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A biologia avançada e o impacto da genômica na produção de caprinos e ovinos. Infoteca-e
SIDER, L. H.; ZAROS, L. G..
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genômica; Caprino; Ovino; Biologia molecular; Goats; Sheep; Molecular biology; Genomics.
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534121
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A system for management and analysis of rice genomics data for candidate gene discovery International Rice Research Institute
Mansueto, Locedie A..
xx, 165 l. : ill. Thesis (M.S.) -- University of the Philippines Diliman
Tipo: Thesis Palavras-chave: Rice; Plant genetics; Information systems; Data analysis; Genomics; Mathematical models; Information management.
Ano: 2005 URL: http://hdl.handle.net/123456789/363
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Analysis of the genomic basis of functional diversity in dinoflagellates using a transcriptome-based sequence similarity network ArchiMer
Meng, Arnaud; Corre, Erwan; Probert, Ian; Gutierrez-rodriguez, Andres; Siano, Raffaele; Annamale, Anita; Alberti, Adriana; Da Silva, Corinne; Wincker, Patrick; Le Crom, Stephane; Not, Fabrice; Bittner, Lucie.
Dinoflagellates are one of the most abundant and functionally diverse groups of eukaryotes. Despite an overall scarcity of genomic information for dinoflagellates, constantly emerging high-throughput sequencing resources can be used to characterize and compare these organisms. We assembled de novo and processed 46 dinoflagellate transcriptomes and used a sequence similarity network (SSN) to compare the underlying genomic basis of functional features within the group. This approach constitutes the most comprehensive picture to date of the genomic potential of dinoflagellates. A core-predicted proteome composed of 252 connected components (CCs) of putative conserved protein domains (pCDs) was identified. Of these, 206 were novel and 16 lacked any functional...
Tipo: Text Palavras-chave: Genomics; Proteomics; Microbial biology; Molecular evolution; Protists; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00444/55550/57209.pdf
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Applied coffee genomics: towards a GWS program. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Café; Genomics; Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979068
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Bioinformática : Aplicaciones a la proteómica y genómica Colegio de Postgraduados
Riaño Pachón, Diego Mauricio; González Estrada, Elizabeth; Alexa, Adrian; Ramírez, Fidel; Vischi Winck, Flavia; Gómez Merino, Fernando, Coord.; Silva Rojas, Hilda Victoria, Coord.; Pérez Rodríguez, Paulino, Coord..
En esta publicación intitulada “Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica” se detallan algunos de los avances más sobresalientes de los temas de genómica y proteómica, derivados de un curso internacional sobre el tema, organizado por el Colegio de Postgraduados. Estos avances incluyen aspectos de las dos ciencias ómicas, incluyendo genómica y biología estructural, código R, análisis comparativo y evolución, agrupamiento y minería de datos en R, redes de interacciones entre proteínas y proteómica bioinformática. BIOINFORMATICS : APPLICATIONS TO GENOMICS AND PROTEOMICS. ABSTRACT : In this publication entitled "Bioinformatics: applications to genomics and proteomics" are some of the most salient issues of genomics and proteomics, derived from an...
Tipo: Libro Palavras-chave: Bioinformática; Proteómica; Genómica; ADN; Proteínas; Modelación; Simulación; Análisis de genómas; Biología estructural; Código R; Análisis comparativo; Minería de datos; Computación aplicada; Bioinformatics; Proteomics; DNA; Proteins; Models; Genomics; Simulation; R Code; Data mining; Computing; Genome analysis.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10521/313
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Biologia avançada na produção de pequenos ruminantes. Repositório Alice
SIDER, L. H..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino; Ovino; Biologia molecular; Genômica; Genomics; Genetics; Goats; Sheep.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534172
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Biologia molecular aplicada à ciência das plantas daninhas. Repositório Alice
SCHNEIDER, T.; RIZZARDI, M. A.; NUNES, A. L.; BIANCHI, M. A.; BRAMMER, S. P.; ROCKENBACH, A. P..
bitstream/item/178725/1/ID44344-2018v17n1p12RBH.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Variabilidade genética; Herbicida; Biotecnologia; Erva Daninha; Herbicides; Genomics; Biotechnology; Weed science.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1092560
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Biomassza-alapú energiák innovációjának genomikai megközelítései AgEcon
Marothy, Gergely; Kondorosi, Eva; Bíró, Tibor.
