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An association study of FOXO3 variant and longevity Genet. Mol. Biol.
Silva-Sena,Geralda Gillian; Camporez,Daniela; Santos,Lígia Ramos dos; Silva,Aline Sesana da; Sagrillo Pimassoni,Lúcia Helena; Tieppo,Alessandra; Pimentel Batitucci,Maria do Carmo; Morelato,Renato Lírio; Paula,Flavia de.
Abstract Human longevity is a polygenic and multifactorial trait. Pathways related to lifespan are complex and involve molecular, cellular, and environmental processes. In this analytical observational study, we evaluated the relationship between environment factors, oxidative stress status, DNA integrity level, and the association of FOXO3 (rs2802292), SOD2 (rs4880), APOE (rs429358 and rs7412), and SIRT1 (rs2273773) polymorphisms with longevity in oldest-old individuals from southeastern Brazil. We found an association between the FOXO3 GG genotype and gender. While lifestyle, anthropometric, and biochemical characteristics showed significant results, DNA damage and oxidative stress were not related to lifespan. We found that long-lived individuals with...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Lifespan; SNPs; Environmental factors; Oxidative stress; Genomic damage.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572018000300386
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Análise de duplicatas no germoplasma de mandioca com base em marcadores moleculares. Repositório Alice
ALVES, L. B.; CARMO, C. D. do; SILVA, P. H. da; OLIVEIRA, E. J. de.
O Banco Ativo de Germoplasma de Mandioca da Embrapa Mandioca e Fruticultura (BAG-Mandioca) possui aproximadamente 1500 acessos conservados ex situ. Apesar de bastante representativo, o expressivo número de acessos com similaridades fenotípicas evidenciam a presença de indivíduos considerados duplicatas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Manihot; Microssatélites; SNPs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030916
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Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Arroz; Oryza sativa; Protutividade; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022482
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Análisis del efecto de polimorfismos de un solo nucleótido del Gen Fasn en novillos JBAG
Marrube,G; Soria,LA; Rozen,FMB; Corva,PM; Schor,A; Melucci,LM; Villarreal,EL; Mezzadra,CA; Miquel,MC.
La enzima Acido Graso Sintasa (FASN) cataliza la síntesis de los ácidos grasos en la célula y presenta un rol fundamental en el metabolismo de los lípidos. Con el propósito de analizar el efecto de dos polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en el gen FASN (G>C en el exón 1 y A>G en el exón 34) se analizaron los siguientes caracteres productivos: Peso Vivo Final, Ganancia Diaria de Peso Vivo, Tasa Mensual de Engrasamiento, Grasa Riñonada, Porcentaje de Grasa Riñonada, Rendimiento de la Canal, Porcentaje de Grasa Intramuscular, en novillos de razas Angus (n = 20) y Brangus (n = 60). Se desarrollaron técnicas de mismatch PCR para determinar los genotipos de ambos SNPs. El análisis estadístico se realizó mediante un modelo de efectos fijos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovinos para carne; Calidad de la carne; Gen FASN; SNPs.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332010000100005
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Analysis of the population structure of Uruguayan Creole cattle as inferred from milk major gene polymorphisms Genet. Mol. Biol.
Rincón,Gonzalo; Armstrong,Eileen; Postiglioni,Alicia.
The ancestors of Uruguayan Creole cattle were introduced by the Spanish conquerors in the XVII century, following which the population grew extensively and became semi-feral before the introduction of selected breeds. Today the Uruguayan Creole cattle genetic reserve consists of 575 animals. We used the tetra primer amplification refractory mutation system polymerase chain reaction (ARMS-PCR) to analyze the kappa-casein, beta-casein, alphaS1-casein and alpha-lactoalbumin gene polymorphisms and restriction fragment length polymorphism PCR (RFLP-PCR) for the beta-lactoglobulin and the acylCoA:diacyl glycerol acyltransferase 1 (DGAT1) genes. The kappa-casein and beta-lactoglobulin genes presented very similar A and B allele frequencies, while the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: DGAT1 gene; Milk protein; SNPs; Uruguayan Creole cattle.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000300016
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Article Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon Genet. Mol. Biol.
