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A comparative analysis between (32P) and digoxigenin-labelled single-copy probes for RFLP detection in wheat Inra
Lu, Y.H.; Merlino, M.; Isaac, P.G.; Staccy, J.; Bernard, M.; Leroy, P..
Le polymorphisme de longueur des fragments de restriction (PLFR) a été largement utilisé pour l’établissement de cartes génétiques des plantes et pour diverses études génétiques. Bien qu’elle présente d’intéressantes potentialités et perspectives pour les sélectionneurs, l’utilisation des éléments radioactifs dans cette technique a limité son application en routine. Nous avons modifié et amélioré une des méthodes non radioactives commercialement disponibles, le marquage à la digoxigénine (Boehringer Mannheim), pour l’analyse d’un génome polyploïde tel que le blé. Les résultats obtenus sont comparables à ceux de la méthode radioactive. Les procédures expérimentales sont décrites en détail. Cette méthode non radioactive devrait faciliter tous les types...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RFLP; DIGOXIGENINE; SONDE MONOCOPIE; P32; MARQUAGE NON RADIOACTIF.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500002393045103&uri=/notices/prodinra1/2009/11/
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A Comparative Study of Willaertia magna (Free-Living Amoeba) from Different Geographic Areas Using Whole-cell and Small-subunit rDNA Restriction Fragment Length Polymorphisms OAK
Kilvington, Simon; Stevens, Clair; Ebert, Frank; Michel, Rolf; Beeching, John.
Palavras-chave: Free-living amoeba; Willaertia magna; Naegleria fowlen; RFLP.
Ano: 1995 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/230
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A comparison of biological, molecular and enzymatic markers to investigate variability within Microdochium nivale (Fries) Samuels and Hallett Inra
Maurin, N.; Rezanoor, H.N.; Lamkadmi, Z.; Some, A.; Nicholson, P..
Les variations au sein d’une collection de souches européennes de Microdochium nivale isolées de plusieurs hôtes sont étudiées sur la base de la morphologie des conidies, des profils d’estérases et de RFLP de la région des ITS de l’ADN ribosomique, de l’agressivité sur des plantules de blé et de la capacité à produire des périthèces in vitro. Un groupe homogène est différencié à la fois par les profils d’estérases et les RFLP des ITS de l’ADN-r. Les isolats de ce groupe possèdent des profils d’ITS identiques aux isolats de référence de la variété majus utilisés par d’autres auteurs et sont, par conséquent, assignés à la variété majus. Les isolats à l’intérieur du groupe homogène majus ont été collectés à travers l’Europe, ce qui démontre que ce groupe...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MICRODOCHIUM NIVALE; RFLP; PROFIL BIOCHIMIQUE; PLANTE HOTE; MARQUEUR; VARIABILITE INTRASPECIFIQUE; CONIDIE; MARQUAGE ENZYMATIQUE; ISOLAT.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500012408050369&uri=/notices/prodinra1/2010/01/
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A search for RFLP markers to identify genes for aluminum tolerance in maize. Repositório Alice
TORRES, G.A.; PARENTONI, S. N.; LOPES, M.A.; PAIVA, E..
The objective of this study was to identify restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers linked to QTLs that control aluminum (Al) tolerance in maize. The strategy used was bulked segregation analysis (BSA) and the genetic material utilized was an F2 population derived from a cross between the Al-susceptible inbred line L53 and Al-tolerant inbred line L1327. Both lines were developed at the National Maize and Sorghum Research Center - CNPMS/EMBRAPA. The F2 population of 1554 individuals was evaluated in a nutrient solution containing a toxic concentration of Al and relative seminal root length (RSRL) was used as a phenotype measured tolerance. The RSRL frequency distribution was continuous, but skewed towards Al-susceptible individuals....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; Tolerancia; Zea mays; Maize; RFLP; Aluminum; Tolerance.
Ano: 1997 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/478779
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A simplified procedure for terminal restriction fragment length polymorphism analysis of the soil bacterial community to study the effects of pesticides on the soil microflora using 4,6-dinitroorthocresol as a test case Inra
Rousseaux, S.; Hartmann, A.; Rouard, N.; Soulas, G..
