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Caracterização comparativa entre isolados de Pantoea ananatis oriundos de lesões de capim-colchão com aqueles de lesões da Mancha Branca do Milho. Repositório Alice
ROCHA, K. R.; ANDRADE-NOBREGA, G. M.; FIGUEIREDO, J. E. F.; MARRIEL, I. E.; MEIRELLES, W. F.; PACCOLLA-MEIRELLES, L. D..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nucleação do gelo; Zea mays; RAPD; Seqüenciamento.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/865518
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Caracterização da região 3'-terminal do genoma de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus Trop. Plant Pathol.
Espinha,Luciana M; Gaspar,José O; Moreira,Andreia E; Pereira,Ana Cecília B; Belintani,Priscila; Camargo,Luis E. A.
O presente trabalho caracteriza a região 3'-terminal do genoma de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar 972 nt da região 3'-terminal do RNA viral. Foi obtido fragmento de tamanho esperado que inclui o gene da proteína capsidial e a região 3'-terminal não codificadora. O gene da proteína capsidial (ORF4) contém 801 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com seqüência deduzida de 266 aminoácidos e massa molecular estimada de 28.800 Da. Sessenta e um aminoácidos terminais da ORF2 estão sobrepostos na ORF4. O "sinal de localização nuclear", encontrado dentro do "Domínio R" na...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Feijoeiro comum; Sobemovirus; SBMV; Seqüenciamento.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582005000500017
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Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus Trop. Plant Pathol.
Espinha,Luciana M.; Gaspar,José O.; Ward,Richard J.; Ruller,Roberto; Camargo,Luis E. A..
O presente trabalho caracteriza a região 5'-terminal de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar cerca de 590 nt da região 5'-terminal do RNA viral. Foi obtido um fragmento de tamanho esperado que, após clonagem e seqüenciamento, mostrou a existência de uma região não codificadora com 92 nt e a primeira ORF, começando no primeiro AUG (posição 93) e terminando no códon UGA na posição 534. Na região não codificadora foi detectado um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal 18S. A ORF1 codifica uma proteína de 147 aminoácidos com massa molecular estimada de 17080 Da. A extremidade...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Feijoeiro comum; Sobemovirus; SBMV; Seqüenciamento.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000300018
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Caracterização de um isolado do Pepper mild mottle virus que não quebra a resistência do gene L3 em Capsicum sp. Trop. Plant Pathol.
Eiras,Marcelo; Chaves,Alexandre L. R.; Moreira,Silvia R.; Araujo,Jansen de; Colariccio,Addolorata.
Sementes de pimenta (Capsicum baccatum) 'Dedo de Moça' destinadas ao plantio comercial e adquiridas no município de São Paulo, SP, analisadas quanto à presença de vírus, por meio de testes biológicos e sorológicos revelaram-se infetadas por uma estirpe do Pepper mild mottle virus (PMMoV). Para confirmar a identidade do isolado, promoveu-se a RT-PCR com oligonucleotídeos que flanqueiam a ORF da capa protéica de espécies do gênero Tobamovirus do subgrupo 1. Os fragmentos de DNA amplificados, quando seqüenciados e comparados com outros isolados de tobamovírus depositados no GenBank, apresentaram valores de identidade de nucleotídeos entre 94 e 100% com outras seqüências de PMMoV, inferiores a 75% para as demais espécies de tobamovírus do subgrupo I (Tobacco...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tobamovirus; Pimenta; Pimentão; Seqüenciamento.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000600014
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Caracterização de uma nova estirpe do Tomato mosaic virus isolada de tomateiro no Estado de São Paulo Trop. Plant Pathol.
Moreira,Silvia R.; Eiras,Marcelo; Chaves,Alexandre L.R.; Galleti,Silvia R.; Colariccio,Addolorata.
