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A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526
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Diagnosing, ameliorating, and monitoring soil compaction in no-till brazilian soils. Repositório Alice
PEIXOTO, D. S.; SILVA, B. M.; SILVA, S. H. G.; KARLEN, D. L.; MOREIRA, S. G.; SILVA, A. A. P. da; RESENDE, A. V. de; NORTON, L. D.; CURI, N..
Soil compaction can significantly reduce crop yield. Our objective was to identify the most sensitive soil physical property and process indicators related to crop yield using a Random Forest algorithm (RFA). This machine-learning, decision-making tool was used with field-scale data from five soil management treatments designed to ameliorate compaction in no-tillage (NT) fields. The treatments were: T1, NT for 10 yr (control); T2, NT with surface application of 3.6 Mg ha-1 of agricultural gypsum; T3, NT with subsoiling plus 1.44 Mg ha-1 of highly reactive limestone applied to a depth of 0.60 m; T4, NT planting following chisel plowing at a depth of 0.26 m; and T5, NT with subsoiling to a depth of 0.60 m plus 1.44 Mg ha-1 of surface-applied, highly reactive...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Random Forest; Compactação do Solo; Plantio Direto; Física do Solo; Rendimento.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113481
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Modelling effective soil depth at field scale from soil sensors and geomorphometric indices Acta Agron. (Palmira)
Castro-Franco,Mauricio; Domenech,Marisa; Costa,José Luis; Aparicio,Virginia Carolina.
Abstract: The effective soil depth (ESD) affects both dynamic of hydrology and plant growth. In the southeast of Buenos Aires province, the presence of petrocalcic horizon constitutes a limitation to ESD. The aim of this study was to develop a statistic model to predict spatial patterns of ESD using apparent electrical conductivity at two depths: 0-30 (ECa_30) and 0-90 (ECa_90) and geomorphometric indices. To do this, a Random Forest (RF) analysis was applied. RF was able to select those variables according to their predictive potential for ESD. In that order, ECa_90, catchment slope, elevation and ECa_30 had main prediction importance. For validating purposes, 3035 ESD measurements were carried out, in five fields. ECa and ESD values showed complex...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Feature selection; Petrocalcic horizon; Random Forest.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122017000200228
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Séries temporais MODIS para a detecção de sistemas integrados de produção agropecuária: uma contribuição para o monitoramento da agricultura de baixa emissão de carbono. Repositório Alice
KUCHLER, P. C.; SIMÕES, M.; BÉGUÉ, A.; FERRAZ, R. P. D.; ARVOR, D..
A implementação do iLP, ou seja, a combinação de agricultura e pecuária na mesma área, é considerada uma importante estratégia de intensificação agrícola sustentável no Brasil. Nossa hipótese é que a utilização da técnica Randon Forest (RF) aplicada aos dados do MODIS são capazes de detectar certos iLPs. Para isso, avaliamos a precisão do RF aplicado ao NDVI do MODIS para os anos de 2012 a 2016 em uma área no norte do Mato Grosso. Dois modelos foram testados: (i) usando 11 métricas fenológicas derivadas do MODIS (ii) usando as métricas e os dados originais. O índice kappa para (i) foi de 0,63, sendo 9 deles com potencial discriminatório; o resultado de (ii) foi de 0,84, onde somente 01 métrica foi significativa para discriminação. Nossos resultados indicam...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Séries Temporais; Random Forest; Sensoriamento Remoto; Sistema de Produção; Produção Integrada; Remote sensing; Integrated agricultural systems; Time series analysis.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112852
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Uso de dados do sensor MSI/Sentinel-2 e de LiDAR aerotransportado para mapeamento de fitofisionomias de Caatinga e estudo das relações com atributos físico-químicos dos solos. Repositório Alice
SILVEIRA, H. L. F. da.
A Caatinga, vegetação natural adaptada às condições do semiárido brasileiro, possui fitofisionomias variadas de difícil mapeamento, cuja distribuição é influenciada pelas características pluviométricas e pedológicas locais. No presente estudo, testou-se o potencial de dados multi-temporais do sensor MSI/Sentinel-2, obtidos em quatro datas de 2015 a 2016 (período chuvoso e seco), juntamente com observações LiDAR, para o mapeamento de sete fitofisionomias da Caatinga. A área de estudo está localizada no Estado de Pernambuco. Usando um mapa de referência da vegetação e o classificador Random Forest (RF), avaliou-se, em primeiro lugar, a capacidade do MSI/Sentinel-2 em mapear fitofisionomias de Caatinga e os eventuais ganhos na classificação decorrentes do uso...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Random Forest; Análise por componentes principais; Solos; Caatinga; Lidar.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105931
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Utilização de imagens do ALOS/PALSAR no mapeamento digital de atributos físicos dos solos. Repositório Alice
BERNINI, T. A..
O levantamento e a análise da espacialização dos atributos do solo através de ferramentas de geoestatística são fundamentais para que cada hectare de terra seja cultivado segundo as suas reais aptidões. As imagens de radar de abertura sintética (SAR) têm um grande potencial para a estimação de umidade do solo e, desta forma, estes sensores podem auxiliar no mapeamento de propriedades físicas e físico-hídricas dos solos. O objetivo geral deste estudo foi avaliar o potencial de utilização de imagens de radar (micro-ondas) ALOS/PALSAR na identificação de solos em uma área da Formação Botucatu, dominada por solos de textura arenosa e média no município de Mineiros - GO. A área tem aproximadamente 946 ha, com o relevo da região variando de plano a suave...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Solos; Análise; Sensoriamento remoto por micro-ondas; Radar nas geociências; Formação Botucatu; Random Forest; Mapeamento do solo; Levantamento do solo.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1051774
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