We have studied the structural effects of application to the soil of a potentially detrimental herbicide, 4,6-dinitroorthocresol (DNOC) by analysing amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) signatures of 16S rDNA fragments of culturable bacterial communities isolated from diluted soil suspensions. This approach has the potential to reveal changes induced by stressing the soil microflora with DNOC. This paper shows that, whereas only few changes of the ARDRA and T-RFLP profiles result from ageing of the soil, treatment of the soil with DNOC induces major modifications of these profiles. Therefore, for the practical purpose of pesticide registration, ARDRA and T-RFLP analysis...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: 4 6-DINITROORTHOCRESOL; COMMUNAUTE MICROBIENNE; RFLP.
Ano: 2003 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0400035298104675&uri=/notices/prodinra1/2010/12/
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Análise de polimorfismo do gene da somatotropina em vacas Nelore e seu efeito sobre o peso à desmama de suas progênies Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Faria,F.J.C.; Guimarães,S.E.F.; Lima,R.M.G.; Mourão,G.B.; Pinheiro,L.E.L..
Informações sobre peso à desmama de um rebanho Nelore foram utilizadas após ajuste para idade padrão de 205 dias, sexo da cria, idade da mãe, touro e mês de desmama, para separar as reprodutrizes em dois grupos, cujos filhos diferiam nesse peso. As médias ajustadas pelo método dos quadrados mínimos foram para os grupos pesado (P) e leve (L) de 163,21± 2,18kg e 134,44± 2,18kg, respectivamente, com 41 animais em cada grupo. Essas reprodutrizes foram submetidas à coleta de sangue para estudo de polimorfismos do gene da somatotropina bovina, pela técnica de PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism). A amplificação de uma região entre o éxon III e V do gene da somatotropina permitiu analisar dois sítios de restrição. Para o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; Somatotropina; PCR; RFLP; Polimorfismo genético.
Ano: 1999 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09351999000600011
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Análise de polimorfismos do gene da beta-lactoglobulina em vacas da raça Nelore e efeitos sobre o peso à desmama de suas progênies Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Faria,F.J.C.; Guimarães,S.E.F.; Mourão,G.B.; Lima,R.M.G.; Pinheiro,L.E.L..
Informações sobre peso à desmama de bezerros Nelore foram utilizadas após ajuste para idade padrão aos 205 dias, sexo, idade da mãe, touro e mês de desmama, para separar as reprodutrizes em dois grupos, segundo o peso de suas crias. As médias de peso dos bezerros ajustadas pelo método dos quadrados mínimos e erros-padrão (LSM± SE) foram para os grupos pesados (P) e leves (L) 163,21± 2,18kg e 134,44± 2,18kg, respectivamente, com 41 animais em cada grupo. Essas reprodutrizes foram submetidas a coleta de sangue para estudo de polimorfismos do gene da beta-lactoglobulina, por meio da técnica de PCR-RFLP. A amplificação e a digestão de um fragmento do gene da beta-lactoglobulina entre o éxon II e III identificou os genótipos 1AA, 24AB e 56BB, com as freqüências...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; Nelore; Beta-lactoglobulina; PCR; RFLP; Polimorfismo genético.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352000000300016
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Análise de RFLP da tolerância a toxidez do alumínio em milho. Repositório Alice
BRONDANI, C.; PAIVA, E..
1993
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; RFLP; Maize; Aluminium; Zea mays.
Ano: 1993 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/482778
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Assessment of phenotypic indexes for aluminum tolerance in maize using nutrient solution. Repositório Alice
CANCADO. G.M.A.; MARTINS, P.R.; PARENTONI, S. N.; OLIVEIRA, A.B.; LOPES, M.A..
