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Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel PAB
Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010
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Avaliação da diversidade genética em pimentão através de análise multivariada Horticultura Brasileira
Oliveira,Valter R.; Casali,Vicente Wagner D.; Cruz,Cosme Damião; Pereira,Paulo Roberto G.; Braccini,Alessandro de L. e.
A diversidade entre 133 genótipos de pimentão (Capsicum annuum L.), em relação a doze características agronômicas, foi avaliada através de técnicas de análise multivariada (distância D² de Mahalanobis, agrupamento pelo método de Tocher e dispersão em eixos cartesianos). O ensaio foi conduzido no período de 6 de outubro de 1993 a 19 de março de 1994, em condições de campo, no município de Viçosa (MG), em solo Podzólico vermelho-amarelo câmbico. O delineamento experimental utilizado foi blocos completos casualizados, com três repetições, sendo cada parcela composta por seis plantas (2,16 m²). Com a metodologia utilizada foi observada a colocação dos genótipos em quinze grupos. Os genótipos P-141-195-F10, P-142-270-F10, P-141-90-F13, cv. Apolo AG 511 e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum annuum L.; Melhoramento; Características agronômicas; Produção; Análise de agrupamento; Método de Tocher; Índice de precocidade; Índice de concentração da produção.
Ano: 1999 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05361999000100006
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Divergência genética de populações de Piper hispidinervum C. DC. com base em caracteres morfoagronômicos. Repositório Alice
NEGREIROS, J. R. da S.; MIQUELONI, D. P..
Com o intuito de gerar informações para o programa de melhoramento de pimenta longa (Piper hispidinervum), no Estado do Acre, avaliou-se a divergência genética entre quinze populações coletadas em diferentes regiões do Estado. Foram avaliados os seguintes caracteres morfoagronômicos: largura e comprimento da folha, comprimento e diâmetro do pecíolo, volume de copa, rendimento de óleo essencial e teor de safrol (componente majoritário deste óleo essencial). Foram aplicadas análises de agrupamento, pelos métodos de otimização de Tocher e do vizinho mais próximo, além da análise de variáveis canônicas. Houve diferenças significativas em todas as características estudadas. O agrupamento pelo método de Tocher permitiu identificar três grupos de divergência. As...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Método de Tocher; Tocher method; Melhoramento genético vegetal; Pimenta longa; Piper hispidinervum; Variação genética; Características agronômicas; Óleo essencial; Rendimento; Análise estatística; Método estatístico; Plant breeding; Piper longum; Genetic variation; Statistical analysis; Agronomic traits; Essential oils; Safrole; Yield components; Fitomejoramiento; Variación genética; Características agronómicas; Aceites essenciales; Safrol; Caracteres de rendimiento; Análisis estadístico.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971800
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Divergência genética entre acessos de pimenta e pimentão utilizando técnicas multivariadas Horticultura Brasileira
Sudré,Cláudia P.; Rodrigues,Rosana; Riva,Elaine M.; Karasawa,Mina; Amaral Júnior,Antônio T. do.
Técnicas multivariadas foram utilizadas para avaliar a divergência genética entre 56 acessos da coleção de germoplasma de Capsicum spp. da UENF. Foram utilizados onze descritores quantitativos propostos pelo International Plant Genetic Resources Institute, em um experimento conduzido em condições de campo, em Campos dos Goytacazes (RJ), no delineamento de blocos ao acaso com três repetições e 10 plantas por parcela. A distância generalizada de Mahalanobis (D²) foi utilizada como medida de dissimilaridade. Foram aplicadas variáveis canônicas, método hierárquico do vizinho mais próximo, método de otimização de Tocher e projeção das distâncias no plano. As variáveis avaliadas foram comprimento e diâmetro do fruto, número de sementes por fruto, peso médio do...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum spp.; Germoplasma; Variáveis canônicas; Método de Tocher; Projeção das distâncias no plano; Recursos genéticos.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362005000100005
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Estratégias de amostragem e estabelecimento de coleções nucleares Repositório Alice
VASCONCELOS, E.S. de; CRUZ, C.D.; BHERING, L.L.; FERREIRA, A..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da intensidade de amostragem, do tamanho da coleção de germoplasma inicial e da variância da amostragem sobre a qualidade das respectivas coleções nucleares, quanto à representatividade das coleções iniciais. Foram simulados sete tamanhos de coleções iniciais e utilizadas seis intensidades de amostragem para estabelecimento de coleções nucleares, utilizando caracteres morfoagronômicos. Determinaram-se o número de grupos formados, o coeficiente de coincidência entre a coleção nuclear e a coleção inicial e o coeficiente de determinação dos acessos amostrados para comporem a coleção nuclear. Também foi proposto o uso de uma estratégia alternativa para estabelecer coleções nucleares, de forma a maximizar a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coleção de germoplasma; Coleção nuclear; Intensidade de amostragem; Coeficiente de coincidência; Método de Tocher; Germplasm collection; Core collection; Sampling intensity; Coincidence rate; Tocher method.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/126118
