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A C1069G SNP of the MC4R gene and its association with economic traits in Korean native cattle (brown, brindle, and black) Electron. J. Biotechnol.
Lee,Youngsub; Park,Sairom; Kim,Hun; Lee,Seung Kyu; Kim,Jin Woo; Lee,Hak Kyo; Jeong,Dong Kee; Lee,Sung Jin.
Background: The melanocortin-4 receptor gene (MC4R) plays an important role in regulating food intake and body weight in mammals. In the present study, we identified the MC4R gene in native Korean brown, brindle, and black cattle by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), and investigated its association with economic traits. A total of 413 cattle from the three breeds were tested for backfat thickness, carcass weight, longissimus muscle area, and marbling score, and statistical data were analyzed using the SAS program. Results: The C allele had the highest frequency in brown and brindle cattle, and the G allele frequency was highest in black cattle. The C1069G SNP was significantly (p < 0.05) associated with only...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Economic trait; Marbling scores; MC4R gene; PCR-RFLP; SNP.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582013000500014
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A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526
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A mutation creating a potential illegitimate microRNA target site in the myostatin gene affects muscularity in sheep Inra
Clop, A.; Marcq, F.; Takeda, H.; Pirottin, D.; Tordoir, X.; Bibé, B.; Bouix, J.; Caimen, F.; Elsen, J.M.; Eychenne, F.; Larzul, C.; Laville, E.; Meish, F.; Milenkovic, D.; Tobin, J.; Charlier, C.; Georges, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TEXEL SHEEP; MYOSTATIN GENE; MUSCULARITY; HYPERTROPHY; GDF8; SNP.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20087ed0d44b&uri=/notices/prodinra1/2008/09/
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A SNP in the BMP3 gene associated with carcass traits in broilers. Repositório Alice
NEIS, K. L.; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; KAWSKI, V. L.; FORNARI, M. B.; LOPES, L. dos S.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Frango de corte; Carcarça; Polimorfismo genético; Broiler chickens; Genetic polymorphism; Chicken carcasses.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970454
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Alternative genotyping method for the single nucleotide polymorphism A2959G (AF159246) of the bovine CAST gene. Repositório Alice
CURI, R.A.; CHARDULO, L.A.L.; SILVEIRA, A.C.; OLIVEIRA, H.N. de..
The objective of this work was to genotype the single nucleotide polymorphism (SNP) A2959G (AF159246) of bovine CAST gene by PCR?RFLP technique, and to report its use for the first time. For this, 147 Bos indicus and Bos taurus x Bos indicus animals were genotyped. The accuracy of the method was confirmed through the direct sequencing of PCR products of nine individuals. The lowest frequency of the meat tenderness favorable allele (A) in Bos indicus was confirmed. The use of PCR?RFLP for the genotyping of the bovine CAST gene SNP was shown to be robust and inexpensive, which will greatly facilitate its analysis by laboratories with basic structure.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Calpastatin gene; Meat texture; PCR?RFLP; SNP; Gene da calpastatina; Textura da carne.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/126257
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Amplificação de genes da rota metabólica do amido de mandioca para mapeamento associativo. Repositório Alice
VASCONCELOS, L. M. de; CARMO, C. D. do; OLIVEIRA, E. J. de.
A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma espécie que acumula grande quantidade de amido nas raízes, sendo importante alimento para milhões de pessoas ao redor do mundo. O amido de mandioca é constituído basicamente por amilose e amilopectina, com proporção média na maioria das variedades de 1:5.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Melhoramento; Biossíntese.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030909
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Análise da diversidade nucleotídica intra e interespecífica de Coffea spp. Repositório Alice
YANAGUI, K.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Coffea; Marcador; Polimorfismo.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880434
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Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. Repositório Alice
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P..
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Mapeamento; Genoma.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903595
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Antecedentes y nuevos aportes en el estudio del Cromosoma Y en poblaciones humanas sudamericanas JBAG
Bailliet,Graciela; Ramallo,Virginia; Muzzio,Marina; Santos,María R; Motti,Josefina MB; Bianchi,Néstor O; Bravi,Claudio M.
