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A comparative proteomic study of white and black glutinous rice leaves Electron. J. Biotechnol.
Phonsakhan,Wipada; Kong-Ngern,Kanlaya.
Background Black glutinous rice contains remarkable levels of anthocyanins, which possess anti-oxidative properties and thus have health benefits. The accumulation of anthocyanins in grains of thirty black glutinous rice varieties was measured, and the results revealed that the accumulated anthocyanin content ranged from 0.262 to 2.539 mg/g. Black glutinous rice Br no. 19 was selected, and its leaf protein expression profile was compared with that of white glutinous rice RD 6 using 2D-PAGE, and the protein spots were then directly analyzed after proteolysis by LC-MS/MS. Results The proteins from the leaves of the two rice varieties were separated using 2D-PAGE and silver stained, and the spots were analyzed using Image Master 2D Platinum version 5...
Tipo: Journal article Palavras-chave: 2D-PAGE; Anthocyanin; LC-MS/MS; Oryza sativa L; Proteomics.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582015000100006
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A proteômica na seleção de reprodutores ovinos (Ovis aries) da raça Morada Nova. Repositório Alice
VASCONCELOS, F. C..
Resumo: Estudos realizados atualmente buscam identificar nos animais domésticos marcadores moleculares proteicos de fertilidade, de modo a contribuir para os programas de melhoramento genético, embora poucos ainda sejam realizados em ovinos deslanados, como os da raça Morada Nova. Portanto, este trabalho teve como objetivo identificar possíveis proteínas seminais relacionadas à fertilidade de ovinos da raça Morada Nova, utilizando-se a técnica de Eletroforese Bidimensional (2DE). Seis reprodutores da raça Morada Nova, na faixa etária de quatro a seis anos e peso médio de 42 kg foram submetidos à coleta de sêmen, antes da estação de monta, para obtenção do plasma seminal e, posterior, análise eletroforética. As estações de monta tiveram duração de 45 dias e...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Raça Morada Nova; Eletroforese bidimensional; 2DE electrophoresis; Ovino; Melhoramento genético animal; Fertilidade animal; Sêmen; Sheep; Electrophoresis; Genetic markers; Reproductive performance; Proteomics; Animal fertility; Seminal plasma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076082
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A simple, economical and reproducible protein extraction protocol for proteomics studies of soybean roots. Repositório Alice
RODRIGUES, E. P.; TORRES, A. R.; BATISTA, J. S. da S. B.; HUERGO, L.; HUNGRIA, M..
2012
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Protein extraction; 2-DE; Soja; Raiz; Simbiose; Soybeans; Roots; Proteomics; Symbiosis.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926653
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Age effects on gene expression related to the bacterial chondronecrosis with osteomyelitis in broiler. Repositório Alice
CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; PANDOLFI, J. R. C.; SETTLES, M.; LEDUR, M. C..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Proteomics; Metabolomics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037119
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Allocation du carbone et métabolisme azoté chez l'haptophyte Tisochrysis lutea ArchiMer
Garnier, Matthieu.
The aim of this thesis is to improve knowledge on mechanisms involved in the response to nitrogen limitation and in lipid accumulation in the microalgae haptophyte Tisochrysis lutea. The wild type strain and a lipid accumulating mutant strain were grown under different nitrogen limitation and starvation and analyzed by functional genomics. Four genes of high-affinity nitrate/nitrite transporter (Nrt2) were identified and characterized to reveal the mechanisms involved in mineral absorption in this species. Transcriptomes of both strains were sequenced and proteins affected by nitrogen starvation and differentially expressed between the two strains were identified. We so identified the functions regulated by nitrogen deficiency and potentially involved in...
Tipo: Text Palavras-chave: Microalgues; Métabolisme; Azote; Carbone; Lipides; Genomique fonctionelle; Protéomique; Transcriptomique; Microalgae; Metabolism; Nitrogen; Carbon; Lipids; Functional genomics; Proteomics; Transcriptomics.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00353/46378/46000.pdf
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An overview of Phoneutria nigriventer spider venom using combined transcriptomic and proteomic approaches. Repositório Alice
DINIZ, M. R. V.; PAIVA, A. L. B.; GUERRA-DUARTE, C.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, U. de; BORGES, M. H.; YATES, J. R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. de.