A genomika valódi eszköz a biomassza-alapú energiák innovatív kutatása területén, egyes részterületei (metagenomika, transzkriptomika) ténylegesen alkalmazhatók a biomassza-alapanyag optimalizálása során, illetve a biomassza-konverzió hatékonyságának javításában, ezáltal a megújuló energiatípusok előállítási költségeinek csökkentésében. ------------------------------------------------ Genomics is a useful tool in innovative research into biomass energy. Certain fields of genomics (metagenomics, transcriptomics) have a practical application in biomass optimisation and in improving the efficiency of biomass, and can thus help reduce the costs of renewable energy production.
Tipo: Article Palavras-chave: Genomika; Biomassza; Kutatás; Innováció; Biomass energy; Genomics; Innovation; Research; Research and Development/Tech Change/Emerging Technologies.
Ano: 2011 URL: http://purl.umn.edu/119937
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Bivalve genomics ArchiMer
Saavedra, Carlos; Bachere, Evelyne.
Interest in bivalve genomics has emerged during the last decade, owing to the importance of these organisms in aquaculture and fisheries and to their role in marine environmental science. Knowledge of bivalve genome structure, function and evolution resulting from 20th century "single gene" approaches is limited, but genomic technologies are called to dramatically increase it. Research based on linkage maps, transcriptomics and proteomics is being carried out to study the genetic and molecular bases of traits of interest in bivalve farming industry, mainly disease susceptibility, tolerance to environmental stress, and growth. The Pacific oyster (Crassostrea gigas) is now the focus of an international genome-sequencing consortium. The use of bivalves in...
Tipo: Text Palavras-chave: Shellfish toxins; Feeding; Stress; Proteomics; Genomics; Bivalves.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-1709.pdf
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Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H..
Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology?. In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by a "grammar" of Biology. Chargaff discovered some rules about nucleotides that have been named Chargaff's rules. In this work, we further develop his "grammar". Using new concepts, we were able to discover new higher order genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts, for example for short read data bias detection and genome assembly...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Propriedade fractal; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974768
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Chromosomal distribution and evolution of abundant retrotransposons in plants: gypsy elements in diploid and polyploid Brachiaria forage grasses. Repositório Alice
SANTOS, F. C.; VALLE, C. B. do; CHIARI, L..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Centromeres; Retrotransposons; FISH; In situ hybridization; Metaviridae; Grasses; Genomics; Genome organization; Transposons; Transposable elements; Genetics; Repetitive DNA; Chromosomes.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040145
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Coffea nutriome: minding the gap among genomics, biotechnology and fertilization practices. Repositório Alice
DOMINGUES, D. S.; MEDA, A. R.; SANTOS, T. B.; VESPERO, E. B.; SITTA, R. B.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genomics; Plant nutrition; Nitrogen; Boron.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880427
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Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. Repositório Alice
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S..
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066092
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Copy-number variations reveal divergence among brazilian soybean cultivars. Repositório Alice
SANTOS, J. V. M.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, Y.; WANG, J.; VUONG, T. D.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. F. de; VALLIYODAN, B.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Soja; Genoma; Soybeans; Genome; Genomics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1018768
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bos indicus; Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte; Gado Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009575
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado Zebu; Gado de corte; Cattle; Dairy cattle; Bos indicus; Single nucleotide polymorphism; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007818
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos; Aquicultura; Aquaculture; Fish; Genomics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003702
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Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. Repositório Alice
HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P..
A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Bioinformatics; Software; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/933206
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DNA methylation and functional characterization of the XIST gene during in vitro early embryo development in cattle. Repositório Alice
MENDONÇA, A. dos S.; SILVEIRA, M. M.; RIOS, A. F. L.; MANGIAVACCHI, P. M.; CAETANO, A. R.; DODE, M. A. N.; FRANCO, M. M..
bitstream/item/201952/1/DNA-methylation-and-functional-characterization-of-the-XIST-gene-during-in-vitro-early-embryo-development-in-cattle.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: X chromosome inactivation; XIST; DNA methylation; Gene expression; Genomics.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112182
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Draft genome sequencing of the Yeast Spathaspora arborariae sp. Repositório Alice
SANTOS, E. de M.; FRANCO, G. R.; STAMBUK, B. J. C. U.; ROSA, C. A.; LOBO, F. P..
This work provides the description of a draft genome of S. arborariae.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de genoma; Yeast Spathaspora arborariae sp.; Sequence analysis; Yeasts; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946642
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