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A comparative analysis between (32P) and digoxigenin-labelled single-copy probes for RFLP detection in wheat Inra
Lu, Y.H.; Merlino, M.; Isaac, P.G.; Staccy, J.; Bernard, M.; Leroy, P..
Le polymorphisme de longueur des fragments de restriction (PLFR) a été largement utilisé pour l’établissement de cartes génétiques des plantes et pour diverses études génétiques. Bien qu’elle présente d’intéressantes potentialités et perspectives pour les sélectionneurs, l’utilisation des éléments radioactifs dans cette technique a limité son application en routine. Nous avons modifié et amélioré une des méthodes non radioactives commercialement disponibles, le marquage à la digoxigénine (Boehringer Mannheim), pour l’analyse d’un génome polyploïde tel que le blé. Les résultats obtenus sont comparables à ceux de la méthode radioactive. Les procédures expérimentales sont décrites en détail. Cette méthode non radioactive devrait faciliter tous les types...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RFLP; DIGOXIGENINE; SONDE MONOCOPIE; P32; MARQUAGE NON RADIOACTIF.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500002393045103&uri=/notices/prodinra1/2009/11/
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A Comparative Study of Willaertia magna (Free-Living Amoeba) from Different Geographic Areas Using Whole-cell and Small-subunit rDNA Restriction Fragment Length Polymorphisms OAK
Kilvington, Simon; Stevens, Clair; Ebert, Frank; Michel, Rolf; Beeching, John.
Palavras-chave: Free-living amoeba; Willaertia magna; Naegleria fowlen; RFLP.
Ano: 1995 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/230
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A comparison of biological, molecular and enzymatic markers to investigate variability within Microdochium nivale (Fries) Samuels and Hallett Inra
Maurin, N.; Rezanoor, H.N.; Lamkadmi, Z.; Some, A.; Nicholson, P..
Les variations au sein d’une collection de souches européennes de Microdochium nivale isolées de plusieurs hôtes sont étudiées sur la base de la morphologie des conidies, des profils d’estérases et de RFLP de la région des ITS de l’ADN ribosomique, de l’agressivité sur des plantules de blé et de la capacité à produire des périthèces in vitro. Un groupe homogène est différencié à la fois par les profils d’estérases et les RFLP des ITS de l’ADN-r. Les isolats de ce groupe possèdent des profils d’ITS identiques aux isolats de référence de la variété majus utilisés par d’autres auteurs et sont, par conséquent, assignés à la variété majus. Les isolats à l’intérieur du groupe homogène majus ont été collectés à travers l’Europe, ce qui démontre que ce groupe...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MICRODOCHIUM NIVALE; RFLP; PROFIL BIOCHIMIQUE; PLANTE HOTE; MARQUEUR; VARIABILITE INTRASPECIFIQUE; CONIDIE; MARQUAGE ENZYMATIQUE; ISOLAT.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500012408050369&uri=/notices/prodinra1/2010/01/
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A search for RFLP markers to identify genes for aluminum tolerance in maize. Repositório Alice
TORRES, G.A.; PARENTONI, S. N.; LOPES, M.A.; PAIVA, E..
The objective of this study was to identify restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers linked to QTLs that control aluminum (Al) tolerance in maize. The strategy used was bulked segregation analysis (BSA) and the genetic material utilized was an F2 population derived from a cross between the Al-susceptible inbred line L53 and Al-tolerant inbred line L1327. Both lines were developed at the National Maize and Sorghum Research Center - CNPMS/EMBRAPA. The F2 population of 1554 individuals was evaluated in a nutrient solution containing a toxic concentration of Al and relative seminal root length (RSRL) was used as a phenotype measured tolerance. The RSRL frequency distribution was continuous, but skewed towards Al-susceptible individuals....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; Tolerancia; Zea mays; Maize; RFLP; Aluminum; Tolerance.
Ano: 1997 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/478779
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A simplified procedure for terminal restriction fragment length polymorphism analysis of the soil bacterial community to study the effects of pesticides on the soil microflora using 4,6-dinitroorthocresol as a test case Inra
Rousseaux, S.; Hartmann, A.; Rouard, N.; Soulas, G..
