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Alterations in Biomarkers Associated with Sterility in Pectinophora gossypiella (Saunders) Induced by Gamma Irradiation BABT
Ali,Hanaa Mahmoud; Moustafa,Hemat Zakaria; Sayed,Rehab Mahmoud.
ABSTRACT Nowadays, radiation technology is widely used to produce changes in Biosystems. The goal of this work is to determine the variation induced male Pectinophora gossypiella in gamma-irradiated as pupae using 50Gy and 150Gy. Comparing elements composition and DNA (using RAPD-PCR) between substerile 50Gy and the sterile dose 150Gy in P. gossypiella showed variation between them. Potassium (K) was the most abundant elements in unirradiated and irradiated males followed by magnesium (Mg). The percentage of heavy metals as copper, zinc, and cadmium concurrent with K was directly proportional to the radiation dose. While the percentage of Mg, Phosphorous and calcium decreased as the radiation dose increased. The results also revealed that some extra bands...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pectinophora gossypiella; Gamma rays; RAPD-PCR; Elements; DNA.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132017000100436
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Alterations in Biomarkers Associated with Sterility in Pectinophora gossypiella (Saunders) Induced by Gamma Irradiation BABT
Ali,Hanaa Mahmoud; Moustafa,Hemat Zakaria; Sayed,Rehab Mahmoud.
ABSTRACT Nowadays, radiation technology is widely used to produce changes in Biosystems. The goal of this work is to determine the variation induced male Pectinophora gossypiella in gamma-irradiated as pupae using 50Gy and 150Gy. Comparing elements composition and DNA (using RAPD-PCR) between substerile 50Gy and the sterile dose 150Gy in P. gossypiella showed variation between them. Potassium (K) was the most abundant elements in unirradiated and irradiated males followed by magnesium (Mg). The percentage of heavy metals as copper, zinc, and cadmium concurrent with K was directly proportional to the radiation dose. While the percentage of Mg, Phosphorous and calcium decreased as the radiation dose increased. The results also revealed that some extra bands...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pectinophora gossypiella; Gamma rays; RAPD-PCR; Elements; DNA.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132018000100401
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Analysis of the genetic diversity of vancomycin-resistant Staphylococcus aureus BJM
Melo,Geraldo B.; Melo,Michelle C.; Gama,Alexandre P.; Carvalho,Karinne S.; Jesus,Teresa C.; Bonetti,Ana M.; Gontijo Filho,Paulo P..
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCoNS) are among the most frequent causes of hospital infections worldwide, thus justifying the increasing use of vancomycin. In this study, we evaluated the presence of glycopeptide-resistant staphylococci, in 41 patients hospitalized in the Clinical Hospital of the Federal University of Uberlândia in Uberlândia, MG, who were being treated with vancomycin. All isolates were plated on Mueller-Hinton agar containing vancomycin. Vancomycin resistance was confirmed by surface growth after incubation for 24-48 h at 35ºC. Heteroresistance was evaluated by plating with a large inoculum (10(8) CFU/mL). One patient with nephritis who was on a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hospital epidemiology; Vancomycin-resistant Staphylococcus; RAPD-PCR.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822005000200006
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Application of RAPD-PCR for Determining the Clonality of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Different Hospitals BABT
Idil,Neslihan; Bilkay,Isil Seyis.
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was applied with ten random 10-mer primers to examine the molecular diversity among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains in the hospitals and to investigate the epidemiological spread of these strains between different hospitals. The main objective of the study was to identify appropriate primers, which successfully established the clonality of MRSA. Three of the primers yielded particularly discriminatory patterns and they were used to perform the RAPD analysis which revealed different bands ranging from 200 to 1500 bp. Dendogram was created by the un-weighted pair group method using arithmetic (UPGMA) average clustering and it was constructed based on the combination results of the new...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: MRSA; RAPD-PCR; Clonal dissemination; UPGMA.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132014000400548
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Assesment of the Genotoxic Effect of the Diazinon on Root Cells of Allium cepa (L.) BABT
Pandir,Dilek.