1999
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Aluminio; Tolerancia; Cerrado; Biologia molecular; RFLP; Aluminium; Tolerance; Savanna; Soil; Molecular biology.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/483530
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Association of PIT1 genotypes with growth traits in Canchim cattle Scientia Agricola
Carrijo,Sônia Mara; Alencar,Maurício Mello de; Toral,Fábio Luiz Buranelo; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Use of genetic markers can aid on the identification of animals with highest breeding values in beef cattle. The PIT1 gene codes for the Pit-1 transcription factor is essential for the activation of prolactin, growth hormone and PIT1 genes. This research is an investigation of the effect of PIT1-HinfI polymorphism on growth traits of 509 Canchim animals, from two lineages, GG1 and GG2. PIT1 genotypes were identified through PCR-RFLP. Genotype effect on phenotypic values for birth weight (BW), standardized weaning weight (W240), weight at 12 months of age (W365), and the average daily weight gain from birth to weaning (AGBW), and from weaning to 12 months of age (AGW12) were analyzed by the least squares method. Effects of the interaction between the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RFLP; Bovine; Pituitary factor 1; Candidate gene.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162008000200002
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Avaliação de uma população F2 para tolerância alumínio em milho através de RFLP. Repositório Alice
MARTINS, P.R.; TORRES, G.A.; LOPES, M.A.; PAIVA, E..
1996
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; Solos acidos; RFLP; Zea mays; Corn; Acid soils; Aluminium.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/476047
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Biochemical and molecular investigations on qualitative and quantitative Hb polymorphism in the river buffalo (Bubalus bubalis L.) population reared in Southern Italy Genet. Mol. Biol.
Iorio,Mario; Vincenti,Donatella; Annunziata,Mario; Rullo,Rosario; Bonamassa,Raffaele; Di Luccia,Aldo; Pieragostini,Elisa.
On 398 river buffalo samples, randomly collected in distinct breeding areas of the Campania region, high-resolution analytical systems were used to identify both qualitative and quantitative variations of the Hb phenotype. Polyacrylamide gel isoelectric focusing and HPLC were used to determine the ratio between HBA1 and HBA2 globin chains; restriction endonuclease analysis was performed to assess whether quantitative variations in Hb bands were related to an unusual number of a-globin genes. In the two buffalo subpopulations, allele frequencies of the alpha and beta globin systems were calculated, and F statistics (FIS, FIT and FST) were estimated as parameters of genetic diversity. The results suggest that: i) as shown by RFLP analysis, only a couple of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phenotype; RFLP; Globin genes; Haplotype; Gene frequencies.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000200007
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Bovine Herpesvirus 4 in Parana State, Brazil: case report, viral isolation, and molecular identification BJM
Kruger,Ernesto Renato; Penha,Tania Regina; Stoffelo,Daura Regina Eira; Roehe,Paulo Michel; Ribeiro,Magda Costa; Soccol,Vanete Thomaz.
Bovine Herpesvirus 4 (BoHV-4) is a member of Gammaherpesvirinaesub-family and belongs to genus Rhadinovirus. This virus has been associated with different clinical manifestations and research activity has put forward a strong correlation among virus infection, postpartum metritis, and abortion. The goal of this work was to characterize a virus strain isolate from a cow’s uterine outflow. From swabs drawn of uterine secretion, a virus strain was isolated and characterized by its cytopathology, morphology, and molecular biology approaches. In culture there was CPE development, characterized mainly by long strands with several small balloons along them, radiated from infected cells. Electron microscopy analysis revealed virus particles that had icosahedrical...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: BoHV-4 virus; PCR; RFLP; Fingerprint.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822015000100279
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Caractérisation biologique et moléculaire des isolats de Cucumber mosaic virus (CMV) dans les cultures de piments en Tunisie Inra
Ben Tamarzizt, H.; Girardot, G.; Fakhfakh, H.; Jacquemond, M..
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: WATERMELON MOSAIC VIRUS; WMV; RFLP.
Ano: 2011 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201164cf646d&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Caracterização da raça Nelore com base com seis marcadores moleculares. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, A. J.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
1999
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcador; Microssatélite; Nelore; RFLP.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/44823
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Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho 180 fêmeas da raça Nelore provenientes de oito rebanhos, foram analisadas quanto aos marcadores microssatélites TEXAN15BM1224 e CSFM50 e aos polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) nos locosk-caseína B-lactoglobulina e hormônio de crescimento (GH). Com exceção de GH, todos os marcadores foram polimórficos na amostra estudada. Os valores de heterizigosidade, diversidade gênica conteúdo de informação polimórfica (PIC) e probabilidade de exclusão de partenidade (PE) foram estimados. Os maiores valores de PIC (0.685) e PE (0.521) foram para o marcador BM1224.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcadores genéticos; Microssatélite; Nelore; RFLP; Gado Nelore; Bovine; Molecular markers; Nellore.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/45285
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Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos R. Bras. Zootec.
