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An updated assessment of Symbiodinium spp. that associate with common scleractinian corals from Moorea (French Polynesia) reveals high diversity among background symbionts and a novel finding of clade B ArchiMer
Rouze, Heloise; Lecellier, Gael J.; Saulnier, Denis; Planes, Serge; Gueguen, Yannick; Wirshing, Herman H.; Berteaux-lecellier, Veronique.
The adaptative bleaching hypothesis (ABH) states that, depending on the symbiotic flexibility of coral hosts (i.e., the ability of corals to “switch” or “shuffle” their algal symbionts), coral bleaching can lead to a change in the composition of their associated Symbiodinium community and, thus, contribute to the coral’s overall survival. In order to determine the flexibility of corals, molecular tools are required to provide accurate species delineations and to detect low levels of coral-associated Symbiodinium. Here, we used highly sensitive quantitative (real-time) PCR (qPCR) technology to analyse five common coral species from Moorea (French Polynesia), previously screened using only traditional molecular methods, to assess the presence of...
Tipo: Text Palavras-chave: Corals; French polynesia; Clade B; Symbiodinium; QPCR; Flexibility; Generalist; Faithful clade.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00365/47652/47683.pdf
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Avaliação da degradação do DNA por PCR em tempo real em embriões de soja envelhecida artificialmente. Repositório Alice
LOPES, R. M.; CARVALHO, P. A. S. de V.; BRASILEIRO, A. C. M.; SARAIVA, M. A. de P.; GIMENES, M. A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Dano DNA; QPCR; Semente.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067931
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Babesia bovis and Babesia bigemina infection levels estimated by qPCR in Angus cattle from an endemic area of São Paulo state, Brazil. Repositório Alice
GIGLIOTI, R.; OLIVEIRA, H. N. de; SANTANA, C. H.; IBELLI, A. M. G.; NEO, T. A.; BILHASSI, T. B.; RABELO, M. D.; MACHADO, R. Z.; BRITO, L. G.; OLIVEIRA, M. C. de S..
The levels of infection by Babesia bovis and Babesia bigemina were estimated by absolute quantification through the quantitative PCR technique (qPCR). Fifty-one contemporaneous Angus cattle were evaluated on two occasions. The number of standard female Rhipicephalus microplus ticks present on the left side of the body was counted and blood samples were drawn from the tail vein into tubes containing the anticoagulant EDTA. The blood samples were submitted to DNA extraction and used to quantify the number of copies (NC) of DNA from B. bovis and B. bigemina by qPCR. The data on tick count and number of DNA copies were transformed for normalization and analyzed by a mixed model method. A multivariate model with repeated measures of the same animal, including...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Babesiosis; R microplus; Resistance; QPCR; Bovino; Babesia bovis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057560
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Biodiversity and quantification of functional bacteria in deammonification process. Repositório Alice
PRÁ, M. C. de; KUNZ, A.; BORTOLI, M.; VIANCELLI, A.; SCUSSIATO, L. A.; SOARES, H. M..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ANAMMOX; Ammonia oxidizing bacteria; Partial nitritation; FISH; QPCR.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1045554
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Chilean IPNV isolates: Robustness analysis of PCR detection Electron. J. Biotechnol.
Jorquera,Esteban; Morales,Paz; Tapia,David; Torres,Pamela; Eissler,Yoanna; Espinoza,Juan C; Conejeros,Pablo; Kuznar,Juan.
Background: The genomes of several infectious pancreatic necrosis viruses (IPNVs) isolated in Chile were sequenced with a single amplification approach for both segments A and B. The resulting sequences were then used to determine the conservation of the primer-binding regions used in polymerase chain reaction (PCR)-based diagnostic methods proposed in the literature. Thus, the robustness of each technique was studied, particularly the eventual effect of further mutations within the primer-binding sites. Results: On analysis, most methods currently used to detect Chilean IPNV varieties were deemed adequate. However, the primers were designed to be genogroup specific, implying that most detection methods pose some risk of detecting all strains prevalent in...
