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Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; NICKEL, O..
ABSTRACT: The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RT-qPCR; GRSPaV; GVA; GVD; GLRaV-3; Videira; Uva; Virus.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069291
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Análise da expressão gênica em diferentes órgãos floríferos do algodoeiro Gossypium hirsutum var. Latifolium. Repositório Alice
LIMA, L. M. de; PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, G. V.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C..
As informações disponíveis na área genômica têm possibilitado oportunidades de contribuições para o melhoramento genético de várias culturas, especialmente as grandes commodities . O isolamento de novos genes bem como o entendimento de suas funções é primordial para trabalhos associados à expressão gênica ou transgenia com a finalidade de auxiliar as demandas primárias estabelecidas nos programas de melhoramento do algodão.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tecido reprodutivo; Transcriptoma; RT-qPCR; Algodão.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042574
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Análise temporal da expressão de resveratrol sintase em genótipos de Arachis. Repositório Alice
VASCONCELOS, P.; COSTA, T. A.; SILVA, J. da; BRASILEIRO, A. C.; GIMENES, M..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Resveratrol; Arachis; Resveratrol sintase; RT-qPCR.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067895
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ANÁLISIS FILOGENÉTICO Y VARIABILIDAD MOLECULAR DEL Potato virus X (PVX) EN CULTIVOS DE PAPA DE ANTIOQUIA Acta biol.Colomb.
GARCÍA RUÍZ,Daniela; GUTIÉRREZ SÁNCHEZ,Pablo; MARÍN MONTOYA,Mauricio.
En este estudio se determinaron las relaciones filogenéticas y los niveles de variación de aislamientos de PVX obtenidos en tejidos foliares de plantas de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro y S. phureja var. Criolla Colombia en Antioquia, utilizando métodos de secuenciación de nueva generación (NGS) y de Sanger. Inicialmente, se detectó el PVX mediante DAS-ELISA (Agdia-PSA10000), confirmándose su presencia en ocho de las muestras por Inmunocaptura-RT-PCR en tiempo real (IC-RT-qPCR). Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la infección de PVX en 14,7 % y 13,3 % de las muestras de Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente. Su identidad fue confirmada por IC-RT-qPCR, con valores de ciclo umbral (Ct) de 15,04 a 27,59 y dos...
Tipo: Journal article Palavras-chave: DAS-ELISA; NGS; Potexvirus; RT-qPCR; Solanum spp; Variantes.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2016000100011
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CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL Potato virus V (PVV) INFECTANDO Solanum phureja MEDIANTE SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN Acta biol.Colomb.
ÁLVAREZ YEPES,Daniela; GUTIÉRREZ SÁNCHEZ,Pablo Andrés; MARÍN MONTOYA,Mauricio.
Las enfermedades virales son uno de los problemas más limitantes para la producción de papa en el mundo. Uno de los materiales de papa más susceptibles a los virus corresponde a Solanum phureja; sin embargo, en Colombia son pocos los estudios adelantados sobre los agentes causales que lo afectan. En este trabajo se realizó una caracterización molecular del Potato virus V (PVV) infectando plantas de S. phureja en Antioquia, utilizando métodos de secuenciación de nueva generación (NGS), pruebas de DAS-ELISA, RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR) y RT-PCR convencional. Los resultados indican la ocurrencia de niveles muy variables de incidencia del virus entre lotes de cultivo (6,7 % a 86 %). El PVV tiene un genoma de 9828 nt que codifica para una poliproteína de...
Tipo: Journal article Palavras-chave: DAS-ELISA; NGS; Papa; Potyvirus; RT-qPCR.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2016000300007
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Considerações estatísticas na análise de dados de expressão gênica gerados pela técnica de RT-qPCR. Infoteca-e
LOBO, A. M. B. O.; LOBO, R. N. B..
A transcriptase reversa (RT) seguida de quantificação utilizando a técnica da reação em cadeia da polimerase (qPCR) em tempo real ou, simplesmente reverse transcription-qPCR (RT-qPCR), é um método in vitro para amplificação enzimática de sequências definidas de DNA complementar obtido a partir do RNA. A técnica de RT-qPCR é uma das mais utilizadas em experimentos de quantificação da expressão gênica por ser considerado um dos métodos mais sensível e específico de quantificação gênica dos que outros utilizados para esta finalidade. No entanto, para obter resultados, pela técnica de RT-qPCR, que possam ser adequadamente analisados é necessário que o experimento tenha um desenho experimental com tratamentos, ensaios, unidade experimental e delineamento bem...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: RT-qPCR; Expressão gênica; Expressão gênica relativa; RT-PCR; Genética animal; Genética molecular; Gene expression; Genetic processes; Genetics.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007398
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Correlation of proline content and gene expression involved in the metabolism of this amino acid under abiotic stress. Repositório Alice
BENITEZ, L. C. B.; VIGHI, I. L.; AULER, P. A.; AMARAL, M. N. do.; MORAES, G. P.; RODRIGUES, G. dos. S.; MAIA, L. C. da.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; BRAGA, E. J. B..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Oryza sativa L; Abiotic stress; Osmotic adjustment; RT-qPCR.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068291
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Detection and sequencing of Potato virus Y (PVY) and Potato leafroll virus (PLRV) in a volunteer plant of Solanum tuberosum L. cv. Diacol-Capiro Acta Agron. (Palmira)
Cárdenas,Héctor Medina; Sánchez,Pablo Gutiérrez; Montoya,Mauricio Marín.
