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A molecular marker approach using intron flanking EST-PCR to map candidate genes in peach (Prunus persica) Electron. J. Biotechnol.
Diez-de-Medina,Sergio; Silva,Herman.
In Peach (Prunus persica) several physiological changes, such as woolliness, triggered by chilling injury are involved in major production losses due to cold storage of the fruits during shipping. Additionally, the low level of polymorphisms among peach varieties is an important limitation in the search for new molecular markers that could be associated with economically important traits. Therefore, a functional approach was employed to associate candidate genes with an informative marker in peach. The data was obtained from the results of an in silico analysis of four different cold peach treatments. Thirty two candidate genes were selected that were aligned against Arabidopsis thaliana genomic sequences to design intron-flanking EST-PCR markers. These...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Bin mapping; Molecular markers; Prunus; Rosaceae.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582012000500007
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A standardized protocol for genomic DNA isolation from Terminalia arjuna for genetic diversity analysis Electron. J. Biotechnol.
Sarwat,Maryam; Singh Negi,Madan; Lakshmikumaran,Malathi; Kumar Tyagi,Akhilesh; Das,Sandip; Shankar Srivastava,Prem.
For studying genetic diversity in natural populations of Terminalia, a medicinal plant, our attempts to isolate high quality DNA using several previously reported protocols and even modifications were unsuccessful. We therefore combined CTAB based isolation, and column based purification step, to isolate DNA from Terminalia arjuna. The DNA isolated using this standardized protocol was high in quality and suitable for restriction digestion and generation of random amplification of polymorphic DNA (RAPD) and amplified fragment length polymorphism (AFLP).
Tipo: Journal article Palavras-chave: DNA extraction; Medicinal plants; Molecular markers; Terminalia species.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000100011
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AFLP analysis of genetic diversity in determinate and indeterminate snap bean accessions Agronomy
Andrade, Felipe Aranha de; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Miglioranza, Édison; Ruas, Claudete de Fátima; Ruas, Paulo Mauricio; Takahashi, Lúcia Sadayo Assari.
The present study aimed to estimate and characterize the genetic divergence between determinate and indeterminate snap bean accessions from the Universidade Estadual de Londrina (UEL) germplasm bank based on amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. A total of 40 and 32 accessions with determinate and indeterminate growth habits, respectively, were characterized for this purpose. Seven combinations of primers corresponding to EcoR1 and Mse1 were tested for the AFLP analysis, and the combinations E-AAG/M-CTC, E-ACT/M-CTT and E-ACC/M-CTT were selected. The resulting products were denatured and subjected to capillary electrophoresis. The Jaccard distance was used to estimate the genetic distances between accessions, and the Unweighted Pair...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genética e Melhoramento Phaseolus vulgaris L.; Molecular markers; Amplified Fragment Length Polymorphism; Gene bank; Genetic diversity Recursos Genéticos Phaseolus vulgaris L.; Molecular markers; Amplified fragment length polymorphism; Gene bank.
Ano: 2016 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/25577
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Agrupamento de acessos e cultivares de três espécies de Brachiaria por RAPD - DOI: 10.4025/actasciagron.v30i4.5298 Agronomy
Ambiel, Ana Claudia; UNOESTE; Guaberto, Luciana Machado; UNOESTE; Vanderlei, Talita Marques; UNOESTE; Machado Neto, Nelson Barbosa; UNOESTE.
O propósito deste trabalho foi determinar a similaridade genética entre acessos de germoplasma e cultivares comerciais de três espécies de Brachiaria (inter e intraespecífica), por meio de marcadores RAPD. Sementes foram utilizadas como fonte de DNA. 10 “primers” decâmeros foram selecionados de 120 “primers” avaliados, produzindo 107 bandas polimórficas, as quais foram utilizadas para a análise de variância molecular (Amova), o coeficiente de similaridade de Jaccard e índices de fixação gênica. 24,40% da variabilidade genética total estão contidas entre as espécies e 75,60% dentro destas, com índice de fixação gênica (FST) 0,24. No dendrograma, houve a formação de dois ramos, um formado por P. maximum e B. arrecta e o outro subdividido em três: todas...
Palavras-chave: 5.02.01.03-4 Genética e Melhoramento Florestal Brachiaria; Marcadores moleculares; Variabilidade genética; Dendrograma; Índice de fixação gênica. Brachiaria; Molecular markers; Genetic variability; Dendrogram; Genetic fixation index.