Abstract. Phoneutria nigriventer is one of the largest existing true spiders and one of the few considered medically relevant. Its venom contains several neurotoxic peptides that act on different ion channels and chemical receptors of vertebrates and invertebrates. Some of these venom toxins have been shown as promising models for pharmaceutical or biotechnological use. However, the large diversity and the predominance of low molecular weight toxins in this venom have hampered the identification and deep investigation of the less abundant toxins and the proteins with high molecular weight. Here, we combined conventional and next-generation cDNA sequencing with Multidimensional Protein Identification Technology (MudPIT), to obtain an in-depth panorama of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Proteômica; Transcriptoma; Phoneutria nigriventer; Proteomics; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102272
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ANÁLISE MOLECULAR E PROTEÔMICA DE LASIODIPLODIA SPP. ASSOCIADO A FRUTEIRAS TROPICAIS Repositório Alice
MELO, J. G. M..
Lasiodiplodia theobromae é um fungo fitopatogénico responsável por inúmeras doenças em variadas plantas é um fungo tipicamente de regiões tropicais e subtropicais. A resinose, causada por este fungo ataca diversas árvores tropicais, dentre as quais, o mamoeiro, mangueira, Spondias sp., coqueiro, cajueiro, entre tantas outras. No cajueiro é considerada a principal doença nas condições semiáridas. O seu controle é basicamente genético, realizado com o plantio de variedades resistentes. Para a realização do melhoramento, torna-se imprescindível o conhecimento das características do patógeno. O conhecimento disponível da variabilidade genética de L. theobromae é restrito, requerendo esforços para ampliá-lo, de forma que se possa usar deste conhecimento para o...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Resinose; Gummosis; Proteomics; Botryosphaeriaceae.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101533
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Análise proteômica do sêmen de reprodutores caprinos soropositivos para a artrite encefalite caprina Repositório Alice
BEZERRA JÚNIOR, R. Q..
Resumo: A maioria das pesquisas para diagnóstico e avaliação da lentiviroses se baseia na identificação, direta ou indireta, da proteína viral no sangue, leite, sêmen, saliva ou tecidos. Trabalhos com proteômica avaliando as lentiviroses são escassos. A princípio, a análise, detecção e/ou avaliação do vírus são realizadas a partir, principalmente, de amostras de sangue, sendo a maioria dos estudos realizados relacionada ao HIV. O perfil proteico do plasma seminal de pequenos ruminantes associado com índices reprodutivos já foi determinado, mas trabalhos correlacionando a presença dessas proteínas no sêmen à Artrite Encefalite Caprina (CAE) são escassos. Na primeira fase desse trabalho foi avaliada a atividade das metaloproteinases (MMPs) no sangue por meio...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: CAEV; Zimografia; Eletroforese Bidimensional; Zymography; Two-dimensional electrophoresi; Biomarcadores; Análise proteômica; Proteomics; Artrite encefalite caprina; Vírus da artrite encefalite caprina; CAE; CAEV; Caprino; Sangue; Sêmen; Doença animal; Marcador molecular; Goats; Blood; Semen; Animal diseases; Caprine arthritis encephalit virus; Genetic markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041024
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Analysis of the genomic basis of functional diversity in dinoflagellates using a transcriptome-based sequence similarity network ArchiMer
Meng, Arnaud; Corre, Erwan; Probert, Ian; Gutierrez-rodriguez, Andres; Siano, Raffaele; Annamale, Anita; Alberti, Adriana; Da Silva, Corinne; Wincker, Patrick; Le Crom, Stephane; Not, Fabrice; Bittner, Lucie.
Dinoflagellates are one of the most abundant and functionally diverse groups of eukaryotes. Despite an overall scarcity of genomic information for dinoflagellates, constantly emerging high-throughput sequencing resources can be used to characterize and compare these organisms. We assembled de novo and processed 46 dinoflagellate transcriptomes and used a sequence similarity network (SSN) to compare the underlying genomic basis of functional features within the group. This approach constitutes the most comprehensive picture to date of the genomic potential of dinoflagellates. A core-predicted proteome composed of 252 connected components (CCs) of putative conserved protein domains (pCDs) was identified. Of these, 206 were novel and 16 lacked any functional...