Francez,Pablo Abdon da Costa; Corvelo,Tereza Cristina de Oliveira; Silva,Flávio Ricardo Leal da; Santos,Sidney Emanuel Batista dos.
The Lewis blood group system involves two major antigens, Leª and Le b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Lewis blood groups; FUT3; Japanese; PCR-RFLPs; SNPs.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000300002
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Association between BMP4 gene polymorphism and in vitro embryo production traits in Gyr cows. Repositório Alice
ORTIZ, W. H.; QUIRINO, C. R.; SILVA, A.; OLIVEIRA, C. S.; SERAPIÃO, R. V.; PACHECO, A.; BARTHOLAZZI, A..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic variability; Molecular markers; Mutation; OPU-IVP; SNPs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035211
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Association between molecular markers linked to the Leptin gene and weight gain in postpartum beef cows Ciência Rural
Almeida,Sabrina Esteves Matos; Almeida,Erik Amazonas de; Terra,Gustavo; Neves,Jairo Pereira; Gonçalves,Paulo Bayard Dias; Weimer,Tania de Azevedo.
Three short tandem repeats (STRs), BMS1074, BM1500, IDVGA-51, and three single nucleotide polymorphisms (SNPs), LEPSau3AI (A/B), LEPSau3AI (+/-) and LEPKpn2I linked to the LEP gene were investigated to verify associations with productive performance in postpartum cows of two beef cattle breeds, Aberdeen Angus (AA, n=98) and Charolais (C, n=83). After polymerase chain reaction, STRs were analyzed by vertical electrophoresis and SNPs in agarose gel after endonucleases cleavage. In AA herd 79% of BMS1074*151 carriers had a lower average daily weight gain (ADG) when compared with the population mean daily weight gain (103g), while 62% of BMS1074*151 non-carriers presented a higher ADG (P<0.01); AA animals with at least one BMS1074*151 allele showed a ADG...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Leptin; STRs; SNPs; Beef cattle; Weight gain; Post-partum.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782007000100033
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Association of rs12255372 in theTCF7L2 gene with type 2 diabetes mellitus: a meta-analysis BJMBR
Wang,Jinjin; Zhang,Jianfeng; Li,Linlin; Wang,Yan; Wang,Qian; Zhai,Yujia; You,Haifei; Hu,Dongsheng.
Our objective was to evaluate the association of rs12255372 in theTCF7L2 gene with type 2 diabetes mellitus (T2DM) in the world population. We carried out a survey of the literature about the effect of rs12255372 on genetic susceptibility to T2DM by consulting PubMed, the Cochrane Library, and Embase from 2006 to 2012, and then performed a meta-analysis of all the studies in order to evaluate the association between rs12255372 and T2DM. A total of 33 articles including 42 studies (with 34,076 cases and 36,192 controls) were confirmed to be eligible and were included in the final meta-analysis: 6 studies conducted on Europeans, 14 on Caucasians, 17 on Asians, 2 on Africans, and 3 on Americans. Overall, the effect size was as follows: for the variant allele...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Type 2 diabetes mellitus; Rs12255372; SNPs; Meta-analysis.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2013000400382
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Associations of the osteopontin gene with performance traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; FORNARI, M. B.; NEIS, K. L.; ZANELLA, R.; TESSMANN, A. L.; PANDOLFI, J. R. C.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNPs; Genética; Frango de corte; Genetic; Broiler chickens; Gallus gallus.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971303
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Caractérisation génétique de l’effort reproducteur de l’huître creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre des mortalités estivales de juvéniles : Approch QTL ArchiMer
Flahauw, Emilie.
