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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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Análise de genes diferencialmente expressos em Herbaspirillum seropedicae, estirpe HRC54, cultivado na presença do líquido apoplástico de cana-de-açúcar Repositório Alice
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: H seropedicae; Transcriptoma; RNA-Seq.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066661
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Análise massal do transcritoma de Arachis stenosperma para a identificação de genes de resistência a Meloidogyne arenaria raça. Repositório Alice
MORGANTE, C. V.; BRASILEIRO, A. C. M.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nematoide; RNA-Seq; Arachis stenosperma; Resistência; Amendoim.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/927503
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ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOS: A Review for Non-experts Acta biol.Colomb.
RODRÍGUEZ CUBILLOS,ANDRÉS EDUARDO; PERLAZA JIMÉNEZ,LAURA; BERNAL GIRALDO,ADRIANA JIMENA.
La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Análisis bioinformático; Diseño experimental; Procariotas; RNA-Seq.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2014000200001
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Biological processes related to ribosome and mitochondrial functions might be involved in the osteochondrosis latens manifestation in gilts. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; SAVOLDI, I. R.; CARMO, K. B. do; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; CANTAO, M. E.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
Abstract: The articular osteochondrosis (OC) is a disturbance of endochondral ossification occurring in humans and livestock animals. In pigs, OC is one of the major causes of leg weakness, leading to economic losses and reducing the animal welfare. The aim of this study was to evaluate the differential gene expression related to OC latens in femoral articular cartilage in swine. Thus, samples of MS115 5-months-old gilts, normal (control group) and affected with OC latens (affected group), were collected and submitted to histopathological and gene expression analysis. A total of 1,734 genes was differentially expressed (DE) between the two groups. Several biological processes (BP) were enriched including those already known as involved with OC, such as...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desenvolvimento ósseo; Características do fêmur; Osteocondrose articular; Problemas de locomoção; Locomotor problems; RNA-Seq; Melhoramento Genético Animal; Suíno; Gene; Osso; Fêmur; Animal genetic resources; Swine; Osteochondrosis; Gene expression; Lameness; Leg weakness.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093227
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Comparative transcriptome profile of the leaf elongation zone of wild barley (Hordeum spontaneum) eibi1 mutant and its isogenic wild type Genet. Mol. Biol.
Zhou,Qin; Wang,Aidong; Duan,Ruijun; Yan,Jun; Zhao,Gang; Nevo,Eviatar; Chen,Guoxiong.
Abstract The naturally occurring wild barley mutant eibi1/hvabcg31 suffers from severe water loss due to the permeable leaf cuticle. Eibi1/HvABCG31 encodes a full ATP-binding cassette (ABC) transporter, HvABCG31, playing a role in cutin deposition in the elongation zone of growing barley leaves. The eibi1 allele has pleiotropic effects on the appearance of leaves, plant stature, fertility, spike and grain size, and rate of germination. Comparative transcriptome profile of the leaf elongation zone of the eibi1 mutant as well as its isogenic wild type showed that various pathogenesis-related genes were up-regulated in the eibi1 mutant. The known cuticle-related genes that we analyzed did not show significant expression difference between the mutant and wild...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: ABC transporter; Defense genes; Desiccation tolerance; Plant cuticle; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000500834
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De novo assembly and annotation of the European abalone Haliotis tuberculata transcriptome ArchiMer
Harney, Ewan; Dubief, Bruno; Boudry, Pierre; Basuyaux, Olivier; Schilhabel, Markus B.; Huchette, Sylvain; Paillard, Christine; Nunes, Flavia.
The European abalone Haliotis tuberculata is a delicacy and consequently a commercially valuable gastropod species. Aquaculture production and wild populations are subjected to multiple climate-associated stressors and anthropogenic pressures, including rising sea-surface temperatures, ocean acidification and an emerging pathogenic Vibrio infection. Transcript expression data provides a valuable resource for understanding abalone responses to variation in the biotic and abiotic environment. To generate an extensive transcriptome, we performed next-generation sequencing of RNA on larvae exposed to temperature and pH variation and on haemolymph of adults from two wild populations after experimental infection with Vibrio harveyi. We obtained more than 1.5...
Tipo: Text Palavras-chave: RNA-Seq; Mollusca; Gastropoda; Development; Vibrio harveyi; Climate change.
