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A link function approach to heterogeneous variance components Inra
Foulley, J.L.; Quaas, R.L.; Thaon d'Arnoldi, C..
Cet article présente des techniques d’estimation des paramètres intervenant dans des modèles mixtes caractérisés i) par des logvariances résiduelles décrites par un modèle linéaire de covariables explicatives et ii) par des composantes u et e liées par une fonction affine. Cela conduit à un coefficient de corrélation intraclasse qui varie comme une fonction monotone de la variance résiduelle. Le cas d’une corrélation constante et celui d’une composante u constante sont également inclus dans cette paramétrisation. L’estimation et les tests relatifs aux paramètres de dispersion correspondants sont basés sur les méthodes du maximum de vraisemblance restreint (REML). Les équations à résoudre pour obtenir ces estimations sont établies à partir de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; MODELE MIXTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; ALGORITHME.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0000008274079922&uri=/notices/prodinra1/2007/08/
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A statistical model for genotype determination at a major locus in a progeny test design Inra
Elsen, J.M.; Vu Tien Khang, J.; Le Roy, P..
S’appliquant à un caractère quantitatif à distribution normale, dont la variabilité génétique est contrôlée à la fois par un locus majeur autosomal et par une composante polygénique et dont l’expression est influencée par des facteurs de milieu, un modèle mixte est développé afin de déterminer le génotype (au locus majeur) des pères et de leurs filles dans un test sur descendance. La répétabilité et les paramètres génétiques relatifs à la composante polygénique sont supposés connus. La loi a posteriori des génotypes des pères et celles des génotypes de leurs filles, conditionnellement aux génotypes des pères, sont établies. Une méthode est proposée pour estimer ces probabilités a posteriori, ainsi que les paramètres inconnus, et une méthode...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TEST SUR DESCENDANCE; DETERMINATION DU GENOTYPE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1988 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9000000042017008&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Analyse statistique de configurations méiotiques dans le cas de triploïdes Inra
Azäis, J.M.; Denis, J.B.; Douaire, G..
Reprenant une modélisation utilisée en particulier par DRISCOLL et al. (1980), nous dégageons les différentes hypothèses probabilistes qu’elle suppose. Nous discutons de l’estimabilité des paramètres du modèle le plus général que permet l’observation microscopique. Nous proposons une estimation différente des paramètres, celle du maximum de vraisemblance, aux qualités statistiques supérieures. D’autre part, cette méthode dispense des variances asymptotiques des estimateurs, on peut donc en déduire des intervalles de confiance etdiscuter du nombre de cellules à observer pour obtenir une précision désirée.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MEIOSE; CHIASMA; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; ESTIMATION; TRIPLOIDE; METHODE STATISTIQUE; MODELE PROBABILISTE.
Ano: 1982 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0500023715107028&uri=/notices/prodinra1/2009/01/
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Approximate restricted maximum likelihood and approximate prediction error variance of the Mendelian sampling effect Inra
Boichard, D.; Schaeffer, L.R.; Lee, A.J..
Dans certaines procédures de Maximum de Vraisemblance Restreint (REML), l’estimation des composantes de (co)variance génétique implique le calcul de la trace du produit de l’inverse de la matrice des coefficients par l’inverse de la matrice de parentés, calcul qui constitue généralement le facteur limitant de ce type de procédure. Nous présentons dans cet article une méthode visant à obtenir une valeur approchée de cette trace dans le cadre d’un modèle animal, en utilisant un modèle équivalent basé sur l’aléa de méiose, en simplifiant sa matrice des coefficients et en en calculant une inverse approchée. Cette approximation est très précise lorsque l’héritabilité du caractère est faible mais elle tend à sous-estimer la trace vraie lorsque...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; HERITABILITE; VARIANCE GENETIQUE; MEIOSE; MODELE ANIMAL; COMPOSANTE DE LA VARIANCE; COMPOSANTE DE LA COVARIANCE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300032740033962&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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ECM approaches to heteroskedastic mixed models with constant variance ratios Inra
Foulley, J.L..
Cet article présente des techniques d’estimation des paramètres intervenant dans des modèles mixtes ayant des rapports de variance constants et des variances résiduelles décrites par un modèle linéaire de leurs logarithmes. Les paramètres de dispersion sont estimés par le maximum de vraisemblance classique (ML) et restreint (REML). Les équations à résoudre pour obtenir ces estimations sont établies à partir de l'algorithme d’espérance-maximisation conditionnelle (ECM) et d’une version simplifiée dite du gradient ECM. Des approches directe et indirecte sont proposées, cette dernière conduisant à un test d’hypothèse sur le rapport de variances. La théorie est illustrée par l’analyse numérique d’un petit exemple.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE MIXTE; ALGORITHME EM; HETEROSCEDASTICITE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800009377067760&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Genetic variation of traits measured in several environments. I. Estimation and testing of homogeneous genetic and intra-class correlations between environments Inra
Robert, C.; Foulley, J.L.; Ducrocq, V..
