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Análise de duplicatas no germoplasma de mandioca com base em marcadores moleculares. Repositório Alice
ALVES, L. B.; CARMO, C. D. do; SILVA, P. H. da; OLIVEIRA, E. J. de.
O Banco Ativo de Germoplasma de Mandioca da Embrapa Mandioca e Fruticultura (BAG-Mandioca) possui aproximadamente 1500 acessos conservados ex situ. Apesar de bastante representativo, o expressivo número de acessos com similaridades fenotípicas evidenciam a presença de indivíduos considerados duplicatas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Manihot; Microssatélites; SNPs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030916
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Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Arroz; Oryza sativa; Protutividade; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022482
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Análisis del efecto de polimorfismos de un solo nucleótido del Gen Fasn en novillos JBAG
Marrube,G; Soria,LA; Rozen,FMB; Corva,PM; Schor,A; Melucci,LM; Villarreal,EL; Mezzadra,CA; Miquel,MC.
La enzima Acido Graso Sintasa (FASN) cataliza la síntesis de los ácidos grasos en la célula y presenta un rol fundamental en el metabolismo de los lípidos. Con el propósito de analizar el efecto de dos polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en el gen FASN (G>C en el exón 1 y A>G en el exón 34) se analizaron los siguientes caracteres productivos: Peso Vivo Final, Ganancia Diaria de Peso Vivo, Tasa Mensual de Engrasamiento, Grasa Riñonada, Porcentaje de Grasa Riñonada, Rendimiento de la Canal, Porcentaje de Grasa Intramuscular, en novillos de razas Angus (n = 20) y Brangus (n = 60). Se desarrollaron técnicas de mismatch PCR para determinar los genotipos de ambos SNPs. El análisis estadístico se realizó mediante un modelo de efectos fijos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovinos para carne; Calidad de la carne; Gen FASN; SNPs.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332010000100005
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Association between BMP4 gene polymorphism and in vitro embryo production traits in Gyr cows. Repositório Alice
ORTIZ, W. H.; QUIRINO, C. R.; SILVA, A.; OLIVEIRA, C. S.; SERAPIÃO, R. V.; PACHECO, A.; BARTHOLAZZI, A..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic variability; Molecular markers; Mutation; OPU-IVP; SNPs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035211
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Associations of the osteopontin gene with performance traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; FORNARI, M. B.; NEIS, K. L.; ZANELLA, R.; TESSMANN, A. L.; PANDOLFI, J. R. C.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNPs; Genética; Frango de corte; Genetic; Broiler chickens; Gallus gallus.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971303
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Caractérisation génétique de l’effort reproducteur de l’huître creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre des mortalités estivales de juvéniles : Approch QTL ArchiMer
Flahauw, Emilie.
The Pacific oyster, Crassostrea gigas, is a major aquacultured species whose production represents an economic interest at worldwide, european and french levels. However, this species undergoes summer mortalities recorded from the beginning of the 20th century and, since 2008, this phenomenon increased and threatens mainly juvenile oysters. Aquaculture production of oysters suffers consequences of mass mortalities, that’s why this phenomenon has been studied for many years. In France, the bacterium Vibrio splendidus and the Ostreid virus Herpes Virus 1 (OsHV-1) are often associated with mass mortality outbreaks of juveniles oysters and it was demonstrated that selected individuals for resistance to summer mortality were able to slow the increasing in viral...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse du Pacifique; Crassostrea gigas; Mortalités estivales; Survie; Effort reproducteur; Imagerie par Résonance Magnétique; Histologie; Marqueurs microsatellites; Marqueurs SNP; Cartographie de liaison; Détection de QTL; Pacific oyster; Crassostrea gigas; Summer mortality; Survival; Reproductive effort; Magnetif Resonance Imaging; Histology; Microsatellites; SNPs; Linkage mapping; QTL detection.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00233/34377/33786.pdf
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Caracterização do germoplasma de feijoeiro comum com base em marcadores DArt-Seq. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; ZUCCHI, M. I.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo identificar e caracterizar SNPs em um conjunto de acessos de feijão com alta diversidade genética através da metodologia de GbS via DArT-Seq.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GBS; SNPs; Feijão; Phaseolus vulgaris; Gemoplasma; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022480
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Caracterização genotípica de linhagem de corte e postura empregando chip de 60 k em região pleiotrópica do cromossomo 1. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F. do; ATTILIO, D. B.; BRASSALOTI, R. A.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Genética; Linhagem; Frango de corte; Galinha para postura; Single nucleotide; Polymorphism; Quantitative trait loci; Laying Hens; Chicken breeds.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968936
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Descoberta e genotipagem de SNPs em cajueiro via sequencimento de representações genômicas reduzidas. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B.; LIRA, M.; BUSO, G. S. C.; AMARAL, Z. P. S.; GRATTAPAGLIA, D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise molecular; SNPs; SSR.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002751
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Design and evaluation of a sequence capture systemfor genome-wide SNP genotyping in highly heterozygous plant genomes: a case studywith a keystone Neotropical hardwood tree genome. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
bitstream/item/185941/1/dsy023.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Target enrichment; Sequence capture; SNPs; Handroanthus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099287
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Detection of single nucleotide polymorphisms in the conserved ESTs regions of Gossypium arboreum Electron. J. Biotechnol.
Shaheen,Tayyaba; Zafar,Yusuf; Mehboob-ur-Rahman,.