Los avances en el conocimiento del genoma humano han llegado también a una situación comprensiva en relación a la región específica del cromosoma Y humano. En los últimos años se han reconocido al menos 600 polimorfismos bialélicos (SNP), a partir de los cuales se ha construido una sólida filogenia y se ha normalizado la nomenclatura. En el presente trabajo se han estudiado 940 muestras de varones no relacionados de 10 poblaciones aborígenes de Argentina, Chile y Paraguay; y 12 poblaciones urbanas de Argentina. Se han analizado 9 marcadores bialélicos para reconocer los clados mayores de la filogenia. Fue posible distinguir los haplogrupos Q* y Q3 autóctonos, y los haplogrupos AB, DE, F, K, P y R alóctonos. El Fst fue de 0, 17, mostrando un alto nivel de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Linajes paternos; Haplogrupos; SNP; Ancestralidad genética; Poblaciones humanas.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332011000100003
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Associação do receptor da adiponectina com cortes nobres e características relacionadas à deposição de gordura em uma linhagem paterna de frangos de corte. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Gordura abdominal; ADIPOR 1; Frango de corte.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968188
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Associação entre polimorfismo no gene BMP4 e características de OPU-PIVE em vacas Gir. Repositório Alice
VEGA, W. H. O.; QUIRINO, C. R.; AZEVEDO, A. S. de; PACHECO, A.; OLIVEIRA, C. S.; SERAPIÃO, R. V.; BARTHOLAZZI, A. J..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: OPU-PIVE; SNP; Mutação sinónima.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008566
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Association of KCNJ11 gene variants with tenderness in Nelore breed. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; MEIRELLES, S. L. C.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; ROSA, A. do N.; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A..
The KCNJ11 (potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 11) gene is located in BTA15, near a quantitative trait loci for meat tenderness. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were described in KCNJ11 and associated with Warner ? Bratzler shear force (WBSF) at different aging times: 1 d after slaughter (WBSF0), after 7 d (WBSF7) and 14 d (WBSF14) of aging. Fourteen steers of Nelore breed, characterized as extreme for the distribution of WBSF0 in a half-sib population of 500 progenies from 32 sires, were selected for sequencing.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: KCNJ11; Gene variants; Nelore breed; Cattle; SNP; Meat.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/951696
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Desarrollo y validación de marcadores moleculares para identificar genotipos de maíz de calidad proteínica. Colegio de Postgraduados
Hernández Rodríguez, Martha.
El maíz (Zea mays L.) de calidad proteínica (QPM) es nutricionalmente superior en comparación con el maíz normal, porque produce semillas con casi el doble de los aminoácidos (aa) lisina (Lys) y triptófano (Trp), esenciales para la síntesis endógena de la vitamina B niacina. Actualmente, la conversión de una línea de maíz normal a una QPM, se acelera mediante la selección asistida por marcadores moleculares (MAS) y métodos de detección química. En este estudio se reporta el desarrollo y validación de marcadores basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) para los loci opaque-2 (o2) y Ask-2, involucrados en la genética de los QPM, así como la interacción de ambos loci para el contenido de 11 aa en el endospermo de dos poblaciones F2 de maíz,...
Palavras-chave: Zea mays; Opaque-2; Ask-2; MAS; QPM; SNP; SSCP; Genética; Doctorado.
Ano: 2013 URL: http://hdl.handle.net/10521/2319
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Diversidade genética e estrutura de populações de raças localmente adaptadas de equinos no Brasil. Repositório Alice
IANELLA, P.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; BIAZIO, G. R.; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C. M..
bitstream/item/190473/1/Revista-RG-News-Vol.4-N3-2018-ANAIS-VCBRG-split-merge.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Raças localmente adaptadas; SNP; Equus Caballus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104016
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Diversidade nucleotídica e utilização de SNPs para o mapeamento de genes candidatos em Eucalyptus spp. Infoteca-e
NEVES, L. G.; FARIA, D. A. de.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PASQUALI, G.; GRATTAPAGLIA..
2008
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Eucalyptus spp; Eucalipto; Diversidade nucleotídica; SNP; Mapeamento genético.
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/191157
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Does probabilistic modelling of linkage disequilibrium evolution improve the accuracy of QTL location in animal pedigree ? Inra
Cierco-Ayrolles, C.; Dejean, C.; Legarra, A.; Gilbert, H.; Druet, T.; Ytournel, F.; Estivals, D.; Oumouhou, N.; Mangin, B..
