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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712
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Ajuste de modelos não lineares no estudo de associação entre polimorfismos genéticos e o crescimento em bovinos de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R.; PACKER, I. U.; TAMBASCO TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.
Foram utilizados dados de peso ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade de 11 classes de genótipos formadas pela concatenação dos polimorfismos genéticos da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da b-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB. As informações foram obtidas de animais de três grupos genéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), nascidos em 1998 e 1999 e pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. Dos cinco modelos estudados: Brody, Von Bertalanffy, Richards, Gompertz e Logístico, o último apresentou melhor qualidade do ajuste. As estimativas dos parâmetros A (valor assintótico), k (taxa de maturação) e m (ponto de inflexão) obtidas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curva de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Modelo logístico; Marcadores genéticos.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46471
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Ajuste de modelos não-lineares em estudos de associação entre polimorfismos genéticos e crescimento em bovino de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; PACKER, I. U; FREITAS, A. R. de; TAMBASCO-TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; CRUZ, G. M. da..
2004
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curvas de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Marcadores genéticos; Modelo logistico.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46994
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Análisis de la Interacción entre el Polimorfismo Rs671 del Gen ALDH2 y Consumo de Alcohol en Individuos Chilenos International Journal of Morphology
Jaramillo,Priscilla C; Fuentes,Katterina; Cortés,Carla; Cisternas,Carlos; Salazar,Luis A.
El alcoholismo es un importante problema de salud pública. En los últimos años ha causado interés el metabolismo del alcohol, puesto que ha sido considerado un posible determinante biológico en la conducta de consumo. Variados estudios se han orientado a la búsqueda y comprensión de la influencia de polimorfismos, en genes que codifican para los principales sistemas enzimáticos que intervienen en el metabolismo hepático. El polimorfismo rs671 del gen que codifica la enzima ALDH2 ha sido asociado a un menor consumo de alcohol debido a la acumulación de acetaldehído en sangre. Diversos estudios indican que este polimorfismo es frecuente en países asiáticos y se considera un factor protector en los individuos que lo portan. Se incluyeron 207 individuos...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Alcoholismo; Marcadores genéticos; ALDH2; Polimorfismo.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-95022015000100011
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Análisis de la variabilidad genética de la colección colombiana de musáceas usando marcadores isoenzimáticos Acta Agron. (Palmira)
Giraldo,Martha C; Ligarreto,Gustavo A; Cayón,Gerardo; Melo,Constanza.
La Colección Colombiana de Musáceas (CCM) es la única a nivel mundial que representa un alto valor por ser la que posee introducciones andinas de altura (> 1500 m.s.n.m.). La caracterización de este germoplasma puede generar valor agregado para su utilización en procesos de selección clonal y para el mejoramiento genético de la especie, mediante el uso de materiales diploides con características transmisibles de importancia. Por esta razón, 33 clones de la CCM conservadas in vitro, fueron evaluadas bioquímicamente mediante 10 enzimas, de las cuales cuatro fueron polimórficas: glutamato oxaloacetil transaminasa (GOT), ab-esterasa (ab-EST), peroxidasa (PRX) y diaforasa (DIAP). La enzima GOT fue la más discriminante entre grupos genómicos particulares....
Tipo: Journal article Palavras-chave: Caracterización morfológica; Colombia; Isoenzimas; Marcadores genéticos; Musa; Musaceae.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122011000200002
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Associação de marcadores moleculares do BTA14 com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Infoteca-e
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. M.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOVEIA, J. J. S.; MIYATA, M.; REGITANO, L. C. de A..
2006
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gado de corte; Raça Canchim; Espessura de gordura; Marcadores genéticos.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47771
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Associação de polimorfismos no gene da u-calpaína com a maciez da carne em animais da raça Nelore. Repositório Alice
CARVALHO, M. E.; ELER, J. P.; BALIEIRO, J. C. de C.; REGITANO, L. C. de A.; MEIRELLES, F. V.; FERRAZ, J. B. S..