ABSTRACT Organophosphorous pesticides (OPs) posses a great potential of acute toxicity for exposed animals and men. To evaluate the toxic potential of the organophosphate diazinon on root meristematic cells of Allium cepa L., was created two groups: In group 1 (control group), was not given any chemical. In group 2 (diazinon-treatment group), different doses (10, 40, 80 and 160 ppm) and times periods (24, 48 and 72 h) were administered. After exposure, cell death, effective concentration (EC50), mitotic index, cellular /chromosome aberrations, DNA damage by comet assay and RAPD-PCR were assessed at exposure times. EC50 value of diazinon was detected approximately 80 ppm. Hyperchromasia, later segragation, micronucleus, pulverised nucleus, nuclear...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Diazinon; Allium test; DNA damage; Genotoxicty; RAPD-PCR.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132018000100406
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Caracterização de bactérias endofíticas isoladas do milho cultivado no agroecossistema cerrado. Repositório Alice
COELHO, V. T. S.; QUINTÃO, P. L.; PAOLI, H. C.; MELO, M. A. V.; LAGE, G. A.; FONSECA, P. C.; BRESSAN, W.; GUIMARAES, C. T.; GOMES, E. A.; FIGUEIREDO, J. E. F..
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SDS-PAGE; RAPD-PCR; RDNA; Sequenciamento; Taxinomia.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/485688
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Caracterização genotípica e variabilidade genética de diferentes populações de Haematobia irritans (Linnaeus, 1758) (Diptera: Muscidae) procedentes do Brasil, Colômbia e República Dominicana através da técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD PCR). Infoteca-e
BRITO, L. G.; BORJA, G. E. M..
Dípteras hematófagos são importantes parasitas dentro de sistemas de produção de bovinos, especialmente em confinamento. Haematobia irritans, a mosca-dos-chifres, é uma das espécies que maiores problemas causa em sistemas de produção de bovinos, dado ao intenso estresse que impõe aos animais. Um importante aspecto quando se estuda a variabilidade genética dentro das espécies é o estudo da estrutura geográfica destas populações. Buscando-se estimar a similaridade genotípica das diferentes populações brasileiras e latinoamericanas da mosca-dos-chifre utilizou-se a técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD-PCR), que mostrou-se eficiente para tal propósito. A utilização dos marcadores moleculares gerados através da técnica de RAPD-PCR tornou...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Haematobia irritans; Diversidade genética; RAPD-PCR; Marcadores moleculares.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/710687
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Caracterização molecular e divergência genética de Bemisia tabaci (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae) em diferentes culturas e locais de cultivo Neotropical Entomology
Fontes,Fernanda Von H M; Colombo,Carlos A; Lourenção,André L.
Knowledge on the genetic variation of populations of Bemisia tabaci (Genn.) can improve the understanding of genetic diversity found in their biotypes and, consequently, offer guidelines for its management. In this study, the molecular characterization was performed and genetic diversity data were obtained for this insect from three regions of Brazil on different crops [cotton and soybean (Mato Grosso - MT); cabbage (Distrito Federal - DF); soybean and potato (São Paulo - SP)], using RAPD markers. RAPD analysis indicated 80.6% polymorphic loci and the average genetic similarity obtained by the Jaccard coefficient was 0.67. The whitefly populations collected on potato (SP) and soybean (MT) had higher genetic diversity values (0.75 and 0.72, respectively)....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Silverleaf whitefly; RAPD-PCR; Biotype; Genetic diversity; Squash silvering.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000200012
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Characterization of spontaneous phage-resistant variants of Streptococcus thermophilus by randomly amplified polymorphic DNA analysis and identification of phage-resistance mechanisms Inra
Binetti, A.G.; Suarez, V.B.; Tailliez, P.; Reinheimer, J.A..