Tipo: Journal article Palavras-chave: IPNV detection; Mismatch's Tm analysis; QPCR.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582016000200005
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Clonagem e análise de expressão de candidatos a genes de referência em tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice
NASCIMENTO, A. R. do; O'SULLIVAN, F. A.; SILVA, G. F. da.
Neste trabalho, os genes 18S, beta-actina, gapdh e ef1alfa do tambaqui foram clonados e sequenciados, visando à obtenção e validação de genes de referência, candidatos aos estudos genômicos e de fisiologia na espécie.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QPCR; Normalizador; Expressão gênica; Normfinder.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047706
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Cuantificación de maíz genéticamente modificado mediante las técnicas de qPCR y dPCR Agrociencia
Gutiérrez-Angoa,Lizbeth E.; Castillo-Durán,Luis C.; Gómez-Castelo,Blanca E.; Acatzi-Silva,Abraham I..
A partir de la emisión de los permisos de liberación al ambiente de maíz (Zea mays L.) genéticamente modificado (GM) en el año 2009, en México fue necesario realizar la detección, identificación y cuantificación de organismos genéticamente modificados (OGM) de los cultivos en el país. El objetivo del presente estudio fue validar la técnica de cuantificación absoluta de mezclas de hoja en fracción masa de maíz GM a través de la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real (qPCR) y digital (dPCR). Mezclas de hojas de maíz modificado con el evento MON810 se prepararon con hojas de maíz convencional, fueron analizadas con la técnica de qPCR, y como calibrantes se usaron un plásmido de referencia certificado y ADN obtenido de una hoja...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QPCR; DPCR; Zea mays L.; OGM.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952015000400003
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Detecção de Babesia bovis por qPCR em bezerros leiteiros recém-nascidos. Repositório Alice
GONÇALVES, T. C.; FANTATTO, R. R.; FEITOSA, L. A.; DOMINGUES, L. F.; NÉO, T. A.; GIGLIOTI, R.; BILHASSI, T.; RABELO, M. D.; SANTANA, R. C. M.; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Babasea bovis; QPCR; Detecção.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946146
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Detecção de células viáveis de patógenos em queijo Minas Padrão pela técnica de PCR em Tempo Real. Repositório Alice
MENDONÇA, J. F. M. de; VIEIRA, F. de O.; FONSECA, I.; ARCURI, E. F.; RIBEIRO, J. B.; BORGES, M. de F.; MARTINS, M. F..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: EMA; Micro-organismos patogênicos; Derivados lácteos; QPCR; EMA; Micro-organismos patogênicos; Derivados lácteos; QPCR; Viabilidade.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029283
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Detection of Babesia bovis and Babesia bigemina in water buffaloes (Bubalus bubalis) in endemic areas of São Paulo state, Brazil. Repositório Alice
NEO, T. A.; GIGLIOTI, R.; OBREGON, D.; BILHASSI, T. B.; OLIVEIRA, H. N. de; MACHADO, R. Z.; ANIBAL, F. de F.; BRITO, L. G.; MALAGO JUNIOR, W.; DONATONI, F. A. B.; OLIVEIRA, M. C. de S..
bitstream/item/150906/1/OJVM-2016052415273391.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diagnosis; NPCR; QPCR; Bufalo; Bubalus Bubalis; Buffaloes; Babesiosis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057566
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Development of a qPCR Method for the Identification and Quantification of Two Closely Related Tuna Species, Bigeye Tuna ( Thunnus obesus ) and Yellowfin Tuna ( Thunnus albacares ), in Canned Tuna ArchiMer
Bojolly, Daline; Doyen, Perine; Le Fur, Bruno; Christaki, Urania; Verrez-bagnis, Veronique; Grard, Thierry.