Tipo: Text Palavras-chave: Genomics; Proteomics; Microbial biology; Molecular evolution; Protists; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00444/55550/57209.pdf
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Antagonistic interactions between benzo[a]pyrene and C60 in toxicological response of Marine Mussels ArchiMer
Barranger, Audrey; Langan, Laura M; Sharma, Vikram; Rance, Graham A; Aminot, Yann; Weston, Nicola J; Akcha, Farida; Moore, Michael N; Arlt, Volker M; Kholbystov, Andrei N; Readman, James W; Jha, Awadhesh N..
This study aimed to assess the ecotoxicological effects of the interaction of fullerene (C60) and benzo[a]pyrene (B[a]P) on the marine mussel, Mytilus galloprovincialis. The uptake of nC60, B[a]P and mixtures of nC60 and B[a]P into tissues was confirmed by GC-MS, LC-HRMS and ICP-MS. Biomarkers of DNA damage as well as proteomics analysis were applied to unravel the toxic effect of B[a]P and C60. Antagonistic responses were observed at the genotoxic and proteomic level. Differentially expressed proteins (DEPs) were only identified in the B[a]P single exposure and the B[a]P mixture exposure groups containing 1 mg/L of C60, the majority of which were down-regulated (~52%). No DEPs were identified at any of the concentrations of nC60 (p < 0.05, 1% FDR)....
Tipo: Text Palavras-chave: Trojan Horse effect; B[a]P; NC60; Co-exposure; Mussels; DNA damage; Proteomics.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00498/60946/64340.pdf
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Antagonistic Interactions between Benzo[a]pyrene and Fullerene (C60) in Toxicological Response of Marine Mussels ArchiMer
Barranger, Audrey; Langan, Laura M.; Sharma, Vikram; Rance, Graham A.; Aminot, Yann; Weston, Nicola J.; Akcha, Farida; Moore, Michael N.; Arlt, Volker M.; Khlobystov, Andrei N.; Readman, James W.; Jha, Awadhesh N..
This study aimed to assess the ecotoxicological effects of the interaction of fullerene (C60) and benzo[a]pyrene (B[a]P) on the marine mussel, Mytilus galloprovincialis. The uptake of nC60, B[a]P and mixtures of nC60 and B[a]P into tissues was confirmed by Gas Chromatography–Mass Spectrometry (GC–MS), Liquid Chromatography–High Resolution Mass Spectrometry (LC–HRMS) and Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometer (ICP–MS). Biomarkers of DNA damage as well as proteomics analysis were applied to unravel the interactive effect of B[a]P and C60. Antagonistic responses were observed at the genotoxic and proteomic level. Differentially expressed proteins (DEPs) were only identified in the B[a]P single exposure and the B[a]P mixture exposure groups containing 1...
Tipo: Text Palavras-chave: Trojan horse effect; B[a]P; NC(60); Co-exposure; Mussels; DNA damage; Proteomics.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00506/61780/65779.pdf
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Bioinformática : Aplicaciones a la proteómica y genómica Colegio de Postgraduados
Riaño Pachón, Diego Mauricio; González Estrada, Elizabeth; Alexa, Adrian; Ramírez, Fidel; Vischi Winck, Flavia; Gómez Merino, Fernando, Coord.; Silva Rojas, Hilda Victoria, Coord.; Pérez Rodríguez, Paulino, Coord..
En esta publicación intitulada “Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica” se detallan algunos de los avances más sobresalientes de los temas de genómica y proteómica, derivados de un curso internacional sobre el tema, organizado por el Colegio de Postgraduados. Estos avances incluyen aspectos de las dos ciencias ómicas, incluyendo genómica y biología estructural, código R, análisis comparativo y evolución, agrupamiento y minería de datos en R, redes de interacciones entre proteínas y proteómica bioinformática. BIOINFORMATICS : APPLICATIONS TO GENOMICS AND PROTEOMICS. ABSTRACT : In this publication entitled "Bioinformatics: applications to genomics and proteomics" are some of the most salient issues of genomics and proteomics, derived from an...