Ano: 2016 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00318/42940/45103.pdf
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Differentially expressed genes in genetically divergent Nellore steers for calcium content in the Longissimus dorsi muscle. Repositório Alice
AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O.; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURÃO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Calcium; RNA-Seq; Bos indicus; Bos indicus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056581
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Expressão gênica diferencial envolvida com Condronecrose bacteriana com osteomielite em frangos de corte com 35 dias de idade. Repositório Alice
PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
Resumo: A incidência de problemas ósseos é considerada uma das principais preocupações para a indústria avícola devido à perdas econômicas significativas e ao impacto negativo no bem-estar. As vias metabólicas e os genes envolvidos nas patologias ósseas permanecem desconhecidos. A condronecrose bacteriana com osteomielite (BCO) é uma das principais doenças ligadas a problemas locomotores em frangos. Na tentativa de esclarecer os mecanismos genéticos envolvidos na manifestação da BCO, objetivou-se identificar os genes diferencialmente expressos no fêmur de frangos de corte normais e afetados por esta desordem, por meio da tecnologia de RNA-Seq. Neste estudo foram utilizados frangos de corte comerciais machos aos 35 dias de idade sendo 4 normais e 4 com BCO...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: BCO; Differentially expressed genes; RNA-Seq; Bacterial Chondronecrosis with Osteomyelitis; Patologia óssea; Genes; Ontologia gênica; Genes.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1024034
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Fruit fly management research, transcriptome analysis and first evidence of RNAi in Anastrepha fraterculus (Diptera: Tephritidae). Repositório Alice
DIAS, N. P..
bitstream/item/211497/1/Dori-tese-Nayma-revisada.pdf
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; RNAi-functional; South American fruit fly; Systematic review; RNA interference.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1120911
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Gene expression in the salivary gland of Rhipicephalus (Boophilus) microplus fed on tick-susceptible and tick-resistant hosts. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; CUNHA, R. C.; NHANI JUNIOR, A.; GARCIA, M. V.; FERRO, J. A.; ANDREOTTI, R..
The success of cattle tick fixation largely depends on the secretion of substances that alter the immune response of the host. The majority of these substances are expressed by the parasite salivary gland and secreted in tick saliva. It is known that hosts can mount immune responses against ticks and bovine European breeds, and bovine industrial crossbreeds are more susceptible to infestations than are Bos indicus cattle. To identify candidates for the development of novel control strategies for the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus, a salivary gland transcriptome analysis of engorged females fed on susceptible or resistant hosts was performed. Using RNA-Seq, transcriptomes were de novo assembled and produced a total of 235,451 contigs with...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; RNA-Seq; Cattle tick; Host-parasite interaction; Gado de Corte; Carrapato; Sialome; Transcriptome; Cattle; Bioinformatics; Rhipicephalus microplus.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124241
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Gene Expression in the Salivary Gland of Rhipicephalus (Boophilus) microplus Fed on Tick-Susceptible and Tick-Resistant Hosts. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; CUNHA, R. C.; NHANI JUNIOR, A.; GARCIA, M. V.; FERRO, J. A.; ANDREOTTI, R..
The success of cattle tick fixation largely depends on the secretion of substances that alter the immune response of the host. The majority of these substances are expressed by the parasite salivary gland and secreted in tick saliva. It is known that hosts can mount immune responses against ticks and bovine European breeds, and bovine industrial crossbreeds are more susceptible to infestations than are Bos indicus cattle. To identify candidates for the development of novel control strategies for the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus, a salivary gland transcriptome analysis of engorged females fed on susceptible or resistant hosts was performed. Using RNA-Seq, transcriptomes were de novo assembled and produced a total of 235,451 contigs with...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; Cattle tick; Host-parasite interaction; Sialome; Transcriptome; Cattle.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1119455
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Genética da resistência de planta adulta à ferrugem da folha em trigo - cultivar Toropi. Repositório Alice
CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; MARTINELLI, J. A.; KUSER-FALCAO, P. R.; ZERLOTINI, A.; GRANDO, M. F.; STEFANATO, F.; BOYD, L..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ferrugem da folha; RNA-Seq; Expressão diferencial.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1018075
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Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly valued, ecologically keystone Neotropical timber forest tree. Repositório Alice
SILVA-JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
bitstream/item/181067/1/gix125.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Heterozygous genome; RNA-Seq; Quinoids; Transposable elements; Bignoniaceae.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085131
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Genome-wide gene expression patterns in dikaryon of the basidiomycete fungus Pleurotus ostreatus BJM
Liu,Tianxiang; Li,Huiru; Ding,Yatong; Qi,Yuancheng; Gao,Yuqian; Song,Andong; Shen,Jinwen; Qiu,Liyou.