Cet article étudie les problèmes d’estimation des composantes familiales de (co)variance entre milieux et les problèmes de test d’homogénéité, soit des corrélations génétiques entre milieux seules, soit des corrélations génétiques et des corrélations intra-classe entre milieux. Les procédures de test reposent sur le rapport de vraisemblances restreintes maximisées sous les modèles réduits (les différentes hypothèses d’homogénéité) et le modèle saturé. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM) est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance-covariance. Les formules EM s’appliquent au modèle multicaractère pour le modèle saturé et à des modèles...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; CORRELATION INTRACLASSE; ESPERANCE MAXIMISATION; CORRELATION GENETIQUE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600002012053981&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Heterogeneous variances in Gaussian linear mixed models Inra
Foulley, J.L.; Quaas, R.L..
Cet article fait le point sur un certain nombre de problèmes qui surviennent lors de l’estimation de variances hétérogènes dans des modèles linéaires mixtes gaussiens. On considère le cas d’un ou plusieurs facteurs d’hétéroscédasticité. On développe des algorithmes EM-REML et bayésiens. On propose également un modèle linéaire mixte structurel des logarithmes des variances qui permet de mettre en évidence des sources significatives de variation des variances résiduelles et génétiques et d’appréhender leur importance et leur mode d’action.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE LINEAIRE MIXTE; VARIANCE HETEROGENE; MODELE GAUSSIEN; HETEROSCEDASTICITE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; ALGORITHME.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9700008772060298&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Inferences on homogeneity of between-family components of variance and covariance among environments in balanced cross-classified designs Inra
Foulley, J.L.; Hébert, D.; Quaas, R.L..
Cet article étudie les problèmes d’estimation et de test d’homogénéité des composantes familiales de variance et de covariance entre milieux dans des dispositifs factoriels équilibrés. La structure des variances et des covariances résiduelles est supposée diagonale et hétéroscédastique. La procédure de test d’homogénéité des composantes familiales repose sur le rapport des vraisemblances restreintes maximisées sous les modèles réduit (hypothèse d'homogénéité) et saturé. Un algorithme d’espérance-maximisation (EM) est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance et de covariance. Les formules EM à appliquer sont itératives et utilisent les statistiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; RAPPORT DE VRAISEMBLANCE; ESPERANCE MAXIMISATION; INTERACTION GENOTYPE MILIEU; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; VARIANCE; COVARIANCE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500032366044481&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Maximum-likelihood models for mapping genetic markers showing segregation distortion : 1. Backcross populations IRD
Lorieux, Mathias; Goffinet, B.; Perrier, X.; Gonzales de Leon, D.; Lanaud, C..
Une approche du maximum de vraisemblance est utilisée pour estimer les fréquences de recombinaison entre des marqueurs présentant des distorsions de ségrégation dans des populations backcross. L'hypothèse faite ici est que les distorsions sont induites par des différences de viabilité entre gamètes ou zygotes dues à la présence d'un ou plusieurs allèles contre-sélectionnés. Nous montrons que l'estimateur de Bailey (1949) reste convergent donc efficace sous des conditions plus générales que celles définies par son auteur. Cet estimateur devrait donc être utilisé à la place de l'estimateur classique du maximum de vraisemblance. La question de la détection d'une liaison peut être affectée par les distorsions de ségrégation. (Résumé d'auteur)
Tipo: Text Palavras-chave: AMELIORATION DES PLANTES; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; MODELE MATHEMATIQUE; SEGREGATION; GENE; RETROCROISEMENT; MARQUAGE; MARQUEUR GENETIQUE.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:43202
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Maximum-likelihood models for mapping genetic markers showing segregation distortion : 2. F2 populations IRD
Lorieux, Mathias; Perrier, X.; Goffinet, B.; Lanaud, C.; Gonzales de Leon, C..
Tipo: Text Palavras-chave: AMELIORATION DES PLANTES; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; MODELE MATHEMATIQUE; MARQUAGE; GENE; SEGREGATION; HYBRIDE; MARQUEUR GENETIQUE; F2.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:43203
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Optimal design for the detection of a major gene segregation in crosses between 2 pure lines Inra
Elsen, J.M.; Le Roy, P..