Tipo: Libro Palavras-chave: Bioinformática; Proteómica; Genómica; ADN; Proteínas; Modelación; Simulación; Análisis de genómas; Biología estructural; Código R; Análisis comparativo; Minería de datos; Computación aplicada; Bioinformatics; Proteomics; DNA; Proteins; Models; Genomics; Simulation; R Code; Data mining; Computing; Genome analysis.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10521/313
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Bioinformática e química combinatória na busca de compostos medicamentosos para inibição de proteínas no combate à malaria. Repositório Alice
JARDINE, J. G..
A malária é uma das principais doenças que afligem as populações de países tropicais, infectando mais de 300 milhões de pessoas anualmente e causando a morte de cerca de 1,1 milhão delas. Descobrir novos fármacos antimaláricos é de vital importância para os países tropicais, cabendo a estes essa tarefa uma vez que os países desenvolvidos canalizam seus recursos, principalmente para o desenvolvimento de medicamentos de combate ao câncer. Para planejar um novo fármaco é necessário o conhecimento das propriedades estruturais da molécula e de seu alvo e sua relação entre estrutura química e atividade. Para identificação de ligantes inibidorcs ou ativadores, pode-se utilizar recursos da Bioinformática, os quais consistem em sobrepor a estrutura em três...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Proteômica; Química combinatória; Malária; Bioinformatics; Proteomics.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/225
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Bivalve genomics ArchiMer
Saavedra, Carlos; Bachere, Evelyne.
Interest in bivalve genomics has emerged during the last decade, owing to the importance of these organisms in aquaculture and fisheries and to their role in marine environmental science. Knowledge of bivalve genome structure, function and evolution resulting from 20th century "single gene" approaches is limited, but genomic technologies are called to dramatically increase it. Research based on linkage maps, transcriptomics and proteomics is being carried out to study the genetic and molecular bases of traits of interest in bivalve farming industry, mainly disease susceptibility, tolerance to environmental stress, and growth. The Pacific oyster (Crassostrea gigas) is now the focus of an international genome-sequencing consortium. The use of bivalves in...
Tipo: Text Palavras-chave: Shellfish toxins; Feeding; Stress; Proteomics; Genomics; Bivalves.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-1709.pdf
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Comparative proteome analysis of Brettanomyces bruxellensisunder hydroxycinnamic acid growth Electron. J. Biotechnol.
Carmona,Lourdes; Varela,Javier; Godoy,Liliana; Ganga,María Angélica.
Background: Brettanomyces bruxellensis is an important spoilage yeast in the winemaking process. The capacity of this yeast to generate an undesired off-flavor constitutes a significant loss in the Chilean wine industry. Results: The proteomic profile of B. bruxellensis in the presence of p-coumaric acid was determined by 2D gel electrophoresis, gel image analysis and differential spot selection. A set of 41 proteins showed a differential accumulation of ±2 and a p-value <0.0001. The homology sequence analysis was performed using the databases available. Differential proteins belonged to the categories of 'energy production and conversion' and 'amino acid transport and metabolism'. Conclusions: The proteomic profile of B. bruxellensis cultivated in the...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ethylphenols; Metabolic flux regulation; Proteomics; Spoilage yeast; Wine alterations; Wine industry.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582016000500005
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Comparative proteomic analyses of Anticarsia gemmatalis and Spodoptera frugiperda guts. Repositório Alice
MEHRKHOU, F.; TALEBI, A. A.; KOCHAMESHGI, M. G.; HOSSEININAVEH, V.; CÂNDIDO, E. de S.; PETRIZ, B.; DIAS, S. C.; CASTRO, M. E. B. de; REIS, A. M. dos; FRANCO, O. L..