Abstract Dikarya is a subkingdom of fungi that includes Ascomycota and Basidiomycota. The gene expression patterns of dikaryon are poorly understood. In this study, we bred a dikaryon DK13 × 3 by mating monokaryons MK13 and MK3, which were from the basidiospores of Pleurotus ostreatus TD300. Using RNA-Seq, we obtained the transcriptomes of the three strains. We found that the total transcript numbers in the transcriptomes of the three strains were all more than ten thousand, and the expression profile in DK13 × 3 was more similar to MK13 than MK3. However, the genes involved in macromolecule utilization, cellular material synthesis, stress-resistance and signal transduction were much more up-regulated in the dikaryon than its constituent monokaryons. All...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Differential gene expression; Monoallelic expression; Monokaryon; RNA editing; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822017000200380
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Identificação de marcadores funcionais relacionados ao estresse hídrico em nódulos de feijoeiro sob condições de FBN. Repositório Alice
SILVA, H. A. P. DA; MENDES, A. C.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de.
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Rhizobium tropici; Phaseolus vulgaris; Seca; RNA-Seq; FBN.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905474
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Identificação e caracterização de genes relacionados à biossíntese de ácidos clorogênicos em Coffea arabica L. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; SANTOS, T. B. dos; PEREIRA, L. F. P..
O Brasil é o maior produtor e exportador de café no cenário mundial , a lém de ser o segundo maior mercado consumidor da bebida, atrás apenas dos Estados Unidos. Pesquisas estão em desenvolvimento para aumentar o conhecimento genético de cafeeiros relacionada com a qualidade do produto. A qualidade da bebida é diretamente influenciada pelos compostos químicos presentes no grão de café, como por exemplo, ácidos clorogênicos (CGAs) que são relacionados à adstringência da bebida. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos associados a produção dos CGAs, os objetivos deste trabalho são: i) identifica rdosgenes da viade biossíntese dos CGAs; ii) caracterizar o perfil transcricional in silico para alguns genes candidatos. Neste estudo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; Atividade transcricional; Ácido clrogênico; Qualidade da bebida; Coffee; Transcriptional activity; Chlorogenic acids and beverage quality.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040019
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Identification and expression profile of odorant-binding proteins in Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae). Repositório Alice
PAULA, D. P.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. C.; GRYNBERG, P.; MARTINS, N. F.; ANDOW, D. A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Brown marmorated stink bug; Chemoreception; RNA-Seq; Semiochemicals; Transcriptome.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1055555
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Identification of candidate genes for drought tolerance in coffee by high-throughput sequencing in the shoot apex of different Coffea arabica cultivars. Repositório Alice
MOFATTO, L. S.; CARNEIRO, F. de A.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; VIDAL, R. O.; ALEKCEVETCH, J. C.; COTTA, M. G.; VERDEIL, J-L.; LAPEYRE-MONTES, F.; LARTAUD, M.; LEROY, T.; DE BELLIS, F.; POT, D; RODRIGUES, G. C.; ALSARELLA CARAZZOLLE, M.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
BACKGROUND: Drought is a widespread limiting factor in coffee plants. It affects plant development, fruit production, bean development and consequently beverage quality. Genetic diversity for drought tolerance exists within the coffee genus. However, the molecular mechanisms underlying the adaptation of coffee plants to drought are largely unknown. In this study, we compared the molecular responses to drought in two commercial cultivars (IAPAR59, drought-tolerant and Rubi, drought-susceptible) of Coffea arabica grown in the field under control (irrigation) and drought conditions using the pyrosequencing of RNA extracted from shoot apices and analysing the expression of 38 candidate genes. RESULTS: Pyrosequencing from shoot apices generated a total of 34.7...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Coffee; Differential gene expression; RNA-Seq; Real-time PCR (RT-qPCR); Drought; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1043710
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NEDD4: a putative candidate gene for ribeye area in Nellore steers. Repositório Alice
VIGNATO, B. S.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; POLETI, M. D.; BALIEIRO, J. C. de C..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovine; Differential expression analysis; Muscle growth; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075627
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