Bigeye tuna (Thunnus obesus) and yellowfin tuna (Thunnus albacares) are among the most widely used tuna species for canning purposes. Not only substitution but also mixing of tuna species is prohibited by the European regulation for canned tuna products. However, as juveniles of bigeye and yellowfin tunas are very difficult to distinguish, unintentional substitutions may occur during the canning process. In this study, two mitochondrial markers from NADH dehydrogenase subunit 2 and cytochrome c oxidase subunit II genes were used to identify bigeye tuna and yellowfin tuna, respectively, utilizing TaqMan qPCR methodology. Two different qPCR-based methods were developed to quantify the percentage of flesh of each species used for can processing. The first one...
Tipo: Text Palavras-chave: Tuna; Authentication; Quantification; Canned products; TaqMan; QPCR; Species identification; Bigeye tuna (Thunnus obesus); Yellowfin tuna (Thunnus albacares).
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00371/48217/48403.pdf
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Development of methodologies for virus detection in soybean and wheat seeds. Repositório Alice
BOTELHO, S. R. A.; MARTINS, T. P.; DUARTE, M. F.; BARBOSA, A. V.; LAU, D.; FERNANDES, F. R.; SANCHES, M. M..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SMV; WSMV; Quarantine; Seed certification; RT-PCR; QPCR; Quarentena; Certificação de semente; Virose; Trigo; Soja.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036027
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Diagnóstico da infecção por Babesia bovis por meio da técnica qPCR em bovinos da raça angus. Repositório Alice
PORTILHO, A. I.; SANTANA, C. H.; GIGLIOTI, R.; BILHASSI, T. B.; NEO, T. A.; OLIVEIRA, M. C. de S..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Babesia bovis; Bovinos; QPCR; Protozoario; Protozoal infections.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054863
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Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. Repositório Alice
SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R..
Este trabalho avaliou a população de metanogênicas (gene mcrA), em função da adubação com N, sob cultivo de diferentes cultivares de arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Metanogênese; QPCR; Nitrogênio.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065554
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Effect of crotamine, a cell-penetrating peptide, on blastocyst production and gene expression of in vitro fertilized bovine embryos. Repositório Alice
CAMPELO, I. S.; PEREIRA, A. F.; ALCÂNTARA-NETO, A. S.; CANEL, N. G.; SOUZA-FABJAN, J. M. G.; TEIXEIRA, D. I. A.; CAMARGO, L. S. de A.; MELO, L. M.; RÁDIS-BAPTISTA, G.; SALAMONE, D. F.; FREITAS, V. J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cattle; Developmental competence; Embryotoxicity; Preimplantation embryo; QPCR.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010619
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Estudo do nível de infecção por Babesia bovis e Babesia bigemina em bovinos da raça canchim naturalmente infestados com o carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
BILHASSI, T. B..
Entre as principais causas de perdas produtivas em bovinos criados nos trópicos está a infestação pelo carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus e, consequentemente, dos hemoparasitas transmitidos por ele. A resistência dos zebuínos e de animais cruzados com raças taurinas à infestação por esse ácaro é amplamente conhecida. Entretanto, no que se refere à suscetibilidade às babesioses bovinas, existem evidências de que o grupo genético também pode interferir na resistência, seguindo o mesmo padrão observado para o carrapato vetor, com os taurinos apresentando maior sensibilidade. Assim, este estudo teve por objetivo avaliar a parasitemia por Babesia bovis e Babesia bigemina em 50 novilhas da raça Canchim ( Charolês + Zebu) naturalmente infestadas pelo...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Babesia bigemina; Babesia bovis; Citocinas; QPCR.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047745
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Evaluation of coffee reference genes for relative expression studies by quantitative real-time RT-PCR. Repositório Alice
CRUZ, F.; KALAOUN, S.; NOBILE, P.; COLOMBO, C.; ALMEIDA, J. D. de; BARROS, L. M. G.; PINTO, E. R. de C.; SA, M. F. G. de; VASLIN, M.; ALVES FERREIRA, M..
