variacao genetica; Proteins; Enzyme polymorphism; Genetic variation.

Ano: 2001

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/103892

SCAPIM, C. A.; CRUZ, C. D.; SILVA, J. C.; COSTA, J. G. da; RIBEIRO JUNIOR, J. I.; GALVÃO, E. R..

Sete variedades de milho-doce sugary - (su1) originaram 21 hibridos F1's e respectivos reciprocos que, juntamente com os progenitores e duas testemunhas, foram avaliados, num delineamento em latice triplo 7x7, em Visconde de Rio Branco (MG), no ano agricola 92/93. Avaliaram-se, 25 dias apos o florescimento feminino, os seguintes caracteres: numero de espigas comerciais, peso das espigas comerciais despalhadas, comprimento da espiga, numero de fileiras de graos/espiga, umidade das sementes F2's, acucares soluveis redutores e totais das sementes F1's e F2's. Utilizou-se o metodo de analise dialelica de GARDNER e EBERHART (1966), modificado por ALVES e CRUZ (1995) para esses caracteres, com o objetivo de avaliar as variedades de milho-doce (su1) per se e em...

Analise genetica de isolados de Xanthomonas campestris pv. vesicatoria por eletroforese de campo pulsado.

Palavras-chave: Milho-doce-Su; Heterose; Melhoramento genético vegetal; Milho doce; Cruzamento dialélico; Vigor híbrido; Variação genética; Plant breending; Sweetcorn; Diallel analysis; Genetic variation; Heterosis; Fitomejoramiento; Maíz dextrinoso; Análisis de dialelos; Variación genética.

Ano: 1996

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/492144

QUEZADO-SOARES, A. M.; LEITE JUNIOR, R. P.; LIMA, M. F.; LOPES, C. A..

bitstream/item/182564/1/Fitopatologia-Brasileira-v.23-p.215-1998.pdf

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Diversidade genetica; Eletroforese; Pimentão; Tomate; Xanthomonas Campestris; Electrophoresis; Genetic variation; Pepper; Tomatoes.

Ano: 1998

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/132959

Análise simultânea de caracteres quantitativos e qualitativos em genótipos de maracujá.

MACHADO, C. de F.; JESUS, F. N. DE; LEDO, C. A. da S..

A análise conjunta de variáveis qualitativas e quantitativas tem sido apontada como uma ferramenta útil para uma estimativa mais robusta da diversidade genética entre os acessos de uma coleção de germoplasma. O objetivo do presente trabalho foi promover a análise simultânea de variáveis qualitativas e quantitativas e posterior agrupamento para definição da diversidade genética entre genótipos de maracujá por meio do algoritmo de Gower. Foram avaliadas 13 características qualitativas e 23 quantitativas em 22 acessos procedentes da Coleção de maracujá da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Os dados foram analisados de forma conjunta pelo algoritmo de Gower, detectando-se variabilidade para as variáveis qualitativas e quantitativas. Os quatro grupos formados...

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Maracujá; Melhoramento vegetal; Variação genética; Passiflora; Genetic variation.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1020774

Analysis of preharvest sprouting in three Brazilian wheat populations.

BASSOI, M.C.; FLINTHAM, J.; RIEDE, C.R..

The objective of this work was to evaluate the possibility of obtaining recombinant inbred wheat lines more resistant to preharvest sprouting, independently of colour genes, in three red-grained Brazilian wheat populations. The results showed statistical significance among lines within all populations, which presented a normal distribution and transgressive segregation for preharvest sprouting. The normal distribution of the lines from all red-grained populations suggests that sprouting, excluding the genes expressing seed coat pigmentation, is, probably, controlled by many genes. These findings also indicate that it may be possible to improve resistance to preharvest sprouting, independently of the colour genes.

Analysis of preharvest sprouting in three Brazilian wheat populations

Palavras-chave: Triticum aestivum; Dormancy; Grain colour; Genetic variation; Dormência; Cor de grão; Genes; Variação genética.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/107013

PAB

Bassoi,Manoel Carlos; Flintham,John; Riede,Carlos Roberto.

Analysis of transferability of microsatellite primers (SSR) in wild Passiflora species and intraspecific genetic diversity in Passiflora alata.

Palavras-chave: Triticum aestivum; Dormancy; Grain colour; Genes; Genetic variation.

Ano: 2006

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2006000400006

SILVA, M. A. A.; SOUZA, M. M.; SILVA, G. S.; MELO, C. A. F.; CORRÊA, R. X.; ARAÚJO, I. S.; CONCEIÇÃO, L. D. H. C. S. da.

