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A DdeI polymorphism in the growth hormone gene is associated with higher lean meat yield and pH 45 min in postmortem pigs. Repositório Alice
FERREIRA, I. M.; BRAGA, T. F.; GUIMARÃES, E. C.; DURVAL, M. C.; MENDES, L. B.; SOARES, J. S.; MATARIM, D. L.; KRUGER, B. C.; FRANCO, M. M.; ANTUNES, R. C..
bitstream/item/202571/1/gmr18257-ddei-polymorphism-growth-hormone-gene-associated-higher-lean-meat-yield-and-ph-45-min-0.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Growth Hormone; Carcass traits; Single nucleotide polymorphism; Meat quality; Swine.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112777
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712
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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975703
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An efficient implementation of Relief-F algorithm for Genome-Wide Association Studies. Repositório Alice
SHIBATA, R.; HIGA, R..
Although Relief can be adapted for regression context, in this work we approach only for classification context.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946448
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An R script for quality control in genome-wide association studies. Repositório Alice
HIGA, R.; BARRICHELLO, F.; NICIURA, S.; MEIRELLES, S.; REGITANO, L..
Recent advances in massive genotyping technology based on SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) markers are pushing animal breeding research into a new era where the entire genome is screened in the search for genes which affect traits of economic interest, called genome wide association studies (GWAS). The first step in setting up a GWAS is to perform a quality control analysis (QC) on the genotyped data in order to filter out samples and SNPs not satisfying a previously defined set of criteria [1]. The most common criteria include sample and SNP call rate, minor allele frequency (MAF) and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). It is also recommended to analyze the heterozygosity and the presence of population structure and outlier samples. However, a...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Marcadores SNP; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908682
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de..
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009333
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Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.
bitstream/item/171614/1/apagar1.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphism; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247
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Armazenamento de dados de genotipagem e fenotipagem para estudos de genética animal. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H..
O que propomos é um banco de metadados que possa conter as informações de marcadores, fenótipos e genótipos de diferentes especies e armazenados em diferentes repositórios, garantido assim o acesso e centralização das informações e sua utilização pelos pesquisadores de melhoramento genético animal.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de dados genérico; Armazenamento de dados genéticos; Melhoramento genético animal; Generic database; Generic data storage; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031147
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Área de olho de lombo; Bovino de corte; Espessura de gordura subcutânea; Random forest; Ribeye area; Backfat; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946729
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Association between polymorphisms in the APOB gene and hyperlipidemia in the Chinese Yugur population BJMBR
Gu,Q-L.; Han,Y.; Lan,Y-M.; Li,Y.; Kou,W.; Zhou,Y-S.; Hai,X-J.; Yan,B.; Ci,C-H..
We investigated the influence of apolipoprotein B gene (APOB) variants on the risk of hyperlipidemia (HL) in 631 middle-aged and elderly members of the Chinese Yugur population (HL, n=336; normolipidemia, n=295). APOB polymorphisms were identified using mass spectrometry, and five single nucleotide polymorphisms (rs1042034, rs2163204, rs512535, rs676210, and rs679899) and serum lipids were further analyzed. rs1042034 and rs676210 were significantly associated with HL (P<0.05). Compared with the GG or AA genotype, individuals with AG and AG+AA in rs1042034 and with AG and AG+GG in rs676210 had a 1.67-fold (95%CI=1.20–2.33),1.63-fold (95%CI=1.19–2.24), 1.72-fold (95%CI=1.24–2.40), and 1.67-fold (95%CI=1.21–2.291) increased risk of high HL, respectively....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Yugur minority; Apolipoprotein B gene; Single nucleotide polymorphism; Hyperlipidemia; Serum lipids.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2017001100601
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Association between toll-like receptor2 Arg677Trp and 597T/C gene polymorphisms and pulmonary tuberculosis in Zahedan, Southeast Iran BJID
Naderi,Mohammad; Hashemi,Mohammad; Hazire-Yazdi,Leylisadat; Taheri,Mohsen; Moazeni-Roodi,Abdolkarim; Eskandari-Nasab,Ebrahim; Bahari,Gholamreza.