bitstream/item/178463/1/SP-19769-ID-31946.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Reference genes; Coffee; Drought stress; Development; Real time; PCR; QPCR; Coffea; Gene expression.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/577876
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Expressão de genes relacionados ao metabolismo do nitrogênio em mudas de Café arábica submetidas a déficit hídrico. Repositório Alice
SOUZA, B. P. de; PRIETO MRTINEZ, H. E.; CAIXETA, E. T.; CARVALHO, F. P. de; CLEMENTE, J. M.; FLOREZ, J. C.; LELIS, D. T.; ZAMBOLIM, L..
O estresse hídrico afeta o metabolismo celular vegetal, incluindo a assimilação do nitrogênio, com consequências drásticas no crescimento e desenvolvimento da planta. Dessa forma, nesse trabalho foi avaliado a influência do déficit hídrico na transcrição diferencial de genes relacionados ao metabolismo do nitrogênio. O experimento foi montado em um esquema fatorial 2 x 2, compostos de 2 cultivares de café (Catuaí Amarelo IAC62 e Mundo Novo IAC379-19) e dois tratamentos (sem déficit hídrico e com déficit hídrico), no delineamento em blocos casualizados com três repetições, onde cada parcela era constituída por duas plantas. Folhas foram coletadas às 8 e 96 h após aplicação dos tratamentos e tiveram o RNA extraído. Avaliou-se o perfil transcricional dos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QPCR; Estresse hídrico; Assimilação do nitrogênio; Quantitative polymerase chain reaction; Coffea arabica; Coffea arabica; Quantitative polymerase chain reaction.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041475
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Expressão gênica de bovinos Nelore e cruzados Canchim X Nelore, Simental X Nelore e Angus X Nelore infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; SOUZA, J. R. T.; GASPARIN, G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A..
O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é considerado um dos maiores causadores das perdas produtivas de bovinos no Brasil e no mundo. Estimativas sugerem que as perdas anuais, apenas no Brasil, sejam de dois bilhões de dólares (GRISI et al, 2002). Considerando essa perspectiva, muitos são os estudos visando entender os mecanismos de resistência de bovinos ao carrapato, assim como a interação parasita-hospedeiro. Dentre os mecanismos propostos, o sistema imune parece ser o fator mais importante na regulação desta resistência. Desta maneira, o objetivo deste projeto foi verificar a abundância de RNA mensageiro (mRNA) das citocinas IL-2, IL-4, IL-8, IL-10, IL-12, IL-13, MCP-1 e TNF-? em linfonodos de bovinos submetidos a infestação com carrapato...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovinos; Expressão gênica; Citocinas; QPCR; Carrapato.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580302
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Expression analysis in response to drought stress in soybean: shedding light on the regulation of metabolic pathway genes. Repositório Alice
GUIMARÃES-DIAS, F.; NEVES-BORGES, A. C.; VIANA, A. A. B.; MESQUITA, R. O.; ROMANO, E.; GROSSI-DE-SÁ, M. de F.; NEPOMUCENO, A. L.; LOUREIRO, M. E.; ALVES-FERREIRA, M..
Metabolomics analysis of wild type Arabidopsis thaliana plants, under control and drought stress conditions revealed several metabolic pathways that are induced under water deficit. The metabolic response to drought stress is also associated with ABA dependent and independent pathways, allowing a better understanding of the molecular mechanisms in this model plant. Through combining an in silico approach and gene expression analysis by quantitative real-time PCR, the present work aims at identifying genes of soybean metabolic pathways potentially associated with water deficit. Digital expression patterns of Arabidopsis genes, which were selected based on the basis of literature reports, were evaluated under drought stress condition by Genevestigator. Genes...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; QPCR; Soja; Resistência a seca; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Biochemical pathways; Drought tolerance; Genes; Genome.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926591
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