bitstream/item/156252/1/2A80BE239026.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mass spectrometry (MS); Anticarsia Gemmatalis; Spodoptera Frugiperda; Proteomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/950085
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Comparative proteomical and metalloproteomical analyses of human plasma from patients with laryngeal cancer. Repositório Alice
GOMES, C. P. C.; FREIRE, M. S.; PIRES, B. R. B.; VASCONCELOS, E. A. R.; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de; REZENDE, T. M. B.; REIS, A. M. dos; PEREIRA, R. W.; PETRIZ, B. A.; CRUZ, A. D. da; PESCARA, I. C.; FRANCO, O. L..
bitstream/item/181794/1/Gomes2009-Article-ComparativeProteomicalAndMetal.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Laryngeal cancer; Human plasma; Immunology; Proteomics; Trace elements.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/869747
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Comparative study of the protein profiles of Sunki mandarin and Rangpur lime plants in response to water déficit. Repositório Alice
OLIVEIRA, T.M.; SILVA, F.R. da; BONATTO, D.; NEVES, D. M.; MORILLON, R.; MASERTI, B. E.; COELHO FILHO, M. A.; COSTA, M. G C; PIROVANI, C. P.; GESTEIRA, A. da S..
Rootstocks play a major role in the tolerance of citrus plants to water deficit by controlling and adjusting the water supply to meet the transpiration demand of the shoots. Alterations in protein abundance in citrus roots are crucial for plant adaptation to water deficit. We performed two-dimensional electrophoresis (2-DE) separation followed by LC/MS/MS to assess the proteome responses of the roots of two citrus rootstocks, Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) and ?Sunki Maravilha? (Citrus sunki) mandarin, which show contrasting tolerances to water deficits at the physiological and molecular levels.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Protein network; Porta encherto; Frutas cítrica; Rootstocks; Citrus; Pant-water relations; Proteomics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010943
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Déterminisme nutritionnel et génétique de la teneur en lipides musculaires chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) [Texte imprimé] : étude par analyse de l'expression de gènes candidats, du protéome et du transcriptome du foie et du muscle ArchiMer
Kolditz, Catherine-inès.
The objective of the study was to identify genes and proteins that are involved in the control of muscle fat deposition in rainbow trout. We analyzed the combined effects exerted by genetic selection and dietary treatment, which are the two main factors that can be used to manage body fat content. Two lines of rainbow trout, obtained after 3 generations of divergent selection for high or low muscle fat content, were fed diets containing either 10% or 23% lipids (% dry matter), for six months. We analyzed the activity and gene expression of key enzymes involved in energy utilization, and performed a more global approach through transcriptome (nylon microarray) and proteome (twodimensional electrophoresis) analysis. We analyzed the liver, which is the centre...
Tipo: Text Palavras-chave: Proteomics; Transcriptomics; Selective breeding; Dietary energy; Rainbow trout; Protéome; Transcriptome; Sélection génétique; Apport énergétique alimentaire; Truite arc en ciel.
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-6794.pdf
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Differential protein expression profile in the liver of pikeperch (Sander lucioperca) larvae fed with increasing levels of phospholipids ArchiMer
Hamza, Neila; Silvestre, Frederic; Mhetli, Mohamed; Ben Khemis, Ines; Dieu, Marc; Raes, Martine; Cahu, Chantal; Kestemont, Patrick.
A comparative proteomic approach was used to assess the protein expression profile in the liver of 34 days old pikeperch larvae fed from day 10 post hatching, with three isoproteic and isolipidic formulated diets varying by their phospholipid (PL) contents (% dry diet weight): 1.4% (PL1), 4.7% (PL5) and 9.5% (PL9). Using 2D-DIGE minimal labelling of liver extracts, we were able to show 56 protein spots with a differential intensity (p<0.05) depending on the dietary PL content. Among these spots, 11 proteins were un-ambiguously identified using nanoLC-MS/MS tandem mass spectrometry. In the PL9 larvae, our results indicate that the glycolytic pathway could be down-regulated due to the under-expression of the fructose biphosphate aldolase B and the...
Tipo: Text Palavras-chave: 2D-DIGE; Metabolism; Phospholipid; Pikeperch; Proteomics.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00007/11837/8575.pdf
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