Um vírus isolado em Guaratinguetá, SP, de tomateiro (Lycoporsicon esculentum) 'Santa Clara' com sintomas característicos de virose, foi estudado por meio de plantas indicadoras e de hospedeiras diferenciais pertencentes a linhagens homozigotas de tomateiro, ensaios de estabilidade in vitro, purificação, contrastação negativa, testes sorológicos de ELISA-PTA e imunomicroscopia eletrônica, utilizando-se anti-soros contra diferentes vírus do gênero Tobamovirus. O isolado infetou plantas de espécies de amarantáceas, quenopodiáceas e solanáceas. Plantas de Chenopodium amaranticolor reagiram com sintomas locais e sistêmicos; Nicotiana sylvestris e N. rustica reagiram com lesões locais e a linhagem homozigota de tomateiro Tm-2 mostrou-se imune ao vírus. Nas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tobamovirus; Hospedeiras diferenciais; Sorologia; Seqüenciamento.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000600004
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Caracterização do gene da proteína capsidial do Grapevine virus A em videiras afetadas pela acanaladura do lenho de Kober no Estado de São Paulo Trop. Plant Pathol.
Moreira,Andreia E.; Gaspar,José O.; Camargo,Luis E. A.; Kuniyuki,Hugo.
O presente trabalho caracteriza o gene codificador da proteína capsidial do isolado do Grapevine virus A (GVA) encontrado no Estado de São Paulo (GVA-SP). RNA total foi extraído de folhas e pecíolos de plantas de videira (Vitis spp.) da variedade 'Kober 5BB' e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar um fragmento entre as posições 6409 e 7175 do RNA do GVA ("GenBank", acesso X75433). Foi obtido um fragmento de tamanho esperado (767 nt) que inclui o gene da proteína capsidial, codificando 198 aminoácidos. A seqüência do GVA-SP apresentou similaridade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 86-92,3% e 94,5-98% com isolados do GVA da Europa, África e Japão (Acessos X75433, AF441234, AF007415, AB039841) e da região Sul...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: GVA; Vitivirus; Vitis spp.; "Kober stem grooving"; Complexo do lenho rugoso; Seqüenciamento; Filogenia.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000200015
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Diversidade de bactérias diazotróficas endofíticas associadas a plantas de milho Rev. Bras. Ciênc. Solo
Roesch,Luiz Fernando Wurdig; Passaglia,Luciane Maria Pereira; Bento,Fátima Menezes; Triplett,Eric W.; Camargo,Flávio Anastácio Oliveira.
Bactérias diazotróficas endofíticas são capazes de promover o crescimento do milho por meio da fixação biológica do nitrogênio (FBN) ou pela produção de fitormônios. Neste estudo, objetivou-se caracterizar a diversidade de bactérias diazotróficas endofíticas associadas a plantas de milho em diferentes locais do Rio Grande do Sul, que apresentavam variações de clima e solo. Para isso, foi usado um método baseado na amplificação do gene nifH grupo I, na análise de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e no seqüenciamento dos genes amplificados. Foram calculados os índices de Shannon-Weaver e Equitabilidade para estimar a diversidade dos diazotróficos, bem como a diversidade de nucleotídeos e divergência entre seqüências, para estimar a diversidade genética das...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Gene nifH; PCR-RFLP; Seqüenciamento; Comunidade endofítica.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832007000600015
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Genetic characterization and nitrogen fixation capacity of Rhizobium strains on common bean. Repositório Alice
GONZÁLEZ, T.O.; CAMPANHARO, J.C.; LEMOS, E.G. de M..
This study aimed to genetically characterize four new Rhizobium strains, and to evaluate their nodulation and fixation capacity compared to commercial strains and to native rhizobia population of a Brazilian Rhodic Hapludox. Two experiments were carried out in randomized blocks design, under greenhouse conditions, in 2007. In the first experiment, the nodulation and nitrogen fixation capacity of new strains were evaluated, in comparison to the commercial strains CIAT-899 and PRF-81 and to native soil population. It was carried out in plastic tubes filled with vermiculite. DNA extractions and PCR sequencing of the intergenic space were made from the isolated pure colonies, in order to genetically characterize the strains and the native rhizobia population....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Biological nitrogen fixation; Intergenic space; Phylogeny; Sequencing; Soil rhizobia population; Fixação biológica de nitrogênio; Espaço intergênico; Filogenia; Seqüenciamento; População nativa de rizóbios.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/122190
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Pantoea ananatis, agente causal da Mancha Branca do Milho, sobrevive epifiticamente sobre as folhas de milho. Repositório Alice
SAUER, A. V.; BABA, V. Y.; PEDRO, E. S.; MEIRELLES, W. F.; FIGUEIREDO, J. E. F.; MARRIEL, I. E.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Zea mays; Seqüenciamento; Biolog; Local de isolamento; Semelhança.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868218
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Seqüenciamento e variabilidade do fragmento genômico de Xylella fastidiosa amplificado pelos iniciadores RST31/33 Trop. Plant Pathol.