A total of 100 spontaneous phage-resistant mutants isolated from nine commercial Streptococcus thermophilus strains were characterized preliminarily by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and the nature of their phage-resistance mechanisms was investigated. Only for mutants isolated from one strain, free phages were detected in their culture supernatants when these were titrated on the sensitive strain, suggesting that the mutants could have acquired the resistance phenotype by integrating the phage in their genomes (lysogeny). Adsorption interference was observed in the derivatives isolated from two strains. For mutants isolated from two other strains. restriction-modification (R-M) type systems were detected. In one of these cases, R-M was probably...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS; PHAGES; RAPD-PCR.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200878beee0d&uri=/notices/prodinra1/2009/03/
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Chronic infection of cystic fibrosis patient airways by a single clone of Burkholderia cepacia: replacement of non-mucoid to mucoid morphotype BJM
Carvalho,Ana Paula D'Alincourt; Ventura,Grasiella Maria de Carvalho; Folescu,Tânia Wrobel; D'Amoed,Renato Farme; Higa,Laurinda; Teixeira,Lucia Martins; Merquior,Vânia Lúcia Carreira; Marques,Elizabeth de Andrade.
Mucoid Burkholderia cepacia morphotype emerged within a nine year follow-up of a cystic fibrosis patient. Clinical data suggested a linkage between the mucoid phenotype isolation and the deterioration of the patient's condition. Despite of the phenotypic variation, molecular typing showed that the patient was chronically infected with B. cepacia complex isolates belonging to a same genetic clone.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cystic Fibrosis; Burkholderia cepacia complex; PFGE; RAPD-PCR.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822003000500014
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Determinação das Condições Ótimas para Análises de PCR-RAPD em Atta sexdens rubropilosa Forel (Hymenoptera: Formicidae) Neotropical Entomology
CARVALHO,ALFREDO O.R. DE; VIEIRA,LUIZ G.E..
A técnica PCR-RAPD tem sido amplamente empregada em estudos genéticos de populações de vários organismos. Entretanto, devido às interações entre os componentes da reação de PCR é improvável que uma única condição de amplificação possa ser adequada para todas as situações. Com o objetivo de determinar as condições ótimas para a utilização da técnica PCR-RAPD em análises taxonômicas do gênero Atta, foram analisados os fatores: concentrações de MgCl2, DNA, BSA, programas de temperaturas e métodos de extração de DNA, utilizando-se os delineamentos Fatorial Fracionado e o Central Composto. Dentre os fatores avaliados, o método de extração de DNA teve pouca influência na reação, enquanto que o programa de temperatura apresentou o maior efeito. Embora a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: RAPD-PCR; Otimização; Extração de DNA; Formiga saúva.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2001000400013
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Diversidade genética de Colletotrichum graminicola isolados da cultura do sorgo no ecossistema agrícola tropical revelada por SDS-PAGE, RAPD e análise da sequência do RDNA 18s e região intergênica 18s-28s Repositório Alice
PAOLI, H.C.; QUINTAO, P.L.; COELHO, V.T.S.; LAGE, G.A.; FONSECA, P.C.; FERREIRA, A.S.; CASELA, C.R.; GUIMARAES, C. T.; GOMES, E.A.; FIGUEIREDO, J. E. F..
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RDNA; RAPD-PCR; ARDRA; Sequenciamento; SDS-PAGE.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/485693
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Genes de virulência e diversidade genética em Salmonella spp. isoladas de amostras de origem suína Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Moura,M.S.; Oliveira,R.P.; Melo,R.T.; Mendonça,E.P.; Fonseca,B.B.; Rossi,D.A..