BACKGROUND: Since 2001, the use of more and more dense maps has made researchers aware that combining linkage and linkage disequilibrium enhances the feasibility of fine-mapping genes of interest. So, various method types have been derived to include concepts of population genetics in the analyses. One major drawback of many of these methods is their computational cost, which is very significant when many markers are considered. Recent advances in technology, such as SNP genotyping, have made it possible to deal with huge amount of data. Thus the challenge that remains is to find accurate and efficient methods that are not too time consuming. The study reported here specifically focuses on the half-sib family animal design. Our objective was to determine...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PROBABILISTIC MODELLING; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL; SNP; MARKER; GENETIC; PEDIGREE.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010dbb9309f&uri=/notices/prodinra1/2010/12/
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ESTs and putative line-specific (broiler and layer) SNPs identified in genes expressed in Gallus gallus pituitary and hypothalamus. Infoteca-e
CASSOLI, C. S. da S.; JORGE, E. C.; PATRÍCIO, M.; ALVES, H. J.; ALMEIDA, E. A. de; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2007
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Frango; Hipotálamo; Glândula pituitária; EST; Expressed Sequence Tags; SNP.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/443641
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Estudo da associação entre um SNP do gene PPARGC1A com espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses em uma população de bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; IBELLI, A. M. G.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
O Canchim é uma raça composta (5/8 Charolês 3/8 Zebu), que vem sendo cada vez mais incorporada como opção para produção de carne no Brasil, entretanto esta possui pouca gordura de cobertura. A quantidade e distribuição de gordura têm um importante impacto na qualidade da carcaça e carne de bovinos de corte. O gene PPARGC1A (peroxisome proliferative active receptor gamma coactivator 1A) tem sido elencado como candidato para características de gordura. Este é um coativador do subconjunto de genes de fosforilação oxidativa que controla o transporte e oxidação de glicose e lipídeos. Estudos têm identificado SNPs neste gene e relacionado com deposição de gordura no leite e características de gordura em suínos. O objetivo deste trabalho foi testar a associação...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Espessura d gordura; Gene; SNP; Gado de corte.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/660869
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Expression profiles and polymorphism analysis of CDIPT gene on Qinchuan cattle Electron. J. Biotechnol.
Fu,Changzhen; Wang,Hong; Li,Yaokun; Wang,Jiali; Cheng,Gong; Wang,Hongbao; Yang,Wucai; Zan,Linsen.
Background CDIPT (CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase, EC 2.7.8.11) was found on the cytoplasmic side of the Golgi apparatus and the endoplasmic reticulum. It was an integral membrane protein performing the last step in the de novo biosynthesis of phosphatidylinositol (PtdIns). In recent years, PtdIns has been considered to play an essential role in energy metabolism, fatty acid metabolic pathway and intracellular signal transduction in eukaryotic cells. Results In this study, the results of real-time polymerase chain reaction (PCR) showed that the expression of CDIPT gene was remarkably different in diverse tissues. We also detected the polymorphism of bovine CDIPT gene and analyzed its association with body measurement and meat quality...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Body measurement traits; Gene expression; Meat quality traits; PCR-RFLP; SNP.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582014000400004
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Factor 9 de crecimiento y diferenciación asociado al índice de prolificidad en la oveja pelibuey. Colegio de Postgraduados
Pérez Ruíz, Elizabeth.
El Factor 9 de Crecimiento y Diferenciación (GDF9) es miembro de la súperfamilia β de factores de crecimiento (TGFβ) y su expresión en el ovocito es esencial para el desarrollo y crecimiento folicular. Diferentes mutaciones en el gen GDF9 han sido asociadas con el incremento de tasa de ovulación y/o prolificidad en algunas razas de ovejas, por lo que el objetivo de este estudio fue la búsqueda de polimorfismos de una sola base (SNPs) en el gen GDF9, así como la asociación entre polimorfismos del gen GDF9 y el índice de prolificidad en ovejas de la raza Pelibuey. Se tomaron muestras sanguíneas de la vena yugular de 16 ovejas y fueron conservadas en papel FTA® (Whatman Mini Card). El exón dos del gen fue amplificado mediante la técnica de Polimerase Chain...
Palavras-chave: Análisis de secuencias; GDF9; Mutación; Polimorfismo; PCR; SNP; Sequence analysis; Mutation; Polymorphism; Maestría; Ganadería.
Ano: 2012 URL: http://hdl.handle.net/10521/1712
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