Différents protocoles expérimentaux ont été comparés par simulation sur leur puissance pour la détection d’un gène à l’aide d’un test du maximum de vraisemblance. Le protocole optimal est le plus souvent celui pour lequel le seul type génétique où le gène est en ségrégation est la F2, avec un faible effet de la proportion de F2 par rapport aux types génétiques sans ségrégation (parentaux et Fl). Les gènes dominants sont détectés plus facilement que les gènes additifs. Un modèle considérant l’hétéroscédasticité de la composante polygénique est aussi étudié.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENE MAJEUR; OPTIMISATION; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; LIGNEE HOMOZYGOTE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f6da37a5&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for the first three lactations in the Montbéliarde dairy cattle breed Inra
Beaumont, C..
Ce travail a pour but l’estimation des paramètres génétiques des 3 premières lactations des femelles Montbéliardes et porte sur les principales caractéristiques laitières (productions, ajustées pour la durée de lactation, de lait et de matières utiles, grasses et protéiques, taux butyreux et protéique). Deux fichiers sont étudiés. Ils rassemblent les performances de 30 751 femelles issues de 128 taureaux de testage et de 52 taureaux de service. Ceux-ci sont introduits dans l’analyse pour améliorer les connexions entre troupeaux. Le modèle comporte l’effet aléatoire "père de testage" et les effets fixés "père de service", "troupeau-année", "âge au premier vêlage", "année-saison de vêlage" et "durée de la lactation précédente". L’apparentement des...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PRODUCTION LAITIERE; COMPOSITION DU LAIT; PARAMETRE GENETIQUE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1989 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008c10a4b50&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Sélection laitière divergente en race bovine Normande. I. Effets sur la production de viande des taurillons Inra
Colleau, J.J.; Lefebvre, J.; Dupont, M.; Felgines, C.; Wimitzky, M..
Une première estimation des coefficients de corrélation génétique entre la production laitière d’une part et 19 variables de production de viande d’autre part a été effectuée à partir de 74 taurillons de 16 mois issus de deux premières générations d’une sélection divergente sur la production laitière. Dans le modèle d’analyse, on a considéré l’année d’engraissement comme facteur fixé et l’index laitier généalogique (établi à partir des seuls ascendants mâles testés) comme covariable. Les coefficients de corrélation génétique ont été calculés par maximum de vraisemblance dans le cadre du modèle, les écarts-types d’échantillonnage correspondants étant de l’ordre de 0,30. Une analyse de covariance simple a été effectuée dans laquelle on a supposé...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SELECTION DIVERGENTE; CORRELATION GENETIQUE; COEFFICIENT DE PARENTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1983 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008121d5948&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Statistical analysis of ordered categorical data via a structural heteroskedastic threshold model Inra
Foulley, J.L.; Gianola, D..
Dans le modèle à seuils classique, les différences de réponses entre sous-populations selon des catégories discrètes ordonnées sont modélisées par des différences entre paramètres de position mesurés sur une variable normale sous-jacente. L’approche présentée ici suppose que ces sous-populations diffèrent aussi par leurs paramètres de dispersion (ou paramètres d’échelle). L’hétérogénéité de ces paramètres est décrite par un modèle linéaire structurel et une fonction de lien logarithmique impliquant des covariables discrètes ou continues. L’inférence (estimation, qualité d’ajustement, test d’hypothèse) sur les paramètres dans les modèles à effets fixes est basée sur les méthodes du maximum de vraisemblance. Des techniques bayésiennes sont également...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DIFFICULTES DE VELAGE; CARACTERES A SEUILS; HETEROSCEDASTICITE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; MODELES LINEAIRES MIXTES.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600008266058586&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Variance estimation from integrated likelihoods (Veil) Inra
Gianola, D.; Foulley, J.L..
Cet article présente une méthode d’estimation des composantes de la variance, pour des modèles linéaires mixtes univariés, qui est fondée sur des expressions exactes et approchées de la distribution a posteriori de ces composantes. On peut calculer les espérances, modes et variances de ces distributions, de façon exacte par des méthodes numériques ou de façon approchée en utilisant des lois de χ2 inverses. Bien que l’attention soit centrée sur une analyse bayésienne faisant intervenir des a priori uniformes, le recours à des lois a priori informatives est envisageable sans difficulté notoire additionnelle. La mise en œuvre de l’analyse exacte peut être contraignante d’un point de vue numérique, mais la méthode approchée ne demande pas plus de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: COMPOSANTES DE LA VARIANCE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; METHODE BAYESIENNE.
Ano: 1990 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9100009652021874&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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