A diversificação da produção industrial de alimentos de origem suína e o intercâmbio comercial de animais e seus derivados destinados ao consumo humano podem ser importantes disseminadores de sorovares de Salmonella spp. na cadeia alimentar. Objetivou-se avaliar em 86 cepas de Salmonella spp., isoladas em granja de terminação e no abate de suínos, a ocorrência de três genes de virulência (invA, agfA e lpfA), bem como a similaridade genética entre elas. A ocorrência do gene invA foi verificada em 100% das amostras. O gene lpfA foi detectado em 80,23% (69/86) das cepas, não foi detectado em S. Panama e estava presente em todas as cepas de S. Infantis. O gene agfA foi detectado em 63,95% (55/86) das amostras. S. Agona apresentou positividade para todos os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Suíno; Genes; RAPD-PCR; Salmonella; Virulência.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352014000501367
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Genetic differentiation in natural populations of Lutzomyia longipalpis (Lutz & Neiva) (Diptera: Psychodidae) with different phenotypic spot patterns on tergites in males Neotropical Entomology
Silva,MH; Nascimento,MDSB; Leonardo,FS; Rebêlo,JMM; Pereira,SRF.
Entomological surveys in the state of Maranhão have recorded morphologically distinct populations of Lutzomyia longipalpis (Lutz & Neiva). Some populations have one pair of spots (1S) on the fourth tergite, while others have two pairs (2S) on the third and fourth tergites of males. In the present study we investigated the degree of genetic polymorphism among four populations in the municipalities of Caxias, Codó and Raposa, in the state of Maranhão, Brazil, by using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers. A total of 35 loci were identified, of which 30 were polymorphic. The highest polymorphism was observed with primer OPA 4, which produced 11 different profiles. Genetic diversity was assessed using grouping methods that produced a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Abdominal spot; Genetic polymorphism; Leishmaniasis; RAPD-PCR; Sand fly.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2011000400015
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Genetic diversity in passion fruit (Passiflora spp.) evaluated by RAPD markers BABT
Crochemore,Maria Lúcia; Molinari,Hugo Bruno Correa; Vieira,Luiz Gonzaga Esteves.
The objective of this study was to characterize the genetic diversity within a Passiflora collection by PCR-RAPD markers. Genetic analysis was performed in 70 accessions, representing 11 species of the genus Passiflora. The use of only five primers produced 136 reproducible polymorphic bands. The hierarchical classification showed high levels of dissimilarities between and within the species studied. A clear separation was obtained among species and accessions of P. edulis and P. edulis f. flavicarpa, which were forms of the high commercial value species. The fingerprints produced from the studied genotypes would allow the identification of improved varieties/populations in an easy, fast and inexpensive manner.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Passiflora spp.; Germoplasm; Genetic diversity; RAPD-PCR.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132003000400005
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Genetic similarity between staphylococcus sp isolated from human and hospital settings, and susceptibility to different antimicrobials BJM
Fabiano,Telma Luciana Trovó; Ávila,Bruna Helena Pinheiro de; Dias,Cleusa Cascaes; Maluta,Renato Pariz; Ávila,Fernando Antonio de.
One hundred and forty-three samples from human hands and hospital beds were collected at a teaching hospital in the city of Ribeirão Preto/SP by swabs, and placed in BHI broth. Following a 24 h incubation period at 37ºC, they were seeded on Petri dishes containing Agar "Staphylococcus Medium 110". Colonies typical of the genus Staphylococcus were collected and stored at 4ºC until tested for catalase, mannitol, hemolysis, DNAse and coagulase. Strains were analyzed by RAPD-PCR to verify their similarity, and tested for sensitivity to ten different antibiotics. From the ninety-two isolated strains, 67 (72,8%) were coagulase- negative and 25 (27,2%) coagulase-positive. Similarity analysis showed a great heterogeneity among strains, but some presented 100%...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Similarity; RAPD-PCR; Multiresistance.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000400010
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Genotype characterization of Haematobia irritans from diferrent Brazilian geographic regious based on randomysis amplied polymorphic DNA (RAPD) analysis. Repositório Alice
BRITO, L. G.; REGITANO, L. C. de A.; HUACCA, M. E. F.; CARRILHO, E.; MOYA BORJA, E..