We have studied the structural effects of application to the soil of a potentially detrimental herbicide, 4,6-dinitroorthocresol (DNOC) by analysing amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) signatures of 16S rDNA fragments of culturable bacterial communities isolated from diluted soil suspensions. This approach has the potential to reveal changes induced by stressing the soil microflora with DNOC. This paper shows that, whereas only few changes of the ARDRA and T-RFLP profiles result from ageing of the soil, treatment of the soil with DNOC induces major modifications of these profiles. Therefore, for the practical purpose of pesticide registration, ARDRA and T-RFLP analysis...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: 4 6-DINITROORTHOCRESOL; COMMUNAUTE MICROBIENNE; RFLP.
Ano: 2003 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0400035298104675&uri=/notices/prodinra1/2010/12/
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Análise de polimorfismo do gene da somatotropina em vacas Nelore e seu efeito sobre o peso à desmama de suas progênies Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Faria,F.J.C.; Guimarães,S.E.F.; Lima,R.M.G.; Mourão,G.B.; Pinheiro,L.E.L..
Informações sobre peso à desmama de um rebanho Nelore foram utilizadas após ajuste para idade padrão de 205 dias, sexo da cria, idade da mãe, touro e mês de desmama, para separar as reprodutrizes em dois grupos, cujos filhos diferiam nesse peso. As médias ajustadas pelo método dos quadrados mínimos foram para os grupos pesado (P) e leve (L) de 163,21± 2,18kg e 134,44± 2,18kg, respectivamente, com 41 animais em cada grupo. Essas reprodutrizes foram submetidas à coleta de sangue para estudo de polimorfismos do gene da somatotropina bovina, pela técnica de PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism). A amplificação de uma região entre o éxon III e V do gene da somatotropina permitiu analisar dois sítios de restrição. Para o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; Somatotropina; PCR; RFLP; Polimorfismo genético.
Ano: 1999 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09351999000600011
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Análise de polimorfismos do gene da beta-lactoglobulina em vacas da raça Nelore e efeitos sobre o peso à desmama de suas progênies Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Faria,F.J.C.; Guimarães,S.E.F.; Mourão,G.B.; Lima,R.M.G.; Pinheiro,L.E.L..
Informações sobre peso à desmama de bezerros Nelore foram utilizadas após ajuste para idade padrão aos 205 dias, sexo, idade da mãe, touro e mês de desmama, para separar as reprodutrizes em dois grupos, segundo o peso de suas crias. As médias de peso dos bezerros ajustadas pelo método dos quadrados mínimos e erros-padrão (LSM± SE) foram para os grupos pesados (P) e leves (L) 163,21± 2,18kg e 134,44± 2,18kg, respectivamente, com 41 animais em cada grupo. Essas reprodutrizes foram submetidas a coleta de sangue para estudo de polimorfismos do gene da beta-lactoglobulina, por meio da técnica de PCR-RFLP. A amplificação e a digestão de um fragmento do gene da beta-lactoglobulina entre o éxon II e III identificou os genótipos 1AA, 24AB e 56BB, com as freqüências...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; Nelore; Beta-lactoglobulina; PCR; RFLP; Polimorfismo genético.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352000000300016
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Análise de RFLP da tolerância a toxidez do alumínio em milho. Repositório Alice
BRONDANI, C.; PAIVA, E..
1993
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; RFLP; Maize; Aluminium; Zea mays.
Ano: 1993 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/482778
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Assessment of phenotypic indexes for aluminum tolerance in maize using nutrient solution. Repositório Alice
CANCADO. G.M.A.; MARTINS, P.R.; PARENTONI, S. N.; OLIVEIRA, A.B.; LOPES, M.A..
1999
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Aluminio; Tolerancia; Cerrado; Biologia molecular; RFLP; Aluminium; Tolerance; Savanna; Soil; Molecular biology.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/483530
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Avaliação de uma população F2 para tolerância alumínio em milho através de RFLP. Repositório Alice
MARTINS, P.R.; TORRES, G.A.; LOPES, M.A.; PAIVA, E..
1996
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Aluminio; Solos acidos; RFLP; Zea mays; Corn; Acid soils; Aluminium.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/476047
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Caractérisation biologique et moléculaire des isolats de Cucumber mosaic virus (CMV) dans les cultures de piments en Tunisie Inra
Ben Tamarzizt, H.; Girardot, G.; Fakhfakh, H.; Jacquemond, M..
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: WATERMELON MOSAIC VIRUS; WMV; RFLP.
