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An overview of Phoneutria nigriventer spider venom using combined transcriptomic and proteomic approaches. Repositório Alice
DINIZ, M. R. V.; PAIVA, A. L. B.; GUERRA-DUARTE, C.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, U. de; BORGES, M. H.; YATES, J. R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. de.
Abstract. Phoneutria nigriventer is one of the largest existing true spiders and one of the few considered medically relevant. Its venom contains several neurotoxic peptides that act on different ion channels and chemical receptors of vertebrates and invertebrates. Some of these venom toxins have been shown as promising models for pharmaceutical or biotechnological use. However, the large diversity and the predominance of low molecular weight toxins in this venom have hampered the identification and deep investigation of the less abundant toxins and the proteins with high molecular weight. Here, we combined conventional and next-generation cDNA sequencing with Multidimensional Protein Identification Technology (MudPIT), to obtain an in-depth panorama of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Proteômica; Transcriptoma; Phoneutria nigriventer; Proteomics; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102272
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Análise da expressão gênica em diferentes órgãos floríferos do algodoeiro Gossypium hirsutum var. Latifolium. Repositório Alice
LIMA, L. M. de; PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, G. V.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C..
As informações disponíveis na área genômica têm possibilitado oportunidades de contribuições para o melhoramento genético de várias culturas, especialmente as grandes commodities . O isolamento de novos genes bem como o entendimento de suas funções é primordial para trabalhos associados à expressão gênica ou transgenia com a finalidade de auxiliar as demandas primárias estabelecidas nos programas de melhoramento do algodão.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tecido reprodutivo; Transcriptoma; RT-qPCR; Algodão.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042574
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Análise de genes diferencialmente expressos em Herbaspirillum seropedicae, estirpe HRC54, cultivado na presença do líquido apoplástico de cana-de-açúcar Repositório Alice
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: H seropedicae; Transcriptoma; RNA-Seq.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066661
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Análise e comparação filogenética de expansinas presentes em Urochloa decumbens cv Basilick. Repositório Alice
ONO, R. Y.; CHIARI, L.; PEREIRA, M..
O objetivo deste trabalho foi analisar 4 expansinas de Urochloa decumbens, verificando a similaridade e a homologia delas com as de outras plantas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Bioinformática; Filogenia.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1012029
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BUSCANDO AGUJAS EN UN PAJAR: VIAJES DE RNAS PEQUEÑOS IN SILICO E IN VITRO Acta biol.Colomb.
BERMÚDEZ SANTANA,CLARA ISABEL.
Lo que se conoce tradicionalmente como análisis del transcriptoma comprende la caracterización y cuantificación del conjunto de RNAs transcritos en la célula. En los primeros años, los estudios del transcriptoma se enfocaron principalmente a RNA mensajeros o RNA codificantes. Más recientemente, debido a avances en la tecnología de secuenciammiento de última generación, los estudios del transcriptoma se han extendido a RNAs no codificantes. Estas moléculas presentan gran variedad de funciones en la regulación celular. Una caracterización completa del conjunto de ncRNAs no es alcanzable con las aproximaciones disponibles. Hoy en día la identificación de RNAs no codificantes y de sus RNA pequeños derivados, es un tema de vital importancia en el análisis...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Transcriptoma; RNA pequeños; Secuenciamiento de última generación.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2011000300007
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Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Doença de planta; Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Biotecnologia; Genômica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/898042
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Construção de uma biblioteca subtrativa de cdna de botão floral de algodoeiro. Repositório Alice
PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, V. G. L.; MARTINS, N. F.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C. dos; LIMA, L. M. de.
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gossypium hirsutum L.; Prospecção de genes; Transcriptoma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/855300
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DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banana; DataMusa; Transcriptoma; Musa acuminata.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/175827
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de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G..
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma; Bioinformatics; Sugarcane; Drought tolerance; Water stress; Transcriptomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1038946
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Estudio del transcriptoma en Capsicum chinense Jacq. resistente al virus huasteco vena amarilla del chile Agrociencia
Gasca-González,Ma. Rosario; Rivera-Herrera,Yadira; Torres-Pacheco,Irineo; González-Chavira,Mario M.; Guevara-Olvera,Lorenzo; Muñoz-Sánchez,Claudia I.; Guevara-González,Ramón G..
Para enriquecer el conocimiento del transcriptoma en la interacción incompatible entre el PHYVV y plantas de chile habanero (Capsicum chinense Jacq.) de la colecta de INIFAP denominada BG-3821, se estudió el perfil de expresión de genes. Estos estudios son fundamentales para el conocimiento a nivel molecular de los mecanismos de señalización para el reconocimiento mutuo y en su caso la respuesta de defensa del hospedante al patógeno, lo que puede contribuir al diseño de nuevas estrategias de protección de los cultivos. Se usó un modelo de expresión diferencial en las plantas infectadas por el PHYVV y la metodología de hibridación sustractiva por supresión (SSH), para obtener una biblioteca de 99 fragmentos de genes (EST) cuya expresión fue inducida...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum chinense; Geminivirus; Transcriptoma; PHYVV.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952008000100011
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Evaluación de las herramientas de secuenciación masiva (NGS) para identificar genes asociados con tolerancia al estrés hídrico en caña de azúcar Acta Agron. (Palmira)
Riascos-Arcos,John Jaime; Espitia Navarro,Héctor Fabio; López Gerena,Jershon.
En la investigación se evaluó la utilidad de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva NGS en la identificación de genes expresados en variedades de caña, bajo condiciones de estrés por déficit hídrico o por anegamiento. No obstante que en la actualidad la secuenciación masiva NGS es la metodología preferida en estudios de transcriptómica comparativa, en el caso de la caña de azúcar (Saccharum spp.) es necesario verificar su utilidad, si se tiene en cuenta la complejidad de su genoma y que herramientas útiles, como un genoma de referencia, no se encuentran disponibles. Para el estudio se seleccionaron dos variedades de caña para cada tipo de estrés (una tolerante y una susceptible) tanto en el caso del déficit hídrico como en el caso del anegamiento....