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Estratégias de amostragem e estabelecimento de coleções nucleares PAB
Vasconcelos,Edmar Soares de; Cruz,Cosme Damião; Bhering,Leonardo Lopes; Ferreira,Adésio.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da intensidade de amostragem, do tamanho da coleção de germoplasma inicial e da variância da amostragem sobre a qualidade das respectivas coleções nucleares, quanto à representatividade das coleções iniciais. Foram simulados sete tamanhos de coleções iniciais e utilizadas seis intensidades de amostragem para estabelecimento de coleções nucleares, utilizando caracteres morfoagronômicos. Determinaram-se o número de grupos formados, o coeficiente de coincidência entre a coleção nuclear e a coleção inicial e o coeficiente de determinação dos acessos amostrados para comporem a coleção nuclear. Também foi proposto o uso de uma estratégia alternativa para estabelecer coleções nucleares, de forma a maximizar a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coleção de germoplasma; Coleção nuclear; Intensidade de amostragem; Coeficiente de coincidência; Método de Tocher.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000400008
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Integração de dados em estudos de diversidade genética de tomateiro PAB
Martins,Francielle Alline; Carneiro,Pedro Crescêncio Souza; Silva,Derly José Henriques da; Cruz,Cosme Damião; Carneiro,José Eustáquio de Souza.
O objetivo deste trabalho foi integrar dados de caracteres quantitativos, multicategóricos, moleculares e fitopatológicos para a avaliação da diversidade genética de subamostras de tomateiro do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (BGH-UFV). Foram utilizados dados de 67 subamostras de tomateiro do BGH-UFV, caracterizadas quanto a 19 caracteres quantitativos, 30 multicategóricos, 52 locos ISSR e à reação a três patógenos (Alternaria solani, Pseudomonas syringae pv. tomato e Tomato yellow spot virus). Inicialmente, a avaliação da diversidade entre as subamostras foi realizada para cada conjunto de caracteres individualmente, e indicou que a diversidade baseada em qualquer um dos conjuntos de dados não reflete a diversidade dos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Lycopersicon esculentum; Banco de germoplasma; Codificação de dados; Correlação entre matrizes; Método de Tocher.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100011
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Métodos de agrupamento em estudo de divergência genética de pimentas Horticultura Brasileira
Faria,Priscila N; Cecon,Paulo R; Silva,Anderson R da; Finger,Fernando L; Silva,Fabyano F e; Cruz,Cosme D; Sávio,Filipe L.
O objetivo deste trabalho foi comparar três métodos para determinação do número de grupos em estudos com aplicação de métodos hierárquicos de agrupamentos, baseando-se em dados obtidos a partir da caracterização de acessos de Capsicum, de modo a identificar aquele com maior poder de discriminação. Os métodos de Mojena, de Tocher e o método RMSSTD foram aplicados com a finalidade de determinar o número ideal de grupos formados na fase final do procedimento de agrupamento com o método UPGMA. Foram analisados 49 acessos da espécie Capsicum chinense do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa, em relação a dez características morfológicas com o intuito de identificar e agrupar os acessos mais similares, tornando possível a seleção...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum chinense; Método de Mojena; Método de Tocher; RMSSTD.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362012000300012
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Variabilidade físico-química da farinha de mandioca. Repositório Alice
SOUZA, J. M. L. de; NEGREIROS, J. R. da S.; ALVARES, V. de S.; LEITE, F. M. N.; SOUZA, M. L. de; REIS, F. S.; FELISBERTO, F. A. V..
Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade físico-química da farinha de mandioca comercializada no município de Cruzeiro do Sul - AC por meio da análise multivariada. Foram analisadas 18 amostras de diferentes farinhas de mandioca, quanto às variáveis: umidade, cinzas, lipídios, proteína bruta, fibra bruta, carboidratos totais, acidez e pH. A aplicação da análise multivariada de agrupamento segundo o método de Tocher permitiu o estabelecimento de cinco grupos de farinhas. Os grupos IV e V foram considerados de alta qualidade, o primeiro por apresentar o menor teor de cinzas e o maior de proteína bruta, e o segundo por apresentar o menor teor de umidade e o maior teor de carboidratos dentre os grupos. As técnicas de análise multivariada foram...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Análise multivariada; Heterogeneidade; Método de Tocher; Sistema Genes; Cruzeiro do Sul (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Mandioca; Farinha; Qualidade; Propriedade físico-química; Análise estatística; Método estatístico; Cassava flour; Physicochemical properties; Food quality; Statistical analysis; Multivariate analysis; Harina de yuca; Propiedades fisicoquímicas; Calidad de los alimentos; Análisis estadístico; Análisis de multivarianza.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/510922
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