Abstract Viral diseases are among the most limiting factors in the production of potato in Colombia and the rest of the world. The best strategy to control plant viruses consists on the use of certified seed tubers, control of arthropod vectors and the use of adequate crop management practices that reduce mechanical transmission and the presence of viral reservoirs like weeds and volunteer plants. However, the successful implementation of these practices relies on the availability of highly sensitive techniques that allow for the asymptomatic detection of viruses. In this work, we tested the performance of Next-generation sequencing (NGS) and real time RT-PCR (RT-qPCR) on a single volunteer potato plant (cv. Diacol-Capiro) growing naturally in a seed-tuber...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Polerovirus; Potyvirus; RT-qPCR; High-throughput sequencing; Solanaceae.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122017000400625
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Diagnóstico serológico y molecular del Potato leafroll virus (PLRV) en tubérculos-semilla de papa en Antioquia, Colombia Acta Agron. (Palmira)
Mesa Medina,Mauricio; González Ramírez,Martha; Gutiérrez Sánchez,Pablo; Marín Montoya,Mauricio.
Las virosis son uno de los problemas fitosanitarios más limitantes para la producción de papa, siendo los virus Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus Y (PVY), Potato virus S (PVS) y Potato yellow vein virus (PYVV) los que generan mayores pérdidas económicas en la región andina. Generalmente estos virus son transmitidos por insectos hemípteros y por tubérculos-semilla. En esta investigación se evaluó la presencia y distribución del PLRV en tubérculos de Solanum tuberosum variedad Diacol-Capiro y S. phureja variedad Criolla-Colombia obtenidos en Antioquia, utilizando pruebas serológicas y moleculares. Mediante DAS-ELISA se evaluaron 128 muestras consistentes en tres tipos de tejidos (piel, yemas latentes y brotes), mientras que con RT-PCR en tiempo real...
Tipo: Journal article Palavras-chave: DAS-ELISA; Detección viral; Polerovirus; RT-qPCR; Solanum phureja; Solanum tuberosum.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122016000200015
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Expressão genética; Café; Composto químico; Lipidio; Biossíntese; Coffea arabica; Gene; Gene expression; High performance liquid chromatography; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068512
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVOMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Café; Gene expression; High performance liquid chromatography.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083355
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Dormancy-related transcript accumulation of the dehydrin gene family in apple buds. Repositório Alice
MIOTTO, Y. E.; FALAVIGNA, V. S.; PORTO, D. D.; MARGIS-PINHEIRO, M.; PASQUALI, G.; REVERS, L. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; RT-qPCR; Fruticultura; Maçã; Dormência; Genética; Biologia molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/978972
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First report of grapevine pinot gris virus infecting grapevine in Brasil. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M; NICKEL, O..
Grapevine Pinot gris virus (GPGV) has been re-ported infecting grapevines (Vitisspp.) in several countriesof the world. In this study, 19.5% of grapevine samples col-lected in Brazil and indexed for GPGV by RT-qPCR wasinfected. The complete coat protein and the partial replicase genes of two Brazilian isolates (CF-BR and ME-BR) were sequenced and exhibited very high nucleotide and deduced amino acid identities with many foreign characterized isolates of GPGVavailable in the GenBank. This is the first detection of GPGV infecting grapevines in Brazil. Keywords GPGV . Trichovirus . RT-qPCR . Real time RT-PCR. Diagnosis.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GPGV; Trichovirus; RT-qPCR; Real time; RT-PCR; Diagnosis; Grapevine Pinot gris virus (GPGV).