Tipo: Journal article Palavras-chave: Caña de azúcar; Déficit hídrico; Anegamiento; ADNc; Secuenciación masiva NGS; Transcriptoma.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122015000400011
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Expressão de genes envolvidos na fase de elongação das fibras do algodoeiro UPLAND. Repositório Alice
LIMA, L. M. de; PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, V. G.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C..
O algodão é a principal fonte de fibra natural e representa cerca de 50% da produção mundial. O Brasil ocupa a quinta posição entre os maiores produtores, para a safra 2014/15 a produção em pluma está estimada em 1.5 mil toneladas. Dada a sua importância para o agronegócio, à fibra é sempre alvo dos programas de melhoramento genético, com pesquisas que visam o melhoramento das propriedades físicas (comprimento e qualidade) e químicas (teor de celulose), além da produtividade da pluma.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Elongação das fibras; Transcriptoma; RT-q PCR; Algodão.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042691
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Família defensiva de peptídeos antimicrobianos em Urochloa. Repositório Alice
SHIRAKAWA, K. T.; CHIARI, L.; PEREIRA, R. M..
O capim-braquiária é muito utilizado no Brasil, principalmente no cerrado, como forrageira devido a sua alta adaptabilidade a variados solos, como solos ácidos ou pobres em nutrientes; e apresenta alta cobertura e produção de biomassa. Os peptídeos antimicrobianos são moléculas proteicas pequenas produzidas por todos os seres vivos como parte do sistema imune inato para combater infecções e patógenos. Peptídeos antimicrobianos vegetais possuem um amplo espectro de atividades antimicrobianas contra fitopatógenos e a grande maioria deles é ativa contra fungos, enquanto alguns são inibidores de bactérias e insetos herbívoros. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi verificar e identificar a presença de peptídeos antimicrobianos da família das defensinas em...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; AMPs; Gramínea.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1012042
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Genes expressos conservados em genótipos de arroz tolerante e suscetível à seca. Repositório Alice
GOMES, M.; SILVEIRA, R.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos (GDEs) envolvidos na tolerância à seca de duas cultivares de arroz de terras altas da subespécie Japônica, a Douradão, tolerante, e Primavera, suscetível.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Rotas metabólicas; RNA-seq; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal; Resistência a seca.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078895
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Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, C. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. A..
Background: Efficiency of feed utilization is important for animal production because it can reduce greenhouse gas emissions and improve industry profitability. However, the genetic basis of feed utilization in livestock remains poorly understood. Recent developments in molecular genetics, such as platforms for genome-wide genotyping and sequencing, provide an opportunity to identify genes and pathways that influence production traits. It is known that transcriptional networks influence feed efficiency-related traits such as growth and energy balance. This study sought to identify differentially expressed genes in animals genetically divergent for Residual Feed Intake (RFI), using RNA sequencing methodology (RNA-seq) to obtain information from genome-wide...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Sequenciamento genético; Bioinformática; Bos indicus; RFI; Feed efficiency; Zebu; Feed conversion; Transcriptomics; Bioinformatics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034697
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Information system of regulatory elements. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; BEVITORI, R..
The study of the transcriptome of a particular plant species, associated with these stresses, is a powerful tool in the new sequencing technologies that enable mass scanning of the genome at a speed, accuracy and unprecedented scale generating a huge accumulation of information. These are analyzed as a whole to assist the interpretation of biological data and identify potential candidate genes associated with stress studied.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Planta; Stress; Transcriptome.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/911212
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Large scale transcriptome analysis of wild peanut (Arachis duranensis) under gradual water stress. Repositório Alice
SILVA, A. K.; MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estresse hídrico; Transcriptoma; Amendoim selvagem; Arachis duranensis; Amendoim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903328
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Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis. Repositório Alice
PEZENTI, L. F.; GONÇALVES, K. B.; SOUZA, R. F.; VILAS-BOAS, L. A.; SOSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da.
Anticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética; Lagarta-da-soja; RNA; Transcriptoma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1059312
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Presença de transcritos em Campylobacter jejuni de origem avícola MV&Z
Melo, Roberta Torres; Nalevaiko, Priscila Christen; Mendonça, Eliane Pereira; Freitas, Eduardo Almeida; Borges, Leandro Willian; Rosa, Daise Aparecida.
Campylobacter jejuni é considerada causa comum de diarreia em humanos. A infecção acontece principalmente pela ingestão de carnes de frangos mal cozidas. A baixa dose infectante, equivalente a 500 UFC e o risco no desenvolvimento de doenças autoimunes, como a Síndrome de Guillan-Barré, caracterizam o agente como um grave e emergente problema em saúde pública. Objetivou-se avaliar a presença de transcritos de virulência e de resistência às variações de temperatura em 46 isolados de Campylobacter jejuni provenientes de amostras de carcaças de frangos resfriadas e congeladas oriundas de três regiões brasileiras: Minas Gerais, Goiás e Distrito Federal. A avaliação foi realizada antes e após o cultivo em células Caco-2. Para isso foi utilizada a técnica de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Campilobacteriose; Células Caco-2; Transcriptoma.
Ano: 2013 URL: http://www.revistamvez-crmvsp.com.br/index.php/recmvz/article/view/17701
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Seleção de genes candidatos a referência para estudos de expressão gênica por meio de análises de RNA-Seq e qPCR. Repositório Alice
ROSA, K. de O. da; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene referência; PCR em tempo real; Transcriptoma; Seleção de genes.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002855
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