Ano: 2011 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201164cf646d&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Caracterização da raça Nelore com base com seis marcadores moleculares. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, A. J.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
1999
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcador; Microssatélite; Nelore; RFLP.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/44823
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Caracterização molecular de animais da raça Nelore utilizando microssatélites e genes candidatos. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TAMBASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho 180 fêmeas da raça Nelore provenientes de oito rebanhos, foram analisadas quanto aos marcadores microssatélites TEXAN15BM1224 e CSFM50 e aos polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) nos locosk-caseína B-lactoglobulina e hormônio de crescimento (GH). Com exceção de GH, todos os marcadores foram polimórficos na amostra estudada. Os valores de heterizigosidade, diversidade gênica conteúdo de informação polimórfica (PIC) e probabilidade de exclusão de partenidade (PE) foram estimados. Os maiores valores de PIC (0.685) e PE (0.521) foram para o marcador BM1224.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino; DNA; Marcadores genéticos; Microssatélite; Nelore; RFLP; Gado Nelore; Bovine; Molecular markers; Nellore.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/45285
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Caracterización de ADN de clones de papa e identificación de fitoplasmas asociados al síndrome de la punta morada Agrociencia
Alarcón-Rodríguez,Norma M.; Lozoya-Saldaña,Héctor; Valadez-Moctezuma,Ernestina.
En muchas áreas sembradas con papa en México se manifiesta el síndrome de la punta morada, que reduce el rendimiento y la calidad del tubérculo. Un factor principal de este síndrome es la presencia de fitoplasmas y el inadecuado manejo de su insecto vector. Una opción para controlar esta enfermedad es generar genotipos de papa resistentes y un diagnóstico oportuno para evitar su diseminación. Por ello los objetivos de este trabajo fueron detectar fitoplasmas asociados a la punta morada presentes en clones de papa asintomáticos, pero que estuvieron expuestos a la misma por cuatro ciclos, e identificar la relación hospedero-patógeno. Al final del ciclo de cultivo del 2005, fueron recolectadas hojas de 18 clones de papa sin síntomas, en Toluca, Estado de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Punta morada; Resistencia genética; RAPDs; RFLP.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952009000400003
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Characteristics of random amplified polymorphic DNA markers discriminating Helianthus annuus inbred lines Inra
Teulat, B.; Zhang, Y.X..
Nous avons testé l’utilisation de marqueurs RAPD (random amplified polymorphic DNA) pour permettre la discrimination de lignées de tournesol cultivé Helianthus annuus. En testant 100 amorces décamères sur les ADN de 4 lignées, nous obtenons 40 amorces révélant un polymorphisme. Nous montrons qu’en sélectionnant les amorces donnant des signaux reproductibles on obtient 14 marqueurs RAPD permettant de caractériser des lignées de tournesol. L’étude moléculaire des fragments amplifiés montre que ces marqueurs sont de type «présence/absence» : un locus est caractérisé par une bande chez une lignée et l’absence de bande chez les autres lignées. Des expériences de Southern utilisant des fragments RAPD polymorphes comme sondes produisent des signaux d’hybridation...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RAPD; RFLP; MARQUEUR GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500019671048235&uri=/notices/prodinra1/2009/11/
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Clonal diversity and antimicrobial resistance of Enterococcus faecalis isolated from endodontic infections Electron. J. Biotechnol.
Suliman Al-Badah,Abdulhakim; S.S. Ibrahim,Abdelnasser; Al-Salamah,Ali A; Ibrahim,Shebl Salah S.
Background Enterococcus faecalis is considered to be one of most prevalent species in the oral cavity, particularly in endodontic infections. The aim of the present study was to investigate the prevalence of E. faecalis in dental root canals, clonal diversity by restriction fragment length polymorphism (RFLP) and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD-PCR) analysis, and the antibiotic susceptibility of E. faecalis isolates. Results Among the bacterial strains isolated from dental root canal specimens (n = 82), E. faecalis was determined to have the highest prevalence followed by Streptococcus viridians, Leuconostoc mesenteroides, Staphylococcus aureus, Streptococcus mitis, and Pediococcus pentosaceus. Cluster analysis of RAPD-PCR and RFLP patterns of the...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Antimicrobial susceptibility; Endodontic infection; Enterococcus faecalis; Genotype; RAPD; RFLP.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582015000300006
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Constitution d'une génothèque destinée à l'identification des génomes mitochondriaux et recherche de nouvelles séquences mitochondriales chez les végétaux supérieurs Inra
Lejeune, B.; Pereira de Souza, A.; Haouazine, N.; Jubier, M.F.; Besin, E.; Lancelin, D.; Pelletier, G..