Os bovinos de origem Bos indicus são preferidos nos trópicos devido a sua maior resistência as adversidades ambientais. No entanto, estes animais não produzem carne tão macia quanto os taurinos. A seleção assistida por marcadores relacionados à maciez da carne, como é o caso da protease calpaína, pode auxiliar na melhoria da característica. Nesse trabalho, foram utilizados 229 animais da raça Nelore. Após a extração do DNA de amostras de sangue, por desproteinização em presença de NaCl a identificação e determinação dos polimorfismos para três marcadores (CAPN316, CAPN530 e CAPN4751) foi realizada pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Raça Nelore; Calpaína; Maciez; Marcadores genéticos; Carne.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/32979
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Avaliação de uma progênie de cupuaçuzeiro para fins de mapeamento genético. Repositório Alice
OLIVEIRA, H. O. de; ALVES, R. M.; SANTOS, C. R. dos; RAMOS, G. K. de S..
O objetivo do trabalho foi dar continuidade à pesquisa para detectar loci controladores de características quantitativas (QTLs) ligados à resistência à vassourade- bruxa em uma progênie obtida do cruzamento entre pais com resistência contrastante. Os marcadores genéticos utilizados foram primers microssatélites desenvolvidos para o cupuaçuzeiro. O experimento foi realizado no Laboratório de Genética da Embrapa Amazônia Oriental, em Belém, PA, empregando o DNA extraído de tecido foliar sadio de 200 plantas de uma progênie obtida a partir de cruzamentos controlados entre os clones 174 (resistente) e 1074 (susceptível). Após a extração, foi realizado um teste com 27 primers microssatélites os quais demonstraram ótima amplificação e polimorfismo. Foi obtido um...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cupuaçu; Vassoura-de-bruxa; Marcadores genéticos.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970311
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Biologia molecular aplicada à diagnose de doenças de plantas. Infoteca-e
GONCALVES, R. C..
As doenças das plantas influenciam negativamente e de modo significativo as atividades agropecuárias e florestais em todo o mundo. Muitas epidemias tiveram como conseqüência grandes perdas econômicas, alterações sociais e ambientais.
Tipo: Capítulo em livro técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Doença de planta; Biologia molecular; Marcador genético; Plant diseases and disorders; Molecular biology; Genetic markers; Enfermedades y desórdenes de las plantas; Biología molecular; Marcadores genéticos.
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/661798
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Caracterização agronômica e molecular de acessos de Citrus sunki do banco de germoplasma de citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira. Repositório Alice
SCHINOR, E. H.; SIVIERO, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; MARENGO, S.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A..
Este trabalho objetivou caracterizar e avaliar acessos de tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex Tan.) e assemelhados, pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC, Cordeirópolis, SP. Foram avaliadas características agronômicas: altura (A), diâmetro (D), relação A/D, massa e número de gomos dos frutos, número de sementes viáveis e abortadas, comprimento e diâmetro das sementes, número de embriões e características de suco dos frutos: rendimento de suco, sólidos solúveis, acidez total, ratio e sólidos solúveis por caixa (40,8 kg de frutos). Para as análises moleculares foram utilizados DNA genômico total extraído de folhas frescas, acessando-se polimorfismo genético mediante emprego de 11 pares de iniciadores...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Tangerina sunki; Citrus sunki; Marcador microssatélite; Tangerina; Características agronômicas; Marcador genético; Tangerines; Agronomic traits; Genetic markers; Microsatellite repeats; Tangerinos; Características agronómicas; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/912077
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Caracterização agronômica e molecular de genótipos diplóides melhorados de bananeira. Repositório Alice
AMORIM, E. P.; LESSA, L. S.; LEDO, C. A. da S.; AMORIM, V. B. de O.; REIS, R. V. dos; SEREJO, J. A. dos S.; SILVA, S. de O. e.
Uma investigação sobre a diversidade genética entre 11 diplóides melhorados de bananeira, por meio de nove características agronômicas e 16 marcadores microssatélites, foi implementada na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas (BA), Brasil. A distância generalizada de Mahalanobis indicou alto grau de divergência genética. Os genótipos foram agrupados em três grupos. As características altura de planta, número de pencas, número de frutos e diâmetro do pseudocaule contribuíram com grande parte da divergência genética observada. O número de alelos obtidos foi 120, com média de 7,51 alelos por primer. A similaridade genética média foi de 0,44, variando de 0,29 a 0,60. Novas combinações parentais podem ser identificadas com base na divergência...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Melhoramento genético vegetal; Banana; Musa sp; Híbrido; Características agronômicas; Variação genética; Marcador molecular; Plant breeding; Agronomic traits; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Bananos; Fitomejoramiento; Características agronómicas; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/631702
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Caracterização da diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira. Repositório Alice
SOUZA, C. S. de.
