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A fast algorithm for estimating transmission probabilities in QTL detection designs with dense maps Inra
Elsen, J.M.; Filangi, O.; Gilbert, H.; Le Roy, P.; Moreno-Romieux, C..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL; FAST ALGORITHM; TRANSMISSION; DENSE MAPS; PROBABILITIES; ESTIMATION.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2009292cbb66&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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A first generation integrated map of the rainbow trout genome Inra
Palti, Y.; Genet, C.; Luo, M.C.; Charlet, A.; Gao, G.; Hu, Y.; Castaño-Sánchez, C.; Tabet-Canale, K.; Krieg, F.; Yao, J.; Vallejo, R.L.; Rexroad III, C.E..
Background: Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) are the most-widely cultivated cold freshwater fish in the worldand an important model species for many research areas. Coupling great interest in this species as a researchmodel with the need for genetic improvement of aquaculture production efficiency traits justifies the continueddevelopment of genomics research resources. Many quantitative trait loci (QTL) have been identified forproduction and life-history traits in rainbow trout. An integrated physical and genetic map is needed to facilitatefine mapping of QTL and the selection of positional candidate genes for incorporation in marker-assisted selection(MAS) programs for improving rainbow trout aquaculture production.Results: The first generation...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss); Genomic research; QTL; Genome; Genetic maps.
Ano: 2011 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201141cecd7b&uri=/notices/prodinra1/2011/06/
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A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs ArchiMer
Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...
Tipo: Text Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf
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A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/item/178033/1/ID-27574-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188047
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A new view on aphid resistance in melon: the role of Aphis gossypii variability National Institute of Agronomic Research
Boissot, N.; Mistral, P.; Chareyron, V.; Dogimont, C..
Resistance to Aphis gossypii in Cucumis melo has been largely studied but A. gossypii variability has never been considered. Resistance to colonization by A. gossypii, clone NM1, and to non persistent virus transmission by this clone is conferred by a NBS-LRR gene called Vat, isolated in the PI 161375 accession. We investigated resistance to A. gossypii with four clones of A. gossypii that belong to two very distinct genotypes, NM1 and C9. The Vat gene conferred a high level of resistance to a NM1 clone and partial resistance to a C9 clone. Four additive QTL and two pairs of epistatic QTL were detected in a recombinant inbred line population derived from the cross ‘Védrantais’ x PI 161375. Half of them clearly have a specific effect on the acceptance by...
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: Cucumis melo; Vat; QTL; Insect resistance; Allelic variability; Disease resistance; Virus vector; Virus transmission; SSR markers; Aphis gossypii.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/2174/207
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Agronomical, genetical and developmental characterization of fs6.4: a Quantitative Trait Locus controlling melon fruit shape National Institute of Agronomic Research
Moreno, E.; Fernández-Silva, I.; Eduardo, I.; Mascarell, A.; Alvarez, J.M.; Caño, A.; Monforte, A.J..
The genetic control of melon fruit shape is complex. Recently, several Quantitative Trait Loci (QTLs) affecting melon fruit shape have been identified using an introgression line population derived from the cross between a Cucumis melo ‘Piel de Sapo’ cultivar and the Korean accession PI 161375 ‘Songwan Charmi’ (SC). One of these QTLs, fs6.4, was selected for further genetical and developmental characterization. The SC allele of fs6.4 induces round fruit by limiting the longitudinal development of the fruit. Its mode of gene action is largely additive, showing low interactions with environment, genetic background or when combined with other fruit shape QTLs. Its chromosomal position could be narrowed to the central part of Linkage Group VI, breaking the...
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: Introgression line; Epistasis; Interaction; Flower development; QTL; Fruit shape; Genetic mapping; Fine mapping; Fruit morphology.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/2174/198
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ABC; Bos indicus; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Bovino; Nelore.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002861
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Análise de QTL para produtividade baseada em linhas puras recombinantes de arroz. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; BRONDANI, C..
Este trabalho teve por objetivo identificar genes associados à produtividade por meio da genotipagem por sequenciamento e uma posterior análise de QTL.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Gene.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066155
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Análise de QTLs do cruzamento IRAT 122 (japonica) x Araguaia (japonica). Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; CASTRO, A. P. de; CORDEIRO, A. C. C.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho consiste na identificação de genes e combinações alélicas que estejam associadas à produtividade de grãos e a massa de 100 grãos em arroz por meio de análises de QTLs, utilizando mapa genético de alta resolução baseado em marcadores SNPs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Cruzamento; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084145
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Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Arroz; Oryza sativa; Protutividade; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022482
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Análise univariada de modelos lineares mistos para população de mapeamento de QTL em arroz. Repositório Alice
BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; BRONDANI, C..