The Pacific oyster, Crassostrea gigas, is a major aquacultured species whose production represents an economic interest at worldwide, european and french levels. However, this species undergoes summer mortalities recorded from the beginning of the 20th century and, since 2008, this phenomenon increased and threatens mainly juvenile oysters. Aquaculture production of oysters suffers consequences of mass mortalities, that’s why this phenomenon has been studied for many years. In France, the bacterium Vibrio splendidus and the Ostreid virus Herpes Virus 1 (OsHV-1) are often associated with mass mortality outbreaks of juveniles oysters and it was demonstrated that selected individuals for resistance to summer mortality were able to slow the increasing in viral...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse du Pacifique; Crassostrea gigas; Mortalités estivales; Survie; Effort reproducteur; Imagerie par Résonance Magnétique; Histologie; Marqueurs microsatellites; Marqueurs SNP; Cartographie de liaison; Détection de QTL; Pacific oyster; Crassostrea gigas; Summer mortality; Survival; Reproductive effort; Magnetif Resonance Imaging; Histology; Microsatellites; SNPs; Linkage mapping; QTL detection.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00233/34377/33786.pdf
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Caracterização do germoplasma de feijoeiro comum com base em marcadores DArt-Seq. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; ZUCCHI, M. I.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo identificar e caracterizar SNPs em um conjunto de acessos de feijão com alta diversidade genética através da metodologia de GbS via DArT-Seq.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GBS; SNPs; Feijão; Phaseolus vulgaris; Gemoplasma; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022480
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Caracterização genotípica de linhagem de corte e postura empregando chip de 60 k em região pleiotrópica do cromossomo 1. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F. do; ATTILIO, D. B.; BRASSALOTI, R. A.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Genética; Linhagem; Frango de corte; Galinha para postura; Single nucleotide; Polymorphism; Quantitative trait loci; Laying Hens; Chicken breeds.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968936
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Descoberta e genotipagem de SNPs em cajueiro via sequencimento de representações genômicas reduzidas. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B.; LIRA, M.; BUSO, G. S. C.; AMARAL, Z. P. S.; GRATTAPAGLIA, D..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise molecular; SNPs; SSR.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002751
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Design and evaluation of a sequence capture systemfor genome-wide SNP genotyping in highly heterozygous plant genomes: a case studywith a keystone Neotropical hardwood tree genome. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
bitstream/item/185941/1/dsy023.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Target enrichment; Sequence capture; SNPs; Handroanthus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099287
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Detection of single nucleotide polymorphisms in the conserved ESTs regions of Gossypium arboreum Electron. J. Biotechnol.
Shaheen,Tayyaba; Zafar,Yusuf; Mehboob-ur-Rahman,.
Exploring genetic variation in Gossypium arboreum L. germplasm is useful as it contains many important genes conferring resistance to different stresses. In limited earlier studies, low level of genetic diversity was found by using conventional DNA marker systems which may impede future genome mapping studies. In the present investigation, we explored the extent of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) among 30 conserved regions of Expressed Sequence Tags (EST) of low copy genes between two genotypes of G. arboreum. A total of 27 SNPs including 21 substitutions and 6 Insertions and deletions (Indels) in 7804 bp were found between these genotypes with a frequency of one SNP per 371 bp and one Indel after every 1300 bp. Out of these SNPs, 52% were...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Conserved regions; Gossypium arboretum; SNPs.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000500003
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Detection of SNPs in bovine immune-response genes that may mediate resistance to the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
ABATEPAULO, A. R. R.; CAETANO, A. R.; MENDES JÚNIOR, C. T.; CARVALHO, W. A.; FERREIRA, B. R.; SANTOS, K. F. de M..
bitstream/item/177231/1/SP-19563-ID-30535.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNPs; Rhipicephalus (Boophilus) microplus; Bovino.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190256
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Development of SNPs and their use for the identification of summer mortality resistance QTLs in the Pacific oyster (Crassotrea gigas) ArchiMer
Sauvage, Christopher; Lapegue, Sylvie; Bierne, Nicolas; Boudry, Pierre.
Summer mortalities of the Pacific cupped oyster Crassostrea gigas have been described in the literature for decades. One solution to overcome this problem would be to select animals more tolerant to summer mortalities, as this trait was shown to be highly heritable (Degrémont, 2003). The identification of markers associated to the resistance would allow to better understand this complex phenomenon and, eventually to establish markers assisted selection. Recently, two moderately dense genetic linkage maps have been established in the Pacific oyster based on microsatellites and AFLP markers (Hubert and Hedgecock, 2004; Li and Guo, 2004). In this context, the development and mapping of SNPs will increase the density of the linkage map and consequently the...
Tipo: Text Palavras-chave: QTLs analyses; Summer mortaliy; Genetic; SNPs; Crassostrea gigas; Oyster.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-3351.pdf
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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