A seringueira (Hevea brasiliensis) é uma planta popularmente conhecida por ser a principal fonte de borracha natural. Assim, é fundamental que este recurso genético esteja devidamente avaliado e caracterizado. O objetivo desse trabalho foi caracterizar por meio de marcadores microssatélites a diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira da Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazônia Oriental e Embrapa Cerrados. Foram amostrados 318 acessos, pertencentes às espécies Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia e híbridos interespecíficos. Foram testados 10 marcadores microssatélites. Os produtos amplificados foram genotipados em sequenciador automático. As estimativas genéticas estimadas foram: heterozigosidade esperada...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Ruber tree; Árbol de goma; Hevea pauciflora; Hevea rigidifolia; Fitomejoramiento; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Seringueira; Hevea Brasiliensis; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética; Marcador Genético; Genótipo; Polimorfismo Genético; Plant breeding; Genetic variation; Genetic markers; Genotype; Genetic polymorphism; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1091127
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Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho 180 fêmeas da raça Nelore provenientes de oito rebanhos, foram analisadas quanto aos marcadores microssatélites TEXAN15BM1224 e CSFM50 e aos polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) nos locosk-caseína B-lactoglobulina e hormônio de crescimento (GH). Com exceção de GH, todos os marcadores foram polimórficos na amostra estudada. Os valores de heterizigosidade, diversidade gênica conteúdo de informação polimórfica (PIC) e probabilidade de exclusão de partenidade (PE) foram estimados. Os maiores valores de PIC (0.685) e PE (0.521) foram para o marcador BM1224.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcadores genéticos; Microssatélite; Nelore; RFLP; Gado Nelore; Bovine; Molecular markers; Nellore.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/45285
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Caracterización con RAMs de la colección de durazno (Prunus persica L. Batsch) existente en la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia Acta Agron. (Palmira)
Morillo Coronado,Ana Cruz; Morillo Coronado,Yacenia; Pinzón Sandoval,Elberth Hernando.
Utilizando ocho cebadores Microsatélites Amplificados al Azar (RAMs) fue evaluada la diversidad genética de 31 materiales de Prunus de la colección de caducifolios existente en la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia. Se generaron un total de 121 amplicones con pesos moleculares entre 260 y 1000 Kb. Con un coeficiente de similitud de 0.75, se formaron tres grupos, de acuerdo principalmente con las características del fruto, encontrando en el grupo 2 las variedades de importancia económica. El número de loci polimórficos varió entre 5 y 16 para los cebadores GT y CCA, respectivamente. El valor promedio de heterocigosidad fue de 0.22, más bajo que los encontrados en otros estudios de diversidad genética en el género Prunus; por tanto, se deben...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Marcadores genéticos; Prunus; Diversidad genética; Microsatélites RAMs; Caducifolios; Genetic markers; Prunus; Genetic diversity; Microsatellites RAMs; Deciduous fruit trees.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122014000400009
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Caracterización molecular de Guadua angustifolia Kunth mediante marcadores moleculares RAMs Acta Agron. (Palmira)
Rugeles-Silva,Paula Andrea; Posso-Terranova,Andrés Mauricio; Londoño,Ximena; Barrera- Marín,Nancy; Muñoz-Flórez,Jaime Eduardo.
Guadua angustifolia Kunth es un bambú del Neotrópico que se distribuye principalmente en la región Andina. En la región del Eje Cafetero colombiano esta especie presenta gran importancia por su utilización en la construcción, industrialización y fabricación de muebles y artesanías. Para conocer la diversidad genética de nueve materiales superiores de G. angustifolia seleccionados previamente por sus características morfológicas y físico-mecánicas se realizó una caracterización molecular usando marcadores moleculares RAMs. Se obtuvo un valor de He = 0.31 y un porcentaje de loci polimórfico de 81.03% lo que indica una alta diversidad genética de los materiales evaluados.
Tipo: Journal article Palavras-chave: Diversidad genética; Eje cafetero de Colombia; Guadua angustifolia; Marcadores genéticos; Marcadores moleculares.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122012000400004
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Composición de Ácidos Grasos (MUFA y CLA) en Tejido Muscular de Bovino Relacionado con la Presencia del Polimorfismo g.878TC en el Gen SCD International Journal of Morphology
Inostroza,K; Larama,G; Sepúlveda,N.