Ano: 2008 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/5298
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Analise da diversidade genetica do arroz silvestre americano (Oryza spp) atraves de marcadores moleculares. Repositório Alice
BUSO, G.S.C.; BERTOZO, M.R.; RANGEL, P.H.; FERREIRA, M.E..
1996
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz silvestre; Diversidade genetica; Marcadores moleculares %% Wild rice; Genetic diversity; Molecular markers.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/171468
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Análise da variabilidade genética de arnica (Lychnophora ericoides Less. - Asteraceae) usando marcadores RAPDS. Repositório Alice
MELO, L. Q.; CIAMPI, A. Y; VIEIRA, R. F..
bitstream/item/178594/1/SP-19821-ID-32083.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores moleculares; Plantas medicinais; Molecular markers; Cerrado.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/631377
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Analysis of genetic diversity among Indian niger [Guizotia abyssinica (L. f.) Cass.] cultivars based on randomly amplified polymorphic DNA markers Electron. J. Biotechnol.
Nagella,Praveen; Hosakatte,Niranjana Murthy; Ravishankar,K.V.; Hahn,Eun-Joo; Paek,Kee-Yoeup.
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to estimate genetic diversity among 18 cultivars of niger from India. Total genomic DNA was extracted and subjected to RAPD analysis using 80 arbitrary 10-mer primers; 17 primers were selected, which yielded a total of 124 bands, 41.20% of them polymorphic. None of the primers produced unique banding pattern for each cultivar. RAPD data were used to calculate a Squared-Euclidean Distance matrix which revealed a minimum genetic distance between cultivars JNC-6 and N-48 and a maximum distance between IGP-76 and JN-30. Based on the distance matrix, a cluster analysis was done using a minimum variance algorithm. The dendrogram generated, based on Ward’s method, grouped 18 niger cultivars...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; Guizotia abyssinica; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000100014
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Analysis of genetic variability by ISSR markers in Calibrachoa caesia Electron. J. Biotechnol.
Pérez de la Torre,Mariana; García,Martín; Heinz,Ruth; Escandón,Alejandro.
Background: Calibrachoa Cerv. (ex La Llave & Lexarza) is a genus of the Solanaceae family (La Llave and Lexarza, 1825). This genus has a high ornamental and economic value due to its intrinsic variability and multiplicity of flower colours. In Argentina there are eight native species, and one of them is Calibrachoa caesia. The genetic diversity among 35 accessions of C. caesia, from five departments in the province of Misiones, was analyzed using ISSR markers. Results: Thirteen ISSR primers yielded a reproducible banding pattern, with 701 amplified loci and 98% of polymorphism. The ISSR primers 5’CT, 5’CA, 5’GA, 5’GACA, 3’CAC, 3’TG and 3’TC generated 100% polymorphic patterns. The Rp values ranged from 23.20 to 10.29 for 5’GACA and 3’AG primers,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Anchored microsatellites; Molecular markers; Ornamental plants.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582012000500008
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Analysis of genetic variability of commercial melon cultivars using SSR molecular markers. Repositório Alice
CARVALHO, N.; CANELA, F. M.; LEITE, P. H. S.; FERREIRA, M. A.; OLIVEIRA, V. R.; SANTOS, M. F.; SOUZA, N. O. S.; BUSO, G. S. C..
bitstream/item/166721/1/Genetics-and-Molecular-Research-v.-16-n.-3-2017-CARVALHO-et-al.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Commercial cultivars; SSR; Melão; Marcador molecular; Cucumis melo; Genetic variability; Molecular markers.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079736
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Assessment of genetic diversity among Pakistani wheat (Triticum aestivum L.) advanced breeding lines using RAPD and SDS-PAGE Electron. J. Biotechnol.
Ahmed,Muhammad Farooq; Iqbal,Muhammad; Masood,Muhammad Shahid; Rabbani,Malik Ashiq; Munir,Muhammad.