Dípteras hematófagos são importantes parasitas dentro de sistemas de produção de bovinos, especialmente em confinamento. Haematobia irritans, a mosca-dos-chifres, é uma das espécies que maiores problemas causa em sistemas de produção de bovinos, dado ao intenso estresse que impõe aos animais. Um importante aspecto quando se estuda a variabilidade genética dentro das espécies é o estudo da estrutura geográfica destas populações. Buscando-se estimar a similaridade genotípica das diferentes populações brasileiras da mosca do chifre utilizou-se a técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD-PCR), que mostrou-se eficiente para tal propósito. A utilização dos marcadores moleculares gerados através da técnica de RAPD-PCR tornou possível a identificação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Haematobia irritans; Diversidade genética; RAPD-PCR; Marcadores moleculares.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/48150
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Genotype characterization of Haematobia irritans from different brazilian geographic regions based on randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Repositório Alice
BRITO, L. G.; REGITANO, L. C.; HUACCA, M. E. F.; CARRILHO, E.; BORJA, G. E. M..
Dípteras hematófagos são importantes parasitas dentro de sistemas de produção de bovinos, especialmente em confinamento. Haematobia irritans, a mosca-dos-chifres, é uma das espécies que maiores problemas causa em sistemas de produção de bovinos, dado ao intenso estresse que impõe aos animais. Um importante aspecto quando se estuda a variabilidade genética dentro das espécies é o estudo da estrutura geográfica destas populações. Buscando-se estimar a similaridade genotípica das diferentes populações brasileiras da mosca do chifre utilizou-se a técnica do DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD-PCR), que mostrou-se eficiente para tal propósito. A utilização dos marcadores moleculares gerados através da técnica de RAPD-PCR tornou possível a identificação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Haematobia irritans; Diversidade genética; Marcador molecular; Genetic diversity; Molecular markers; RAPD-PCR.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/707268
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Molecular genetic differentiation of avian Escherichia coli by RAPD-PCR BJM
Salehi,Taghi Zahraei; Madani,Seyed Ahmad; Karimi,Vahid; Khazaeli,Fatemeh Arab.
Escherichia coli is one of the most important bacterial avian pathogens and a common inhabitant of the gastrointestinal tract of animals. Most pathogenic E. coli can not be differentiated biochemically or by classic microbiologic methods. Molecular typing methods, particularly PCR, facilitated epidemiological and ecological studies of bacteria. Here we describe the application of a random amplified polymorphic DNA- polymerase chain reaction (RAPD-PCR) for molecular genetic differentiation of E. coli isolates in Iran. In this study 58 E. coli isolates including 4 standard strains, 3 food originated isolates, 33 avian isolates, 8 isolates form diarrheic calves and 10 isolates from unweaned diarrheic lambs were analyzed by RAPD-PCR using primer 1247(5/-AAG...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Escherichia coli; RAPD-PCR; Molecular differentiation; Iran.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822008000300015
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Molecular investigation of tRNA genes integrity and its relation to pathogenicity islands in Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) strains Genet. Mol. Biol.
Novais,Rogério Carlos; Chaves,Marcela Cassin; Gonzalez,Alice Gonçalves Martins; Andrade,João Ramos Costa.
tRNA genes are known target sites for the integration of pathogenicity islands (PAI) and other genetic elements, such as bacteriophages, into bacterial genome. In most STEC (Shiga toxin-producing Escherichia coli), the PAI called LEE (locus of enterocyte effacement) is related to bacterial virulence and is mostly associated to the tRNA genes selC and pheU. In this work, we first investigated the relationship of LEE with tRNA genes selC and pheU in 43 STEC strains. We found that 28 strains (65%) had a disrupted selC and/or pheU. Three of these strains (637/1, 650/5 and 654/3) were chosen to be submitted to a RAPD-PCR technique modified by the introduction of specific primers (corresponding to the 5'end of genes selC and pheU) into the reaction, which we...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pathogenicity islands; TRNA; STEC; RAPD-PCR; E.coli.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000400020
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