O experimento para avaliação da progênie segregante de 224 famílias (F2:4) foi conduzido no delineamento de blocos aumentados de Federer com três repetições e quatro testemunhas para dois ambientes (déficit hídrico e condições normais de irrigação). O ensaio foi analisado por meio de análise univariada de modelos lineares mistos através do software R.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Método estatístico.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/923188
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Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle ArchiMer
Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf
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Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL Inra
Le Mignon, G.; Blum, A.; Demeure, O.; Diot, C.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Lagarrigue, S..
De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés,permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettentainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieursmilliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ouencore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveauconcept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  génomique; QTL; EQTL; Puces à ADN; Animaux d’élevage.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011b4761a7f&uri=/notices/prodinra1/2011/05/
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Associação entre marcadores microssatélite ILSTS011 e peso ao nascimento no cromossomo 14 (BTA14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARINI, G.; COUTINHO, L.L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M.V.; CAMPOS, A. L.; REGITANO, L. C. de A..
2004
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Bovinos; Cromossomo 14; Peso ao nascimento.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46849
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Avaliação das características morfológicas do sistema radicular de linhagens recombinantes endogâmicas de sorgo em solução nutritiva sob estresse de fósforo. Repositório Alice
NEGRI, B. F.; HUFNAGEL, B. M.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; SOUSA, S. M. de.
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estresse abiótico; Fenotipagem; Raiz; QTL.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992436
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Capacité adaptative des populations virales aux résistances quantitatives des plantes Inra
Cartier, E..
Le contournement de résistances qualitatives est observé dans de nombreuses interactions entre les plantes et leurs agents pathogènes ce qui démontre l'importance de créer des résistances durables. L'utilisation de résistances quantitatives, gouvernées par des QTL (loci à effet quantitatif), est une possibilité suggérée par certains travaux pour augmenter la durabilité de la résistance d'une variété. A partir de deux pathosystèmes, les interactions piment-Cucumber Mosaic Vitus (CMV) et piment-Potato Virus Y (PVY), l'étude de la capacité de ces virus à contourner les résistances quantitatives des plantes a pu être réalisée. Pour le PVY, au terme de six passages successifs sur des plantes partiellement résistantes, une érosion de la...
Tipo: Thesis Palavras-chave: RESISTANCE QUANTITATIVE; CONTOURNEMENT; POTATO VIRUS Y (PVY); CUCUMBER MOSAIC VIRUS (CMV); QTL; AGRESSIVITE; FITNESS; MUTATION; VIRULENCE; AVIRULENCE;  .
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010ed6a0afb&uri=/notices/prodinra1/2011/01/
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Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Repositório Alice
FALEIRO, F.G.; SCHUSTER, I.; RAGAGNIN, V.A.; CRUZ, C.D.; CORRÊA, R.X.; MOREIRA, M.A.; BARROS, E.G. de.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Mapa genético; Progênie; Marcador genético; Método de melhoramento; Genetic maps; Progeny; Genetic markers; Breeding methods.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/109685
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Caracterização genotípica de linhagem de corte e postura empregando chip de 60 k em região pleiotrópica do cromossomo 1. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F. do; ATTILIO, D. B.; BRASSALOTI, R. A.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Genética; Linhagem; Frango de corte; Galinha para postura; Single nucleotide; Polymorphism; Quantitative trait loci; Laying Hens; Chicken breeds.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968936
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Characterisation of genome regions incorporated from an important wild relative into Australian sugarcane Inra
Reffay, N.; Jackson, P.A.; Aitken, K.S.; Hoarau, J.-Y.; D'hont, A.; Besse, P.; McIntyre, C.L..
Mandalay is an important Saccharum spontaneum clone used historically in Australian sugarcane breeding programs, and has given rise to many valuable cultivars. In order to better understand the genetic contribution of Mandalay to Australian varieties and elite parental material, a combined pedigree and quantitative trait loci (QTL) mapping approach was undertaken. A genetic map containing 400 single-dose markers was constructed for the Australian sugarcane clone MQ77–340, one parent of an Australian sugarcane population (Q117 · MQ77–340), using amplified fragment length polymorphism (AFLP) and simple sequence repeat (SSR) markers. This cultivar was selected because it is a direct descendent of Mandalay; its grandparents are Korpi, a S. o.cinarum clone, and...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CARTOGRAPHIE; VARIETE ANCESTRALE MAPPING; PEDIGREE; QTL; SUGARCANE.
Ano: 2005 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200719a4a113&uri=/notices/prodinra1/2007/06/
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Chromosomal segments underlying quantitative trait loci for mohair production in Angora goats Inra
Cano, E.M.; Debenedetti; Abad, M.; Allain, D.; Taddeo, H.R.; Poli, M.A..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: ANGORA; GOAT; MOHAIR; QUANTITATIVE TRAIT LOCI; QTL.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201028830527&uri=/notices/prodinra1/2010/01/
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