Tambasco,Daniella Debenedetti; Alencar,Maurício Mello de; Coutinho,Luiz Lehmann; Tambasco,Antonio Junqueira; Tambasco,Marina Debenedetti; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
No presente trabalho, 180 fêmeas da raça Nelore, provenientes de oito rebanhos, foram analisadas quanto aos marcadores microssatélites TEXAN15, BM1224 e CSFM50 e aos polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) nos locos k-caseína, beta-lactoglobulina e hormônio de crescimento (GH). Com exceção de GH, todos os marcadores foram polimórficos na amostra estudada. Os valores de heterozigosidade, diversidade gênica, conteúdo de informação polimórfica (PIC) e probabilidade de exclusão de paternidade (PE) foram estimados. Os maiores valores de PIC (0,685) e PE (0,521) foram obtidos para o marcador BM1224.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcador; Microssatélite; Nelore; RFLP.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000400014
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Caracterización de ADN de clones de papa e identificación de fitoplasmas asociados al síndrome de la punta morada Agrociencia
Alarcón-Rodríguez,Norma M.; Lozoya-Saldaña,Héctor; Valadez-Moctezuma,Ernestina.
En muchas áreas sembradas con papa en México se manifiesta el síndrome de la punta morada, que reduce el rendimiento y la calidad del tubérculo. Un factor principal de este síndrome es la presencia de fitoplasmas y el inadecuado manejo de su insecto vector. Una opción para controlar esta enfermedad es generar genotipos de papa resistentes y un diagnóstico oportuno para evitar su diseminación. Por ello los objetivos de este trabajo fueron detectar fitoplasmas asociados a la punta morada presentes en clones de papa asintomáticos, pero que estuvieron expuestos a la misma por cuatro ciclos, e identificar la relación hospedero-patógeno. Al final del ciclo de cultivo del 2005, fueron recolectadas hojas de 18 clones de papa sin síntomas, en Toluca, Estado de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Punta morada; Resistencia genética; RAPDs; RFLP.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952009000400003
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Characteristics of random amplified polymorphic DNA markers discriminating Helianthus annuus inbred lines Inra
Teulat, B.; Zhang, Y.X..
Nous avons testé l’utilisation de marqueurs RAPD (random amplified polymorphic DNA) pour permettre la discrimination de lignées de tournesol cultivé Helianthus annuus. En testant 100 amorces décamères sur les ADN de 4 lignées, nous obtenons 40 amorces révélant un polymorphisme. Nous montrons qu’en sélectionnant les amorces donnant des signaux reproductibles on obtient 14 marqueurs RAPD permettant de caractériser des lignées de tournesol. L’étude moléculaire des fragments amplifiés montre que ces marqueurs sont de type «présence/absence» : un locus est caractérisé par une bande chez une lignée et l’absence de bande chez les autres lignées. Des expériences de Southern utilisant des fragments RAPD polymorphes comme sondes produisent des signaux d’hybridation...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RAPD; RFLP; MARQUEUR GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500019671048235&uri=/notices/prodinra1/2009/11/
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Characterization and lytic activity of Pseudomonas fluorescens phages from sewage BJM
Radhakrishnan,Ananthi; Ananthasubramanian,M.
Pseudomonas fluorescens phages from sewage were tested against P. fluorescens isolates of soil and sewage. The phages were characterized as to host range, morphology, structural proteins and genome fingerprint. Of the seven phages isolated, one was found to be abundant in sewage (5.9×10(7) pfu/mL), having broad host range, and distinct protein and DNA profile when compared to the other six phages. DNA restriction and protein profiles of the phages and their morphology indicate the diversity in the sewage environment. None of the isolates from the rhizosphere regions of various cultivated soils were susceptible to phages isolated from sewage.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pseudomonas fluorescens; Phages; RFLP; AFM; Protein analysis.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000100042
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