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075017
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Gene expression analysis reveals important pathways for drought response in leaves and roots of a wheat cultivar adapted to rainfed cropping in the Cerrado Biome. Repositório Alice
POERSCH-BORTOLON, L. B.; PEREIRA, J. F.; NHANI JUNIOR, A.; SOTO GONZÁLES, H. H.; TORRES, G. A. M.; CONSOLI, L.; ARENHART, R. A.; BODANESE-ZANETTINI, M. H.; MARGIS-PINHEIRO, M..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Triticum aestivum; Water deficit; 454 sequencing; Candidate genes; RT-qPCR; Trigo; Déficit hídrico; Sequenciamento de nova geração; Genes candidatos; PCR quantitativo; Tolerância à seca.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057486
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Identification of differentially expressed genes associated with pathogen-host interaction in 'Villard Blanc' and its expression analysis in grapevine cultivars resistant and susceptible to downy mildew. Repositório Alice
BUFFON, V.; SBEGHEN, F.; RUSSI, A.; GARRIDO, L. da R.; REVERS, L. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Villard Blanc; Expressão genética; Plasmora viticola; RDA; RT-qPCR; Viticultura; Uva; Genética; Doença de planta; Míldio; Variedade resistente; Identificação.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894806
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Identification of dormancy-associated MADS-box genes in apple. Repositório Alice
FALAVIGNA, V. da S.; PERINI, P.; REVERS, L. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: MADS-box; RT-qPCR; Identificação genética; Fruticultura; Maçã; Genética; Dormência.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894805
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Identification of reference genes for expression analysis by real-time quantitative PCR in drought-stressed soybean. Repositório Alice
STOLF-MOREIRA, R.; LEMOS, E. G. de M.; ABDELNOOR, R. V.; BENEVENTI, M. A.; ROLLA, A. A. P.; PEREIRA, S. dos S.; OLIVEIRA, M. C. N. de; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C..
The objective of this work was to validate, by quantitative PCR in real time (RT-qPCR), genes to be used as reference in studies of gene expression in soybean in drought-stressed trials. Four genes commonly used in soybean were evaluated: GmB-actin, GmGAPDH, GmLectin and GmRNAr18S. Total RNA was extracted from six samples: three from roots in a hydroponic system with different drought intensities (0, 25, 50, 75 and 100 minutes of water stress), and three from leaves of plants grown in sand with different soil moistures (15, 5 and 2.5% gravimetric humidity). The raw cycle threshold (Ct) data were analyzed, and the efficiency of each primer was calculated for an overall analysis of the Ct range among the different samples. The GeNorm application was used to...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Estabilidade de expressão; Expressão gênica; RT-qPCR; Soja; Biotecnologia; Deficiência hídrica; Soybeans; Gene expression; Plant-water relations; Agricultural biotechnology.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/882641
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Incidência de vírus em videiras determinada por meio da técnica de RT-PCR em tempo real. Repositório Alice
LEMES, C. F. C.; FAJARDO, T. V. M..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vitis; RT-PCR; RT-PCR quantitativa; RT-qPCR; Indexação; Viroses.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041101
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Metallothionein mRNA induction is correlated with the decrease of DNA strand breaks in cadmium exposed zebra mussels ArchiMer
Vincent-hubert, Francoise; Chatel, Amelie; Gourlay-france, Catherine.
We have previously shown that cadmium (Cd) and Benzo[a]pyrene (BaP) induced early DNA damages in zebra mussels, and that the level of DNA strand breaks (SB) returned to a basal level after 3 days of exposure to Cd. The aim of the present study was to go further in the mechanisms of Cd and BaP detoxification. For that purpose, expression of genes encoding for metallothionein (MT), Aryl Hydrocarbon Receptor (AHR), P-gP, catalase, glutathione S-transferase and Heat shock protein 70 (HSP70) proteins have been measured using RT-qPCR. Data reported here show that Cd is a strong inducer of MT and HSP70 genes, and that BaP is a strong inducer of P-gP and AHR genes. Exposure to Cd and BaP resulted in moderate changes in antioxidant enzymes mRNA. Since the increase...
Tipo: Text Palavras-chave: Benzo[a]pyrene; Cadmium; Metallothionein; Aryl hydrocarbon receptor; Antioxidant enzymes; RT-qPCR.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00184/29547/27873.pdf
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Optimization of PMAxx pretreatment to distinguish between human norovirus with intact and altered capsids in shellfish and sewage samples ArchiMer
Randazzo, Walter; Khezri, Mohammad; Ollivier, Joanna; Le Guyader, Soizick; Rodriguez-diaz, Jesus; Aznar, Rosa; Sanchez, Gloria.
Shellfish contamination by human noroviruses (HuNoVs) is a serious health and economic problem. Recently an ISO procedure based on RT-qPCR for the quantitative detection of HuNoVs in shellfish has been issued, but these procedures cannot discriminate between inactivated and potentially infectious viruses. The aim of the present study was to optimize a pretreatment using PMAxx to better discriminate between intact and heat-treated HuNoVs in shellfish and sewage. To this end, the optimal conditions (30 min incubation with 100 μM of PMAxx and 0.5% of Triton, and double photoactivation) were applied to mussels, oysters and cockles artificially inoculated with thermally-inactivated (99 °C for 5 min) HuNoV GI and GII. This pretreatment reduced the signal of...
Tipo: Text Palavras-chave: Intercalating dyes; Viability PCR; Norovirus; Shellfish; Sewage; RT-qPCR.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00411/52208/52970.pdf
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