Genetic diversity was assessed among 32 advanced wheat breeding lines included in the National Uniform Wheat Yield Trials (2006-07) of Pakistan using molecular (DNA) and biochemical (SDS-PAGE) markers. Of the 72 RAPD primers used for initial screening, 15 were found polymorphic. A total of 140 bands (61.4% polymorphic) were generated by the 15 random decamer primers. Genetic similarity coefficients ranged from 0.81 to 0.94 for rainfed and from 0.70 to 0.93 for the normal seeding date group. Cluster analysis using the unweighted pair group method of arithmetic averages (UPGMA) clustered the 32 advanced wheat breeding lines into one major and three small groups. Maximum level of polymorphism (90%) was observed for the primer OPA-05. Lines N9 and N11 showed...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; Molecular markers; Polymorphism; RAPD; SDS-PAGE; Wheat.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000300001
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Assessment of somaclonal variation in somatic embryo-derived plants of yacon [Smallanthus sonchifolius (Poepp. and Endl.) H. Robinson] using inter simple sequence repeat analysis and flow cytometry Electron. J. Biotechnol.
Viehmannova,Iva; Bortlova,Zuzana; Vitamvas,Jan; Cepkova,Petra Hlasna; Eliasova,Katerina; Svobodova,Eva; Travnickova,Martina.
Background Yacon (Smallanthus sonchifolius) is a root crop native to the Andean region. Low sexual reproductive capacity is a major constraint facing the genetic breeding of this crop. Biotechnological techniques offer alternative ways to widen genetic variability. We investigated somaclonal variation in regenerants of yacon derived from in vitro somatic embryogenesis using simple sequence repeat (ISSR) analysis and flow cytometry. Results Twenty tested ISSR primers provided a total of 7848 bands in 60 in vitro regenerants and control plant. The number of bands for each primer varied from 3 to 10, and an average of 6.95 bands was obtained per ISSR primer. Eight primers were polymorphic and generated 10 polymorphic bands with 7.19% mean polymorphism. ISSR...
Tipo: Journal article Palavras-chave: DNA polymorphism; Molecular markers; Ploidy level; Proembryogenic callus.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582014000200008
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Association between BMP4 gene polymorphism and in vitro embryo production traits in Gyr cows. Repositório Alice
ORTIZ, W. H.; QUIRINO, C. R.; SILVA, A.; OLIVEIRA, C. S.; SERAPIÃO, R. V.; PACHECO, A.; BARTHOLAZZI, A..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic variability; Molecular markers; Mutation; OPU-IVP; SNPs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035211
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Association of microsatellite CSFM50 with weaning weight in Hereford beef cattle. Repositório Alice
BRESSEL, R. M. C.; REGITANO, L. C. de A.; TORAL, F. L. B.; MOREIRA, H. L. M..
2003
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Molecular markers; CSFM50; Hereford; Weaning weight.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46584
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Bovine μ-calpain (CAPN1) gene polymorphisms in Brangus and Brahman bulls JBAG
Soria,LA; Corva,PM; Huguet,MJ; Miño,S; Miquel,MC.
The bovine CAPN1 gene encodes the large subunit of μ-calpain, which is thought to be one of the most important enzymes involved in postmortem beef tenderization. Three SNPs in CAPN1 (SNP 316, SNP 530 and SNP 4751) have been associated with beef tenderness in different beef cattle breeds. The objective of this work was to implement genotyping strategies for CAPN1 markers as part of a project pursuing the identifi cation and validation of molecular markers associated with bovine meat quality and composition. Three PCR-RFLP methods were designed to determine genotypes of 64 bulls (11 Angus, 43 Brangus and 10 Brahman). Unexpected patterns resulting from the PCR-RFLP analysis at SNP 316 and SNP 530 were resolved by cloning and sequencing and lead to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Beef cattle; Meat tenderness; U-calpain; Molecular markers; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332010000100007
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Building a transcriptome molecular marker platform for diagnosis of fungal plant pathogens. Repositório Alice
HERAI, R.; DITA, M.; WAALWIJK, C.; FERREIRA, G.; SOUZA, M.; KEMA, G.; FALCAO, P.; GIACHETTO, P.; YAMAGISHI, M..
By using an Expressed Sequence Tag (EST) library from all four races of Foc, we developed a molecular marker platform based on single sequence repeats (SSR).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcador molecular; Patógenos de planta; Molecular markers; Pathogens.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946607
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Caracterização de germoplasma e melhoramento genético do maracujazeiro assistidos por marcadores moleculares - fase 2: resultados de pesquisa 2008-2012. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; OLIVEIRA, E. J. de; MACHADO, C. de F.; PEIXOTO, J. R.; COSTA, A. M.; GUIMARAES, T. G.; JUNQUEIRA, K. P..