Exploring genetic variation in Gossypium arboreum L. germplasm is useful as it contains many important genes conferring resistance to different stresses. In limited earlier studies, low level of genetic diversity was found by using conventional DNA marker systems which may impede future genome mapping studies. In the present investigation, we explored the extent of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) among 30 conserved regions of Expressed Sequence Tags (EST) of low copy genes between two genotypes of G. arboreum. A total of 27 SNPs including 21 substitutions and 6 Insertions and deletions (Indels) in 7804 bp were found between these genotypes with a frequency of one SNP per 371 bp and one Indel after every 1300 bp. Out of these SNPs, 52% were...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Conserved regions; Gossypium arboretum; SNPs.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000500003
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Detection of SNPs in bovine immune-response genes that may mediate resistance to the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
ABATEPAULO, A. R. R.; CAETANO, A. R.; MENDES JÚNIOR, C. T.; CARVALHO, W. A.; FERREIRA, B. R.; SANTOS, K. F. de M..
bitstream/item/177231/1/SP-19563-ID-30535.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNPs; Rhipicephalus (Boophilus) microplus; Bovino.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190256
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Development of SNPs and their use for the identification of summer mortality resistance QTLs in the Pacific oyster (Crassotrea gigas) ArchiMer
Sauvage, Christopher; Lapegue, Sylvie; Bierne, Nicolas; Boudry, Pierre.
Summer mortalities of the Pacific cupped oyster Crassostrea gigas have been described in the literature for decades. One solution to overcome this problem would be to select animals more tolerant to summer mortalities, as this trait was shown to be highly heritable (Degrémont, 2003). The identification of markers associated to the resistance would allow to better understand this complex phenomenon and, eventually to establish markers assisted selection. Recently, two moderately dense genetic linkage maps have been established in the Pacific oyster based on microsatellites and AFLP markers (Hubert and Hedgecock, 2004; Li and Guo, 2004). In this context, the development and mapping of SNPs will increase the density of the linkage map and consequently the...
Tipo: Text Palavras-chave: QTLs analyses; Summer mortaliy; Genetic; SNPs; Crassostrea gigas; Oyster.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-3351.pdf
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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Estrutura genética de raças ovinas brasileiras. Repositório Alice
TOLEDO, N. M. de.; McMANUS, C.; PAIM, T. do P.; PAIVA, S. R.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; CARNEIRO, P.; CAETANO, A. R.; SANTOS, S. A.; MATTOS, P. S. R. de; MORAES, J. C. F..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização genética; Diversidade genética; SNPs; Recurso genético; Genética animal; Ovino; Raça; Sheep; Animal genetic resources; Genetic diversity as resource.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007892
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Estrutura genética de raças ovinas brasileiras. Repositório Alice
TOLEDO, N. M. de.; McMANUS, C.; PAIM, T. do P.; PAIVA, S. R.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Recurso genético; Caracterização; Diversidade genética; SNPs.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001509
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Estrutura genética de raças ovinas brasileiras. Repositório Alice
TOLEDO, N. M. de; MCMANUS, C.; PAIM, T. do P.; PAIVA, S. R.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; CARNEIRO, P.; CAETANO, A.; SANTOS, S.; MATOS, P.; MORAES, J. C. F..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização; Diversidade genética; SNPs; Recurso genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1000852
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Genetic characterization of Indubrasil cattle breed population. Repositório Alice
ZANELLA, R.; LAGO, L. V.; SILVA, A. N. da; PÉRTILLE, F.; CARVALHO, N. S. de; PANETTO, J. C. do C.; ZANELLA, G. C.; FACIOLI, F. L.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract The Indubrasil breed was developed in the Brazilian region called Triângulo Mineiro as a result of a cross between zebu cattle. Initially, it was used as a terminal cross and currently it represents approximately 4.45% of all the Brazilian zebu cattle. Studies were conducted to estimate genetic parameters in the Indubrasil using pedigree information, however, until now, no study has been developed using large-scale genomic markers in this breed. Pedigree information are widely used to investigate population parameters; however, they can neglect some estimates when compared to the use of genomic markers. Therefore, the objective of this study was to investigate the population structure and the genetic diversity of Indubrasil cattle using a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Indubrasil; SNPs; Genetic diversity; Inbreeding; Pedigree.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101944
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Genetic polymorphisms and asthma: findings from a case - control study in the Madeira island population Biol. Res.
Berenguer,Anabela Gonçalves; Fernandes,Ana Teresa; Oliveira,Susana; Rodrigues,Mariana; Ornelas,Pedro; Romeira,Diogo; Serrão,Tânia; Rosa,Alexandra; Câmara,Rita.
BACKGROUND: Asthma is a complex disease influenced by multiple genetic and environmental factors. While Madeira has the highest prevalence of asthma in Portugal (14.6%), the effect of both genetic and environmental factors in this population has never been assessed. We categorized 98 asthma patients according to the Global Initiative for Asthma (GINA) guidelines, established their sensitization profile, and measured their forced expiratory volume in 1second (FEV1) and forced vital capacity (FVC) indexes. Selected single nucleotide polymorphisms (SNPs) were analysed as potential markers for asthma susceptibility and severity in the interleukin 4 (IL4), interleukin 13 (IL13), beta-2-adrenergic receptor (ADRB2), a disintegrin and metalloprotease 33 (ADAM33),...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Asthma; Madeira; SNPs; Susceptibility; Severity.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602014000100040
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