Wendland,Adriane; Daniela,Truffi; Leite Júnior,Rui P.; Camargo,Luis E. A..
Xylella fastidiosa é agente causal de diversas doenças de importância econômica como a clorose variegada dos citros (Citrus spp.) (CVC), mal de Pierce da videira (Vitis vinifera), escaldadura da ameixeira (Prunus salicina) e requeima do cafeeiro (Coffea arabica). A seqüência nucleotídica do fragmento genômico, específico de X. fastidiosa, amplificado pelo par de iniciadores RST31/33 foi determinada para 38 isolados de citros e para isolados de videira, cafeeiro e ameixeira objetivando avaliar o nível de polimorfismo entre isolados e a identidade genômica do fragmento. Não foi observado polimorfismo de seqüência nucleotídica entre isolados de citros, mas foi detectado polimorfismo entre isolados de citros e de videira, cafeeiro e ameixeira. A presença do...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: CVC; Polimorfismo de seqüência; Seqüenciamento; Genes rpoD.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000300012
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Variabilidade genética de isolados de Armillaria sp. da região sul do Brasil. Repositório Alice
SILVA, F. B.; VICENTE, V. A.; MOREIRA, M.; AUER, C. G..
2008
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Armilariose; Marcador RAPD; Seqüenciamento.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/315555
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Variabilidade no cpDNA em Manilkara huberi, espécie sob manejo sustentável na Amazônia brasileira. Repositório Alice
AZEVEDO, V.C.R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A.Y..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a existência de estruturação genética matrilinear em maçaranduba (Manilkara huberi). Foram avaliados 481 indivíduos adultos de M. huberi, distribuídos em 200 hectares de uma população natural na Floresta Nacional do Tapajós, Belterra, PA, e 88 regenerantes, com base na análise de nove microssatélites de cloroplasto e, de 96 indivíduos adultos, selecionados aleatoriamente na área de 200 ha, foi realizado o seqüenciamento de três regiões não codificadoras de cpDNA. Não foi detectado polimorfismo de seqüência. A análise da variabilidade haplotípica mostrou polimorfismo relativamente limitado, que resultou em 15 haplótipos, com diversidade genética total (hT) de 0,898. Foi detectada a existência de estruturação genética...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Conservação; Estruturação genética espacial; Maçaranduba; Manejo; Microssatélite; Seqüenciamento; Conservation; Spatial genetic structure; Maçaranduba; Management; Microsatellite; Sequencing.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/122105
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Variabilidade no cpDNA em Manilkara huberi, espécie sob manejo sustentável na Amazônia brasileira PAB
Azevedo,Vânia Cristina Rennó; Kanashiro,Milton; Grattapaglia,Dario; Ciampi,Ana Yamaguishi.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a existência de estruturação genética matrilinear em maçaranduba (Manilkara huberi). Foram avaliados 481 indivíduos adultos de M. huberi, distribuídos em 200 hectares de uma população natural na Floresta Nacional do Tapajós, Belterra, PA, e 88 regenerantes, com base na análise de nove microssatélites de cloroplasto e, de 96 indivíduos adultos, selecionados aleatoriamente na área de 200 ha, foi realizado o seqüenciamento de três regiões não codificadoras de cpDNA. Não foi detectado polimorfismo de seqüência. A análise da variabilidade haplotípica mostrou polimorfismo relativamente limitado, que resultou em 15 haplótipos, com diversidade genética total (hT) de 0,898. Foi detectada a existência de estruturação genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Conservação; Estruturação genética espacial; Maçaranduba; Manejo; Microssatélite; Seqüenciamento.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000700010
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