2014
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Recurso genético; Transferência de tecnologia; Lançamento de variedade; Passion fruit; Plant breeding; Molecular markers; Cultivar evaluation; Maracujá; Passiflora edulis.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1019176
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Caracterização fenotípica e molecular de genitores de feijão tipo carioca quanto à resistência a patógenos. Repositório Alice
MELO, C.L.P. de; RAGAGNIN, V.A.; ARRUDA, K.M.A.; BARROS, E.G. de; CARNEIRO, P.C.S.; PAULA JÚNIOR, T.J. de; MOREIRA, M.A.; CARNEIRO, J.E. de S..
O objetivo deste estudo foi a caracterização fenotípica e molecular de 31 genótipos de feijão do tipo carioca, quanto à resistência aos patógenos da antracnose, ferrugem e mancha-angular. Foram realizadas inoculações com 13 patótipos de Colletotrichum lindemuthianum, dois de Uromyces appendiculatus e sete de Pseudocercospora griseola. Na caracterização molecular, foram utilizados cinco marcadores moleculares previamente identificados, ligados a diferentes alelos de resistência aos patógenos. Sete genótipos apresentaram resistência a 12 patótipos de C. lindemuthianum. Nove genótipos apresentaram resistência a cinco patótipos de P. griseola. Dez genótipos foram resistentes aos patótipos de U. appendiculatus. As linhagens VC 2, VC 3 e VC 5, além da Rudá-R...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Colletotrichum lindemuthianum; Phaseolus vulgaris; Pseudocercospora griseola; Uromyces appendiculatus; Marcador molecular; Melhoramento do feijoeiro; Molecular markers; Common bean improvement.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/124207
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Caracterização molecular de acessos de mandioca biofortificados com potencial de uso no melhoramento genético. Repositório Alice
VIEIRA, E. A.; FIALHO, J. de F.; FALEIRO, F. G.; BELLON, G.; SILVA, M. S..
2011
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Mandioca; Manihot esculenta Crantz; Marcadores moleculares; Recursos genéticos; Cassava; Molecular markers; Genetic resources; Genetic variability.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/900003
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Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho 180 fêmeas da raça Nelore provenientes de oito rebanhos, foram analisadas quanto aos marcadores microssatélites TEXAN15BM1224 e CSFM50 e aos polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) nos locosk-caseína B-lactoglobulina e hormônio de crescimento (GH). Com exceção de GH, todos os marcadores foram polimórficos na amostra estudada. Os valores de heterizigosidade, diversidade gênica conteúdo de informação polimórfica (PIC) e probabilidade de exclusão de partenidade (PE) foram estimados. Os maiores valores de PIC (0.685) e PE (0.521) foram para o marcador BM1224.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcadores genéticos; Microssatélite; Nelore; RFLP; Gado Nelore; Bovine; Molecular markers; Nellore.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/45285
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Caracterización molecular de Laelia halbingeriana y su propagación in vitro. Colegio de Postgraduados
Raya Montaño, Yurixhi Atenea.
Laelia halbingeriana pertenece a la familia Orchidaceae y debido a su descubrimiento relativamente reciente, no se ha caracterizado morfológica, cromosómica ni molecularmente. Con la finalidad de conocer la diversidad de esta especie y su posible relación con L. anceps, L. superbiens y L. autumnalis, la caracterización molecular mediante el análisis de RAPDs se utilizaron 16 iniciadores, cuatro iniciadores mostraron productos de amplificación aceptable. Se observó 60.97 % de polimorfismo que denota gran variabilidad entre las especies de Laelia. Por otra parte se observó que el número cromosómico más común es de 2n=36. Además, en un tercer estudio se desarrolló una metodología para la propagación in vitro de L. halbingeriana se utilizó el medio de MS...
Palavras-chave: Laelia halbingeriana; Marcadores moleculares; Cromosomas; Micropropagación; Aclimatación; Molecular markers; Chromosomae; Micropropagation; Genética; Doctorado; Acclimation.
Ano: 2013 URL: http://hdl.handle.net/10521/2049
Registros recuperados: 143
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