ABSTRACT. The genus Passiflora L. is the most representative of Passifloraceae, with over 500 known species, among which 150-200 originated from Brazil. In addition to the great commercial importance of this genus for the fruit market, many of the species have exotic flowers with a huge diversity of colors and can thereby be exploited as ornamental plants. This study was aimed at investigating the transferability of microsatellite primers in wild Passiflora species (P. cacao, P. cincinnata, P. glandulosa, P. gibertii, and P. mucronata) and characterizing 29 P. alata accessions using microsatellite primers that were previously developed in a library enriched with microsatellites from P. edulis f. flavicarpa for P. alata. The interspecies cross-amplification...

Aspectos morfologicos e fenologicos de Tillandsia cyanea (Bromeliaceae).

Palavras-chave: Diversidade genética; Marcador microsatelite; Transferabilidade de primers; Marcador genético; Maracujá; Flor; Melhoramento genético vegetal; Passiflora alata; Genetic variation; Microsatellite repeats; DNA primers.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008509

SOUZA, G. K. B.; SOUZA, E. H. de; NASCIMENTO, W. S.; COSTA, M. A. P. de C.; SOUZA, F. V. D..

As bromélias desempenham um importante papel ecológico nos ecossistemas naturais, além de apresentarem diferentes potenciais de uso. O conhecimento da morfologia e fenologia é essencial para o entendimento das relações ecológicas, contribuindo para o manejo, conservação e melhoramento genético.

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Tillandsioideae; Bromélia; Recurso genético; Banco de germoplasma; Genetic variation; Germplasm conservation; Bromeliaceae.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1011538

Assessing Extinction Risk: Integrating Genetic Information

Ecology and Society

Dunham, Jason; University of Nevada-Reno; jdunham@proaxis.com; Peacock, Mary; University of Nevada-Reno; mpeacock@scs.unr.edu; Tracy, C. Richard; University of Nevada-Reno; dtracy@unr.edu; Nielsen, Jennifer; Stanford University; jnielsen@leland.stanford.edu; Vinyard, Gary; University of Nevada-Reno; gvinyard@med.unr.edu.

Risks of population extinction have been estimated using a variety of methods incorporating information from different spatial and temporal scales. We briefly consider how several broad classes of extinction risk assessments, including population viability analysis, incidence functions, and ranking methods integrate information on different temporal and spatial scales. In many circumstances, data from surveys of neutral genetic variability within, and among, populations can provide information useful for assessing extinction risk. Patterns of genetic variability resulting from past and present ecological and demographic events, can indicate risks of extinction that are otherwise difficult to infer from ecological and demographic analyses alone. We provide...

Tipo: Peer-Reviewed Reports

Palavras-chave: Extinction risk; Genetic variation; Incidence function analysis; Population viability analysis; Ranking methods; Risk assessment; Spatial scale; Temporal scale..

Ano: 1999

Assessment of genetic diversity in the Russian olive (Elaeagnus angustifolia) based on ISSR genetic markers

Rev. Ciênc. Agron.

Asadiar,Leila Sadat; Rahmani,Fatemeh; Siami,Abbas.

Elaeagnus is a Eurasian tree with 77 species worldwide. In this study, ISSR markers were used to establish the level of genetic relationships and polymorphism across nine genotypes of Elaeagnus angustifolia collected from 9 different regions of West Azarbaijan province. The ISSR analysis with 11 anchored primers also generated 116 scorable loci, of which 92 were polymorphic (79.3%). The estimated Jaccard similarity coefficient ranged from 0.44 to 0.76 for the ISSR markers. Cluster analysis was carried out, based on the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA) and the dendrogram drawn with the help of the NTSYSpc 2.02 software. The analysis revealed 5 main clusters for the ISSR data. According to our results, there is a relatively high...

Atypical phenotypic characteristics of klebsiella pneumoniae isolates from an outbreak in a neonatal intensive care unit in Brazil

Palavras-chave: Dendrogram; Russian olive; Genetic variation; Molecular marker.

Ano: 2013

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902013000200013

BJM

Otman,J.; Perugini,M.E.; Tognim,M.C.B.; Vidotto,M.C..

Extended-spectrum beta-Lactamase-producing (ESBL) Klebsiella sp.isolates from an outbreak in a Neonatal Intensive Care Unit (NICU) at a teaching hospital in Londrina, Paraná State, Brazil, presented atypical phenotypic characteristics that hampered their identification and the distinction between Klebsiella and Enterobacter species. Ten isolates were identified as K. pneumoniae due to negative reactions for motility and inducible beta-lactamase test (ESBL and AmpC) despite being positive for ornithyne descarboxilase. These isolates were genotyped by ribotyping and polymerase chain reaction (PCR) with repetitive extragenic palindromic sequences (REP). Ribotyping by means of an automated instrument and EcoRI and Pvu II as restriction enzymes resulted...