Le génome mitochondrial (mt) des plantes supérieures, dont la taille peut varier entre 200 et 560 kb, est composé d’une population hétérogène de molécules de tailles variables pouvant se recombiner grâce à la présence de séquences répétées. Les gènes présents sont constitués de séquences codantes très conservées et peuvent présenter des caractéristiques structurales comme la présence d’introns interrompus conduisant à un épissage en trans. Ces séquence codantes peuvent être utilisées comme sondes pour caractériser le polymorphisme entre variétés ou espèces. La recherche de nouvelles séquences codantes utilisables nous a amenés à identifier et caractériser 2 gènes mt nouveaux, nad5 et nad6.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENE NAD5; GENE NAD6; CONSERVATION DE SEQUENCE; RFLP; EPISSAGE EN TRANS; EDITION DES ARN; ADN MITOCHONDRIAL; GENOTHEQUE; SEQUENCE NUCLEOTIDIQUE; PLANTE; POLYMORPHISME GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500023518052077&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Contamination de l'environnement littoral par les rotavirus du groupe A. Détection par amplification enzymatique en chaîne et analyse du polymorphisme de restriction de séquences virales dans les eaux de surfaces et les coquillages ArchiMer
Dubois, Eric.
Les rotavirus font partie des principaux virus entériques humains susceptibles d'être rencontrés dans l'environnement. Leur mise en évidence par culture cellulaire dans des prélèvements est longue et peu sensible, ce qui explique le manque de données sur la contamination du littoral. La RT-seminested PCR a été développée pour pallier ces inconvénients. Après une mise au point méthodologique cette technique a été utilisée lors d'études in vitro et in situ. Les études in vitro sur le devenir des rotavirus en eau de mer, suivi par RT-PCR quantitative et par multiplication en culture cellulaire, montrent que dans des conditions proches de celles du milieu naturel (eau de mer non stérile et à une température relativement basse), la détection d'ARN viral peut...
Tipo: Text Palavras-chave: Rotavirus; Contamination; Coquillages; Eaux de stations d'épuration; Echantillons cliniques; RT-PCR; RFLP; Epidémiologie moléculaire.
Ano: 1992 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00442/55376/56894.pdf
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DETECCIÓN DE UN DEFECTO GENÉTICO EN BOVINOS MEDIANTE UNA PRUEBA DE ADN. Agricultura Técnica
Felmer D.,Ricardo; Butendieck B.,Norberto; Butendieck B.,Bárbara; Villegas M.,Juana.
La deficiencia en la capacidad de unión de leucocitos bovinos a los antígenos, más conocida como BLAD, es una enfermedad hereditaria que resulta letal para el ganado de la raza Holstein. Su principal característica es ser una enfermedad autosómica recesiva que puede ser transmitida a la descendencia. El objetivo del trabajo fue estandarizar la metodología para realizar un diagnóstico de la enfermedad mediante técnicas moleculares y lograr una primera aproximación sobre la frecuencia génica del alelo mutado en algunas poblaciones de toros de la IX y X Región. En base a la amplificación del ADN mediante reacción en cadena de polimerasa (PCR) y posterior digestión con enzimas de restricción Taq I y Hae III, fue posible visualizar, mediante electroforesis en...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Deficiencia de adhesión leucocitaria bovina; BLAD; PCR; RFLP; Holstein; Enfermedad.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-28072001000100005
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Detection of the apomictic mode of reproduction in maize-Tripsacum hybrids using RFLP markers IRD
Leblanc, Olivier; Grimanelli, D.; Gonzales de Leon, D.; Savidan, Yves.
L'apomixie diplosporique est un mode de reproduction asexuée par graines caractéristique des formes polyhaploïdes du genre #Tripsacum$, apparenté sauvage du maïs. L'introduction du ou des gènes responsables de ce caractère chez les plantes cultivées ouvrirait de nouvelles perspectives pour l'amélioration des plantes et l'agriculture. Dans le cadre du programme de transfert de l'apomixie au maïs conduit au CIMMYT, différentes espèces de #Tripsacum$ ont été croisées avec le maïs et de nombreux hybrides F1 ont été obtenus. Une stratégie basée sur l'analyse de bulks ségrégants, a été développée pour identifier des marqueurs moléculaires liés à la diplosporie chez #T. dactyloides$. Celle-ci a été facilitée par la grande similarité qui caractérise les génomes...
Tipo: Text Palavras-chave: APOMIXIE; METHODE D'ANALYSE; GENE; HYBRIDATION INTERSPECIFIQUE; RFLP; MARQUEUR MOLECULAIRE.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:43193
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