BACKGROUND: It is well known that toll-like receptor 2 (TLR2) mediates responses of both innate and adaptive immunity to microbial pathogen, including mycobacteria. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the TLR2 gene that impair its function may be associated with the development of pulmonary tuberculosis (PTB). The aim of this study was to evaluate the possible association between TLR2 Arg677Trp and 597T/C polymorphisms and PTB in a sample of Iranian population. MATERIALS AND METHODS: This case-;control study was performed on 174 PTB and 177 healthy subjects. Tetra amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (TARMS-PCR) was used to detect the SNPs. RESULTS: There was no significant difference in the polymorphism of Arg677Trp of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tuberculosis; TLR2; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702013000500002
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Association of TLR4 polymorphisms with subclinical mastitis in Brazilian holsteins BJM
Mesquita,Adriano Queiroz de; Rezende,Cintia Silva Minafra e; Mesquita,Albenones José de; Jardim,Eurione Antonio Garcia da Veiga; Kipnis,Ana Paula Junqueira.
The identification of dairy cows with greater or lower potential to develop mastits has been pursued for many years among different segments of the milk industry, including governmental organizations. Genomic studies have suggested that Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) within the pattern recognition receptors (PRR) could lead to different responses to pathogens, and consequently result in mastitis resistance or susceptibility. To investigate whether toll like receptor 4 (TLR4) gene is associated with subclinical mastitis in Holstein cows from a property in the state of Goiás, Brazil, TaqMan allelic discrimination and somatic cell count were performed. One hundred and fifty milk samples were analyzed for SCC and centesimal composition. Twenty percent...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: TLR-4; Single nucleotide polymorphism; Mastitis; Milk quality.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000200034
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Associations between CD36 gene polymorphisms and susceptibility to coronary artery heart disease BJMBR
Zhang,Y.; Ling,Z.Y.; Deng,S.B.; Du,H.A.; Yin,Y.H.; Yuan,J.; She,Q.; Chen,Y.Q..
Associations between polymorphisms of the CD36 gene and susceptibility to coronary artery heart disease (CHD) are not clear. We assessed allele frequencies and genotype distributions of CD36 gene polymorphisms in 112 CHD patients and 129 control patients using semi-quantitative polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Additionally, we detected CD36 mRNA expression by real-time quantitative PCR, and we quantified plasma levels of oxidized low-density lipoprotein (ox-LDL) using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). There were no significant differences between the two groups (P>0.05) in allele frequencies of rs1761667 or in genotype distribution and allele frequencies of rs3173798. The genotype...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coronary artery disease; CD36; Rs1761667; Rs3173798; Single nucleotide polymorphism; Ox-LDL.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2014001000895
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BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. Repositório Alice
VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A..
Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tecnologias Java EE; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; PostgreSQL; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Databases; Single nucleotide polymorphism; Genotype; Phenotype.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083373
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Bioinformática aplicada à agricultura. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H..
Este capítulo tem por objetivo colocar o leitor a par do estado da arte das principais aplicações da bioinformática na agricultura, particularmente àquelas relacionadas ao melhoramento genético animal e vegetal, executadas no âmbito da Embrapa.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Melhoramento genético; Estudos de associação genômica ampla; Genome-Wide Association Studies; Polimorfismos de base única; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010705
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Bovine &#956;-calpain (CAPN1) gene polymorphisms in Brangus and Brahman bulls JBAG
Soria,LA; Corva,PM; Huguet,MJ; Miño,S; Miquel,MC.
The bovine CAPN1 gene encodes the large subunit of &#956;-calpain, which is thought to be one of the most important enzymes involved in postmortem beef tenderization. Three SNPs in CAPN1 (SNP 316, SNP 530 and SNP 4751) have been associated with beef tenderness in different beef cattle breeds. The objective of this work was to implement genotyping strategies for CAPN1 markers as part of a project pursuing the identifi cation and validation of molecular markers associated with bovine meat quality and composition. Three PCR-RFLP methods were designed to determine genotypes of 64 bulls (11 Angus, 43 Brangus and 10 Brahman). Unexpected patterns resulting from the PCR-RFLP analysis at SNP 316 and SNP 530 were resolved by cloning and sequencing and lead to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Beef cattle; Meat tenderness; U-calpain; Molecular markers; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332010000100007
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719
Registros recuperados: 101
Primeira ... 123456 ... Última
 

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