El tejido muscular de muchos animales domésticos es fuente de proteínas, grasa y minerales para los seres humanos y está compuesto por una serie de estructuras que le otorgan propiedades nutricionales y bioquímicas. En los ultimos años se ha identificado un polimorfismo de único nucleótido (SNP) en el gen SCD (g.878TC), que influye sobre la composición de ácidos grasos en los bovinos. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia del SNP g.878TC en músculo Longissimus dorsi de bovino (Bos taurus) por medio de la técnica PCR-RFLP. Fue utilizada una muestra de 100 novillos de raza Aberdeen Angus criados y sacrificados en la Región de La Araucanía (Chile). La frecuencia genotípica del polimorfismo fue de: 0,33 para TT, 0,43 para TC y 0,24 para el...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Músculos; Marcadores genéticos; Lípidos; Salud humana.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-95022012000300028
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Desenvolvimento de novos marcadores microssatélites para análise genética em humanos. Repositório Alice
PONTES, I. da M..
Neste trabalho, visando dar subsídio à implantação do teste de paternidade em humanos, localizou-se loci microssatélites no genoma humano, escolheu-se um locus polimórfico e estudou-se as frequencias de seus alelos na população de Manaus.
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Microssatélites; Marcadores genéticos; Genética Molecular.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/685163
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Development of expressed sequence tag and expressed sequence tag-simple sequence repeat marker resources for Musa acuminata. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. de O.; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. de C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MATSUMOTO, T.; AZEVEDO, V. C. R.; FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; CAVALCANTE, M. de J. B.; BAURENS, F. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PIGNOLET, L.; ABADIE, C.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
Banana (Musa acuminata) is a crop contributing to global food security. Many varieties lack resistance to biotic stresses, due to sterility and narrow genetic background. The objective of this study was to develop an expressed sequence tag (EST) database of transcripts expressed during compatible and incompatible banana-Mycosphaerella fijiensis (Mf) interactions. Black leaf streak disease (BLSD), caused by Mf, is a destructive disease of banana. Microsatellite markers were developed as a resource for crop improvement.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Plátano; Marcador microssatélite; Melhoramento genético vegetal; Banana; Musa acuminata; Marcador genético; Variedade resistente; Doença de planta; Melhoramento vegetal; Fungo; Sigatoka negra; Mycosphaerella fijiensis; Plant breedind; Bananas; Genetic markers; Microsatellite repeats; Plant diseases and disorders; Firomejoramiento; Fungi; Black sigatoka; Bananos; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Enfermedades y desórdenes de las plantas.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/953929
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Development of microsatellite markers in Guineagrass (Panicum maximum Jacq.) and their transferability to other tropical forage grass species. Repositório Alice
SOUSA, A. C. B.; JUNGMANN, L.; CAMPOS, T. de; SFORÇA, D. A.; BOAVENTURA, L. R.; SILVA, G. M. B.; ZUCCHI, M. I.; JANK, L.; SOUZA, A. P..
The Guineagrass (Panicum maximum Jacq.) is one of the most important tropical forage grasses, but genetic knowledge and tools regarding this species are still limited. Therefore, 20 novel polymorphic microsatellite markers were developed, validated, and employed in estimating genetic relationships among 25 P. maximum genotypes selected from a Brazilian germplasm collection. In addition, they were tested for cross-species amplification in four other forage grass species. The number of alleles observed for each locus ranged from 4 to 12 (average 6.7). The values of polymorphism information content (PIC) varied from 0.41 to 0.83 (average 0.61) and the discriminating power (D) ranged from 0.53 to 0.98 (average 0.72). Cross-amplification demonstrated the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Capim Tanzânia; Guineagrass; Marcador microssatélite; Amplificação cruzada; Melhoramento genético vegetal; Gramínea forrageira; Capim Colonião; Panicum maximum; Seleção genótipa; Variação genética; Marcador genético; Polimorfismo genético; Plant breeding; Forage grasses; Megathyrsus maximus; Genotype; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Genetic polymorphism; Fitomejoramiento; Pastos forrajeros; Variación genética; Genotipo; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/901385
Registros recuperados: 58
Primeira ... 123 ... Última
 

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